BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260N23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,231,469 - 61,385,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042566
Upstream geneNbeal1, Cyp20a1, Abi2, Raph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos, LOC433313
Downstream genePard3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260N23.bB6Ng01-260N23.g
ACCGA065684GA065685
length1,0651,089
definitionB6Ng01-260N23.b B6Ng01-260N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,384,212 - 61,385,275)(61,231,469 - 61,232,567)
sequence
gaattctcaactcatcctgcctggtcttcctggagaccttatccaggcaa
taagcttttgtttctcaatcattagcacagaatttgtaattgtaaatttc
caggctacactatgtctctcaacttcagaaaagccctaggatagcagttc
tcaacctgtgggtcataacccctgtggcaaacctctctctccaaaattat
ttacataacaattcataacagtagcaaaattacagttgtggagtaacaac
aaaagtaattttatggtgtgtgtgtgtgtgtgttgggggtcaacacaaca
tgggaactatattaaagggtcgcagcattaggaaagttgagaaccactga
actagaagatcacaaagaaaactcaaattgagcatctttataagtgaaca
catggtcttcacctgttacttctccaagccttgccctctttcaaggttaa
ctgcttacagatcaaaattcatctagctgcaaaggccctgctgttatttg
ttctctcctaaatccagtatattatctgctataattatcttctccatctt
cacagctgtggttcccccctatgccactctgataaggagtctcatttctt
cctaccatccattcccatcccaccctcccctgaacagtctctatatattt
gccagatgaacccaagtctgaccttaagtattatcctcttccactcaaaa
cctctcagtaagacacacatcctgaagttggtttgaagacccctatgtgg
atctgcaactgctcctgtctccacgttgtaatctgctctttctcctgaat
gccagctacataggccttctttctgtgtctggctcagacttttgtggcta
tggatccctcacaatgatattctttctttaaaggactggctgttatttcc
tatcttctttgcatagagctaattaattcctttccttctttggacatcaa
ctcaaaacactgcttcttcaggaacatttcaaggatgtcttcacagattc
tgtcctatatagtgttatgctcgagcaaaacacctcctgtaatatgcaca
cccaccactgcattt

gaattcccaagatgccggcttcttcctcactctccccacttgagaccaaa
gcttgccagcttaaaacaaaggctctgctgtcttttgtcccaacagtggg
ccctctgctgatggattggctcaataagttcaaggccagatcaggatgtg
ttggcgcaacagttctggcccaatcaaccatcctagctttctttaaactg
accaaccttaagttagggaaggaaatgtctttagaagctttaaaaccccc
aaaatattgagaagagactggatttttggctttctgagtcctccctgtgc
cttgcagagggtctatgtacctgatgtatgtgtgaattttctcaacctcc
cccctttcttcaatgcctttcttcaactgctgatcctgtgggtggtactt
taggtttctctgctgctaccgttttactgcagacatttcctgccttttag
ttctctaaccagaagaggaaggaaaaaaaacaacaacaaaacaaaacaac
aaaaatccttagactgtatcaagaggatcccccagtttaaaaagaaaaaa
aaaaagacttaaacaggtatgaatcacaccatgtgtatttcaaaggggac
ttgatttatggaaagtacattcacgcatgtgcaaagaggaagtataactg
tggtgtgcttggttcttgcatttcagtggctctagaactcttaggctgga
tagttaccaggcctttggcaagcaccagctgtggttcatcgctcagattt
ggatcagcctttcttaaatacttctactggaattctgccctcacctcaca
ctctgtctactgagtcacaatattggaatcttctttggctctaatgattt
atcaagcagctctttaaagatcaagatgagtatacttgggcatatggtct
gttttgtaatgagctgcatttgttcccatgtgtcaatgctcagagataca
aacagttgtatttgtagccacatagctgtgattattccacaaggatgttc
agagcccagcccagaatttgaaagtattaacagaaaatcagcttggctgg
ggtgcagttgaatactcatttcctgtagtgaaagcacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61384212_61385275
seq2: B6Ng01-260N23.b_47_1111 (reverse)

seq1  AAATGACAGT-GTGGGTGTGCACTATTACAGGAGGTGTTTTGCCCG-GCA  48
      ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||
seq2  AAATG-CAGTGGTGGGTGTGCA-TATTACAGGAGGTGTTTTGCTCGAGCA  48

seq1  TAACACCTATATAGGACAG-ATCTGTGAAGACATTCTTTGAAAATGTTCC  97
      ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||||||
seq2  TAACA-CTATATAGGACAGAATCTGTGAAGACATCCTT--GAAATGTTCC  95

seq1  TGAAGAAGCAGTG-TTTGAGTTGATGTCCAAAGAAAGGAAAGGAATTAAT  146
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGCAGTGTTTTGAGTTGATGTCCAAAG-AAGGAAAGGAATTAAT  144

seq1  TAGCTCTATGCAAAGAAGATAGG-AATAACAG-CAGTCC-TTAAAGAAAG  193
      ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TAGCTCTATGCAAAGAAGATAGGAAATAACAGCCAGTCCTTTAAAGAAAG  194

seq1  AATATCATTGTGAGGGATCCATAGCCACAAAAGTCTGAGCCAGACACAGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCATTGTGAGGGATCCATAGCCACAAAAGTCTGAGCCAGACACAGA  244

seq1  AAGGAGGCCTATGTAGCTGGCATTCAGGAGAAAGAGCAGATTACAACGTG  293
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGCCTATGTAGCTGGCATTCAGGAGAAAGAGCAGATTACAACGTG  294

seq1  GAGACAGGAGCAGTTGCAGATCCACATAGGGGTCTTCAAACCAACTTCAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGAGCAGTTGCAGATCCACATAGGGGTCTTCAAACCAACTTCAG  344

seq1  GATGTGTGTCTTACTGAGAGGTTTTGAGTGGAAGAGGATAATACTTAAGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGTCTTACTGAGAGGTTTTGAGTGGAAGAGGATAATACTTAAGG  394

seq1  TCAGACTTGGGTTCATCTGGCAAATATATAGAGACTGTTCAGGGGAGGGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTTGGGTTCATCTGGCAAATATATAGAGACTGTTCAGGGGAGGGT  444

seq1  GGGATGGGAATGGATGGTAGGAAGAAATGAGACTCCTTATCAGAGTGGCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGAATGGATGGTAGGAAGAAATGAGACTCCTTATCAGAGTGGCA  494

seq1  TAGGGGGGAACCACAGCTGTGAAGATGGAGAAGATAATTATAGCAGATAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGGAACCACAGCTGTGAAGATGGAGAAGATAATTATAGCAGATAA  544

seq1  TATACTGGATTTAGGAGAGAACAAATAACAGCAGGGCCTTTGCAGCTAGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGGATTTAGGAGAGAACAAATAACAGCAGGGCCTTTGCAGCTAGA  594

seq1  TGAATTTTGATCTGTAAGCAGTTAACCTTGAAAGAGGGCAAGGCTTGGAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTGATCTGTAAGCAGTTAACCTTGAAAGAGGGCAAGGCTTGGAG  644

seq1  AAGTAACAGGTGAAGACCATGTGTTCACTTATAAAGATGCTCAATTTGAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACAGGTGAAGACCATGTGTTCACTTATAAAGATGCTCAATTTGAG  694

seq1  TTTTCTTTGTGATCTTCTAGTTCAGTGGTTCTCAACTTTCCTAATGCTGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTGTGATCTTCTAGTTCAGTGGTTCTCAACTTTCCTAATGCTGC  744

seq1  GACCCTTTAATATAGTTCCCATGTTGTGTTGACCCCCAACACACACACAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTTAATATAGTTCCCATGTTGTGTTGACCCCCAACACACACACAC  794

seq1  ACACACCATAAAATTACTTTTGTTGTTACTCCACAACTGTAATTTTGCTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCATAAAATTACTTTTGTTGTTACTCCACAACTGTAATTTTGCTA  844

seq1  CTGTTATGAATTGTTATGTAAATAATTTTGGAGAGAGAGGTTTGCCACAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGAATTGTTATGTAAATAATTTTGGAGAGAGAGGTTTGCCACAG  894

seq1  GGGTTATGACCCACAGGTTGAGAACTGCTATCCTAGGGCTTTTCTGAAGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTATGACCCACAGGTTGAGAACTGCTATCCTAGGGCTTTTCTGAAGT  944

seq1  TGAGAGACATAGTGTAGCCTGGAAATTTACAATTACAAATTCTGTGCTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGACATAGTGTAGCCTGGAAATTTACAATTACAAATTCTGTGCTAA  994

seq1  TGATTGAGAAACAAAAGCTTATTGCCTGGATAAGGTCTCCAGGAAGACCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAGAAACAAAAGCTTATTGCCTGGATAAGGTCTCCAGGAAGACCA  1044

seq1  GGCAGGATGAGTTGAGAATTC  1064
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATGAGTTGAGAATTC  1065


seq1: chr1_61231469_61232567
seq2: B6Ng01-260N23.g_66_1154

seq1  GAATTCCCAAGATGCCGGCTTCTTCCTCACTCTCCCCACTTGAGACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGATGCCGGCTTCTTCCTCACTCTCCCCACTTGAGACCAAA  50

seq1  GCTTGCCAGCTTAAAACAAAGGCTCTGCTGTCTTTTGTCCCAACAGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCAGCTTAAAACAAAGGCTCTGCTGTCTTTTGTCCCAACAGTGGG  100

seq1  CCCTCTGCTGATGGATTGGCTCAATAAGTTCAAGGCCAGATCAGGATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCTGATGGATTGGCTCAATAAGTTCAAGGCCAGATCAGGATGTG  150

seq1  TTGGCGCAACAGTTCTGGCCCAATCAACCATCCTAGCTTTCTTTAAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCGCAACAGTTCTGGCCCAATCAACCATCCTAGCTTTCTTTAAACTG  200

seq1  ACCAACCTTAAGTTAGGGAAGGAAATGTCTTTAGAAGCTTTAAAACCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCTTAAGTTAGGGAAGGAAATGTCTTTAGAAGCTTTAAAACCCCC  250

seq1  AAAATATTGAGAAGAGACTGGATTTTTGGCTTTCTGAGTCCTCCCTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTGAGAAGAGACTGGATTTTTGGCTTTCTGAGTCCTCCCTGTGC  300

seq1  CTTGCAGAGGGTCTATGTACCTGATGTATGTGTGAATTTTCTCAACCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGAGGGTCTATGTACCTGATGTATGTGTGAATTTTCTCAACCTCC  350

seq1  CCCCTTTCTTCAATGCCTTTCTTCAACTGCTGATCCTGTGGGTGGTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTCTTCAATGCCTTTCTTCAACTGCTGATCCTGTGGGTGGTACTT  400

seq1  TAGGTTTCTCTGCTGCTACCGTTTTACTGCAGACATTTCCTGCCTTTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCTCTGCTGCTACCGTTTTACTGCAGACATTTCCTGCCTTTTAG  450

seq1  TTCTCTAACCAGAAGAGGAAGGAAAAAAAACAACAACAAAACAAAACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAACCAGAAGAGGAAGGAAAAAAAACAACAACAAAACAAAACAAC  500

seq1  AAAAATCCTTAGACTGTATCAAGAGGATCCCCCAGTTTAAAAAGAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCCTTAGACTGTATCAAGAGGATCCCCCAGTTTAAAAAGAAAAAA  550

seq1  AAAAAGACTTAAACAGGTATGAATCACACCATGTGTATTTCAAAGGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGACTTAAACAGGTATGAATCACACCATGTGTATTTCAAAGGGGAC  600

seq1  TTGATTTATGGAAAGTACATTCACGCATGTGCAAAGAGGAAGTATAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTATGGAAAGTACATTCACGCATGTGCAAAGAGGAAGTATAACTG  650

seq1  TGGTGTGCTTGGTTCTTGCATTTCAGTGGCTCTAGAACTCTTAGGCTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGCTTGGTTCTTGCATTTCAGTGGCTCTAGAACTCTTAGGCTGGA  700

seq1  TAGTTACCAGGCCTTTGGCAAGCACCAGCTGTGGTTCATCGCTCAGATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACCAGGCCTTTGGCAAGCACCAGCTGTGGTTCATCGCTCAGATTT  750

seq1  GGATCAGCCTTTCTTAAATACTTCTACTGGAATTCTGCCCTCACCTCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGCCTTTCTTAAATACTTCTACTGGAATTCTGCCCTCACCTCACA  800

seq1  CTCTGTCTACTGAGTCACAATATTGGAATCTTCTTTGGCTCTAATGATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTACTGAGTCACAATATTGGAATCTTCTTTGGCTCTAATGATTT  850

seq1  ATCAAGCAGCTCTTTAAAGATCAAGATGAGTATACTTGGGCATATGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCAGCTCTTTAAAGATCAAGATGAGTATACTTGGGCATATGGTCT  900

seq1  GTTTTGTAATGAGCTGCATTTGTTCCCATGTGTCAATGCTCAGAGATACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTAATGAGCTGCATTTGTTCCCATGTGTCAATGCTCAGAGATACA  950

seq1  AACAGTTGTAATTGTAGGCCACATAGGCTGTGATTATTCCACAAAGGATG  1000
      |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  AACAGTTGTATTTGTA-GCCACATA-GCTGTGATTATTCCAC-AAGGATG  997

seq1  TTTCAGGGAGGCCAGCCCAGAATTTGAAAGTTATTACAGAAAATCAGCTT  1050
       ||||  ||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||
seq2  -TTCA--GAGCCCAGCCCAGAATTTGAAAGTATTAACAGAAAATCAGCTT  1044

seq1  GGGCTTGGGGTGCAG-TGATAACTCATTTCCCTGTTAGTGGAAAGCACAG  1099
      ||   |||||||||| |||  |||||||| |||| |||| ||||||||||
seq2  GG--CTGGGGTGCAGTTGAATACTCATTT-CCTG-TAGT-GAAAGCACAG  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |