BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267J04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 64,802,074 - 64,928,410
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430067K14Rik
Upstream gene4933402D24Rik, LOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5
Downstream geneLOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik, Idh1, Pip5k3, Pthr2, LOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267J04.bB6Ng01-267J04.g
ACCGA070659GA070660
length1,1561,132
definitionB6Ng01-267J04.b B6Ng01-267J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,927,245 - 64,928,410)(64,802,074 - 64,803,228)
sequence
gaattctatggttccaattcatttagcaactgaattagatagaagcagca
tttcttttagccctcaaaatattctcatttgctacttcagtacttctgga
tttgttcagagcttgtgttccttgtgcctgtagttgtggatgatatgaaa
agctacacatgggaatcctattggatacctttccattataatatttagct
ttggctaaagtatcccaaatacggcatgcacttggaagttaaatagaagg
gccctcctcttatggatgcctggcattctccactccagcaggctcgtggt
ttgccaccatgtactatgccttatagccagaccagcaagaaagaagtgga
agtttagggcaaaggccttaagaggctagtcccacagccacgggaaggaa
gacagcagtcctcttccctttcttcatttttgtcttacagacttgctccc
agccatgacataaagcaatgcatagcattctgagggctggaaggacagtc
agggaaggaggagaagcacacatgggtattcatgccagttgagaccactg
aacagtgactgaaaccagtcacctactaagagtgaggaagatgctttcta
gttcgtttctccttgattccctgtttgtcccttatccacctgtccaggcc
tacaaagagtttgaatggataaataaaaaaaaataactggtcaaatgagt
caaaatattcagtcaggcatgtctcttgggaaggccaggctaccctaagg
catacagtactgtttttacttaagtcttttacctttctgcttgcatcaat
cttgaagccttttcttgataaactccaattttgctacattgaaacatgtg
tagtgcagtttctgagataactgttaaatctttcctctcccagaactgct
taagaacctttataaccagtctagccaacatcactcttcccctctcccgt
caagcccttacattaggtgagttattaaaggttcatataagggtcaagtt
tgcccagtgtagctgagtgtattgtctactttctctcatacctgtactca
ccaagactattgttactcagttagtcacagtagtgggattgaacaacgtt
ggcaaaactgaaggcaattcacaacagtgctggtccatggcctcagtata
gcatta
gaattcactatgtagcccaggctggcctcaaatttgaatttgcaattctt
ctgcctcagcctctggagtactaggattacagggctgtgacaccatctct
gtgttaaatcccccaattctaacgtgcgtctaaaactgagagccattgtt
atatgctggctcaaggtaaggctatgtaggatgaacccagccaaatgtac
aaacagaagtcaaccaaaacaaaatgactaaggagaaacccaagctatac
ttaaaccccaacccagggtgctatttctcctcttacaggcagaaatctta
cttcctatcagcaagtcaacaggatggaaaaggtggttgttttaagcacg
atccttcctttataaacagcttttcttcttctcacctcttaaagaaaaaa
caaaaaacaaaatacaaaaaaaaacacccaaacctgccgtgtgctgccga
agtgacgtttgcagactgcagcagagctctgagacccttttatgcaccaa
gccccccactaaatcctcagtgcattatctccctcatccccacaaccccc
agtaataacagcctctcccattttccccacgtgacagatgaggaaacccc
tgtatgaagagattaagtaacctgctggagggcaagtcgtgagtagctgg
cagtgcttaacttgcaaggatccggcctgctctaactccattgtggtttt
atgtgccggtgccaacttgcctctgctgttacatagttggacaaagataa
tgccacgtggatttcattccttcagagtccagggcaatgggctgggatac
tgtgtccagaaaaaaaaaaaaaaaaacacaggattacctctggatactgg
aatggacttagggtcttatcccattattttactgaaaggaaatgggacca
agaagacagcaagaagaactgggcgagaggagctcctcaacacccccctt
cttttccagtggggttagtcatcactggcagctaggcctctcctggtctc
tttcacactaatgtggctgtgccttcatagttgcttgtgcagtgtcatta
ttctaacatgcagcattcagaaggaccatactgtttgtatcacataaagc
agctctcctcagtcgcagccagctcagtagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_64927245_64928410
seq2: B6Ng01-267J04.b_46_1201 (reverse)

seq1  TAATACTATACTGAGCGCCTATGGACCAGCACTGTTGTGAAT--GCTTCA  48
      |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TAATGCTATACTGAG-GCC-ATGGACCAGCACTGTTGTGAATTGCCTTCA  48

seq1  GTTTTGCAAACGTGTTCCATTCCCACTACTGTGACTAACCTGAGTTAAAC  98
      ||||||| |||||  | || |||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  GTTTTGCCAACGTTGTTCAATCCCACTACTGTGACTAA-CTGAGT--AAC  95

seq1  AATAGTCTTTGTTTGAAGTACAGGGTATGAGAGAAAGTAGAACAATACAC  148
      ||||||||| ||    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATAGTCTTGGT---GAGTACA-GGTATGAGAGAAAGTAG-ACAATACAC  140

seq1  TCAGCTACACTGGGCAAACTTTGAACCCCTTATATGAA-CTTTAATAACT  197
      ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGCTACACTGGGCAAAC-TTGA--CCCTTATATGAACCTTTAATAACT  187

seq1  CACCTAATGTAAAGGCTTGACGGGAGAGGGGAAGAGTGATGTTGGCTAGA  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAATGTAAGGGCTTGACGGGAGAGGGGAAGAGTGATGTTGGCTAGA  237

seq1  CTGGTTATAAAGGTTCTTAAGCAGTTCTGGGAGAGGAAAGATTTAACAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTATAAAGGTTCTTAAGCAGTTCTGGGAGAGGAAAGATTTAACAGT  287

seq1  TATCTCAGAAACTGCACTACACATGTTTCAATGTAGCAAAATTGGAGTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGAAACTGCACTACACATGTTTCAATGTAGCAAAATTGGAGTTT  337

seq1  ATCAAGAAAAGGCTTCAAGATTGATGCAAGCAGAAAGGTAAAAGACTTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAAAGGCTTCAAGATTGATGCAAGCAGAAAGGTAAAAGACTTAA  387

seq1  GTAAAAACAGTACTGTATGCCTTAGGGTAGCCTGGCCTTCCCAAGAGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAACAGTACTGTATGCCTTAGGGTAGCCTGGCCTTCCCAAGAGACA  437

seq1  TGCCTGACTGAATATTTTGACTCATTTGACCAGTTATTTTTTTTTATTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGACTGAATATTTTGACTCATTTGACCAGTTATTTTTTTTTATTTA  487

seq1  TCCATTCAAACTCTTTGTAGGCCTGGACAGGTGGATAAGGGACAAACAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCAAACTCTTTGTAGGCCTGGACAGGTGGATAAGGGACAAACAGG  537

seq1  GAATCAAGGAGAAACGAACTAGAAAGCATCTTCCTCACTCTTAGTAGGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAAGGAGAAACGAACTAGAAAGCATCTTCCTCACTCTTAGTAGGTG  587

seq1  ACTGGTTTCAGTCACTGTTCAGTGGTCTCAACTGGCATGAATACCCATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTCAGTCACTGTTCAGTGGTCTCAACTGGCATGAATACCCATGT  637

seq1  GTGCTTCTCCTCCTTCCCTGACTGTCCTTCCAGCCCTCAGAATGCTATGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTCCTCCTTCCCTGACTGTCCTTCCAGCCCTCAGAATGCTATGC  687

seq1  ATTGCTTTATGTCATGGCTGGGAGCAAGTCTGTAAGACAAAAATGAAGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTATGTCATGGCTGGGAGCAAGTCTGTAAGACAAAAATGAAGAA  737

seq1  AGGGAAGAGGACTGCTGTCTTCCTTCCCGTGGCTGTGGGACTAGCCTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAGGACTGCTGTCTTCCTTCCCGTGGCTGTGGGACTAGCCTCTT  787

seq1  AAGGCCTTTGCCCTAAACTTCCACTTCTTTCTTGCTGGTCTGGCTATAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTTTGCCCTAAACTTCCACTTCTTTCTTGCTGGTCTGGCTATAAG  837

seq1  GCATAGTACATGGTGGCAAACCACGAGCCTGCTGGAGTGGAGAATGCCAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTACATGGTGGCAAACCACGAGCCTGCTGGAGTGGAGAATGCCAG  887

seq1  GCATCCATAAGAGGAGGGCCCTTCTATTTAACTTCCAAGTGCATGCCGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCATAAGAGGAGGGCCCTTCTATTTAACTTCCAAGTGCATGCCGTA  937

seq1  TTTGGGATACTTTAGCCAAAGCTAAATATTATAATGGAAAGGTATCCAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATACTTTAGCCAAAGCTAAATATTATAATGGAAAGGTATCCAAT  987

seq1  AGGATTCCCATGTGTAGCTTTTCATATCATCCACAACTACAGGCACAAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCCATGTGTAGCTTTTCATATCATCCACAACTACAGGCACAAGG  1037

seq1  AACACAAGCTCTGAACAAATCCAGAAGTACTGAAGTAGCAAATGAGAATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAGCTCTGAACAAATCCAGAAGTACTGAAGTAGCAAATGAGAATA  1087

seq1  TTTTGAGGGCTAAAAGAAATGCTGCTTCTATCTAATTCAGTTGCTAAATG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGGCTAAAAGAAATGCTGCTTCTATCTAATTCAGTTGCTAAATG  1137

seq1  AATTGGAACCATAGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAACCATAGAATTC  1156

seq1: chr1_64802074_64803228
seq2: B6Ng01-267J04.g_69_1200

seq1  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATTTGAATTTGCAATTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAATTTGAATTTGCAATTCTT  50

seq1  CTGCCTCAGCCTCTGGAGTACTAGGATTACAGGGCTGTGACACCATCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAGCCTCTGGAGTACTAGGATTACAGGGCTGTGACACCATCTCT  100

seq1  GTGTTAAATCCCCCAATTCTAACGTGCGTCTAAAACTGAGAGCCATTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAATCCCCCAATTCTAACGTGCGTCTAAAACTGAGAGCCATTGTT  150

seq1  ATATGCTGGCTCAAGGTAAGGCTATGTAGGATGAACCCAGCCAAATGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGGCTCAAGGTAAGGCTATGTAGGATGAACCCAGCCAAATGTAC  200

seq1  AAACAGAAGTCAACCAAAACAAAATGACTAAGGAGAAACCCAAGCTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGTCAACCAAAACAAAATGACTAAGGAGAAACCCAAGCTATAC  250

seq1  TTAAACCCCAACCCAGGGTGCTATTTCTCCTCTTACAGGCAGAAATCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCCCAACCCAGGGTGCTATTTCTCCTCTTACAGGCAGAAATCTTA  300

seq1  CTTCCTATCAGCAAGTCAACAGGATGGAAAAGGTGGTTGTTTTAAGCACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTATCAGCAAGTCAACAGGATGGAAAAGGTGGTTGTTTTAAGCACG  350

seq1  ATCCTTCCTTTATAAACAGCTTTTCTTCTTCTCACCTCTTAAAGAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCTTTATAAACAGCTTTTCTTCTTCTCACCTCTTAAAGAAAAAA  400

seq1  CAAAAAACAAAATACAAAAAAAAACACCCAAACCTGCCGTGTGCTGCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACAAAATACAAAAAAAAACACCCAAACCTGCCGTGTGCTGCCGA  450

seq1  AGTGACGTTTGCAGACTGCAGCAGAGCTCTGAGACCCTTTTATGCACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACGTTTGCAGACTGCAGCAGAGCTCTGAGACCCTTTTATGCACCAA  500

seq1  GCCCCCCACTAAATCCTCAGTGCATTATCTCCCTCATCCCCACAACCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCACTAAATCCTCAGTGCATTATCTCCCTCATCCCCACAACCCCC  550

seq1  AGTAATAACAGCCTCTCCCATTTTCCCCACGTGACAGATGAGGAAACCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAACAGCCTCTCCCATTTTCCCCACGTGACAGATGAGGAAACCCC  600

seq1  TGTATGAAGAGATTAAGTAACCTGCTGGAGGGCAAGTCGTGAGTAGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGAAGAGATTAAGTAACCTGCTGGAGGGCAAGTCGTGAGTAGCTGG  650

seq1  CAGTGCTTAACTTGCAAGGATCCGGCCTGCTCTAACTCCATTGTGGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTAACTTGCAAGGATCCGGCCTGCTCTAACTCCATTGTGGTTTT  700

seq1  ATGTGCCGGTGCCAACTTGCCTCTGCTGTTACATAGTTGGACAAAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCGGTGCCAACTTGCCTCTGCTGTTACATAGTTGGACAAAGATAA  750

seq1  TGCCACGTGGATTTCATTCCTTCAGAGTCCAGGGCAATGGGCTGGGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACGTGGATTTCATTCCTTCAGAGTCCAGGGCAATGGGCTGGGATAC  800

seq1  TGTGTCCAG-AAAAAAAAAAAAAAAACACAGGATTACCTCTGGATACTGG  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAAACACAGGATTACCTCTGGATACTGG  850

seq1  AATGGACTTAGGGTCTTATCCCATTATTTTACTGAAAGGAAATGGGACCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTTAGGGTCTTATCCCATTATTTTACTGAAAGGAAATGGGACCA  900

seq1  AGAAGACAGCAAGAAGAACTGGGCGAGAGGAGCTCCTCAACACCCCC--T  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AGAAGACAGCAAGAAGAACTGGGCGAGAGGAGCTCCTCAACACCCCCCTT  950

seq1  C-TTTCCAGTGGGGTTAGTCATCACTGGGCAGCTAGGGCTCTCCT-GTCT  995
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTTTTCCAGTGGGGTTAGTCATCACT-GGCAGCTAGGCCTCTCCTGGTCT  999

seq1  TCCTTTCACACTAATGTGGGCTTGTGGCCTTCATTAGTTTGCTTTGGTGG  1045
        |||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  ||| 
seq2  --CTTTCACACTAATGTGG--CTGT-GCCTTCA-TAG-TTGCTT--GTG-  1039

seq1  CCAGTTGTCATTA-TCTAACAATTTGCAGCATTTCAAGAAGGACACATTA  1094
       ||| |||||||| |||||||   |||||||||   |||||||| || ||
seq2  -CAG-TGTCATTATTCTAACA---TGCAGCATT--CAGAAGGAC-CA-TA  1080

seq1  CTGTTTGTATCACCATAAAAGCAGCCTTCTTCCCTCAGCTCGCAAGCCAG  1144
      |||||||||||| ||| ||||||||  |||  |||||| |||| ||||||
seq2  CTGTTTGTATCA-CAT-AAAGCAGC--TCT--CCTCAG-TCGC-AGCCAG  1122

seq1  CTCAGGTAGAA  1155
      |||| ||||||
seq2  CTCA-GTAGAA  1132