BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268O10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 125,217,799 - 125,358,797
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp10
Upstream geneLOC666983
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268O10.bB6Ng01-268O10.g
ACCGA071640GA071641
length9171,161
definitionB6Ng01-268O10.b B6Ng01-268O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,217,799 - 125,218,709)(125,357,620 - 125,358,797)
sequence
gaattcttcaagccatttgctggcaataatgatctctttagctgccctac
atagtggactttaaggcaaggttatggtgtcagtttagagagatggagaa
ggacaacctcagtgtgtctctcttaagcttggctcttgaactttcagcag
tcacttccactgctctcccatgatacagttgagttcatgggtgggaggag
tgaagttgtctttctgttacttacttaagtttggctcctttcttttctta
ctattaatattatgatcaataattatgatttactagtgtggcttactgag
actttgaatgactctcctaagtttgcctttataggactgagctagtgatc
acacttatccagtggctgtattaaatgttaataccatgagttagtagatt
ctagtgcctagtatacattaagtagttaatttcttcttcctactgagatt
ggtttgattttgctagttattacaaagtaggtatgttgccatagtttatg
catattttcaattagatattctgagtggggtagctcatatctgaaattcc
agaaattgtgaggctgagataggagaattatgaagtaaagtcaggtctgc
tctacacagagtaaccttatataaaaaattatagaaatagaatatacatg
cttgagattcattgcgaaatacaacttgggtggggggagttggacctcaa
aggtagctagaaataattgtggctgtagtagaattttatataaaattgaa
taagggcaaatggaaggagatgattgaacatttcacagacttaagtttag
catcattgcagtaagcttgaagttgagtctgatactattgaatcctttat
actttgctcagacgtctcaagatctccttttgttattcagagtcttttgt
agcttccctttaacctt

gaattctcacctgaggaataccgaatggctgagaagcacctgaaaaaaat
gttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaatgatttaa
tcttgataggaggttctgggaatcttgtaagttttagctttctgggaagt
aggtgtttctattttctatcttattctccctagacttctttgtcttggtg
tgtgtcttttaatttgggacacacaggacaactagaatttttgggctagg
aagtgaacagaagacataatggactgcacatttgttaatattgggagcat
ggtgaagaaaccttgaatagagtaccacctcagagtggaacaggaagcct
ggactggcaatggcctctgtgactgccatggagggagtccctgagggact
gtggatgttttcctgttcttagaagcatctttccatttcctcagtcttta
gagtctaaggagtgagatttaacagaacaatgctacatctgctctttggg
atacgattcttatccacattctaaaggacatgggattcataaaatgcaac
attcctctaaaaacaaaaggaaagtcgtgtgatgagcaataaaatttgtg
tgtgcatgagtgtgtgtgtacatgtgcatgtatgcacatgcatacagctt
tctgcatgtgagtattgtatgtgcacattgaagcctagagaagacactgg
gtgttctataactccttgccttgttctggcagtgaggatgctccagagac
ctctctcttcctccagcagcaattgcaagcttgtgttgcctcaactcctt
tttatgtggttcctcaggatttgaaatccagtttttatgcctttgcagca
agtcttgccactgagcactctcttcagttcctaattactgtattttatgt
aattaaaaatcaaacatttgtggaaattttaaattcttgacccaactgac
tcttacaaatatctacattcctgccagaggactacagtatctgggatcct
gactgagtctagacactggggagagtattaaatgactctacacatgaagt
gaaagtttagaaacttgaagtctattttggagattgtagcatcaggtcct
cgtgatagagattccattggagtctgcatagctcccaggagagcacttgg
ctcaatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_125217799_125218709
seq2: B6Ng01-268O10.b_47_963

seq1  GAATTCTTCAAGCCATTTGCTGGCAATAATGATCTCTTTAGCTGCCCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAAGCCATTTGCTGGCAATAATGATCTCTTTAGCTGCCCTAC  50

seq1  ATAGTGGACTTTAAGGCAAGGTTATGGTGTCAGTTTAGAGAGATGGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGACTTTAAGGCAAGGTTATGGTGTCAGTTTAGAGAGATGGAGAA  100

seq1  GGACAACCTCAGTGTGTCTCTCTTAAGCTTGGCTCTTGAACTTTCAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACCTCAGTGTGTCTCTCTTAAGCTTGGCTCTTGAACTTTCAGCAG  150

seq1  TCACTTCCACTGCTCTCCCATGATACAGTTGAGTTCATGGGTGGGAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCCACTGCTCTCCCATGATACAGTTGAGTTCATGGGTGGGAGGAG  200

seq1  TGAAGTTGTCTTTCTGTTACTTACTTAAGTTTGGCTCCTTTCTTTTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTGTCTTTCTGTTACTTACTTAAGTTTGGCTCCTTTCTTTTCTTA  250

seq1  CTATTAATATTATGATCAATAATTATGATTTACTAGTGTGGCTTACTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAATATTATGATCAATAATTATGATTTACTAGTGTGGCTTACTGAG  300

seq1  ACTTTGAATGACTCTCCTAAGTTTGCCTTTATAGGACTGAGCTAGTGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAATGACTCTCCTAAGTTTGCCTTTATAGGACTGAGCTAGTGATC  350

seq1  ACACTTATCCAGTGGCTGTATTAAATGTTAATACCATGAGTTAGTAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTATCCAGTGGCTGTATTAAATGTTAATACCATGAGTTAGTAGATT  400

seq1  CTAGTGCCTAGTATACATTAAGTAGTTAATTTCTTCTTCCTACTGAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCCTAGTATACATTAAGTAGTTAATTTCTTCTTCCTACTGAGATT  450

seq1  GGTTTGATTTTGCTAGTTATTACAAAGTAGGTATGTTGCCATAGTTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGATTTTGCTAGTTATTACAAAGTAGGTATGTTGCCATAGTTTATG  500

seq1  CATATTTTCAATTAGATATTCTGAGTGGGGTAGCTCATATCTGAAATTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTCAATTAGATATTCTGAGTGGGGTAGCTCATATCTGAAATTCC  550

seq1  AGAAATTGTGAGGCTGAGATAGGAGAATTATGAAGTAAAGTCAGGTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTGTGAGGCTGAGATAGGAGAATTATGAAGTAAAGTCAGGTCTGC  600

seq1  TCTACACAGAGTAACCTTATATAAAAAATTATAGAAATAGAATATACATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACAGAGTAACCTTATATAAAAAATTATAGAAATAGAATATACATG  650

seq1  CTTGAGATTCATTGCGAAATACAACTTGGGTGGGGGGAGTTGGACCTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATTCATTGCGAAATACAACTTGGGTGGGGGGAGTTGGACCTCAA  700

seq1  AGGTAGCTAGAAATAATTGTGGCTGTAGTAGAATTTTATATAAAATTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTAGAAATAATTGTGGCTGTAGTAGAATTTTATATAAAATTGAA  750

seq1  TAAGGGCAAATGGAAGGAGATGATTGAACATTTCACAGACTTAAG-TTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAAGGGCAAATGGAAGGAGATGATTGAACATTTCACAGACTTAAGTTTAG  800

seq1  CATCATTGCAGTAAGC-TGAAG-TGAGTCTGATACTA-TGAATCCTTTAT  846
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATCATTGCAGTAAGCTTGAAGTTGAGTCTGATACTATTGAATCCTTTAT  850

seq1  ACTTTGCTCAGACGTCTCAAGATCTCC-TTTGGTATTCAGAGTCTTTTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCTCAGACGTCTCAAGATCTCCTTTTGTTATTCAGAGTCTTTTGT  900

seq1  AGCTTCCC-TTAACCTT  911
      |||||||| ||||||||
seq2  AGCTTCCCTTTAACCTT  917


seq1: chr1_125357620_125358797
seq2: B6Ng01-268O10.g_68_1228 (reverse)

seq1  TATATA-TGGGGCAAGTGCTCTCCTGTGGAGCTTTATTCGCAGACTCCAA  49
      |||||| || | |||||||||||||| |||||| |    |||||||||  
seq2  TATATATTGAGCCAAGTGCTCTCCTG-GGAGCTAT----GCAGACTCC--  43

seq1  AATGAAATCTCTATCACAGAGACTTGATGCTACAATCCTCCCCAAAATAG  99
      |||| ||||||||||||   ||| |||||||||||   || |||||||||
seq2  AATGGAATCTCTATCACGAGGACCTGATGCTACAA---TCTCCAAAATAG  90

seq1  ACTTCAGGTTTCT-AACTTTCACTTTCATTGTTTGTAGAGTCCTTTTAAT  148
      |||||| |||||| ||||||||| ||||   | |||||||| | ||||||
seq2  ACTTCAAGTTTCTAAACTTTCAC-TTCA---TGTGTAGAGT-CATTTAAT  135

seq1  ACTCTCCCCAGTGGTCTAGAACTCAAGTCAGGGATCCAGATTACTGTAGT  198
      |||||||||||| |||||| |||| |||||||   ||||| |||||||||
seq2  ACTCTCCCCAGT-GTCTAG-ACTC-AGTCAGGATCCCAGA-TACTGTAGT  181

seq1  CCTCCTGGCAGGAATGTAGATATTTGTAAGAGTCAGTTGGGTCAAGAA-T  247
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCT-CTGGCAGGAATGTAGATATTTGTAAGAGTCAGTTGGGTCAAGAATT  230

seq1  TAAAATTTCCACAAATGTTTGATTTTTAATTACATAAAATACAGTAATTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTCCACAAATGTTTGATTTTTAATTACATAAAATACAGTAATTA  280

seq1  GGAACCTGAAGAGAGTGCTCAGTGGCAAGACTTGCTGCAAAGGCATAAAA  347
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAA-CTGAAGAGAGTGCTCAGTGGCAAGACTTGCTGCAAAGGCATAAAA  329

seq1  ACTGGATTTCAAATCCTGAGGAACCACATAAAAAGGAGTTGAGGCAACAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATTTCAAATCCTGAGGAACCACATAAAAAGGAGTTGAGGCAACAC  379

seq1  AAGCTTGCAATTGCTGCTGGAGGAAGAGAGAGGTCTCTGGAGCATCCTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGCAATTGCTGCTGGAGGAAGAGAGAGGTCTCTGGAGCATCCTCA  429

seq1  CTGCCAGAACAAGGCAAGGAGTTATAGAACACCCAGTGTCTTCTCTAGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGAACAAGGCAAGGAGTTATAGAACACCCAGTGTCTTCTCTAGGC  479

seq1  TTCAATGTGCACATACAATACTCACATGCAGAAAGCTGTATGCATGTGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTGCACATACAATACTCACATGCAGAAAGCTGTATGCATGTGCA  529

seq1  TACATGCACATGTACACACACACTCATGCACACACAAATTTTATTGCTCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCACATGTACACACACACTCATGCACACACAAATTTTATTGCTCA  579

seq1  TCACACGACTTTCCTTTTGTTTTTAGAGGAATGTTGCATTTTATGAATCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACGACTTTCCTTTTGTTTTTAGAGGAATGTTGCATTTTATGAATCC  629

seq1  CATGTCCTTTAGAATGTGGATAAGAATCGTATCCCAAAGAGCAGATGTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTTTAGAATGTGGATAAGAATCGTATCCCAAAGAGCAGATGTAG  679

seq1  CATTGTTCTGTTAAATCTCACTCCTTAGACTCTAAAGACTGAGGAAATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTCTGTTAAATCTCACTCCTTAGACTCTAAAGACTGAGGAAATGG  729

seq1  AAAGATGCTTCTAAGAACAGGAAAACATCCACAGTCCCTCAGGGACTCCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGCTTCTAAGAACAGGAAAACATCCACAGTCCCTCAGGGACTCCC  779

seq1  TCCATGGCAGTCACAGAGGCCATTGCCAGTCCAGGCTTCCTGTTCCACTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCAGTCACAGAGGCCATTGCCAGTCCAGGCTTCCTGTTCCACTC  829

seq1  TGAGGTGGTACTCTATTCAA-GTTTCTTCACCATGCTCCCAATATTAACA  896
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGTACTCTATTCAAGGTTTCTTCACCATGCTCCCAATATTAACA  879

seq1  AATGTGCAGTCCATTATGTCTTCTGTTCACTTCCTAGCCCAAAAATTCTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCAGTCCATTATGTCTTCTGTTCACTTCCTAGCCCAAAAATTCTA  929

seq1  GTTGTCCTGTGTGTCCCAAATTAAAAGACACACACCAAGACAAAGAAGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCCTGTGTGTCCCAAATTAAAAGACACACACCAAGACAAAGAAGTC  979

seq1  TAGGGAGAATAAGATAGAAAATAGAAACACCTACTTCCCAGAAAGCTAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGAATAAGATAGAAAATAGAAACACCTACTTCCCAGAAAGCTAAA  1029

seq1  ACTTACAAGATTCCCAGAACCTCCTATCAAGATTAAATCATTGTTTTGAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAAGATTCCCAGAACCTCCTATCAAGATTAAATCATTGTTTTGAT  1079

seq1  TTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGGTGCTTC  1129

seq1  TCAGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |