BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261K13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 172,120,958 - 172,257,096
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUhmk1, Sh2d1b2, EG622708, Sh2d1b1, EG665574, 1700015E13Rik
Upstream geneEG383613, Nuf2, Rgs5, Rgs4, LOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1
Downstream geneNos1ap, LOC100040002, LOC640532, Olfml2b, Atf6, Dusp12, Fcrlb, Fcrla, LOC100040778, Fcgr2b, Fcgr4, Fcgr3, 1700009P17Rik, Sdhc, Mpz, Pcp4l1, Nr1i3, Tomm40l, Apoa2, Fcer1g, Ndufs2, Adamts4, B4galt3, Ppox, Usp21, Ufc1, EG622236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261K13.bB6Ng01-261K13.g
ACCGA066271GA066272
length1,061674
definitionB6Ng01-261K13.b B6Ng01-261K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(172,120,958 - 172,122,018)(172,256,423 - 172,257,096)
sequence
gaattcatccctacaactttactcctggcattagacactctgagaagcaa
ctggctcgcatagatccacacctacattaactgtaaaatatctttttgaa
ttaatgatcacttactaccaagattttcatccaggtaatgggttctcctt
ggagtatttatatagctattagctatgcgatattgctaaaatctgagaca
aaactcttccccgaggtatttagacctgactttgaaattggattatcgaa
gtttacagtgctactttaaataggaatggccacatatagacttatatatc
tgaatacttagtcactagggaatggcgctacttgacaggaattaggaggt
gtggccttgttgaaagaggtgtgtcactaagtgtgggtttggggtttcag
aagctcaagccaggcccagggctctttctcttcctgctgccaatgaatcc
agatgcagagatatcagtcactctccagcaccatgtctgcctgcaagcca
ccatgctccctgccctgatgacaacagagcccaagtcaatgctttccttg
ataaccgctgccatgggggaagtctctggttggccagctgccggggacca
cgtggctatccaggggctgtgcataactggccccattcccccctggatgc
ggtactctggagagcagtacacaaaggacacaacatgaagtctgggaagc
agttaaagcgtttatgctgtgggcaaaatgggtggacgtggaattcccag
aacccacatcaatgatgggtgggtgtggcagctcacctgtaattccaacc
ataaaaggcagagacaaggggtccccagagcaaagctggctaaccagact
agctatgctagcaagctctgggaccgattggttgagagacccttctcaaa
gatggaagagtgattgacaaagtcttcacatcagccttaggccttgacac
atggatgcacacatgcacaccagctctgtacatgccccctatgcccacac
ccaccacacatgtacaaagaggagtacacgcctcggaggtaaagtggggg
ggagagggggg
gaattcattataatagcaatggacttttaggaatttaggtagatgatccg
agccatttgagaagaactggctacctcttagcatccagatggagtctgtg
ccctgaagtcgggttggaatatagctgctttgtgggagattgggctgatc
acccttgcttgttttcagaggaatccttgagtttgacttctatggaggac
actggtaattcatgcttccttggagaccagtaggctgagccttctctcta
ttatgggcaagtcagggatggtgaagaaacatgcttgagttccaggcagg
gtcagggattatatggatagctgaaggtggtcaggaagggaggatagttg
gaaagttatctgggaaggccaatgtatgcaccagccttcttgtgtgttct
gcctcctcttctcctgactccggagtgaagcgaagcccgatggcagagtg
ttcctttcctctgtacactttcaggaagcatccggcagcctatccttaat
caaatcagcaagggtgtggctttaaagagctctcttgtcatcttgccttt
gctgactgtacccgaggcaccagccttgtgggtcactttgttccacattt
caggagacttggaatcagtgggatgctgctccaaggtactagatagaacc
tcagaggtggggtgggggtgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_172120958_172122018
seq2: B6Ng01-261K13.b_45_1105

seq1  GAATTCATCCCTACAACTTTACTCCTGGCATTAGACACTCTGAGAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCCTACAACTTTACTCCTGGCATTAGACACTCTGAGAAGCAA  50

seq1  CTGGCTCGCATAGATCCACACCTACATTAACTGTAAAATATCTTTTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCGCATAGATCCACACCTACATTAACTGTAAAATATCTTTTTGAA  100

seq1  TTAATGATCACTTACTACCAAGATTTTCATCCAGGTAATGGGTTCTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATCACTTACTACCAAGATTTTCATCCAGGTAATGGGTTCTCCTT  150

seq1  GGAGTATTTATATAGCTATTAGCTATGCGATATTGCTAAAATCTGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATTTATATAGCTATTAGCTATGCGATATTGCTAAAATCTGAGACA  200

seq1  AAACTCTTCCCCGAGGTATTTAGACCTGACTTTGAAATTGGATTATCGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTTCCCCGAGGTATTTAGACCTGACTTTGAAATTGGATTATCGAA  250

seq1  GTTTACAGTGCTACTTTAAATAGGAATGGCCACATATAGACTTATATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACAGTGCTACTTTAAATAGGAATGGCCACATATAGACTTATATATC  300

seq1  TGAATACTTAGTCACTAGGGAATGGCGCTACTTGACAGGAATTAGGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTTAGTCACTAGGGAATGGCGCTACTTGACAGGAATTAGGAGGT  350

seq1  GTGGCCTTGTTGAAAGAGGTGTGTCACTAAGTGTGGGTTTGGGGTTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTGTTGAAAGAGGTGTGTCACTAAGTGTGGGTTTGGGGTTTCAG  400

seq1  AAGCTCAAGCCAGGCCCAGGGCTCTTTCTCTTCCTGCTGCCAATGAATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAAGCCAGGCCCAGGGCTCTTTCTCTTCCTGCTGCCAATGAATCC  450

seq1  AGATGCAGAGATATCAGTCACTCTCCAGCACCATGTCTGCCTGCAAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGAGATATCAGTCACTCTCCAGCACCATGTCTGCCTGCAAGCCA  500

seq1  CCATGCTCCCTGCCCTGATGACAACAGAGCCCAAGTCAATGCTTTCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCCCTGCCCTGATGACAACAGAGCCCAAGTCAATGCTTTCCTTG  550

seq1  ATAACCGCTGCCATGGGGGAAGTCTCTGGTTGGCCAGCTGCCGGGGACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCGCTGCCATGGGGGAAGTCTCTGGTTGGCCAGCTGCCGGGGACCA  600

seq1  CGTGGCTATCCAGGGGCTGTGCATAACTGGCCCCATTCCCCCCTGGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCTATCCAGGGGCTGTGCATAACTGGCCCCATTCCCCCCTGGATGC  650

seq1  GGTACTCTGGAGAGCAGTACACAAAGGACACAACATGAAGTCTGGGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTCTGGAGAGCAGTACACAAAGGACACAACATGAAGTCTGGGAAGC  700

seq1  AGTTAAAGCGTTTATGCTGTGGGCAAAATGGGTGGACGTGGAATTCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGCGTTTATGCTGTGGGCAAAATGGGTGGACGTGGAATTCCCAG  750

seq1  AACCCACATCAATGATGGGTGGGTGTGGCAGCTCACCTGTAATTCCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACATCAATGATGGGTGGGTGTGGCAGCTCACCTGTAATTCCAACC  800

seq1  ATAAAAGGCAGAGACAAGGGGTCCCCAGAGCAAAGCTGGCTAACCAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGCAGAGACAAGGGGTCCCCAGAGCAAAGCTGGCTAACCAGACT  850

seq1  AGCTATGCTAGCAAGCTCTGGGACCGATTGGTTGAGAGACCCTTCTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGCTAGCAAGCTCTGGGACCGATTGGTTGAGAGACCCTTCTCAAA  900

seq1  GATGGAAGAGTGATTGACAAAGTCTTCACATCAGCCTTAGGCCTTGACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAGAGTGATTGACAAAGTCTTCACATCAGCCTTAGGCCTTGACAC  950

seq1  ATGGATGCACACATGCACACCAGCTCTGTACAATGCCCCCCTATGCCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  ATGGATGCACACATGCACACCAGCTCTGTAC-ATG-CCCCCTATGCCCAC  998

seq1  ACCCACCACACATGTACAAAAGAGGAGTACACGCCTCGAAGGTAAAGTGT  1050
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  ACCCACCACACATGTAC-AAAGAGGAGTACACGCCTCGGAGGTAAAGTGG  1047

seq1  GGG---GAGGGGGG  1061
      |||   ||||||||
seq2  GGGGGAGAGGGGGG  1061

seq1: chr1_172256423_172257096
seq2: B6Ng01-261K13.g_66_739 (reverse)

seq1  TTCCCACCCCCACCCCACCTCTGAGGTTCTATCTAGTACCTTGGAGCAGC  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCCCCACCCCACCTCTGAGGTTCTATCTAGTACCTTGGAGCAGC  50

seq1  ATCCCACTGATTCCAAGTCTCCTGAAATGTGGAACAAAGTGACCCACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACTGATTCCAAGTCTCCTGAAATGTGGAACAAAGTGACCCACAAG  100

seq1  GCTGGTGCCTCGGGTACAGTCAGCAAAGGCAAGATGACAAGAGAGCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGCCTCGGGTACAGTCAGCAAAGGCAAGATGACAAGAGAGCTCTT  150

seq1  TAAAGCCACACCCTTGCTGATTTGATTAAGGATAGGCTGCCGGATGCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCACACCCTTGCTGATTTGATTAAGGATAGGCTGCCGGATGCTTC  200

seq1  CTGAAAGTGTACAGAGGAAAGGAACACTCTGCCATCGGGCTTCGCTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTGTACAGAGGAAAGGAACACTCTGCCATCGGGCTTCGCTTCAC  250

seq1  TCCGGAGTCAGGAGAAGAGGAGGCAGAACACACAAGAAGGCTGGTGCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAGTCAGGAGAAGAGGAGGCAGAACACACAAGAAGGCTGGTGCATA  300

seq1  CATTGGCCTTCCCAGATAACTTTCCAACTATCCTCCCTTCCTGACCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCCTTCCCAGATAACTTTCCAACTATCCTCCCTTCCTGACCACCT  350

seq1  TCAGCTATCCATATAATCCCTGACCCTGCCTGGAACTCAAGCATGTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATCCATATAATCCCTGACCCTGCCTGGAACTCAAGCATGTTTCT  400

seq1  TCACCATCCCTGACTTGCCCATAATAGAGAGAAGGCTCAGCCTACTGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATCCCTGACTTGCCCATAATAGAGAGAAGGCTCAGCCTACTGGTC  450

seq1  TCCAAGGAAGCATGAATTACCAGTGTCCTCCATAGAAGTCAAACTCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGAAGCATGAATTACCAGTGTCCTCCATAGAAGTCAAACTCAAGG  500

seq1  ATTCCTCTGAAAACAAGCAAGGGTGATCAGCCCAATCTCCCACAAAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCTGAAAACAAGCAAGGGTGATCAGCCCAATCTCCCACAAAGCAG  550

seq1  CTATATTCCAACCCGACTTCAGGGCACAGACTCCATCTGGATGCTAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTCCAACCCGACTTCAGGGCACAGACTCCATCTGGATGCTAAGAG  600

seq1  GTAGCCAGTTCTTCTCAAATGGCTCGGATCATCTACCTAAATTCCTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAGTTCTTCTCAAATGGCTCGGATCATCTACCTAAATTCCTAAAA  650

seq1  GTCCATTGCTATTATAATGAATTC  674
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGCTATTATAATGAATTC  674