BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268G24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 99,516,441 - 99,624,301
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD1Ertd622e, Hisppd1
Upstream geneGm1833, Slco4c1, EG329217, Slco6b1, LOC670708, LOC623430, Slco6c1, EG634331, EG634346
Downstream geneZh2c2, Pam, LOC100041823, LOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868, EG666182
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268G24.bB6Ng01-268G24.g
ACCGA071293GA071294
length1,1811,144
definitionB6Ng01-268G24.b B6Ng01-268G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,623,122 - 99,624,301)(99,516,441 - 99,517,598)
sequence
gaattcaatagcatgtgttatatttcaagagattttttttctacatcttg
taaattgtcttgacaaaacttagaagtattgtcatatgtggtaaacattg
caaatattttttctattcaccggatgtatgtgataacacattaagtaagc
tgtcatgatggtaagaaagtgacttccatgtgcaatggtatgaagaatac
ttaccagagaccctttgttcaggactcaaaggatgagcagtggaaacgag
ctatggattatctaaacgtcgtcaatgagctcaactacatgacgcagatt
gttatcatgctctatgaggatcccaacaaggtaacggagctcttgctttg
cacatgtgaccggaggtaagcaaatacttgaaattcctcactggagacgt
gttcttttgtgtatttcaggacctttcctcagaggaacgctttcatgttg
agttacattttagtcctggagccaaaggctgtgaagaagataagaatttg
ccatctggctatgggtataggccagcatccagggaggtaatgcagacgtt
cagtgcatagctactccgcttcagattttcatgatgtatccacaagcttt
tccattactctataaatcatttccatggcagctagtaggaaaaaaggctt
taccatttaacagtataatctgatggacctggggctggctcagcactcaa
gcattgactgttctgtcaggcagccccagtgttacaagtgacctgttgag
aatgcaggtacaactcccagtgccctgatgctcacaacagtctagagctc
gtttcaggccctctgctggccaccgtgagcacctggcacataacatggta
cccagacatgcatgcaggcaaacacataacaaattacacattaaataaga
ataaatgaatcttattttcaatatatattaaaattttaaatatatattat
accagagcaaataacaagttgatgtctattacaccattgagagtttgatc
tctttagatagtttgggtctaagctgtgtttagaaacatgtaagtatagt
gtagttttcgttctttttgtctgtttgaagtactacttatactgaagcat
gtgccaagcattgcttccttcagtctcaacgggtactgtatttaagactt
agtgcctttctggaaacatgttttagaaaac

gaattccatccaatgagtttactggattgcttacaggggtaaatgttggc
ttagatgcttcaacctcccttctagcccatcacccaccagatgtagaaga
aaagaaaggttaataggaaacgagggttgtggacctctttagaaatagtt
ctttgggtcaattccaatctttgttgtcagcagtccagtcctttagcaaa
ataccgacacaagtcagcagctgcagtctggtccactcagcagtcacccc
tcatgaatcagcgatggcaagccactggaatatcacgagaaattgtctgg
caagttactctctatgaagtcacaaagtcacgacaagtgaagatcagcaa
catggtgccaggtgaagcaatacagactagcaaggcggtgcaaggcaaat
caatgccagagcctcctcccactgtctatggggtcatatttatattcttc
ctaaacaccaagcatcctctcgcgtgtctgcttcggcagaacattctttc
acctgttgaccccaggcaaaacatatgacactactgagcttccaaagaaa
caagaaagttccatttcacgtaagagtgatgttccagtagtatgggggac
cctaaggcagctacattaccaacagcccacccagccttggtgagacagga
aagagagattaatcccagggctccctgtataatctgacatcggctcaaca
ggtctggagggtctcctctcctcagggcttatctaaccttgaggaggcag
ggtagacccctgtgaacctcctttcattcctttcctaaggctactcttgc
ttgcttccagaggctcgtaatcttggcttagtttggaaaggaaagcttcc
ctgcagagtggaatgtttcaagtggagaaactgctactcaacactaccaa
gggagggctcagcaagaggcaagcctttgtaatccagaagaaggacatca
ccaggaatagatctgctagttcttctctttgggctttactgcctcagtac
tgtgaaacagaaatctactggtaatatttcgtgtggatgttgttgttgct
ggttggttgtctatttcaactcatcctggaacactgtcacagtatggtag
cccagctagcctacatcttttcattgttgctcagcctaggtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_99623122_99624301
seq2: B6Ng01-268G24.b_47_1227 (reverse)

seq1  GTTTTCTAAAACATG-TTCCAGAAA-GCACTTAGTCCTAAATACAGTA-C  47
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |
seq2  GTTTTCTAAAACATGTTTCCAGAAAGGCACTAAGTCTTAAATACAGTACC  50

seq1  CGGTGAGAACTGAA-GAAGCCATGCTGGGCACAATGC-TCAGTATAAAGT  95
      || |||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||
seq2  CGTTGAG-ACTGAAGGAAGCAATGCTTGGCAC-ATGCTTCAGTAT-AAGT  97

seq1  AAGTACT--CAACAGACAAAAGAACCGAAAACTACAACTATACTTACATG  143
       ||||||   |||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||
seq2  -AGTACTTCAAACAGACAAAAAGAACGAAAACTAC-ACTATACTTACATG  145

seq1  -TTCTAAACACAGCTTAGAACCCAAACTATCTAAAGAGATCAAACTCTCA  192
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAACACAGCTTAG-ACCCAAACTATCTAAAGAGATCAAACTCTCA  194

seq1  ATGGTGTAATAGACATCAACTTGTTATTTGCTCTGGTATAATATATATTT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTAATAGACATCAACTTGTTATTTGCTCTGGTATAATATATATTT  244

seq1  AAAATTTTAATATATATTGAAAATAAGATTCATTTATTCTTATTTAATGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTAATATATATTGAAAATAAGATTCATTTATTCTTATTTAATGT  294

seq1  GTAATTTGTTATGTGTTTTGCCTGCATGCATGTCTGGGTACCATGTTATG  342
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTTATGTG-TTTGCCTGCATGCATGTCTGGGTACCATGTTATG  343

seq1  TGCCAGGTGCTCACGGTGGCCAGCAGAGGGCCTGAAACGAGCTCTAGACT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGTGCTCACGGTGGCCAGCAGAGGGCCTGAAACGAGCTCTAGACT  393

seq1  GTTGTGAGCATCAGGGCACTGGGAGTTGTACCTGCATTCTCAACAGGTCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGCATCAGGGCACTGGGAGTTGTACCTGCATTCTCAACAGGTCA  443

seq1  CTTGTAACACTGGGGCTGCCTGACAGAACAGTCAATGCTTGAGTGCTGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAACACTGGGGCTGCCTGACAGAACAGTCAATGCTTGAGTGCTGAG  493

seq1  CCAGCCCCAGGTCCATCAGATTATACTGTTAAATGGTAAAGCCTTTTTTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCAGGTCCATCAGATTATACTGTTAAATGGTAAAGCCTTTTTTC  543

seq1  CTACTAGCTGCCATGGAAATGATTTATAGAGTAATGGAAAAGCTTGTGGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGCTGCCATGGAAATGATTTATAGAGTAATGGAAAAGCTTGTGGA  593

seq1  TACATCATGAAAATCTGAAGCGGAGTAGCTATGCACTGAACGTCTGCATT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATGAAAATCTGAAGCGGAGTAGCTATGCACTGAACGTCTGCATT  643

seq1  ACCTCCCTGGATGCTGGCCTATACCCATAGCCAGATGGCAAATTCTTATC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTGGATGCTGGCCTATACCCATAGCCAGATGGCAAATTCTTATC  693

seq1  TTCTTCACAGCCTTTGGCTCCAGGACTAAAATGTAACTCAACATGAAAGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCACAGCCTTTGGCTCCAGGACTAAAATGTAACTCAACATGAAAGC  743

seq1  GTTCCTCTGAGGAAAGGTCCTGAAATACACAAAAGAACACGTCTCCAGTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTGAGGAAAGGTCCTGAAATACACAAAAGAACACGTCTCCAGTG  793

seq1  AGGAATTTCAAGTATTTGCTTACCTCCGGTCACATGTGCAAAGCAAGAGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTCAAGTATTTGCTTACCTCCGGTCACATGTGCAAAGCAAGAGC  843

seq1  TCCGTTACCTTGTTGGGATCCTCATAGAGCATGATAACAATCTGCGTCAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTTACCTTGTTGGGATCCTCATAGAGCATGATAACAATCTGCGTCAT  893

seq1  GTAGTTGAGCTCATTGACGACGTTTAGATAATCCATAGCTCGTTTCCACT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGAGCTCATTGACGACGTTTAGATAATCCATAGCTCGTTTCCACT  943

seq1  GCTCATCCTTTGAGTCCTGAACAAAGGGTCTCTGGTAAGTATTCTTCATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCCTTTGAGTCCTGAACAAAGGGTCTCTGGTAAGTATTCTTCATA  993

seq1  CCATTGCACATGGAAGTCACTTTCTTACCATCATGACAGCTTACTTAATG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCACATGGAAGTCACTTTCTTACCATCATGACAGCTTACTTAATG  1043

seq1  TGTTATCACATACATCCGGTGAATAGAAAAAATATTTGCAATGTTTACCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCACATACATCCGGTGAATAGAAAAAATATTTGCAATGTTTACCA  1093

seq1  CATATGACAATACTTCTAAGTTTTGTCAAGACAATTTACAAGATGTAGAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGACAATACTTCTAAGTTTTGTCAAGACAATTTACAAGATGTAGAA  1143

seq1  AAAAAATCTCTTGAAATATAACACATGCTATTGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTCTTGAAATATAACACATGCTATTGAATTC  1181


seq1: chr1_99516441_99517598
seq2: B6Ng01-268G24.g_64_1207

seq1  GAATTCCATCCAATGAGTTTACTGGATTGCTTACAGGGGTAAATGTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCAATGAGTTTACTGGATTGCTTACAGGGGTAAATGTTGGC  50

seq1  TTAGATGCTTCAACCTCCCTTCTAGCCCATCACCCACCAGATGTAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGCTTCAACCTCCCTTCTAGCCCATCACCCACCAGATGTAGAAGA  100

seq1  AAAGAAAGGTTAATAGGAAACGAGGGTTGTGGACCTCTTTAGAAATAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGTTAATAGGAAACGAGGGTTGTGGACCTCTTTAGAAATAGTT  150

seq1  CTTTGGGTCAATTCCAATCTTTGTTGTCAGCAGTCCAGTCCTTTAGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTCAATTCCAATCTTTGTTGTCAGCAGTCCAGTCCTTTAGCAAA  200

seq1  ATACCGACACAAGTCAGCAGCTGCAGTCTGGTCCACTCAGCAGTCACCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCGACACAAGTCAGCAGCTGCAGTCTGGTCCACTCAGCAGTCACCCC  250

seq1  TCATGAATCAGCGATGGCAAGCCACTGGAATATCACGAGAAATTGTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATCAGCGATGGCAAGCCACTGGAATATCACGAGAAATTGTCTGG  300

seq1  CAAGTTACTCTCTATGAAGTCACAAAGTCACGACAAGTGAAGATCAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTACTCTCTATGAAGTCACAAAGTCACGACAAGTGAAGATCAGCAA  350

seq1  CATGGTGCCAGGTGAAGCAATACAGACTAGCAAGGCGGTGCAAGGCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCCAGGTGAAGCAATACAGACTAGCAAGGCGGTGCAAGGCAAAT  400

seq1  CAATGCCAGAGCCTCCTCCCACTGTCTATGGGGTCATATTTATATTCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCAGAGCCTCCTCCCACTGTCTATGGGGTCATATTTATATTCTTC  450

seq1  CTAAACACCAAGCATCCTCTCGCGTGTCTGCTTCGGCAGAACATTCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACCAAGCATCCTCTCGCGTGTCTGCTTCGGCAGAACATTCTTTC  500

seq1  ACCTGTTGACCCCAGGCAAAACATATGACACTACTGAGCTTCCAAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTGACCCCAGGCAAAACATATGACACTACTGAGCTTCCAAAGAAA  550

seq1  CAAGAAAGTTCCATTTCACGTAAGAGTGATGTTCCAGTAGTATGGGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGTTCCATTTCACGTAAGAGTGATGTTCCAGTAGTATGGGGGAC  600

seq1  CCTAAGGCAGCTACATTACCAACAGCCCACCCAGCCTTGGTGAGACAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGCAGCTACATTACCAACAGCCCACCCAGCCTTGGTGAGACAGGA  650

seq1  AAGAGAGATTAATCCCAGGGCTCCCTGTATAATCTGACATCGGCTCAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGATTAATCCCAGGGCTCCCTGTATAATCTGACATCGGCTCAACA  700

seq1  GGTCTGGAGGGTCTCCTCTCCTCAGGGCTTATCTAACCTTGAGGAGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGAGGGTCTCCTCTCCTCAGGGCTTATCTAACCTTGAGGAGGCAG  750

seq1  GGTAGACCCCTGTGAACCTCCTTTCATTCCTTTCCTAAGGCTACTCTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACCCCTGTGAACCTCCTTTCATTCCTTTCCTAAGGCTACTCTTGC  800

seq1  TTGCTTCCAGAGGCTCGTAATCTTGGCTTAGGTTTGGAAAGGAAAGCTTC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCAGAGGCTCGTAATCTTGGCTTA-GTTTGGAAAGGAAAGCTTC  849

seq1  CCTGCAGAGTGGAATGTTTCAAGTGGAGAAACTGCTACTCAACACTACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAGTGGAATGTTTCAAGTGGAGAAACTGCTACTCAACACTACCA  899

seq1  AGGGAGGGCTCAGCAAGAGGCAAGCCTTTGTAATCCAGAAGAAGGGACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGAGGGCTCAGCAAGAGGCAAGCCTTTGTAATCCAGAAGAA-GGACAT  948

seq1  CACCAGGAATAGAATCTGCTAGTTCCTTCTCTTTGGGCTTTACTGCCTCA  1000
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGAATAG-ATCTGCTAGTT-CTTCTCTTTGGGCTTTACTGCCTCA  996

seq1  GTTACTGTGAAACAGAAAATCTACTGGTAAATATTTCGTTGTTGATGTTT  1050
      | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||| 
seq2  G-TACTGTGAAACAG-AAATCTACTGGT-AATATTTCG-TGTGGATGTT-  1041

seq1  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTAATTTCAACTCATTCTGGAACACTGT  1100
        |||||    || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  -GTTGTT--GCTGGTTGGTTGTCT-ATTTCAACTCATCCTGGAACACTGT  1087

seq1  CACAGTAT-GTAGCCCAGGCTAGCCTACAATCTTTTCCTTGTGCCTCAGC  1149
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||  ||||||
seq2  CACAGTATGGTAGCCCA-GCTAGCCTAC-ATCTTTTCATTGTTGCTCAGC  1135

seq1  CTAAGTGTT  1158
      ||| |||||
seq2  CTAGGTGTT  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |