BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264N07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 52,487,853 - 52,619,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094
Upstream geneObfc2a, Myo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735
Downstream geneEG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik, Pms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264N07.bB6Ng01-264N07.g
ACCGA068636GA068637
length991660
definitionB6Ng01-264N07.b B6Ng01-264N07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,487,853 - 52,488,516)(52,619,275 - 52,619,934)
sequence
gaattctttctgcctcacattgagataagcattccaaactataattgata
taggtctatcagatttgcttgccaagcttcatcttgagttcttttttgct
gaggactccagcaaaacgtaaaaataggcaagcaggacccctcactaact
gtcccttagagaaagcttgactggtcagaagaattgagctgtccctggtg
gcagcagtgcacatggtccaacctgagggcatgagtgttggaaagctggc
cccaccctcatctcctgtggagtggtgtaagtaagcgagagatgctctct
ttccctcacctcacccctcagggcctgtggcaggcaggtgagttggtcct
gccttttcctggctgcaacactcaggagaatgagccctgcacttcacttg
ggcagcacactagggctagtcctagtggagaagatatgggtgagcgggcc
caaaggtatgaaagcaggagagctgacccttcttgtaggctgtggctctg
ggtgagctagccagagcaatgctgtagcactcacctgttgcagaaaatat
taaaaatgaaatggctcgttccagcgcttgtgccggtaactctctgcttc
ggcagcctgctggccatgcactggccggcaatgccccccacccctcccca
gcctttgtggtgcacacctggtaaacccacactctgccaccatacctttc
tctcttgaactcagtcgaacagccacgtgaaggaaaatgccacacagact
tagctcagaaaccatggtaaatcgttttgctgggtacaaaactcaaatcc
taatcaataagtaagccttattaaatcaaaatcctccagtggcgaatcct
gacggatcgaccactgaaactgggagacactcataattacatcttgtcct
cacgctatccctgtcaaaaaggacctctctccttcctctcttcctccgtc
caacccgggaggtccctcctattcacccagtgattggctcc
gaattcaagagcaactcccataatgctgaccagtgctgcccttaaagaaa
gctttctttttgtactgacttggtctattctcaaaggctaccccttagac
atgaaagatttgcaaattaaaacatctctgcttagggctactaactggaa
gcttttgatgggacttttcatgcttgggtttataatccagcgagactaac
tggactcaaggtattaatagagctgttaccaccaactcagcaccattgct
gcctggatccatcatggtttaagaccaagaaacacacccaccatcacaaa
ctccagagtacagagctttgtgctagacaaagatgctatgccaaaatcta
gcctctttgtgttacagtgaggaaggttccccagaaggcccattgtcccc
ttctgctgtggcagatttgactgcaattgacttgactctcccagtgagtg
accagttagagagactcacagctcttcttccagattataatctttgttct
atggtcacactattgaggtccatggaacttccctttctctctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctctgtctgtgtgtgtgtgt
atgggtgtgtatgtgtgtgctcgggcgtagctgtatgtgtacatgtatgg
tcaggtcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_52487853_52488516
seq2: B6Ng01-264N07.b_42_705

seq1  GAATTCTTTCTGCCTCACATTGAGATAAGCATTCCAAACTATAATTGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGCCTCACATTGAGATAAGCATTCCAAACTATAATTGATA  50

seq1  TAGGTCTATCAGATTTGCTTGCCAAGCTTCATCTTGAGTTCTTTTTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTATCAGATTTGCTTGCCAAGCTTCATCTTGAGTTCTTTTTTGCT  100

seq1  GAGGACTCCAGCAAAACGTAAAAATAGGCAAGCAGGACCCCTCACTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTCCAGCAAAACGTAAAAATAGGCAAGCAGGACCCCTCACTAACT  150

seq1  GTCCCTTAGAGAAAGCTTGACTGGTCAGAAGAATTGAGCTGTCCCTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTAGAGAAAGCTTGACTGGTCAGAAGAATTGAGCTGTCCCTGGTG  200

seq1  GCAGCAGTGCACATGGTCCAACCTGAGGGCATGAGTGTTGGAAAGCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGTGCACATGGTCCAACCTGAGGGCATGAGTGTTGGAAAGCTGGC  250

seq1  CCCACCCTCATCTCCTGTGGAGTGGTGTAAGTAAGCGAGAGATGCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCTCATCTCCTGTGGAGTGGTGTAAGTAAGCGAGAGATGCTCTCT  300

seq1  TTCCCTCACCTCACCCCTCAGGGCCTGTGGCAGGCAGGTGAGTTGGTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCACCTCACCCCTCAGGGCCTGTGGCAGGCAGGTGAGTTGGTCCT  350

seq1  GCCTTTTCCTGGCTGCAACACTCAGGAGAATGAGCCCTGCACTTCACTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTCCTGGCTGCAACACTCAGGAGAATGAGCCCTGCACTTCACTTG  400

seq1  GGCAGCACACTAGGGCTAGTCCTAGTGGAGAAGATATGGGTGAGCGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCACACTAGGGCTAGTCCTAGTGGAGAAGATATGGGTGAGCGGGCC  450

seq1  CAAAGGTATGAAAGCAGGAGAGCTGACCCTTCTTGTAGGCTGTGGCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTATGAAAGCAGGAGAGCTGACCCTTCTTGTAGGCTGTGGCTCTG  500

seq1  GGTGAGCTAGCCAGAGCAATGCTGTAGCACTCACCTGTTGCAGAAAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGCTAGCCAGAGCAATGCTGTAGCACTCACCTGTTGCAGAAAATAT  550

seq1  TAAAAATGAAATGGCTCGTTCCAGCGCTTGTGCCGGTAACTCTCTGCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGAAATGGCTCGTTCCAGCGCTTGTGCCGGTAACTCTCTGCTTC  600

seq1  GGCAGCCTGCTGGCCATGCACTGGCCGGCAATGCCCCCCACCCCTCCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCTGCTGGCCATGCACTGGCCGGCAATGCCCCCCACCCCTCCCCA  650

seq1  GCCTTTGTGGTGCA  664
      ||||||||||||||
seq2  GCCTTTGTGGTGCA  664

seq1: chr1_52619275_52619934
seq2: B6Ng01-264N07.g_67_726 (reverse)

seq1  TCTGACCTTTACATACATGTACACATACAGCTACACCCAAGCACACACAT  50
      ||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TCTGACCTGACCATACATGTACACATACAGCTACGCCCGAGCACACACAT  50

seq1  GCACACGCATACACACACACACACAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100
       ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCCATACACACACACACAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  100

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGGAAGTTCCATGGACCTCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGGGAAGTTCCATGGACCTCAATA  150

seq1  GTGTGACCATAGAACAAAGATTATAATCTGGAAGAAGAGCTGTGAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACCATAGAACAAAGATTATAATCTGGAAGAAGAGCTGTGAGTCTC  200

seq1  TCTAACTGGTCACTCACTGGGAGAGTCAAGTCAATTGCAGTCAAATCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTGGTCACTCACTGGGAGAGTCAAGTCAATTGCAGTCAAATCTGC  250

seq1  CACAGCAGAAGGGGACAATGGGCCTTCTGGGGAACCTTCCTCACTGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGAAGGGGACAATGGGCCTTCTGGGGAACCTTCCTCACTGTAAC  300

seq1  ACAAAGAGGCTAGATTTTGGCATAGCATCTTTGTCTAGCACAAAGCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAGGCTAGATTTTGGCATAGCATCTTTGTCTAGCACAAAGCTCTG  350

seq1  TACTCTGGAGTTTGTGATGGTGGGTGTGTTTCTTGGTCTTAAACCATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGGAGTTTGTGATGGTGGGTGTGTTTCTTGGTCTTAAACCATGAT  400

seq1  GGATCCAGGCAGCAATGGTGCTGAGTTGGTGGTAACAGCTCTATTAATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCAGGCAGCAATGGTGCTGAGTTGGTGGTAACAGCTCTATTAATAC  450

seq1  CTTGAGTCCAGTTAGTCTCGCTGGATTATAAACCCAAGCATGAAAAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTCCAGTTAGTCTCGCTGGATTATAAACCCAAGCATGAAAAGTCC  500

seq1  CATCAAAAGCTTCCAGTTAGTAGCCCTAAGCAGAGATGTTTTAATTTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAAGCTTCCAGTTAGTAGCCCTAAGCAGAGATGTTTTAATTTGCA  550

seq1  AATCTTTCATGTCTAAGGGGTAGCCTTTGAGAATAGACCAAGTCAGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTCATGTCTAAGGGGTAGCCTTTGAGAATAGACCAAGTCAGTACA  600

seq1  AAAAGAAAGCTTTCTTTAAGGGCAGCACTGGTCAGCATTATGGGAGTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGCTTTCTTTAAGGGCAGCACTGGTCAGCATTATGGGAGTTGC  650

seq1  TCTTGAATTC  660
      ||||||||||
seq2  TCTTGAATTC  660