BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266O11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 166,836,217 - 167,002,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXcl1, 1700029M03Rik
Upstream geneKifap3, Scyl3, BC055324, 2810422O20Rik, Sele, Sell, Selp, F5, Slc19a2, 4930455F23Rik, Blzf1, Nme7, Atp1b1, LOC100040065, Dpt
Downstream geneTbx19, Sft2d2, Tiprl, Gpr161, Iqwd1, Brp44, Sacy, Ppia-ps1-1625, Mpzl1, Rcsd1, Creg1, Cd247, Pou2f1, LOC665409
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266O11.bB6Ng01-266O11.g
ACCGA070179GA070180
length1,182570
definitionB6Ng01-266O11.b B6Ng01-266O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,836,217 - 166,837,401)(167,001,911 - 167,002,485)
sequence
gaattcctgccaatgcatgccaggagttcagccatcttggtcttggcagg
tcttctgcatgcagccacaattgatatgagttcttgctctcaatggcact
atcatgtcctacaactactgttttgctacaggtgtccattacctctggtt
cttatcatctttatacacacacacccttgtgacgtagctattaaatttgg
agatgaatactccatagtctctgtatttattccctgtgggttgacaagtt
ctccgtatagtcaacatgtactgaataaagagtttctgagaggctctatg
accataccgttaagaacttagggagcagtttattattatgtctacttcag
agaatagtatgggaggccaatacagctattgcataaacgccccatctctg
tgtgaattcatgacttaaaacataaatgcatggagtctgattttgtaacc
agaggcagacaacactggctaatgtttatgcacctgagccaccgtgattc
aaatgccgtgtgtgtttatgtgtaatgaaatattaaacaaggccccatga
aatcttccttatcccagtttcttcttcatatgtaaaatggattgataaat
gcacctatttcacaggactgtcacatagatcaaatcaatgatatatgtga
gtgtatgtctgtctgtaacatatatgtgtgtataaataaaaccacaaata
aacaaatgtaaggtgccagaattgaatattacaaagttaaaatatgacat
tagatacaagaaagaaaaatacatatgcatcctaatcttagctatcttgt
gtaagtatatcaatatcttgggatatatatatatatatccaacacaacat
cttcagcaatacattttctcactaagtaatgagtttccagacaatctcat
tttctttagtacattcttttgtaattttctaattatctacaatgagctta
aaagtgctagtatacagaaagcaaaaattgtaatgttctaaaatggctta
caggaagtcacaatagtataaattcaataccgggatgcattccacaatcc
gaagcctcttgaaaagaaacccacccacaactctgtttcctcatcatgga
gattgtaccggtctccataaaatacttccccagccaggcgaagacagtaa
tatttgttccagggtctaagaatgacaagccc
tgtcactacacggttagaaggtctttgggtgttttccccaaagaccactg
agaagtcatccaagcatgttttagcaggagtgtggtggattcagacttgt
atctttagaaagatcatgctcactgctgcagagaatagatcagatggagt
aagatctatgtaggtaattcagtcagcagtcagtgggtggtggaagaaaa
gatagatctaagagttatctggggagtagactggggggtgggaatggatc
agatctagggttgaaggaaaagtgtgcgtcagtttctgctttgaattgct
gaagacattttgagagccttaacagaagaatactatgaggtcatatgcca
aggaccagcctcggcttggtctgggttcctgagagcagtgagaagaaatg
actcaaagtcaaattgtggatccaagctggtggcctgtgttctgctgaga
tggctttccaggttgtttgctctctgtgttctgctctgttctagacagcc
ttttcttgctattctaaaaactctgtggttgagacacctagcttttctgc
tagagacagctctctctgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_166836217_166837401
seq2: B6Ng01-266O11.b_44_1225

seq1  GAATTCCTGCCAATGCATGCCAGGAGTTCAGCCATCTTGGTCTTGGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCAATGCATGCCAGGAGTTCAGCCATCTTGGTCTTGGCAGG  50

seq1  TCTTCTGCATGCAGCCACAATTGATATGAGTTCTTGCTCTCAATGGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCATGCAGCCACAATTGATATGAGTTCTTGCTCTCAATGGCACT  100

seq1  ATCATGTCCTACAACTACTGTTTTGCTACAGGTGTCCATTACCTCTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTCCTACAACTACTGTTTTGCTACAGGTGTCCATTACCTCTGGTT  150

seq1  CTTATCATCTTTATACACACACACCCTTGTGACGTAGCTATTAAATTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCATCTTTATACACACACACCCTTGTGACGTAGCTATTAAATTTGG  200

seq1  AGATGAATACTCCATAGTCTCTGTATTTATTCCCTGTGGGTTGACAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAATACTCCATAGTCTCTGTATTTATTCCCTGTGGGTTGACAAGTT  250

seq1  CTCCGTATAGTCAACATGTACTGAATAAAGAGTTTCTGAGAGGCTCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTATAGTCAACATGTACTGAATAAAGAGTTTCTGAGAGGCTCTATG  300

seq1  ACCATACCGTTAAGAACTTAGGGAGCAGTTTATTATTATGTCTACTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACCGTTAAGAACTTAGGGAGCAGTTTATTATTATGTCTACTTCAG  350

seq1  AGAATAGTATGGGAGGCCAATACAGCTATTGCATAAACGCCCCATCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGTATGGGAGGCCAATACAGCTATTGCATAAACGCCCCATCTCTG  400

seq1  TGTGAATTCATGACTTAAAACATAAATGCATGGAGTCTGATTTTGTAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTCATGACTTAAAACATAAATGCATGGAGTCTGATTTTGTAACC  450

seq1  AGAGGCAGACAACACTGGCTAATGTTTATGCACCTGAGCCACCGTGATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGACAACACTGGCTAATGTTTATGCACCTGAGCCACCGTGATTC  500

seq1  AAATGCCGTGTGTGTTTATGTGTAATGAAATATTAAACAAGGCCCCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCGTGTGTGTTTATGTGTAATGAAATATTAAACAAGGCCCCATGA  550

seq1  AATCTTCCTTATCCCAGTTTCTTCTTCATATGTAAAATGGATTGATAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCTTATCCCAGTTTCTTCTTCATATGTAAAATGGATTGATAAAT  600

seq1  GCACCTATTTCACAGGACTGTCACATAGATCAAATCAATGATATATGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTATTTCACAGGACTGTCACATAGATCAAATCAATGATATATGTGA  650

seq1  GTGTATGTCTGTCTGTAACATATATGTGTGTATAAATAAAACCACAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTCTGTCTGTAACATATATGTGTGTATAAATAAAACCACAAATA  700

seq1  AACAAATGTAAGGTGCCAGAATTGAATATTACAAAGTTAAAATATGACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGTAAGGTGCCAGAATTGAATATTACAAAGTTAAAATATGACAT  750

seq1  TAGATACAAGAAAGAAAAATACATATGCATCCTAATCTTAGCTATCTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAAGAAAGAAAAATACATATGCATCCTAATCTTAGCTATCTTGT  800

seq1  GTAAGTATATCAATATCTTGGGATATATATATATATATCCAACACAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTATATCAATATCTTGGGATATATATATATATATCCAACACAACAT  850

seq1  CTTCAGCAATACATTTTCTCACTAAGTAATGAGTTTCCAGACAATCTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCAATACATTTTCTCACTAAGTAATGAGTTTCCAGACAATCTCAT  900

seq1  TTTCTTTAGTACATTCTTTTGTAATTTTCTAATTATCTACAATGAGCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTAGTACATTCTTTTGTAATTTTCTAATTATCTACAATGAGCTTA  950

seq1  AAAGTGCTAGTATACAGAAAGCAAAAA-TGTAATGTTCTAAAATGGCTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTAGTATACAGAAAGCAAAAATTGTAATGTTCTAAAATGGCTTA  1000

seq1  CAGGAAGTCACATAAGTATAAAATTCAATACCGGGATGCATTCACAAATC  1049
      ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  CAGGAAGTCACAATAGTAT-AAATTCAATACCGGGATGCATTCCACAATC  1049

seq1  CAAAGCCTCCTGAAAAGAAACCCACCCAACCAACTCTGTTTCCTCATCAT  1099
      | ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCCTCTTGAAAAGAAACCCACCCA--CAACTCTGTTTCCTCATCAT  1097

seq1  GGAGATTGTACC-GTCTCCATAAAATACTTTCCCCAG-CAAGCGAAGAGC  1147
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||  
seq2  GGAGATTGTACCGGTCTCCATAAAATAC-TTCCCCAGCCAGGCGAAGA--  1144

seq1  AAGTAAATATTGTTCCA-GGTCTAAGAATGACAAAGCCC  1185
       |||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CAGTAATATTTGTTCCAGGGTCTAAGAATGAC-AAGCCC  1182

seq1: chr1_167001911_167002485
seq2: B6Ng01-266O11.g_70_645 (reverse)

seq1  AGCAGAGAGAGCTGTCTCTAGCAG-AAAGCTAGGTGTCTCAACCACAGAG  49
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAGAGCTGTCTCTAGCAGAAAAGCTAGGTGTCTCAACCACAGAG  50

seq1  TTTTTAGAATAGCAAGAAAAGGCTGTCTAGAACAGAGCAGAACACAGAGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGAATAGCAAGAAAAGGCTGTCTAGAACAGAGCAGAACACAGAGA  100

seq1  GCAAACAACCTGGAAAGCCATCTCAGCAGAACACAGGCCACCAGCTTGGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAACCTGGAAAGCCATCTCAGCAGAACACAGGCCACCAGCTTGGA  150

seq1  TCCACAATTTGACTTTGAGTCATTTCTTCTCACTGCTCTCAGGAACCCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATTTGACTTTGAGTCATTTCTTCTCACTGCTCTCAGGAACCCAG  200

seq1  ACCAAGCCGAGGCTGGTCCTTGGCATATGACCTCATAGTATTCTTCTGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCCGAGGCTGGTCCTTGGCATATGACCTCATAGTATTCTTCTGTT  250

seq1  AAGGCTCTCAAAATGTCTTCAGCAATTCAAAGCAGAAACTGACGCACACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCTCAAAATGTCTTCAGCAATTCAAAGCAGAAACTGACGCACACT  300

seq1  TTTCCTTCAACCCTAGATCTGATCCATTCCCACCCCCCAGTCTACTCCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCAACCCTAGATCTGATCCATTCCCACCCCCCAGTCTACTCCCC  350

seq1  AGATAACTCTTAGATCTATCTTTTCTTCCACCACCCACTGACTGCTGACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACTCTTAGATCTATCTTTTCTTCCACCACCCACTGACTGCTGACT  400

seq1  GAATTACCTACATAGATCTTACTCCATCTGATCTATTCTCTGCAGCAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACCTACATAGATCTTACTCCATCTGATCTATTCTCTGCAGCAGTG  450

seq1  AGCATGATCTTTCTAAAGATACAAGTCTGAATCCACCACACTCCTGCTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATCTTTCTAAAGATACAAGTCTGAATCCACCACACTCCTGCTAA  500

seq1  AACATGCTTGGATGACTTCTCAGTGGTCTTTGGGGAAAACACCCAAAGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCTTGGATGACTTCTCAGTGGTCTTTGGGGAAAACACCCAAAGAC  550

seq1  CTTCTAACCGTGTAGTGACAGAATTC  575
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAACCGTGTAGTGACAGAATTC  576