BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259M23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 103,845,632 - 103,961,011
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041909, LOC100040993, LOC383650
Downstream geneLOC100041056, LOC100041067
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259M23.bB6Ng01-259M23.g
ACCGA064896GA064897
length1,1341,103
definitionB6Ng01-259M23.b B6Ng01-259M23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,845,632 - 103,846,765)(103,959,917 - 103,961,011)
sequence
gaattcttttgagaaagcatcagattgattttcagagaaattgtagaagt
ttgtggtcccactagtgatggaagagtgttctcctttcccaacatcctca
ctagcatgtgatgtcctatgagttttttatcacagccattctgattgttg
gaaggtgtcatctcagggtcgtttgatttgcatttccctaatagataagg
atattgatcatatctttaagtgcttctcagccatttgagattcctctgct
cccattttctctgtcatcctcatgagcagaaatttaagggcaaagtcttg
ctcgtcagttgtgataggatatccagggcttgctgtagtaggagaggtag
gttctggtgaagtggtattgcactgggttcttaggattatgtttttgggt
ttgcctttcaccatctagttcattctgctgttggctggctggtagttcca
ggatatcataggttagcacaggactcccagaaggcaagtggatctttgag
gtagtgagcagtgtactgatccatgattcaggtgccagtgattgccaagg
gaaaaatggagctgtgatgtgtatggcagtgatcatggttactgactttg
ctggtgtcccacaaatgagatgaatggggaatgggggtttcacctgtgtg
tcatgtattggagctggctttcctggaaccaggcagaatttttgggttgg
gagcagtgtgcagtgttcataattgtatgtggaagtgtcagcaggaagga
agtttttcctactattcttgacattatctttaacacaataatgggtccag
agtctcaggatatcatctgagtaaacattcatcttatacagtactgttgt
attatttcaatacaaataatagcatgcctgtagtgcatggttatatgatc
agagaaagcattttattttttacacacatgtttacacatattcaattttt
gttcattctttagcaacaggtgtctagggttatattcaaattgttttcca
acttttagtgtctggtaaaaaaatcaaaacttaggaaatactgttctttt
tctaagacagacagtggccttttcaatcatgatgataggtagtatgtaaa
caaattagttaactttaatccagacttcggagca

gaattcttaccttttgcttacttaattggtatagaatggtctcaaaagcc
agtctttatctccaaaatatcttaatatggaaaatactcagtatcctgta
ttcaagcctcaaagcatgctgatgccaacctgacatttctagtaaacaaa
agctacctgccagctggtggataagatgcttgcttcctgaggctctccag
ccatgatgacttgtcacaaataatgtgatccagctattgttgtgcttcct
aggcaggaggcagcacatcagcaacctggctgcagcctaagaccagtgtg
aatgtcaggttacttaacttctttacccaaccattactgacaatgttcac
atgtctgagattcagttttccttattgtggagtcagaggagggttgggat
taagatcagtcataattttacagttctgtgattccaaattgtaaattatc
atattggaatggcacaaaaatgcttcatcccaataacattttacaggtat
aatgtcaatagcacatcgggatacattgtagtcaacttttactttataca
aaatttgtatttaggatactcagccttacaatgagattcttacatctgtg
gtgatatttgcatatatgatgtggtagagaggaacaagaaccatgtagaa
aaacaaagacattatgtgtagaaatcaaaccactggtctggcaagattac
aagggtgctagctgctaaacctgaataccttagtttgattcctgggatcc
agataatagaaggagagagccaagtttcaaatgacatcctgtggctttca
catgcatgtggtggtaggtatgcatgtatgtgcatatgcactaaataaat
aatagtttttaagaaatataggtagactattatttatagctccactaaat
cttaggtttatgatttttaacagtgcagtggtagctaaataattcctagc
ctagcctcctttttacagaagaaacaactatcattttttctcttttgaac
attttcagataaaactcttgcttaaaaagtcactctgtttttcctaggag
gtgatttacatttccaggcttcaattcaccttctattggataagtagcca
aga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_103845632_103846765
seq2: B6Ng01-259M23.b_45_1178

seq1  GAATTCTTTTGAGAAAGCATCAGATTGATTTTCAGAGAAATTGTAGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGAGAAAGCATCAGATTGATTTTCAGAGAAATTGTAGAAGT  50

seq1  TTGTGGTCCCACTAGTGATGGAAGAGTGTTCTCCTTTCCCAACATCCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTCCCACTAGTGATGGAAGAGTGTTCTCCTTTCCCAACATCCTCA  100

seq1  CTAGCATGTGATGTCCTATGAGTTTTTTATCACAGCCATTCTGATTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATGTGATGTCCTATGAGTTTTTTATCACAGCCATTCTGATTGTTG  150

seq1  GAAGGTGTCATCTCAGGGTCGTTTGATTTGCATTTCCCTAATAGATAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTCATCTCAGGGTCGTTTGATTTGCATTTCCCTAATAGATAAGG  200

seq1  ATATTGATCATATCTTTAAGTGCTTCTCAGCCATTTGAGATTCCTCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGATCATATCTTTAAGTGCTTCTCAGCCATTTGAGATTCCTCTGCT  250

seq1  CCCATTTTCTCTGTCATCCTCATGAGCAGAAATTTAAGGGCAAAGTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTCTCTGTCATCCTCATGAGCAGAAATTTAAGGGCAAAGTCTTG  300

seq1  CTCGTCAGTTGTGATAGGATATCCAGGGCTTGCTGTAGTAGGAGAGGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCAGTTGTGATAGGATATCCAGGGCTTGCTGTAGTAGGAGAGGTAG  350

seq1  GTTCTGGTGAAGTGGTATTGCACTGGGTTCTTAGGATTATGTTTTTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGTGAAGTGGTATTGCACTGGGTTCTTAGGATTATGTTTTTGGGT  400

seq1  TTGCCTTTCACCATCTAGTTCATTCTGCTGTTGGCTGGCTGGTAGTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTCACCATCTAGTTCATTCTGCTGTTGGCTGGCTGGTAGTTCCA  450

seq1  GGATATCATAGGTTAGCACAGGACTCCCAGAAGGCAAGTGGATCTTTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCATAGGTTAGCACAGGACTCCCAGAAGGCAAGTGGATCTTTGAG  500

seq1  GTAGTGAGCAGTGTACTGATCCATGATTCAGGTGCCAGTGATTGCCAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGAGCAGTGTACTGATCCATGATTCAGGTGCCAGTGATTGCCAAGG  550

seq1  GAAAAATGGAGCTGTGATGTGTATGGCAGTGATCATGGTTACTGACTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGGAGCTGTGATGTGTATGGCAGTGATCATGGTTACTGACTTTG  600

seq1  CTGGTGTCCCACAAATGAGATGAATGGGGAATGGGGGTTTCACCTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTCCCACAAATGAGATGAATGGGGAATGGGGGTTTCACCTGTGTG  650

seq1  TCATGTATTGGAGCTGGCTTTCCTGGAACCAGGCAGAATTTTTGGGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTATTGGAGCTGGCTTTCCTGGAACCAGGCAGAATTTTTGGGTTGG  700

seq1  GAGCAGTGTGCAGTGTTCATAATTGTATGTGGAAGTGTCAGCAGGAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTGTGCAGTGTTCATAATTGTATGTGGAAGTGTCAGCAGGAAGGA  750

seq1  AGTTTTTCCTACTATTCTTGACATTATCTTTAACACAATAATGGGTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTCCTACTATTCTTGACATTATCTTTAACACAATAATGGGTCCAG  800

seq1  AGTCTCAGGATATCATCTGAGTAAACATTCATCTTATACAGTACTGTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGGATATCATCTGAGTAAACATTCATCTTATACAGTACTGTTGT  850

seq1  ATTATTTCAATACAAATAATAGCATGCCTGTAGTGCATGGTTATATGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCAATACAAATAATAGCATGCCTGTAGTGCATGGTTATATGATC  900

seq1  AGAGAAAGCATTTTATTTTTTACACACATGTTTACACATATTCAATTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGCATTTTATTTTTTACACACATGTTTACACATATTCAATTTTT  950

seq1  GTTCATTCTTTAGCAACAAGGTGTCTAGGGTTATATTCAAATTGTTTTCC  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTCTTTAGCAAC-AGGTGTCTAGGGTTATATTCAAATTGTTTTCC  999

seq1  AACTTTTAGTTGTCTGGT-AAAAAATCAAAACTTAGGAAATACTGT--CT  1047
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  AACTTTTAG-TGTCTGGTAAAAAAATCAAAACTTAGGAAATACTGTTCTT  1048

seq1  TTTCTAAGACAGACAGTGG-CTTTTCCATCATGATGATAAGTAGTATGAA  1096
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |
seq2  TTTCTAAGACAGACAGTGGCCTTTTCAATCATGATGATAGGTAGTATGTA  1098

seq1  AACAAATTAGTAAAC-TTAATCCAAGAAATATCGGAGCA  1134
      ||||||||||| ||| |||||||   | |  ||||||||
seq2  AACAAATTAGTTAACTTTAATCC---AGACTTCGGAGCA  1134


seq1: chr1_103959917_103961011
seq2: B6Ng01-259M23.g_67_1169 (reverse)

seq1  TCTT-GCTAC-TATCC-ATAGA--GTGAAATGAAG-CTTGAAATGTAAAA  44
      |||| ||||| ||||| |||||  ||||| ||||| || |||||||  ||
seq2  TCTTGGCTACTTATCCAATAGAAGGTGAATTGAAGCCTGGAAATGT--AA  48

seq1  ATCACCT-CTAGGAAAAACAGAGTGACTTTTTAAGCAAGAGTTTTATCTG  93
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTCCTAGGAAAAACAGAGTGACTTTTTAAGCAAGAGTTTTATCTG  98

seq1  -AAATGTTCAAAAGAG-AAAAATGATAGTTGTTTCTTCTGTAAAAAGGAG  141
       ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTCAAAAGAGAAAAAATGATAGTTGTTTCTTCTGTAAAAAGGAG  148

seq1  GCTAGGCTAGGAATTATTTAGCTACCACTGCACTG-TAAAAATCATAAAC  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTAGGCTAGGAATTATTTAGCTACCACTGCACTGTTAAAAATCATAAAC  198

seq1  CTAAGA-TTAGTGGAGCTATAAATAATAGTCTACCTATATTTCTTAAAAA  239
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATTTAGTGGAGCTATAAATAATAGTCTACCTATATTTCTTAAAAA  248

seq1  CTATTTATTTATTTAGTGCATATGCACATACATGCATACCTACCACCACA  289
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTA-TTATTTATTTAGTGCATATGCACATACATGCATACCTACCACCACA  297

seq1  TGCATGTGAAAGCCACAGGATGTCATTTGAAACTTGGCTCTCTCCTTCTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGAAAGCCACAGGATGTCATTTGAAACTTGGCTCTCTCCTTCTA  347

seq1  TTATCTGGATCCCAGGAATCAAACTAAGGTATTCAGGTTTAGCAGCTAGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGATCCCAGGAATCAAACTAAGGTATTCAGGTTTAGCAGCTAGC  397

seq1  ACCCTTGTAATCTTGCCAGACCAGTGGTTTGATTTCTACACATAATGTCT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGTAATCTTGCCAGACCAGTGGTTTGATTTCTACACATAATGTCT  447

seq1  TTGTTTTTCTACATGGTTCTTGTTCCTCTCTACCACATCATATATGCAAA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTCTACATGGTTCTTGTTCCTCTCTACCACATCATATATGCAAA  497

seq1  TATCACCACAGATGTAAGAATCTCATTGTAAGGCTGAGTATCCTAAATAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCACAGATGTAAGAATCTCATTGTAAGGCTGAGTATCCTAAATAC  547

seq1  AAATTTTGTATAAAGTAAAAGTTGACTACAATGTATCCCGATGTGCTATT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTATAAAGTAAAAGTTGACTACAATGTATCCCGATGTGCTATT  597

seq1  GACATTATACCTGTAAAATGTTATTGGGATGAAGCATTTTTGTGCCATTC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTATACCTGTAAAATGTTATTGGGATGAAGCATTTTTGTGCCATTC  647

seq1  CAATATGATAATTTACAATTTGGAATCACAGAACTGTAAAATTATGACTG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGATAATTTACAATTTGGAATCACAGAACTGTAAAATTATGACTG  697

seq1  ATCTTAATCCCAACCCTCCTCTGACTCCACAATAAGGAAAACTGAATCTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAATCCCAACCCTCCTCTGACTCCACAATAAGGAAAACTGAATCTC  747

seq1  AGACATGTGAACATTGTCAGTAATGGTTGGGTAAAGAAGTTAAGTAACCT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGTGAACATTGTCAGTAATGGTTGGGTAAAGAAGTTAAGTAACCT  797

seq1  GACATTCACACTGGTCTTAGGCTGCAGCCAGGTTGCTGATGTGCTGCCTC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCACACTGGTCTTAGGCTGCAGCCAGGTTGCTGATGTGCTGCCTC  847

seq1  CTGCCTAGGAAGCACAACAATAGCTGGATCACATTATTTGTGACAAGTCA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTAGGAAGCACAACAATAGCTGGATCACATTATTTGTGACAAGTCA  897

seq1  TCATGGCTGGAGAGCCTCAGGAAGCAAGCATCTTATCCACCAGCTGGCAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCTGGAGAGCCTCAGGAAGCAAGCATCTTATCCACCAGCTGGCAG  947

seq1  GTAGCTTTTGTTTACTAGAAATGTCAGGTTGGCATCAGCATGCTTTGAGG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTTTGTTTACTAGAAATGTCAGGTTGGCATCAGCATGCTTTGAGG  997

seq1  CTTGAATACAGGATACTGAGTATTTTCCATATTAAGATATTTTGGAGATA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATACAGGATACTGAGTATTTTCCATATTAAGATATTTTGGAGATA  1047

seq1  AAGACTGGCTTTTGAGACCATTCTATACCAATTAAGTAAGCAAAAGGTAA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGGCTTTTGAGACCATTCTATACCAATTAAGTAAGCAAAAGGTAA  1097

seq1  GAATTC  1095
      ||||||
seq2  GAATTC  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |