gaattcctgccctgactccctttaatgacggattgggatatagaagtgtg
agcaaaataaccctctcccaggttgcctttggtcatcacattttagcata
gcaatagaaaccctgactgagatacagactggggaagcaagcaggacaac
atggtgtacaaggcacagccagtgacagctgttggatacatggctaaggc
tggcagtcactcaactctgctcacgttcacaatcaagcatagctcacaca
aactatgacatgcatccctcatccctgctattttgccctacactctgatg
gcttactctatgccaagctctacctgtcatctaactaagcttgaaatcat
ttgaactttctatactcaataactcaacagagtgctctttggatcattca
agtgccccacccttcaggataatgaccttcgcttagactgactgctaaag
ctatcctctaagggtcaggcagtatcattctaaagacctgtcaatacctt
tggaaatctttatttccttgcttgctcgattggattttacaagcagagcc
gacaaatgggactacatgcgattgcaaagcttatgcagagctaaagaaac
tctcagacatgaacacagaatatttccagctgatcttagaaggctgttaa
aggggcctggggcacaattccccaagttccatccctcactgacaaaaaga
aaattctgagcagcaaatctgagcccaaagaagcatgaacattctatttc
tagcagaaggttcattgtttgtccagagtcactggagcagcattgaagat
gaattaaatctatgaaaaagctcttcaggacactgttctagcctaaaacc
tatatcactgagcctttctttccagtttcattgaggaaactctcagttta
cttaggtaggccactctccttatgccctgtaaatcatcccacttccagga
aggtgtgaggcaattgtttaaaataaaatattgaaccatggattcctctt
gtccaggaataattaatattccatttatttttataagttattcatctatt
taacatgtattagtgtttttctgcatgtgcatgcagtgctgctgagccag
aaacgtgctgatcttaaaacttaaagttgctaagtttgtgatcctcatat
tacatcttgacgagtctgggtcttcttataagagaaagtcagtgtt

gaattccttttgtacaagcacaacagtgggcaatgtgtgaggtatgtaag
gatgattcaaacaaagtcatccacatacagaaaagtggggtagacagaga
atatgccttgtagaagactttagatgattttgctttaacttcctaccaag
tgtactatatttacaagggacaacagctatctgagctgccaatctgagaa
atttcatttatgttgaaagcacgacttgactctccccttccctttgcagc
tttgacaatagtcatgaataaagatctcagtttggggctcaattcttttc
agatctcatatctctcttgtagcagagagtaaacaatcaaagccaagggg
gcagttagagcataatggtcccaaggcagtctaccattagttcctggcac
tacattgtattgttgtgacagtgttacagaagaagggatcttcagggaag
cagaggaaagaacttggaaaggcttcttttgacttaatagactttcagct
tgttaattaatttcctgttttgcaaaagtaaaattaatatccatcattta
gaaaatgtaggtcaattcaaaaaggctttccccaaacaatttatcaccat
tcgtagctgctactgtagcacaaatgagaagtgaatctcccgaggcttta
tatttctaagggagatagtactattaaaattggcagtcacaagtaacctg
tggtggttatttttcttctgataaagtgatggtctggctcaacatttatt
caagacttaagatagtatcctggcactgactaatgagagcatacacatta
gttgtgtttttattttgaaaaacaacagcaacaacaagttagctaaagta
atgctatttgcccaccttaagattgaaatcacttgagtagggaggcagga
gcctgattttatcagacaatcatacccaaacattctctggtttgcacata
agaattatccattttctattagctggagaagaagaatttagcaaagaagc
gaagtaaccaaatcagagatttatccatattctagttaggtgggcttcaa
atcttagatcagtagtggtgatccacaatgatgcattattaaactttgtt
cacatccaggctagtagtgccttcatcagttcttccaaattcctat

seq1: chr1_3535707_3536913
seq2: B6Ng01-267E18.b_47_1242

seq1  GAATTCCTGCCCTGACTCCCTTTAATGACGGATTGGGATATAGAAGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCTGACTCCCTTTAATGACGGATTGGGATATAGAAGTGTG  50

seq1  AGCAAAATAACCCTCTCCCAGGTTGCCTTTGGTCATCACATTTTAGCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATAACCCTCTCCCAGGTTGCCTTTGGTCATCACATTTTAGCATA  100

seq1  GCAATAGAAACCCTGACTGAGATACAGACTGGGGAAGCAAGCAGGACAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAGAAACCCTGACTGAGATACAGACTGGGGAAGCAAGCAGGACAAC  150

seq1  ATGGTGTACAAGGCACAGCCAGTGACAGCTGTTGGATACATGGCTAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTACAAGGCACAGCCAGTGACAGCTGTTGGATACATGGCTAAGGC  200

seq1  TGGCAGTCACTCAACTCTGCTCACGTTCACAATCAAGCATAGCTCACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTCACTCAACTCTGCTCACGTTCACAATCAAGCATAGCTCACACA  250

seq1  AACTATGACATGCATCCCTCATCCCTGCTATTTTGCCCTACACTCTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGACATGCATCCCTCATCCCTGCTATTTTGCCCTACACTCTGATG  300

seq1  GCTTACTCTATGCCAAGCTCTACCTGTCATCTAACTAAGCTTGAAATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTCTATGCCAAGCTCTACCTGTCATCTAACTAAGCTTGAAATCAT  350

seq1  TTGAACTTTCTATACTCAATAACTCAACAGAGTGCTCTTTGGATCATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTTCTATACTCAATAACTCAACAGAGTGCTCTTTGGATCATTCA  400

seq1  AGTGCCCCACCCTTCAGGATAATGACCTTCGCTTAGACTGACTGCTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCCACCCTTCAGGATAATGACCTTCGCTTAGACTGACTGCTAAAG  450

seq1  CTATCCTCTAAGGGTCAGGCAGTATCATTCTAAAGACCTGTCAATACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTCTAAGGGTCAGGCAGTATCATTCTAAAGACCTGTCAATACCTT  500

seq1  TGGAAATCTTTATTTCCTTGCTTGCTCGATTGGATTTTACAAGCAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATCTTTATTTCCTTGCTTGCTCGATTGGATTTTACAAGCAGAGCC  550

seq1  GACAAATGGGACTACATGCGATTGCAAAGCTTATGCAGAGCTAAAGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGGGACTACATGCGATTGCAAAGCTTATGCAGAGCTAAAGAAAC  600

seq1  TCTCAGACATGAACACAGAATATTTCCAGCTGATCTTAGAAGGCTGTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGACATGAACACAGAATATTTCCAGCTGATCTTAGAAGGCTGTTAA  650

seq1  AGGGGCCTGGGGCACAATTCCCCAAGTTCCATCCCTCACTGACAAAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCTGGGGCACAATTCCCCAAGTTCCATCCCTCACTGACAAAAAGA  700

seq1  AAATTCTGAGCAGCAAATCTGAGCCCAAAGAAGCATGAACATTCTATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTGAGCAGCAAATCTGAGCCCAAAGAAGCATGAACATTCTATTTC  750

seq1  TAGCAGAAGGTTCATTGTTTGTCCAGAGTCACTGGAGCAGCATTGAAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAAGGTTCATTGTTTGTCCAGAGTCACTGGAGCAGCATTGAAGAT  800

seq1  GAATTAAATCTATGAAAAAGCTCTTCAGGACACTGTTCTAGCCTAAAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAATCTATGAAAAAGCTCTTCAGGACACTGTTCTAGCCTAAAACC  850

seq1  TATATCACTGAGCCTTTCTTTCCAGTTTCATTGAGGAAACTCTCAGGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATATCACTGAGCCTTTCTTTCCAGTTTCATTGAGGAAACTCTCA-GTTT  899

seq1  ACTTA-GTA-GCCACTCTCCTTATGCCCTGTAAATCATCCCACTTCCAGG  948
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGTAGGCCACTCTCCTTATGCCCTGTAAATCATCCCACTTCCAGG  949

seq1  AAGGTTGTGAGGCAATTGTTTAAAAT-AAATATTGAACCATGGATTCCTC  997
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGG-TGTGAGGCAATTGTTTAAAATAAAATATTGAACCATGGATTCCTC  998

seq1  TTGTCCAGGAATAATTAAATATTCCATTTATTTTATAAAGTTATTCATCT  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||| 
seq2  TTGTCCAGGAATAATT-AATATTCCATTTATTTTTATAAGTTATTCATC-  1046

seq1  TATTTTACATGTATTAGTGTTTTTTCTGCATGTGCATGCAGTGCCTGCTG  1097
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATTTAACATGTATTAGTG-TTTTTCTGCATGTGCATGCAGTG-CTGCTG  1094

seq1  AGGCCAGAAAACAGTGCTGGAATCCTTAAAAC-TAAAGTTGCCTAAGTTT  1146
      | ||||||||   ||||||  || |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  A-GCCAGAAA--CGTGCTG--AT-CTTAAAACTTAAAGTTG-CTAAGTTT  1137

seq1  GTGGATCTCCATA-TACATCTTTGGAACCAAATCTGGGTCTTC-TATAAG  1194
      || ||||  |||| ||||||||  ||  | | ||||||||||| ||||||
seq2  GT-GATCCTCATATTACATCTT--GA--CGAGTCTGGGTCTTCTTATAAG  1182

seq1  AG-AAGCCAGTGTT  1207
      || ||| |||||||
seq2  AGAAAGTCAGTGTT  1196

seq1: chr1_3651455_3652605
seq2: B6Ng01-267E18.g_66_1211 (reverse)

seq1  ATAGGAATTTGGGAAGACTGATGAA-GCACTACTAAGCTTGATGGTGACA  49
      |||||||||||| |  ||||||||| |||||||||  || ||||   |||
seq2  ATAGGAATTTGGAAGAACTGATGAAGGCACTACTAGCCTGGATGTGAACA  50

seq1  TAGTTTAATAATGCCATCATTGTTGATTCACCACTACTGATCCTAAGATT  99
       |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGTTTAATAATG-CATCATTGTGGA-TCACCACTACTGAT-CTAAGATT  97

seq1  TGAAAGCCCACCT-ACTAG-ATATGGGATAAATTCTCTGATTTTGTTTAC  147
      || |||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  TG-AAGCCCACCTAACTAGAATAT-GGATAAA-TCTCTGA-TTTGGTTAC  143

seq1  TTCGC-TCTTTGCTAAATTTCTTCTTTCTCCAGCTAATAG-AAATGGATA  195
      ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCGCTTCTTTGCTAAA-TTCTTC-TTCTCCAGCTAATAGAAAATGGATA  191

seq1  ATTCTTATGTGCAAACCAGAGAATGTTTGGGTATGATTGTCTGATAAAAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTATGTGCAAACCAGAGAATGTTTGGGTATGATTGTCTGATAAAAT  241

seq1  CAGGCTCCTGCCTCCCTACTCAAGTGATTTCAATCTTAAGGTGGGCAAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCCTGCCTCCCTACTCAAGTGATTTCAATCTTAAGGTGGGCAAAT  291

seq1  AGCATTACTTTAGCTAACTTGTTGTTGCTGTTTGTTTTTCAAAATAAAAA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCATTACTTTAGCTAACTTGTTGTTGCTG-TTGTTTTTCAAAATAAAAA  340

seq1  CACAACTAATGTGTATGCTCTCATTAGTCAGTGCCAGGATACTATCTTAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTAATGTGTATGCTCTCATTAGTCAGTGCCAGGATACTATCTTAA  390

seq1  GTCTTGAATAAATGTTGAGCCAGACCATCACTTTATCAGAAGAAAAATAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAATAAATGTTGAGCCAGACCATCACTTTATCAGAAGAAAAATAA  440

seq1  CCACCACAGGTTACTTGTGACTGCCAATTTTAATAGTACTATCTCCCTTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAGGTTACTTGTGACTGCCAATTTTAATAGTACTATCTCCCTTA  490

seq1  GAAATATAAAGCCTCGGGAGATTCACTTCTCATTTGTGCTACAGTAGCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATAAAGCCTCGGGAGATTCACTTCTCATTTGTGCTACAGTAGCAG  540

seq1  CTACGAATGGTGATAAATTGTTTGGGGAAAGCCTTTTTGAATTGACCTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGAATGGTGATAAATTGTTTGGGGAAAGCCTTTTTGAATTGACCTAC  590

seq1  ATTTTCTAAATGATGGATATTAATTTTACTTTTGCAAAACAGGAAATTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAAATGATGGATATTAATTTTACTTTTGCAAAACAGGAAATTAA  640

seq1  TTAACAAGCTGAAAGTCTATTAAGTCAAAAGAAGCCTTTCCAAGTTCTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAGCTGAAAGTCTATTAAGTCAAAAGAAGCCTTTCCAAGTTCTTT  690

seq1  CCTCTGCTTCCCTGAAGATCCCTTCTTCTGTAACACTGTCACAACAATAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTTCCCTGAAGATCCCTTCTTCTGTAACACTGTCACAACAATAC  740

seq1  AATGTAGTGCCAGGAACTAATGGTAGACTGCCTTGGGACCATTATGCTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGTGCCAGGAACTAATGGTAGACTGCCTTGGGACCATTATGCTCT  790

seq1  AACTGCCCCCTTGGCTTTGATTGTTTACTCTCTGCTACAAGAGAGATATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCCCCTTGGCTTTGATTGTTTACTCTCTGCTACAAGAGAGATATG  840

seq1  AGATCTGAAAAGAATTGAGCCCCAAACTGAGATCTTTATTCATGACTATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAAAAGAATTGAGCCCCAAACTGAGATCTTTATTCATGACTATT  890

seq1  GTCAAAGCTGCAAAGGGAAGGGGAGAGTCAAGTCGTGCTTTCAACATAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGCTGCAAAGGGAAGGGGAGAGTCAAGTCGTGCTTTCAACATAAA  940

seq1  TGAAATTTCTCAGATTGGCAGCTCAGATAGCTGTTGTCCCTTGTAAATAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTCTCAGATTGGCAGCTCAGATAGCTGTTGTCCCTTGTAAATAT  990

seq1  AGTACACTTGGTAGGAAGTTAAAGCAAAATCATCTAAAGTCTTCTACAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACTTGGTAGGAAGTTAAAGCAAAATCATCTAAAGTCTTCTACAAG  1040

seq1  GCATATTCTCTGTCTACCCCACTTTTCTGTATGTGGATGACTTTGTTTGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCTCTGTCTACCCCACTTTTCTGTATGTGGATGACTTTGTTTGA  1090

seq1  ATCATCCTTACATACCTCACACATTGCCCACTGTTGTGCTTGTACAAAAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCTTACATACCTCACACATTGCCCACTGTTGTGCTTGTACAAAAG  1140

seq1  GAATTC  1151
      ||||||
seq2  GAATTC  1146