BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262N11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 90,384,332 - 90,516,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlrp1
Upstream geneNgef, LOC620454, Neu2, Inpp5d, Atg16l1, Sag, Usp40, LOC545344, LOC677561, Ugt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b, Ugt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2
Downstream geneArl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4, LOC383542, EG665688, Centg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262N11.bB6Ng01-262N11.g
ACCGA067154GA067155
length1,123908
definitionB6Ng01-262N11.b B6Ng01-262N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,515,191 - 90,516,325)(90,384,332 - 90,385,234)
sequence
gaattcattcttctgtttgtttcaaagttttgtttttggttgtgatgtta
tggattcaaccgattgaccttgagcttgttgtgatccttcagcctcccag
gtgctgtgatcacaggtgtgtgctctcacaacgtagtctgtattggtctt
aggatgacttgaatatgcttgacccatagaggatggtactgccaggaggt
gtggccttgttggaggaagtgtgtcactgtgggggtgggctatggaagtc
tccccttatgctcaggctccactgatggagagcttcctcctagctgcctg
aggatgccagtctttcctggctggccttggatcaagatgtagagttctca
gcttctccagcaccatgtgtgcttgcatgctgtcatgcttcctgccatga
tgataatggactgaacctttgaaagtttaagccagccccaattaaatgta
gtcctttctaagagtcatggtgtctcttcacagcaatggaaaccctaagg
aagacaggtctacatgttcatttcttttctctgggtacctttggctgcca
ggaccaagtaaacccagaaagtttgtttgcatggatctccctgttcgcag
ctaacaaatgtagactttccccaacagtccacagataatggacaagcgca
aggatggggctagagtgtgctctgtcctttgtcagtctctagtgttggat
ggcagcaactctccagcacacccactttcaaagagtgactggggcatggc
ttgactagcagggcatctttccttcttttacctttagctaggtgctgtgc
tggtatcttgtagtagcgtaatgatgaggtaatagaggctggcaagttga
ggatcatggtaggagacttttatctctccgaaaggtcttgggtacaaaag
tcaaaccacatccacattaggatccagaaaagactctgaggttgaagtgg
acatgaacccatgctttgtggcacaagttgttctggttttgcagaaaggc
acagagtcctgtttacagtagatcaatagttcagaggaccctagaatata
gagtagaagccagatagccacagatgtgagatcagaattcttcaatccga
ggaaatagtcagtctattgagta
gaattccaggagggccactgtgcctgactagcggttaagtgggtttcccc
aggacctgaattctagttcccatgtccatgcagcaggcactttaactgct
cagctatctctttggcccctaaattttttaaaaatatatttcagacatgt
tttagtatacttcttcgctgcacaaccgtttatattggcacctacaggac
atgcagatccatgcctgtctgctagcatcctttgtaccaggcactgtgct
aagtaagggtgtatagtaaattgacctcttgtggctctgctctccatcct
catcatcacacagcctccctccctctctgtgtctctttccatctcattat
acggactcttgcctactggattaaagccgaccccaggtctagcctggctt
ccctatcagtcatgtgatcacatctgtgaagattttgtttctccttaagg
tcctgctaacaaactccaggagcacaatgctccgcccaggcagcagccca
tacagaaatggtcaagaaccccgactgtcctgttgaaatccatgtgttga
tctttctgaacttagagatatcagagcttttctagcgttgcacagtaatg
aggggggttggttttgagatagggtttcacagtgtcgtccaggctgacca
gaatgaccttgaactcatggagatctgcttgcctttgcctcccaagtgtt
gggatcactggttggcaggtgccaccacgtggggcaaaagagtcacacag
ggataaagggccatggacccagtgtctaagccagggtctctagctctaag
accctgctcacaaaggctagccacacttgggccacactttctaccaggag
tggcagggcttgggggttaggtggcagtgagctagctttgtggaattggg
ggggtggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_90515191_90516325
seq2: B6Ng01-262N11.b_45_1167 (reverse)

seq1  TACTCCAATAGGATTGACTATTTCCCTTCGGATTGAAGA--TCTGATCTC  48
      |||| ||||| || |||||||||||  ||||||||||||  |||||||||
seq2  TACT-CAATA-GACTGACTATTTCC--TCGGATTGAAGAATTCTGATCTC  46

seq1  ACATCTGTTGCCTTTATCTGGGCTTCTACTCTATATTCTAGGGTCCTCTT  98
      |||||||| ||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATCTGTGGC---TATCT-GGCTTCTACTCTATATTCTAGGGTCCTCT-  91

seq1  GGAACTATTTGAATTCTACCTGTAAACAGGACCTCTGTGCCTTCCTGCAA  148
       |||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  -GAACTA-TTGA--TCTA-CTGTAAACAGGA-CTCTGTGCCTTTCTGCAA  135

seq1  AACCAGAACAACTTGTGCCCACAAAGCATGGGTTCATGTCCACTTCAACC  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAACAACTTGTG-CCACAAAGCATGGGTTCATGTCCACTTCAACC  184

seq1  TCAGAGTCTTTTCTGGATCCTAATGTGGATGTGG-TTGACTTTTGTACCC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCTTTTCTGGATCCTAATGTGGATGTGGTTTGACTTTTGTACCC  234

seq1  AAGACC-TTCGGAGAGATAAAAGTCTCCTACCATGATCCTCAACTTGCCA  296
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTTTCGGAGAGATAAAAGTCTCCTACCATGATCCTCAACTTGCCA  284

seq1  GCCTCTATTACCTCATCATTACGCTACTACAAGATACCAGCACAGCACCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTATTACCTCATCATTACGCTACTACAAGATACCAGCACAGCACCT  334

seq1  AGCTAAAGGTAAAAGAAGGAAAGATGCCCTGCTAGTCAAGCCATGCCCCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGGTAAAAGAAGGAAAGATGCCCTGCTAGTCAAGCCATGCCCCA  384

seq1  GTCACTCTTTGAAAGTGGGTGTGCTGGAGAGTTGCTGCCATCCAACACTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTTTGAAAGTGGGTGTGCTGGAGAGTTGCTGCCATCCAACACTA  434

seq1  GAGACTGACAAAGGACAGAGCACACTCTAGCCCCATCCTTGCGCTTGTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGACAAAGGACAGAGCACACTCTAGCCCCATCCTTGCGCTTGTCC  484

seq1  ATTATCTGTGGACTGTTGGGGAAAGTCTACATTTGTTAGCTGCGAACAGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGTGGACTGTTGGGGAAAGTCTACATTTGTTAGCTGCGAACAGG  534

seq1  GAGATCCATGCAAACAAACTTTCTGGGTTTACTTGGTCCTGGCAGCCAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCATGCAAACAAACTTTCTGGGTTTACTTGGTCCTGGCAGCCAAA  584

seq1  GGTACCCAGAGAAAAGAAATGAACATGTAGACCTGTCTTCCTTAGGGTTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCCAGAGAAAAGAAATGAACATGTAGACCTGTCTTCCTTAGGGTTT  634

seq1  CCATTGCTGTGAAGAGACACCATGACTCTTAGAAAGGACTACATTTAATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCTGTGAAGAGACACCATGACTCTTAGAAAGGACTACATTTAATT  684

seq1  GGGGCTGGCTTAAACTTTCAAAGGTTCAGTCCATTATCATCATGGCAGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGCTTAAACTTTCAAAGGTTCAGTCCATTATCATCATGGCAGGA  734

seq1  AGCATGACAGCATGCAAGCACACATGGTGCTGGAGAAGCTGAGAACTCTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGACAGCATGCAAGCACACATGGTGCTGGAGAAGCTGAGAACTCTA  784

seq1  CATCTTGATCCAAGGCCAGCCAGGAAAGACTGGCATCCTCAGGCAGCTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGATCCAAGGCCAGCCAGGAAAGACTGGCATCCTCAGGCAGCTAG  834

seq1  GAGGAAGCTCTCCATCAGTGGAGCCTGAGCATAAGGGGAGACTTCCATAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGCTCTCCATCAGTGGAGCCTGAGCATAAGGGGAGACTTCCATAG  884

seq1  CCCACCCCCACAGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTGGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCACAGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTGGCA  934

seq1  GTACCATCCTCTATGGGTCAAGCATATTCAAGTCATCCTAAGACCAATAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATCCTCTATGGGTCAAGCATATTCAAGTCATCCTAAGACCAATAC  984

seq1  AGACTACGTTGTGAGAGCACACACCTGTGATCACAGCACCTGGGAGGCTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTACGTTGTGAGAGCACACACCTGTGATCACAGCACCTGGGAGGCTG  1034

seq1  AAGGATCACAACAAGCTCAAGGTCAATCGGTTGAATCCATAACATCACAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCACAACAAGCTCAAGGTCAATCGGTTGAATCCATAACATCACAA  1084

seq1  CCAAAAACAAAACTTTGAAACAAACAGAAGAATGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAACAAAACTTTGAAACAAACAGAAGAATGAATTC  1123

seq1: chr1_90384332_90385234
seq2: B6Ng01-262N11.g_66_973

seq1  GAATTCCAGGAGGGCCACTGTGCCTGACTAGCGGTTAAGTGGGTTTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGGGCCACTGTGCCTGACTAGCGGTTAAGTGGGTTTCCCC  50

seq1  AGGACCTGAATTCTAGTTCCCATGTCCATGCAGCAGGCACTTTAACTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGAATTCTAGTTCCCATGTCCATGCAGCAGGCACTTTAACTGCT  100

seq1  CAGCTATCTCTTTGGCCCCTAAATTTTTTAAAAATATATTTCAGACATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATCTCTTTGGCCCCTAAATTTTTTAAAAATATATTTCAGACATGT  150

seq1  TTTAGTATACTTCTTCGCTGCACAACCGTTTATATTGGCACCTACAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATACTTCTTCGCTGCACAACCGTTTATATTGGCACCTACAGGAC  200

seq1  ATGCAGATCCATGCCTGTCTGCTAGCATCCTTTGTACCAGGCACTGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGATCCATGCCTGTCTGCTAGCATCCTTTGTACCAGGCACTGTGCT  250

seq1  AAGTAAGGGTGTATAGTAAATTGACCTCTTGTGGCTCTGCTCTCCATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGGGTGTATAGTAAATTGACCTCTTGTGGCTCTGCTCTCCATCCT  300

seq1  CATCATCACACAGCCTCCCTCCCTCTCTGTGTCTCTTTCCATCTCATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCACACAGCCTCCCTCCCTCTCTGTGTCTCTTTCCATCTCATTAT  350

seq1  ACGGACTCTTGCCTACTGGATTAAAGCCGACCCCAGGTCTAGCCTGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACTCTTGCCTACTGGATTAAAGCCGACCCCAGGTCTAGCCTGGCTT  400

seq1  CCCTATCAGTCATGTGATCACATCTGTGAAGATTTTGTTTCTCCTTAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATCAGTCATGTGATCACATCTGTGAAGATTTTGTTTCTCCTTAAGG  450

seq1  TCCTGCTAACAAACTCCAGGAGCACAATGCTCCGCCCAGGCAGCAGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTAACAAACTCCAGGAGCACAATGCTCCGCCCAGGCAGCAGCCCA  500

seq1  TACAGAAATGGTCAAGAACCCCGACTGTCCTGTTGAAATCCATGTGTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAATGGTCAAGAACCCCGACTGTCCTGTTGAAATCCATGTGTTGA  550

seq1  TCTTTCTGAACTTAGAGATATCAGAGCTTTTCTAGCGTTGCACAGTAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGAACTTAGAGATATCAGAGCTTTTCTAGCGTTGCACAGTAATG  600

seq1  AGGGGGGTTGGTTTTGAGATAGGGTTTCACAGTGTCGTCCAGGCTGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGTTGGTTTTGAGATAGGGTTTCACAGTGTCGTCCAGGCTGACCA  650

seq1  GAATGACCTTGAACTCATGGAGATCTGCTTGCCTTTGCCTCCCAAGTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACCTTGAACTCATGGAGATCTGCTTGCCTTTGCCTCCCAAGTGTT  700

seq1  GGGATCACTGGTTGGCAGGTGCCACCACGTGGGGCAAAAGAGTCACACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCACTGGTTGGCAGGTGCCACCACGTGGGGCAAAAGAGTCACACAG  750

seq1  GGATAAAGGGCCATGGACCCAGTGTCTAAAGCCA-GGTCTCTAGCTCTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GGATAAAGGGCCATGGACCCAGTGTCT-AAGCCAGGGTCTCTAGCTCTAA  799

seq1  GACCCTGCTCACAAAGGCTAGCCACACTT-GGCCACAC-TTCTACCAGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GACCCTGCTCACAAAGGCTAGCCACACTTGGGCCACACTTTCTACCAGGA  849

seq1  GTGGCAGGGCTTGGGGG-TAGGGGGCAGTGAGGCTAGC-TTGTGGAGT--  893
      ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |  
seq2  GTGGCAGGGCTTGGGGGTTAGGTGGCAGTGA-GCTAGCTTTGTGGAATTG  898

seq1  GGGGGGTGGT  903
      ||||||||||
seq2  GGGGGGTGGT  908