BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265B09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 70,268,306 - 70,399,456
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag16
Upstream geneEG241084, Ikzf2
Downstream geneA830006F12Rik, LOC100043210, EG667884, EG666083, LOC100042804, LOC100042809, Bard1, LOC667900, Abca12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265B09.bB6Ng01-265B09.g
ACCGA068828GA068829
length1,1061,157
definitionB6Ng01-265B09.b B6Ng01-265B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,398,433 - 70,399,456)(70,268,306 - 70,269,474)
sequence
gaattcaacagccaaatccttgaaacgtagggcttcttagtgacacagct
tttcaaagaatccagtaataaatactatagtattgaattgttctctaaaa
tgctgctgagatttgggtagaaatcacattaaatcagaatataaatttgg
aaataatttacaccccccttttctttgttttttttttgagacagggtttc
tctgtatagccctggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcc
tcgaacccagaaatccgcctgcctctgcctcgcaagtgctgcaactaaag
gcgtgtgccaccacgcccgacaataatttatatccttattataatggctc
ttcttagccacaaatattatatgctttatattgatcagagtcttggattt
tttttcctccttgaattttttttttgtagcaaatgaattatagatatttt
gtgttaaatttgtaccttagtgattttgttatcgggacaattataacctg
tatctttttatgcagatgctatgtatatgtccgtgcatgtatttgtatgc
ttctggatacatgtgtgtgcttggtgtggagatcggaggacaacatcagg
attgatactcagaagtgctgttcagttacccaccaatgaggctaaattat
ctgaagagtaagacccagggatctccctttacctacctccagaggacagg
aattgcaggtgtgcatcagcacactgagcgtttttttatgtagaaaacta
cataaaaattgagccttcactcttgcatttgaactagctaccttaaattt
cttttgttacttgtgtactgttagtgcacatacataaaactgaatgttgg
gcgttgaccttgcattgtatagttcttttggatgctatccaagtttaaaa
tgacttttgacttttattctcgtcaaattctttctcattccactcaaatt
tcttcttcaacttaagattattaaatttgcttaatttgaaagatttggtg
attctccagattatatttccattattgatttctatttatgcagttttatt
caggaacattactctgtagctgaatcactttaatgtattgattcttgatt
atgacc

gaattcagtagaacaaagttacaaggtaaaggggaattcttggacacgat
ggtgctacaccgttcattgagacaagtcattcagagatatatttgataca
tttgacagagtatgttggctacccaactactgtaaaatcctagctttcat
agaaaagttactccctcaaaacatgggaatctcctcagccagcaggtgag
gagaaagagtggagacatatcataggagcctctgggacagagaatgactt
agcagacgcacaactggcaaaggagtgcagcataatgttctctagagggg
ttgtggaaggttccgggctaggactttcagacatcacctggctttatctc
acttaggttgtttagttgcagacctagcaaaaggctgagatgatatcctg
tcatgtggtagacctatggagataaaatatttcaaagtcctaccaaatct
gactttgctgaatgatgactggggtgcagtagaattcctactggagccag
gactgtgttgagaactgaggatgagcggagggcgacgataaagttagcac
tctctgcaaatcttattaggctgacttttattacacgtgaaaagtaaaca
ggagctactgcatataatttaggaataattaaaatgtacattaatattca
actgctatggtcctatttttcaaacatagactttgctcttggtttaacat
cgtgagtgttaagatttgtagtgctgagtataacccttagaagtgcaaaa
tgtctatcatttactgatgattatgattagggtacacctttcctaaagga
ttggtaaatagattcaataacaaatataccataatcattgttaggttatg
acagataaagcatggtgatatgtgtgtttacttgcttttattttccttcc
agtttatacatgcttataaaaccattaactagcatgtgtttatgaatatg
tatgtgtatgtgggcatttttgtattgtgaagaagagggcttgcaacatt
gttagagggtcagctgcctcactggattgcaagatgggagtttgctcttt
caatttctcttcctctgaaccctgaaatttcacttgcacacggcaagatt
taggtaaaaacaaagccagctagaaacaagacaaacatgttaagtaatca
ttctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_70398433_70399456
seq2: B6Ng01-265B09.b_137_1151 (reverse)

seq1  GGTCATAAAACAAG-ATCAATACATTTAAAGTGATTTCAAGCTAACAGAG  49
      |||||| || |||| ||||||||| |||||||||||   |||| ||||||
seq2  GGTCAT-AATCAAGAATCAATACA-TTAAAGTGATT--CAGCT-ACAGAG  45

seq1  TATGTTTCCTGAATAAAACTGCATTAAATTAGAGATCAATAATGGAAATA  99
      ||   |||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||
seq2  TAATGTTCCTGAATAAAACTGCAT--AAATAGAAATCAATAATGGAAATA  93

seq1  T-ATCTGGAGAATCACCAAATTCTTTCAAATTAAGCAAAATTTAAATAAT  148
      | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||
seq2  TAATCTGGAGAATCACCAAA-TCTTTCAAATTAAGCAAA--TTTAATAAT  140

seq1  CTTAAGTTTGAAGAAGAAATTTGAGTGGAATGAGAAAGAATTTGACGAGA  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAG-TTGAAGAAGAAATTTGAGTGGAATGAGAAAGAATTTGACGAGA  189

seq1  ATAAAAGTCAAAAGTCATTTTAAACTTGGATAGCATCCAAAAGAACTATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTCAAAAGTCATTTTAAACTTGGATAGCATCCAAAAGAACTATA  239

seq1  CAATGCAAGGTCAACGCCCAACATTCAGTTTTATGTATGTGCACTAACAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAAGGTCAACGCCCAACATTCAGTTTTATGTATGTGCACTAACAG  289

seq1  TACACAAGTAACAAAAGAAATTTAAGGTAGCTAGTTCAAATGCAAGAGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAGTAACAAAAGAAATTTAAGGTAGCTAGTTCAAATGCAAGAGTG  339

seq1  AAGGCTCAATTTTTATGTAGTTTTCTACATAAAAAAACGCTCAGTGTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCAATTTTTATGTAGTTTTCTACATAAAAAAACGCTCAGTGTGCT  389

seq1  GATGCACACCTGCAATTCCTGTCCTCTGGAGGTAGGTAAAGGGAGATCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACACCTGCAATTCCTGTCCTCTGGAGGTAGGTAAAGGGAGATCCC  439

seq1  TGGGTCTTACTCTTCAGATAATTTAGCCTCATTGGTGGGTAACTGAACAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTTACTCTTCAGATAATTTAGCCTCATTGGTGGGTAACTGAACAG  489

seq1  CACTTCTGAGTATCAATCCTGATGTTGTCCTCCGATCTCCACACCAAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGAGTATCAATCCTGATGTTGTCCTCCGATCTCCACACCAAGCA  539

seq1  CACACATGTATCCAGAAGCATACAAATACATGCACGGACATATACATAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGTATCCAGAAGCATACAAATACATGCACGGACATATACATAGC  589

seq1  ATCTGCATAAAAAGATACAGGTTATAATTGTCCCGATAACAAAATCACTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATAAAAAGATACAGGTTATAATTGTCCCGATAACAAAATCACTA  639

seq1  AGGTACAAATTTAACACAAAATATCTATAATTCATTTGCTACAAAAAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAAATTTAACACAAAATATCTATAATTCATTTGCTACAAAAAAAA  689

seq1  AATTCAAGGAGGAAAAAAAATCCAAGACTCTGATCAATATAAAGCATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGGAGGAAAAAAAATCCAAGACTCTGATCAATATAAAGCATATA  739

seq1  ATATTTGTGGCTAAGAAGAGCCATTATAATAAGGATATAAATTATTGTCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTGGCTAAGAAGAGCCATTATAATAAGGATATAAATTATTGTCG  789

seq1  GGCGTGGTGGCACACGCCTTTAGTTGCAGCACTTGCGAGGCAGAGGCAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGGTGGCACACGCCTTTAGTTGCAGCACTTGCGAGGCAGAGGCAGG  839

seq1  CGGATTTCTGGGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTTCTGGGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGAC  889

seq1  AGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAACAAAGAAAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAACAAAGAAAAG  939

seq1  GGGGGTGTAAATTATTTCCAAATTTATATTCTGATTTAATGTGATTTCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGTAAATTATTTCCAAATTTATATTCTGATTTAATGTGATTTCTA  989

seq1  CCCAAATCTCAGCAGCATTTTAGAGA  1024
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCTCAGCAGCATTTTAGAGA  1015


seq1: chr1_70268306_70269474
seq2: B6Ng01-265B09.g_69_1225

seq1  GAATTCAGTAGAACAAAGTTACAAGGTAAAGGGGAATTCTTGGACACGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGAACAAAGTTACAAGGTAAAGGGGAATTCTTGGACACGAT  50

seq1  GGTGCTACACCGTTCATTGAGACAAGTCATTCAGAGATATATTTGATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTACACCGTTCATTGAGACAAGTCATTCAGAGATATATTTGATACA  100

seq1  TTTGACAGAGTATGTTGGCTACCCAACTACTGTAAAATCCTAGCTTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAGAGTATGTTGGCTACCCAACTACTGTAAAATCCTAGCTTTCAT  150

seq1  AGAAAAGTTACTCCCTCAAAACATGGGAATCTCCTCAGCCAGCAGGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTTACTCCCTCAAAACATGGGAATCTCCTCAGCCAGCAGGTGAG  200

seq1  GAGAAAGAGTGGAGACATATCATAGGAGCCTCTGGGACAGAGAATGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAGTGGAGACATATCATAGGAGCCTCTGGGACAGAGAATGACTT  250

seq1  AGCAGACGCACAACTGGCAAAGGAGTGCAGCATAATGTTCTCTAGAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACGCACAACTGGCAAAGGAGTGCAGCATAATGTTCTCTAGAGGGG  300

seq1  TTGTGGAAGGTTCCGGGCTAGGACTTTCAGACATCACCTGGCTTTATCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAGGTTCCGGGCTAGGACTTTCAGACATCACCTGGCTTTATCTC  350

seq1  ACTTAGGTTGTTTAGTTGCAGACCTAGCAAAAGGCTGAGATGATATCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGTTGTTTAGTTGCAGACCTAGCAAAAGGCTGAGATGATATCCTG  400

seq1  TCATGTGGTAGACCTATGGAGATAAAATATTTCAAAGTCCTACCAAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGTAGACCTATGGAGATAAAATATTTCAAAGTCCTACCAAATCT  450

seq1  GACTTTGCTGAATGATGACTGGGGTGCAGTAGAATTCCTACTGGAGCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGCTGAATGATGACTGGGGTGCAGTAGAATTCCTACTGGAGCCAG  500

seq1  GACTGTGTTGAGAACTGAGGATGAGCGGAGGGCGACGATAAAGTTAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTTGAGAACTGAGGATGAGCGGAGGGCGACGATAAAGTTAGCAC  550

seq1  TCTCTGCAAATCTTATTAGGCTGACTTTTATTACACGTGAAAAGTAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCAAATCTTATTAGGCTGACTTTTATTACACGTGAAAAGTAAACA  600

seq1  GGAGCTACTGCATATAATTTAGGAATAATTAAAATGTACATTAATATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTACTGCATATAATTTAGGAATAATTAAAATGTACATTAATATTCA  650

seq1  ACTGCTATGGTCCTATTTTTCAAACATAGACTTTGCTCTTGGTTTAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTATGGTCCTATTTTTCAAACATAGACTTTGCTCTTGGTTTAACAT  700

seq1  CGTGAGTGTTAAGATTTGTAGTGCTGAGTATAACCCTTAGAAGTGCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGTGTTAAGATTTGTAGTGCTGAGTATAACCCTTAGAAGTGCAAAA  750

seq1  TGTCTATCATTTACTGATGATTATGATTAGGGTACACCTTTCCTAAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATCATTTACTGATGATTATGATTAGGGTACACCTTTCCTAAAGGA  800

seq1  TTGGTAAATAGATTCAATAACAAATATACCATAATCATTGTTAGGTTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAATAGATTCAATAACAAATATACCATAATCATTGTTAGGTTATG  850

seq1  ACAGATAAAGCATGGTGATATGTGTGTTTACTTGCTTTTATTTTCCTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAAAGCATGGTGATATGTGTGTTTACTTGCTTTTATTTTCCTTCC  900

seq1  AGTTTATACATGCTTATAAAACCATTAACTAGCATGTGTTTATGAATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATACATGCTTATAAAACCATTAACTAGCATGTGTTTATGAATATG  950

seq1  TATGTGTATGTGGGCATTTTTGTATTGTTGAAGAAGAGGGCTTGGAACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TATGTGTATGTGGGCATTTTTGTATTG-TGAAGAAGAGGGCTTGCAACAT  999

seq1  TGTTAAGAGGGTCAGCTGCCTCACTGGATTGCAAGATGGGAGTTTGCTCT  1050
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTT-AGAGGGTCAGCTGCCTCACTGGATTGCAAGATGGGAGTTTGCTCT  1048

seq1  TTTCATTTCTCTTCCTTCTGAACCCTGAAAATTTTCACTGCCAACAGGCA  1100
      ||  ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  ||   ||||
seq2  TTCAATTTCTCTTCC-TCTGAACCCTGAAA--TTTCACTTGCACACGGCA  1095

seq1  AGAATATAGGGGAAAACAAAAGCAAGCAAAGAAACAAAGAAACAAACATG  1150
      || || ||||  ||||| ||||| |||  |||||||   | |||||||||
seq2  AG-ATTTAGGTAAAAAC-AAAGCCAGC-TAGAAACA---AGACAAACATG  1139

seq1  TTAAGTAGATTATTCTGAA  1169
      ||||||| || ||||||||
seq2  TTAAGTA-ATCATTCTGAA  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |