BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264P03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 160,973,924 - 161,112,751
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930562F17Rik, EG240853
Upstream gene6430517E21Rik, Astn1, Pappa2
Downstream geneLOC664972, Rfwd2, EG620484, Tnr, 4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264P03.bB6Ng01-264P03.g
ACCGA068722GA068723
length1,1041,120
definitionB6Ng01-264P03.b B6Ng01-264P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,111,627 - 161,112,751)(160,973,924 - 160,975,052)
sequence
gaattcctgggtgcctgggtcccgctggtcttagctactcccagtgtttg
ggcagatattgtgtcctcctcacctctgatcctatggcacttatttttaa
attgtctctgaaaagaggatagatccaaaacttgtcgattattttaattg
atgatgttgaaaaacatgattattcatcctgagatcaaggctatataggt
agagtttagttaatttagggaagcaccaaataaataagaaatctttggct
tgtcctgtccatctgcagattataaatgctatctaaaacctcaagcacct
ttgaaggttatgcaaaactaggtgccatggggctagctgctgtagtgctc
ctctcctgaatttcacaatgtctatactttagctgtaacagttttgaaac
ttgttccactgtggatcatgttagaaatcaaggctattaatcaaattgca
ctttggagagtctaaacattagcaaagatgactcactagggttgtcactg
gaatgacctccctaagatcaacttgtcaagtagctgtatttgaagttttg
aggattttcacaagtacataaattatgcatacaagacacagtatagcaaa
tgattttctcgtcatggatcagctttgatttattggtgacagagattttg
agacaaaatctagtttctgtgctaaacagttgatctgaagcaatctatag
cattggggtgacagcaaacttgaattcttatcatgctcagttatgactag
actatgtgaaatatcagagacagttcaactagctaactataaaagaatgt
ggttaaagatgacgaaagtaaccttacccttttctcaggtctgaaatcaa
tttgaacataaagcttaaaacagtgggaaataaattgtttgatgtcacta
agaatttgtcacaaggctaatgataaagacaattataaaatcagaccaga
ataaatgtgaaaggatctgtctatctactactgtctgtctatctatctat
catctatctatctatctatctatctatcatctatctataatctatcatag
atgggacaatttaagttttcaaatacacagctcaattagagtttacattt
tttt

gaattcaatccaaatggcaaaaatgttataagatgatgggaatggccccc
tgtgaccagtggtgctaaccatcatataagaggaagaatcaactactgta
ttcagcaatatggagaacattcagtaaccttaaaaggtcatatatcaaca
ttaacagtccagcatcatggtatcaatgccttgatctcccagagctttat
atgacagctaagctcggccagcatgccataatcactggtccctgtgagtt
caaggttgaacacatactacacattggctcaataagacttgcacttaaga
agcatcaggaaatgagaattctttctcactggaaagagagctggtagtca
ccttgctattcagagtagagctatcccgaggagatcagagccaggagaaa
ccagagccttatgacatttgtgtaagctcttggggctgcagctgcccctg
ggctttttagtaaacctatgatgatcaattctttgttccttttcatgcca
atgaaaacttagtgtgcttcacataccatgaatcagaatataacattagg
ttagtgactataaaatgaagaacaattgacggttatgtgacttaccaaat
gtccatgaccaagctgctttctagtctccccaacggtgattgacagctcc
ttctacgatttcaccctcctctgataaatcaatttttacaacagtaccta
catatatcacttgtaaaggttgccttacagaatttaagaaaggattggga
ccgggagatatttctagattatgttgagtagctattctccttccatgtga
catgaggcattcataatggagaaaataacaaagtccttaggaagttatac
tattgtatggtgaactctccttatactgatcttgggaaaccagagcagac
acatccatcctggtttcagatttgagagactcaactcatcatcataattc
ctcttttaccccaagcactataatgaaaattgatttgccttccttagttc
agctgaaacaccaaaggtaattgacacctagcccactctgggtagctggg
agtcagctctcagtggagtcacaaatgcatgtgaaagctattgcttctga
acctggctcaggccacactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_161111627_161112751
seq2: B6Ng01-264P03.b_51_1154 (reverse)

seq1  AAAAAAATGTTAAAACTCTTTAAATATGAGCTGTGTATTTTGAAAAACCT  50
      ||||||||||  |||||||   ||| ||||||||||||||   ||||| |
seq2  AAAAAAATGT--AAACTCT---AAT-TGAGCTGTGTATTT--GAAAACTT  42

seq1  AAAATTTGTTCCCCATCTATAGATAGATAATAGATAGATGATAGATAGAT  100
      |||  ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAA--TTGT--CCCATCTAT-GATAGATTATAGATAGATGATAGATAGAT  87

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAAGTAAGTAGATAG  150
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGAT-GATAGATAGATAGACAGAC-AGT-AGTAGATAG  134

seq1  ACAGATTCCTTTCACATTTTATTCTTGGTCTGATTTTATTAATTGTTCTT  200
      ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ACAGA-TCCTTTCACA-TTTATTC-TGGTCTGATTTTA-TAATTG-TCTT  179

seq1  TATCATTAGCCTTGTGACAAATTCTTAGTGACATCAAACAATTTATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTAGCCTTGTGACAAATTCTTAGTGACATCAAACAATTTATTTCC  229

seq1  CACTGTTTTAAGCTTTATGTTCAAATTGATTTCAGACCTGAGAAAAGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTTTAAGCTTTATGTTCAAATTGATTTCAGACCTGAGAAAAGGGT  279

seq1  AAGGTTACTTTCGTCATCTTTAACCACATTCTTTTATAGTTAGCTAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTACTTTCGTCATCTTTAACCACATTCTTTTATAGTTAGCTAGTTG  329

seq1  AACTGTCTCTGATATTTCACATAGTCTAGTCATAACTGAGCATGATAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTCTGATATTTCACATAGTCTAGTCATAACTGAGCATGATAAGA  379

seq1  ATTCAAGTTTGCTGTCACCCCAATGCTATAGATTGCTTCAGATCAACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGTTTGCTGTCACCCCAATGCTATAGATTGCTTCAGATCAACTGT  429

seq1  TTAGCACAGAAACTAGATTTTGTCTCAAAATCTCTGTCACCAATAAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACAGAAACTAGATTTTGTCTCAAAATCTCTGTCACCAATAAATCA  479

seq1  AAGCTGATCCATGACGAGAAAATCATTTGCTATACTGTGTCTTGTATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATCCATGACGAGAAAATCATTTGCTATACTGTGTCTTGTATGCA  529

seq1  TAATTTATGTACTTGTGAAAATCCTCAAAACTTCAAATACAGCTACTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATGTACTTGTGAAAATCCTCAAAACTTCAAATACAGCTACTTGA  579

seq1  CAAGTTGATCTTAGGGAGGTCATTCCAGTGACAACCCTAGTGAGTCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGATCTTAGGGAGGTCATTCCAGTGACAACCCTAGTGAGTCATCT  629

seq1  TTGCTAATGTTTAGACTCTCCAAAGTGCAATTTGATTAATAGCCTTGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATGTTTAGACTCTCCAAAGTGCAATTTGATTAATAGCCTTGATT  679

seq1  TCTAACATGATCCACAGTGGAACAAGTTTCAAAACTGTTACAGCTAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACATGATCCACAGTGGAACAAGTTTCAAAACTGTTACAGCTAAAGT  729

seq1  ATAGACATTGTGAAATTCAGGAGAGGAGCACTACAGCAGCTAGCCCCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACATTGTGAAATTCAGGAGAGGAGCACTACAGCAGCTAGCCCCATG  779

seq1  GCACCTAGTTTTGCATAACCTTCAAAGGTGCTTGAGGTTTTAGATAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTAGTTTTGCATAACCTTCAAAGGTGCTTGAGGTTTTAGATAGCAT  829

seq1  TTATAATCTGCAGATGGACAGGACAAGCCAAAGATTTCTTATTTATTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATCTGCAGATGGACAGGACAAGCCAAAGATTTCTTATTTATTTGG  879

seq1  TGCTTCCCTAAATTAACTAAACTCTACCTATATAGCCTTGATCTCAGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTAAATTAACTAAACTCTACCTATATAGCCTTGATCTCAGGAT  929

seq1  GAATAATCATGTTTTTCAACATCATCAATTAAAATAATCGACAAGTTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATCATGTTTTTCAACATCATCAATTAAAATAATCGACAAGTTTTG  979

seq1  GATCTATCCTCTTTTCAGAGACAATTTAAAAATAAGTGCCATAGGATCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATCCTCTTTTCAGAGACAATTTAAAAATAAGTGCCATAGGATCAG  1029

seq1  AGGTGAGGAGGACACAATATCTGCCCAAACACTGGGAGTAGCTAAGACCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGGAGGACACAATATCTGCCCAAACACTGGGAGTAGCTAAGACCA  1079

seq1  GCGGGACCCAGGCACCCAGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGACCCAGGCACCCAGGAATTC  1104


seq1: chr1_160973924_160975052
seq2: B6Ng01-264P03.g_66_1185

seq1  GAATTCAATCCAAATGGCAAAAATGTTATAAGATGATGGGAATGGCCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCCAAATGGCAAAAATGTTATAAGATGATGGGAATGGCCCCC  50

seq1  TGTGACCAGTGGTGCTAACCATCATATAAGAGGAAGAATCAACTACTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCAGTGGTGCTAACCATCATATAAGAGGAAGAATCAACTACTGTA  100

seq1  TTCAGCAATATGGAGAACATTCAGTAACCTTAAAAGGTCATATATCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAATATGGAGAACATTCAGTAACCTTAAAAGGTCATATATCAACA  150

seq1  TTAACAGTCCAGCATCATGGTATCAATGCCTTGATCTCCCAGAGCTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGTCCAGCATCATGGTATCAATGCCTTGATCTCCCAGAGCTTTAT  200

seq1  ATGACAGCTAAGCTCGGCCAGCATGCCATAATCACTGGTCCCTGTGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGCTAAGCTCGGCCAGCATGCCATAATCACTGGTCCCTGTGAGTT  250

seq1  CAAGGTTGAACACATACTACACATTGGCTCAATAAGACTTGCACTTAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGAACACATACTACACATTGGCTCAATAAGACTTGCACTTAAGA  300

seq1  AGCATCAGGAAATGAGAATTCTTTCTCACTGGAAAGAGAGCTGGTAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGGAAATGAGAATTCTTTCTCACTGGAAAGAGAGCTGGTAGTCA  350

seq1  CCTTGCTATTCAGAGTAGAGCTATCCCGAGGAGATCAGAGCCAGGAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTATTCAGAGTAGAGCTATCCCGAGGAGATCAGAGCCAGGAGAAA  400

seq1  CCAGAGCCTTATGACATTTGTGTAAGCTCTTGGGGCTGCAGCTGCCCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTTATGACATTTGTGTAAGCTCTTGGGGCTGCAGCTGCCCCTG  450

seq1  GGCTTTTTAGTAAACCTATGATGATCAATTCTTTGTTCCTTTTCATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTAGTAAACCTATGATGATCAATTCTTTGTTCCTTTTCATGCCA  500

seq1  ATGAAAACTTAGTGTGCTTCACATACCATGAATCAGAATATAACATTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACTTAGTGTGCTTCACATACCATGAATCAGAATATAACATTAGG  550

seq1  TTAGTGACTATAAAATGAAGAACAATTGACGGTTATGTGACTTACCAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGACTATAAAATGAAGAACAATTGACGGTTATGTGACTTACCAAAT  600

seq1  GTCCATGACCAAGCTGCTTTCTAGTCTCCCCAACGGTGATTGACAGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGACCAAGCTGCTTTCTAGTCTCCCCAACGGTGATTGACAGCTCC  650

seq1  TTCTACGATTTCACCCTCCTCTGATAAATCAATTTTTACAACAGTACCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACGATTTCACCCTCCTCTGATAAATCAATTTTTACAACAGTACCTA  700

seq1  CATATATCACTTGTAAAGGTTGCCTTACAGAATTTAAGAAAGGATTGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATCACTTGTAAAGGTTGCCTTACAGAATTTAAGAAAGGATTGGGA  750

seq1  CCGGGAGATATTTCTAGATTATGTTGAGTAGCTATTCTCCTTCCATGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGAGATATTTCTAGATTATGTTGAGTAGCTATTCTCCTTCCATGTGA  800

seq1  CATGAGGCATTCATAATGGAGAAAATAACAAAGTCCTTAGGAAGTTATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCATTCATAATGGAGAAAATAACAAAGTCCTTAGGAAGTTATAC  850

seq1  TATTGTATGGTGAACTCTCCTTATACTGATCTTGGGAAACCAGAGCAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATGGTGAACTCTCCTTATACTGATCTTGGGAAACCAGAGCAGAC  900

seq1  ACATCCATCCTGGTTCAGGATTTGAGAGACTCAACTCATCATCATAATTC  950
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCATCCTGGTTTCAGATTTGAGAGACTCAACTCATCATCATAATTC  950

seq1  CTCTTTTAACCCCAAGCACTATAATGAAAATTGATTTGCCCTTCCTTAGT  1000
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCTTTT-ACCCCAAGCACTATAATGAAAATTGATTTG-CCTTCCTTAGT  998

seq1  TCAGCTGAAACA-CAAAGGTAATTGGACAACTAG-CCACTCTGGGTAGCT  1048
      |||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||
seq2  TCAGCTGAAACACCAAAGGTAATT-GACACCTAGCCCACTCTGGGTAGCT  1047

seq1  GGGGAAGTCAGCTTCCTCAGT-GAGTCACAAATGCATGTGAAAGCTTATT  1097
      |||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGG--AGTCAGCT--CTCAGTGGAGTCACAAATGCATGTGAAAGC-TATT  1092

seq1  TGCCTTCTGGAAACCTTGCTCAGGCCACACTG  1129
         ||||||  ||||| |||||||||||||||
seq2  --GCTTCTG--AACCTGGCTCAGGCCACACTG  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |