BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262L17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 147,836,200 - 147,924,270
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625057, LOC383570
Downstream geneLOC383571, B830045N13Rik, LOC100043240
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262L17.bB6Ng01-262L17.g
ACCGA067070GA067071
length1,1661,109
definitionB6Ng01-262L17.b B6Ng01-262L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,836,200 - 147,837,380)(147,923,148 - 147,924,270)
sequence
gaattctccatatccacggccagtagctgacagtgaactaagcaacttgt
ccagtaggataaagacattgatcattctaggtgttctctcattctccaat
atagaattcttagctggttttcatagcagagctagactcttgtggaaaat
aagtaataatacaaccataagaacccaaacatttgaaaatactggcttca
atgtattaccccaatctattgttcaatacttagcctagctcagctaatag
gtcagtttatgttgacgaggctagaatcacaaatttctgggtagggttat
gtatacagagtgactgaaatgtaactatgagcagtttttctagcaatcct
catgacacagttcagattcttcatacaataatgttgatgacagtgctttg
cttgaaataaattaaaacaggctaagtataatggtgcattcctatgggtc
taagactcaagagatataaatatgacagttacaggttcaagatcttctgt
caatacatgagactctgaatcagtaaaactaaaagaaaacgaacaagagc
agaaacaataagaagagatcttaaatgtgaacaaataatcaggggttata
gagaggaattacattagtaaatgtatatatatgttaatatattaaatata
tatgatataaaataaaccaataaaatatattaatacaaaatatcttatac
ttagtatttttcttagatttttctgctttatggaatatttcttagattta
ttaatttattcaagtgttacttcattagtcatacaatggttgtctttagg
cttaaaatttagtgaaacaggacgttattaagttctttaaccagttcaaa
acagcaataagcctcctaacaagatagaaccaagataaagtctctgtccc
ttgtagaattcctaaaaatcccactgaaagttgttgattcatgtccgttt
tgaatacctgaagaatgtgagtatgatatctatactgaaaggaatagcta
aagttatagagactttactaaatgcctatttttttgtcaatctaatatta
tcagcctaattgaataataagatccaatttaggtaaactttcatgatgca
taacctgagaattctaatctccctagatatagctcagagtacacccgaaa
ttgtcactttccaaat

gaattctgtgatctaatacttttacacagaactcacagcatctgtagtta
cacacatgagattaggtcagttaaatatgtcacaatggaatggaaagggg
ctcctgaggtcacaccagtagaggagggccctttggtcatggatggctgc
tggagcaaggggagccacttgaacaatttgggcagtagtaaggtctttct
gacaaaagtggatgaaggcacacccatgcacatatgtattacacttattg
gatagagtaggtttatataatttattaattaaataataaattaataatta
tgaaaggagaacatggaattgggggaggacatgatgagaggtactatggg
gagtagtaactttaagggtgaataagatcgagatacattttatacattaa
tgaaactatcatagaatactcttaagtgtgtttcagagtatagaaataag
ccatagagctataaaaaccctagagcataagttcaatagtttctctagtt
ataattagtatgttcctataaaatttctatggcaattttttaccatattt
tgtaaaatgtgacatgttctataattactaaaagtgtttcagtggtagaa
taatgtattacccatccgtgtagcatattttgtcatcaaatacttaccct
aagaagaattgaggctaatttggacaatatgtagcaacaggctacctaac
ctacttgtgaacatttttgggtgagttagtaatggatagatgttaaagat
caggtactaaagatcatcacctggccacggtctgcaaatccagatgaaag
aacacatgtgtcactttgatctttactgagggagaaatgtcacactgttc
agaatccagtccctcatctcctaaaatgtcaacttcctctgaggaagcaa
tctatttactacatttgtagtccataaactatatggaatctatgatactc
tgatataattacattttaggtagagcacattgtaaaaagttatgatgtac
taaatctattattcagggtataagatgcctgaggcttatttatctatagt
ttcataagaagtcagttttgtattgattaaaatgcctaatccatgtaaaa
ctttttcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_147836200_147837380
seq2: B6Ng01-262L17.b_46_1211

seq1  GAATTCTCCATATCCACGGCCAGTAGCTGACAGTGAACTAAGCAACTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATATCCACGGCCAGTAGCTGACAGTGAACTAAGCAACTTGT  50

seq1  CCAGTAGGATAAAGACATTGATCATTCTAGGTGTTCTCTCATTCTCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGGATAAAGACATTGATCATTCTAGGTGTTCTCTCATTCTCCAAT  100

seq1  ATAGAATTCTTAGCTGGTTTTCATAGCAGAGCTAGACTCTTGTGGAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTCTTAGCTGGTTTTCATAGCAGAGCTAGACTCTTGTGGAAAAT  150

seq1  AAGTAATAATACAACCATAAGAACCCAAACATTTGAAAATACTGGCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATAATACAACCATAAGAACCCAAACATTTGAAAATACTGGCTTCA  200

seq1  ATGTATTACCCCAATCTATTGTTCAATACTTAGCCTAGCTCAGCTAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTACCCCAATCTATTGTTCAATACTTAGCCTAGCTCAGCTAATAG  250

seq1  GTCAGTTTATGTTGACGAGGCTAGAATCACAAATTTCTGGGTAGGGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTTATGTTGACGAGGCTAGAATCACAAATTTCTGGGTAGGGTTAT  300

seq1  GTATACAGAGTGACTGAAATGTAACTATGAGCAGTTTTTCTAGCAATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAGAGTGACTGAAATGTAACTATGAGCAGTTTTTCTAGCAATCCT  350

seq1  CATGACACAGTTCAGATTCTTCATACAATAATGTTGATGACAGTGCTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACACAGTTCAGATTCTTCATACAATAATGTTGATGACAGTGCTTTG  400

seq1  CTTGAAATAAATTAAAACAGGCTAAGTATAATGGTGCATTCCTATGGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATAAATTAAAACAGGCTAAGTATAATGGTGCATTCCTATGGGTC  450

seq1  TAAGACTCAAGAGATATAAATATGACAGTTACAGGTTCAAGATCTTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCAAGAGATATAAATATGACAGTTACAGGTTCAAGATCTTCTGT  500

seq1  CAATACATGAGACTCTGAATCAGTAAAACTAAAAGAAAACGAACAAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACATGAGACTCTGAATCAGTAAAACTAAAAGAAAACGAACAAGAGC  550

seq1  AGAAACAATAAGAAGAGATCTTAAATGTGAACAAATAATCAGGGGTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAATAAGAAGAGATCTTAAATGTGAACAAATAATCAGGGGTTATA  600

seq1  GAGAGGAATTACATTAGTAAATGTATATATATGTTAATATATTAAATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAATTACATTAGTAAATGTATATATATGTTAATATATTAAATATA  650

seq1  TATGATATAAAATAAACCAATAAAATATATTAATACAAAATATCTTATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATAAAATAAACCAATAAAATATATTAATACAAAATATCTTATAC  700

seq1  TTAGTATTTTTCTTAGATTTTTCTGCTTTATGGAATATTTCTTAGATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATTTTTCTTAGATTTTTCTGCTTTATGGAATATTTCTTAGATTTA  750

seq1  TTAATTTATTCAAGTGTTACTTCATTAGTCATACAATGGTTGTCTTTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATTCAAGTGTTACTTCATTAGTCATACAATGGTTGTCTTTAGG  800

seq1  CTTAAAATTTAGTGAAACAGGACGTTATTAAGTTCTTTAACCAGTTCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATTTAGTGAAACAGGACGTTATTAAGTTCTTTAACCAGTTCAAA  850

seq1  ACAGCAATAAGCCTCCTAACAAGATAGAACCAAGATAAGGTCTCTGTCCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGCAATAAGCCTCCTAACAAGATAGAACCAAGATAAAGTCTCTGTCCC  900

seq1  TTGTAGAATTCCTAAAAATCCCACTGAAAGTTGTTGATTCATGTCCGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAATTCCTAAAAATCCCACTGAAAGTTGTTGATTCATGTCCGTTT  950

seq1  TGAATACCTGAAGAATGTGGAGTATGATATCTATACTGAAAGGAATAGCT  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACCTGAAGAATGT-GAGTATGATATCTATACTGAAAGGAATAGCT  999

seq1  AAAGTTATAGAGACTTTACTAAATGCCTATTTTTTTTGTTCAATCTAATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  AAAGTTATAGAGACTTTACTAAATGCCTATTTTTTT--GTCAATCTAATA  1047

seq1  -TATCAGCCT-ATTGAATAATAAGATCCAAATTTTAGGTAAACCTTTCCA  1098
       ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||  || ||
seq2  TTATCAGCCTAATTGAATAATAAGATCCAA--TTTAGGTAAAC--TTTCA  1093

seq1  TTGAATGCAATAACTGAG-ATTCTAATCTTCCCTAGATATAGCCTCAGAG  1147
      |   |||||  | ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| 
seq2  T--GATGCATAACCTGAGAATTCTAATC-TCCCTAGATATAG-CTCAGA-  1138

seq1  GTACACCCAGAAAATATTTGTCACTTTTTCAAAT  1181
      |||||||| ||||    ||||||| ||| |||||
seq2  GTACACCC-GAAA----TTGTCAC-TTTCCAAAT  1166


seq1: chr1_147923148_147924270
seq2: B6Ng01-262L17.g_68_1176 (reverse)

seq1  TGGAAAAAGTTTTACATGAATATAGCCAATTTTTAAATCAATACAAAAAC  50
      |||||||||||||||||| || ||| ||   ||| ||||||||| |||||
seq2  TGGAAAAAGTTTTACATGGAT-TAGGCA---TTTTAATCAATAC-AAAAC  45

seq1  TGGACTTTCTTTTATG-AACTATTAGATAAAT-AGCTTCAGGCATCCTTA  98
      | ||||   | ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||
seq2  T-GACT---TCTTATGAAACTA-TAGATAAATAAGCCTCAGGCAT-CTTA  89

seq1  TACCCCTTGAATATTAGATTTTAGTACATCATAACTTTTTACAATGTGCT  148
      |||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TACCC--TGAATAATAGA-TTTAGTACATCATAACTTTTTACAATGTGC-  135

seq1  TCTAACTAAAAATGTAATTATATCAGAGTATCATAGATTCCATATAGTTT  198
      |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCT-AAAATGTAATTATATCAGAGTATCATAGATTCCATATAGTTT  184

seq1  ATGGACTACAAATGTAGTAAATAGATTGCTTCCTCAGAGGAAGTTGACAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTACAAATGTAGTAAATAGATTGCTTCCTCAGAGGAAGTTGACAT  234

seq1  TTTAGGAGATGAGGGACTGGATTCTGAACAGTGTGACATTTCTCCCTCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGATGAGGGACTGGATTCTGAACAGTGTGACATTTCTCCCTCAG  284

seq1  TAAAGATCAAAGTGACACATGTGTTCTTTCATCTGGATTTGCAGACCGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATCAAAGTGACACATGTGTTCTTTCATCTGGATTTGCAGACCGTG  334

seq1  GCCAGGTGATGATCTTTAGTACCTGATCTTTAACATCTATCCATTACTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTGATGATCTTTAGTACCTGATCTTTAACATCTATCCATTACTAA  384

seq1  CTCACCCAAAAATGTTCACAAGTAGGTTAGGTAGCCTGTTGCTACATATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCAAAAATGTTCACAAGTAGGTTAGGTAGCCTGTTGCTACATATT  434

seq1  GTCCAAATTAGCCTCAATTCTTCTTAGGGTAAGTATTTGATGACAAAATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAATTAGCCTCAATTCTTCTTAGGGTAAGTATTTGATGACAAAATA  484

seq1  TGCTACACGGATGGGTAATACATTATTCTACCACTGAAACACTTTTAGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACGGATGGGTAATACATTATTCTACCACTGAAACACTTTTAGTA  534

seq1  ATTATAGAACATGTCACATTTTACAAAATATGGTAAAAAATTGCCATAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGAACATGTCACATTTTACAAAATATGGTAAAAAATTGCCATAGA  584

seq1  AATTTTATAGGAACATACTAATTATAACTAGAGAAACTATTGAACTTATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATAGGAACATACTAATTATAACTAGAGAAACTATTGAACTTATG  634

seq1  CTCTAGGGTTTTTATAGCTCTATGGCTTATTTCTATACTCTGAAACACAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGGTTTTTATAGCTCTATGGCTTATTTCTATACTCTGAAACACAC  684

seq1  TTAAGAGTATTCTATGATAGTTTCATTAATGTATAAAATGTATCTCGATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGTATTCTATGATAGTTTCATTAATGTATAAAATGTATCTCGATC  734

seq1  TTATTCACCCTTAAAGTTACTACTCCCCATAGTACCTCTCATCATGTCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACCCTTAAAGTTACTACTCCCCATAGTACCTCTCATCATGTCCT  784

seq1  CCCCCAATTCCATGTTCTCCTTTCATAATTATTAATTTATTATTTAATTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAATTCCATGTTCTCCTTTCATAATTATTAATTTATTATTTAATTA  834

seq1  ATAAATTATATAAACCTACTCTATCCAATAAGTGTAATACATATGTGCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTATATAAACCTACTCTATCCAATAAGTGTAATACATATGTGCAT  884

seq1  GGGTGTGCCTTCATCCACTTTTGTCAGAAAGACCTTACTACTGCCCAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGCCTTCATCCACTTTTGTCAGAAAGACCTTACTACTGCCCAAAT  934

seq1  TGTTCAAGTGGCTCCCCTTGCTCCAGCAGCCATCCATGACCAAAGGGCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAGTGGCTCCCCTTGCTCCAGCAGCCATCCATGACCAAAGGGCCC  984

seq1  TCCTCTACTGGTGTGACCTCAGGAGCCCCTTTCCATTCCATTGTGACATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTACTGGTGTGACCTCAGGAGCCCCTTTCCATTCCATTGTGACATA  1034

seq1  TTTAACTGACCTAATCTCATGTGTGTAACTACAGATGCTGTGAGTTCTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGACCTAATCTCATGTGTGTAACTACAGATGCTGTGAGTTCTGT  1084

seq1  GTAAAAGTATTAGATCACAGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGTATTAGATCACAGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |