BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267G08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,952,814 - 83,087,225
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272
Upstream geneIrs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225
Downstream geneCcl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958, 5033414K04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267G08.bB6Ng01-267G08.g
ACCGA070526GA070527
length1,1311,017
definitionB6Ng01-267G08.b B6Ng01-267G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,086,089 - 83,087,225)(82,952,814 - 82,953,816)
sequence
gaattcactgtctgcactgaactttctcaccccagtcacagaatcagaga
ataataggatagcaacatgacacaggaacctgtctccaaagatgttggca
tatcatgccaggtcatcttcccaagggggttatttttcattttaattaaa
tcaccttttaaaaaaagttttacatttatttatttaagtgcataccacaa
catacacacttgggatcagactacgacttcccttctaccgtgtgggtcct
gggcattgatctcaggtcatcaggactggcagcaagcacctttagctgta
atctcatcagcctctaattcattttttaaatgtccaccaatgatgtaagc
cattagagatttttcagtgtattatttctgggtcactgtcatccggaggc
tttgacagaaccaacctctgaaaggaattatttgttttgtcttgtggtgc
ctgagggttcagatcctgatggagtggcaattagggtactacagatcgat
tcacagtgtaggagcctgtggtagggattgttcagattactgacaataca
caatagggcagagagagccctccaccaaccaggagctgagcataatcttc
caaggcctccctctacagacatacttccaccagctcggtgccatacctac
accattccataccatcccacaccatcccaaagccttacaccatcccataa
cacccccagctaggggaaaagcattaagtaaataaatacatataaaagtc
tgtgagaaacatttctgatttgaaagttatcaaactaggttaaatactca
tataagaaaatactaggacatgatttttaaacattttatttgacttgagg
tattttactaaggggtgtggcccagcattcatgctgctgtgattggctct
cagaagacccgtttctccacaagcttcactctctattgtccatgaacttg
ggttctctcctggagtttcatcgagttttgcttctggaagctcttaaacc
agtctcagaggatattgccttggggcaggcaagcgggacggagcttatag
tcagctcaggccatgcagagctcagtctagggaggaggcaggccaggatg
gtgaacgaagcccagcagtctttaggtgctt
gaattctgggctccagggacccaggaaggctgtgcaagcaatgggtgctc
ttccatcttccctcactgtgttgaaagcatgactgcctttctgtgaagct
gtgtgcagggcttacagaccacaggcatcttcagggagcccctgggccac
atggcgtgtgggcttctgagatgtccacaagtaaagatgacacctagatg
ctgccttcagagagcttgtaagagaaaggaagtctgtggagtgggaacga
gaaataagaacagaatcaaaggtgcaaaccccagtgtcctctttacatgc
aatggagtcatctgggctgcagtcaacttcccatctttgcatatgaggca
taactgtgtgattcatctaatgggcacccaggccttaatggaaggtttaa
attaagcactctgtgtttataaccatccatattataatgatgtttatggt
gtttataaccatccatattataatgatgtagcttttggtatcttccactt
tgaatcagaaattaattttagtctttgattatggagtataaattcatgag
cataaaacatatcgacccagcctgacccaggtttctagaagaataatcta
gagtgtatttgctaagcagtagcgttgttattgtagctaagggaggactt
tacataaggcaggaacggaatttacgtggagaggatcctaatatggcttt
gatcctggtgaggcttacgggcttgttcaccaacagaaaggtgacaaaga
aggctcttcttagaattgaagacccagaaatgaacccacacacctatggt
cacttgatcttcgacaagggagctaaatccatccagtggaagaaagacag
cattttcaacaattggtgctggcacatctggttgttatcgtgtagaagaa
tgcggaatcgatccatacttatctccttgtactaaggtcaaatctaagtg
gatcaagggaacttcacataaaaccagagacactgaaacttatataggag
gagaaagtgggggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_83086089_83087225
seq2: B6Ng01-267G08.b_47_1177 (reverse)

seq1  AAGCACCTAAAGGACCTTGCTGGGCTTCTGTTCA-CATCCTGCCCTGCCT  49
      ||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
seq2  AAGCACCTAAA-GAC--TGCTGGGCTTC-GTTCACCATCCTGGCCTGCCT  46

seq1  CCTCCCTAGACCTGAGCTCTGCATGGCCTGAGCTGACCTTATAGCTCTGT  99
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||
seq2  CCTCCCTAGA-CTGAGCTCTGCATGGCCTGAGCTGACTATA-AGCTCCGT  94

seq1  CCCGCTTTGCCTGCCCCAAGGCAATATCCTCTGAGACTGGTTTAAGAGCT  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGC-TTGCCTGCCCCAAGGCAATATCCTCTGAGACTGGTTTAAGAGCT  143

seq1  TCCAGAAGCAAAACTCGATGAAACTCCAGGAGAGAA-CCAAGTTCATGGA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCAGAAGCAAAACTCGATGAAACTCCAGGAGAGAACCCAAGTTCATGGA  193

seq1  CAAATAGAGAGTGAAGCTTGTGGAGAAACGGGTCTTCTGAGAGCCAATCA  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AATAGAGAGTGAAGCTTGTGGAGAAACGGGTCTTCTGAGAGCCAATCA  242

seq1  CAGCAGCATGAATGCTGGGCCACACCCCTTAGTAAAATACCTCAAGTCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCATGAATGCTGGGCCACACCCCTTAGTAAAATACCTCAAGTCAA  292

seq1  ATAAAATGTTTAAAAATCATGTCCTAGTATTTTCTTATATGAGTATTTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTTTAAAAATCATGTCCTAGTATTTTCTTATATGAGTATTTAA  342

seq1  CCTAGTTTGATAACTTTCAAATCAGAAATGTTTCTCACAGACTTTTATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTGATAACTTTCAAATCAGAAATGTTTCTCACAGACTTTTATAT  392

seq1  GTATTTATTTACTTAATGCTTTTCCCCTAGCTGGGGGTGTTATGGGATGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTATTTACTTAATGCTTTTCCCCTAGCTGGGGGTGTTATGGGATGG  442

seq1  TGTAAGGCTTTGGGATGGTGTGGGATGGTATGGAATGGTGTAGGTATGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGCTTTGGGATGGTGTGGGATGGTATGGAATGGTGTAGGTATGGC  492

seq1  ACCGAGCTGGTGGAAGTATGTCTGTAGAGGGAGGCCTTGGAAGATTATGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGCTGGTGGAAGTATGTCTGTAGAGGGAGGCCTTGGAAGATTATGC  542

seq1  TCAGCTCCTGGTTGGTGGAGGGCTCTCTCTGCCCTATTGTGTATTGTCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTGGTTGGTGGAGGGCTCTCTCTGCCCTATTGTGTATTGTCAG  592

seq1  TAATCTGAACAATCCCTACCACAGGCTCCTACACTGTGAATCGATCTGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGAACAATCCCTACCACAGGCTCCTACACTGTGAATCGATCTGTA  642

seq1  GTACCCTAATTGCCACTCCATCAGGATCTGAACCCTCAGGCACCACAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCTAATTGCCACTCCATCAGGATCTGAACCCTCAGGCACCACAAGA  692

seq1  CAAAACAAATAATTCCTTTCAGAGGTTGGTTCTGTCAAAGCCTCCGGATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAATAATTCCTTTCAGAGGTTGGTTCTGTCAAAGCCTCCGGATG  742

seq1  ACAGTGACCCAGAAATAATACACTGAAAAATCTCTAATGGCTTACATCAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGACCCAGAAATAATACACTGAAAAATCTCTAATGGCTTACATCAT  792

seq1  TGGTGGACATTTAAAAAATGAATTAGAGGCTGATGAGATTACAGCTAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGACATTTAAAAAATGAATTAGAGGCTGATGAGATTACAGCTAAAG  842

seq1  GTGCTTGCTGCCAGTCCTGATGACCTGAGATCAATGCCCAGGACCCACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCTGCCAGTCCTGATGACCTGAGATCAATGCCCAGGACCCACAC  892

seq1  GGTAGAAGGGAAGTCGTAGTCTGATCCCAAGTGTGTATGTTGTGGTATGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGGGAAGTCGTAGTCTGATCCCAAGTGTGTATGTTGTGGTATGC  942

seq1  ACTTAAATAAATAAATGTAAAACTTTTTTTAAAAGGTGATTTAATTAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATAAATAAATGTAAAACTTTTTTTAAAAGGTGATTTAATTAAAA  992

seq1  TGAAAAATAACCCCCTTGGGAAGATGACCTGGCATGATATGCCAACATCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATAACCCCCTTGGGAAGATGACCTGGCATGATATGCCAACATCT  1042

seq1  TTGGAGACAGGTTCCTGTGTCATGTTGCTATCCTATTATTCTCTGATTCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACAGGTTCCTGTGTCATGTTGCTATCCTATTATTCTCTGATTCT  1092

seq1  GTGACTGGGGTGAGAAAGTTCAGTGCAGACAGTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGGGGTGAGAAAGTTCAGTGCAGACAGTGAATTC  1131

seq1: chr1_82952814_82953816
seq2: B6Ng01-267G08.g_69_1076

seq1  GAATTCTGGGCTCCAGGGACCCAGGAAGGCTGTGCAAGCAATGGGTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGCTCCAGGGACCCAGGAAGGCTGTGCAAGCAATGGGTGCTC  50

seq1  TTCCATCTTCCCTCACTGTGTTGAAAGCATGACTGCCTTTCTGTGAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCTTCCCTCACTGTGTTGAAAGCATGACTGCCTTTCTGTGAAGCT  100

seq1  GTGTGCAGGGCTTACAGACCACAGGCATCTTCAGGGAGCCCCTGGGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCAGGGCTTACAGACCACAGGCATCTTCAGGGAGCCCCTGGGCCAC  150

seq1  ATGGCGTGTGGGCTTCTGAGATGTCCACAAGTAAAGATGACACCTAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCGTGTGGGCTTCTGAGATGTCCACAAGTAAAGATGACACCTAGATG  200

seq1  CTGCCTTCAGAGAGCTTGTAAGAGAAAGGAAGTCTGTGGAGTGGGAACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTCAGAGAGCTTGTAAGAGAAAGGAAGTCTGTGGAGTGGGAACGA  250

seq1  GAAATAAGAACAGAATCAAAGGTGCAAACCCCAGTGTCCTCTTTACATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGAACAGAATCAAAGGTGCAAACCCCAGTGTCCTCTTTACATGC  300

seq1  AATGGAGTCATCTGGGCTGCAGTCAACTTCCCATCTTTGCATATGAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTCATCTGGGCTGCAGTCAACTTCCCATCTTTGCATATGAGGCA  350

seq1  TAACTGTGTGATTCATCTAATGGGCACCCAGGCCTTAATGGAAGGTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTGTGATTCATCTAATGGGCACCCAGGCCTTAATGGAAGGTTTAA  400

seq1  ATTAAGCACTCTGTGTTTATAACCATCCATATTATAATGATGTTTATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCACTCTGTGTTTATAACCATCCATATTATAATGATGTTTATGGT  450

seq1  GTTTATAACCATCCATATTATAATGATGTAGCTTTTGGTATCTTCCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAACCATCCATATTATAATGATGTAGCTTTTGGTATCTTCCACTT  500

seq1  TGAATCAGAAATTAATTTTAGTCTTTGATTATGGAGTATAAATTCATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAGAAATTAATTTTAGTCTTTGATTATGGAGTATAAATTCATGAG  550

seq1  CATAAAACATATCGACCCAGCCTGACCCAGGTTTCTAGAAGAATAATCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACATATCGACCCAGCCTGACCCAGGTTTCTAGAAGAATAATCTA  600

seq1  GAGTGTATTTGCTAAGCAGTAGCGTTGTTATTGTAGCTAAGGGAGGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTATTTGCTAAGCAGTAGCGTTGTTATTGTAGCTAAGGGAGGACTT  650

seq1  TACATAAGGCAGGAACGGAATTTACGTGGAGAGGATCCTAATATGGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGGCAGGAACGGAATTTACGTGGAGAGGATCCTAATATGGCTTT  700

seq1  GATCCTGGTGAGGCTTACGGGCTTGTTCACCAACAGAAAGGTGACAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGGTGAGGCTTACGGGCTTGTTCACCAACAGAAAGGTGACAAAGA  750

seq1  AGGCTCTTCTTAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTTCTTAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGT  800

seq1  CACTTGATCTTCGACAAGGGAGCTAAATCCATCCAGTGGAAGAAAGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGATCTTCGACAAGGGAGCTAAATCCATCCAGTGGAAGAAAGACAG  850

seq1  CATTTTCAACAATTGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCGTGTAGAAGAA  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAACAATTGGTGCTGGCACATCTGGTTGTTATCGTGTAGAAGAA  900

seq1  TGC-GAATCGATCCATACTTATCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAGTG  949
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGAATCGATCCATACTTATCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAGTG  950

seq1  GATCAA-GGAACTTCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATA---GAG  995
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  GATCAAGGGAACTTCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATATAGGAG  1000

seq1  GAGAAAGT  1003
      ||||||||
seq2  GAGAAAGT  1008