BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269I14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 143,041,659 - 143,125,643
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCfh, Kcnt2
Downstream geneEG226472, LOC639376
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269I14.bB6Ng01-269I14.g
ACCGA072105GA072106
length1,1821,059
definitionB6Ng01-269I14.b B6Ng01-269I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,041,659 - 143,042,853)(143,124,590 - 143,125,643)
sequence
gaattcctatagtctgccataaatctttccctttgttatgtggtcattca
caatctaggatctccttaccttctgcttttctgctcaaggtttcattttt
cagcaggttctagttgttttgaaacacttgcactgttatttcatgtagga
ttgcttgttaaaagaaactcaaataactgaaataaacccttgacctcttc
cttagcctttcttcaggctagctcctaattagccacctaatgtcagcttt
ttatacatgtccccttgttgacttgaccctattgtaacctataatgagtt
tgttgctttcacttttaacagattttactggtctattttcagcctatttg
tcttaaatgacttgaaaaacaaaactaggtgttggttagtaattatgcag
ctttgtattagaggattcataaagatttcataaacaatatatggtttaga
ttaaaaggaaacaagtttttattttctctatttgaggacttcttaaaatt
ataattcataacaaatcacctaaagataaattgtactcttataatgagac
ttgacaaagaccaaaaaaagtactatttattattgtatagttcacatttc
tattaatgtactgaagtatattattctcctataatttacaataaagtagc
ttacttttatatggaaattaacaaaacaacttgtaggactttgaaatatt
aagctgggacatttacaaggacaatgaaaccaaatcagaaagagttcatt
tgccaacacttctcaaataaatatgtagaggaactccagagcgaagggat
tgttattggtggctgaatgccttgagggttgcatgcataatatgttttca
atagcctgcactgactttcacatgacctacagtttccctgtgagtgcttt
atgtaaatgtgcttaccatgcctgtggtgtttgggtcctgtattagaggt
agacaacaggatttttcaattacacatctacagtgtgatagacacaaatt
ttaaagcattctcaagacacatttattagagggcttatttacacattttt
gtatttcttatttgctttgagatttcactttttcatatttctctttgata
ctagctaagcaaaatattatattgaatgataacataggtagctcggagct
gtctaagctttctttttatcttgcctggagaa

gaattcagtttggttctcaccttctaaaacaattaatgacttggggatca
aactcaggtccccaggcaggtggcaactacatatatcctctgaggtgcct
cacctgcctgactttctgttcttaaagaaaactggaaacaaatccacaat
aacagagccaagaaattgtctccattgttacgaggtctccctttcctcat
attctcagaacacagcttgtgttggtcaactttcaaagtcccgaaaaagc
accagatgagagcaagttaaggagaatggattcatcaatattcatagttt
caaagatttctatacatggccactggttttgattctggtcttgtagggaa
aaaaatcattatgtccaaaagcataacaaagaaaaaaaatgaacaaactc
actcagtattagtaagtaagatagaagatggacagtgtggtaggaaatat
ccaatgtccacctgtttggtctacttcaactaaactagccctactcatac
atatataagatgaaacatgggttaatctacagattatatgtcatatcttt
tcaactagattaagttatcccccctcaatgtcactaccagcacagaattt
aggtttttaatacacacatctttggggaaacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacgcacacacgcatatatgaagaaactgtga
ggtagatattttgctttagtttggttttgctttctttcattaaacagtaa
catacttaacaagaaacccaacaactctagaaatttatttaaattcatac
atgagttccatacatcattgccactccccttccaatgccaagtgttcacc
tcatatcctttgaacttcatgactcttattttataaggattgttcttata
cacatgtatacatgtatacaacactaatttataatgtgttgcaggtatgt
gcatgtgtttagggctgatatcttgtgattggattagcatatcagaggcg
atttcctggagaaaacctgattctttgttgggccatgaaagatatcctca
aaaggctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_143041659_143042853
seq2: B6Ng01-269I14.b_43_1224

seq1  GAATTCCTATAGTCTGCCATAAATCTTTCCCTTTGTTATGTGGTCATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATAGTCTGCCATAAATCTTTCCCTTTGTTATGTGGTCATTCA  50

seq1  CAATCTAGGATCTCCTTACCTTCTGCTTTTCTGCTCAAGGTTTCATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTAGGATCTCCTTACCTTCTGCTTTTCTGCTCAAGGTTTCATTTTT  100

seq1  CAGCAGGTTCTAGTTGTTTTGAAACACTTGCACTGTTATTTCATGTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGTTCTAGTTGTTTTGAAACACTTGCACTGTTATTTCATGTAGGA  150

seq1  TTGCTTGTTAAAAGAAACTCAAATAACTGAAATAAACCCTTGACCTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGTTAAAAGAAACTCAAATAACTGAAATAAACCCTTGACCTCTTC  200

seq1  CTTAGCCTTTCTTCAGGCTAGCTCCTAATTAGCCACCTAATGTCAGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCTTTCTTCAGGCTAGCTCCTAATTAGCCACCTAATGTCAGCTTT  250

seq1  TTATACATGTCCCCTTGTTGACTTGACCCTATTGTAACCTATAATGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATGTCCCCTTGTTGACTTGACCCTATTGTAACCTATAATGAGTT  300

seq1  TGTTGCTTTCACTTTTAACAGATTTTACTGGTCTATTTTCAGCCTATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTTCACTTTTAACAGATTTTACTGGTCTATTTTCAGCCTATTTG  350

seq1  TCTTAAATGACTTGAAAAACAAAACTAGGTGTTGGTTAGTAATTATGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATGACTTGAAAAACAAAACTAGGTGTTGGTTAGTAATTATGCAG  400

seq1  CTTTGTATTAGAGGATTCATAAAGATTTCATAAACAATATATGGTTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATTAGAGGATTCATAAAGATTTCATAAACAATATATGGTTTAGA  450

seq1  TTAAAAGGAAACAAGTTTTTATTTTCTCTATTTGAGGACTTCTTAAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGGAAACAAGTTTTTATTTTCTCTATTTGAGGACTTCTTAAAATT  500

seq1  ATAATTCATAACAAATCACCTAAAGATAAATTGTACTCTTATAATGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCATAACAAATCACCTAAAGATAAATTGTACTCTTATAATGAGAC  550

seq1  TTGACAAAGACCAAAAAAAGTACTATTTATTATTGTATAGTTCACATTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAAGACCAAAAAAAGTACTATTTATTATTGTATAGTTCACATTTC  600

seq1  TATTAATGTACTGAAGTATATTATTCTCCTATAATTTACAATAAAGTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGTACTGAAGTATATTATTCTCCTATAATTTACAATAAAGTAGC  650

seq1  TTACTTTTATATGGAAATTAACAAAACAACTTGTAGGACTTTGAAATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTTATATGGAAATTAACAAAACAACTTGTAGGACTTTGAAATATT  700

seq1  AAGCTGGGACATTTACAAGGACAATGAAACCAAATCAGAAAGAGTTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGACATTTACAAGGACAATGAAACCAAATCAGAAAGAGTTCATT  750

seq1  TGCCAACACTTCTCAAATAAATATGTAGAGGAACTCCAGAGCGAAGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACACTTCTCAAATAAATATGTAGAGGAACTCCAGAGCGAAGGGAT  800

seq1  TGTTATTGGTGGCTGAATGCCTTGAGGGTTGCATGCATAATATGTTTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTGGTGGCTGAATGCCTTGAGGGTTGCATGCATAATATGTTTTCA  850

seq1  ATAGCCTGCACTGACTTTCACATGACCTACAGTTTCCCTGTGAGTGCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGCACTGACTTTCACATGACCTACAGTTTCCCTGTGAGTGCTTT  900

seq1  ATGTAAATGTGCTTACCATGCCTGTGGTGTTT-GGTCCTGTATTAGAGGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATGTGCTTACCATGCCTGTGGTGTTTGGGTCCTGTATTAGAGGT  950

seq1  AGACACAGGGATTTTTCAATTACACATCTACAGTGTGATAGACACAAATT  999
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACAGGATTTTTCAATTACACATCTACAGTGTGATAGACACAAATT  1000

seq1  TTAAAGCATTCTCAAGGACACATTTATTAGAGGGCTTATTTTACACATTT  1049
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAAAGCATTCTCAA-GACACATTTATTAGAGGGCTTA-TTTACACATTT  1048

seq1  TTGTATTTCTTTATTTGCTTTGAGATTTCACTTTTTCAATATTTCTCTTT  1099
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTATTTC-TTATTTGCTTTGAGATTTCACTTTTTC-ATATTTCTCTTT  1096

seq1  AATAACTAGCTAGGCAAAATATTATAATGAAATGATAACAATAGTAAGCT  1149
       || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||  ||||
seq2  GAT-ACTAGCTAAGCAAAATATTATATTG-AATGATAAC-ATAGGTAGCT  1143

seq1  CGGGAGGGCTGTCTTAAAGGCTTTCTTTTTTATCCTTGCTGGAGAA  1195
      ||   | |||||||   | |||||| |||||||| |  ||||||||
seq2  CG---GAGCTGTCT---AAGCTTTC-TTTTTATCTTGCCTGGAGAA  1182


seq1: chr1_143124590_143125643
seq2: B6Ng01-269I14.g_65_1123 (reverse)

seq1  CCAG-CTTTTGAGGATATCTTTCATGG-CCAAC-AAGAATCA-GTTTTCT  46
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
seq2  CCAGCCTTTTGAGGATATCTTTCATGGCCCAACAAAGAATCAGGTTTTCT  50

seq1  CCAGGAAATCGCCTCTGATATGCTAAT-CAATCACAAGATATCAGCCCTA  95
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAATCGCCTCTGATATGCTAATCCAATCACAAGATATCAGCCCTA  100

seq1  AACACATGCACATACCTGCAACACATTATAAATTAGTGTTGTATACATGT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGCACATACCTGCAACACATTATAAATTAGTGTTGTATACATGT  150

seq1  ATACATGTGTATAAGAACAATCCTTATAAAATAAGAGTCATGAAGTTCAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTGTATAAGAACAATCCTTATAAAATAAGAGTCATGAAGTTCAA  200

seq1  AGGATATGAGGTGAACACTTGGCATTGGAAGGGGAGTGGCAATGATGTAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGAGGTGAACACTTGGCATTGGAAGGGGAGTGGCAATGATGTAT  250

seq1  GGAACTCATGTATGAATTTAAATAAATTTCTAGAGTTGTTGGGTTTCTTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCATGTATGAATTTAAATAAATTTCTAGAGTTGTTGGGTTTCTTG  300

seq1  TTAAGTATGTTACTGTTTAATGAAAGAAAGCAAAACCAAACTAAAGCAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTATGTTACTGTTTAATGAAAGAAAGCAAAACCAAACTAAAGCAAA  350

seq1  ATATCTACCTCACAGTTTCTTCATATATGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACCTCACAGTTTCTTCATATATGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCCAAAGATGTGTGTAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCCCCAAAGATGTGTGTAT  450

seq1  TAAAAACCTAAATTCTGTGCTGGTAGTGACATTGAGGGGGGATAACTTAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCTAAATTCTGTGCTGGTAGTGACATTGAGGGGGGATAACTTAA  500

seq1  TCTAGTTGAAAAGATATGACATATAATCTGTAGATTAACCCATGTTTCAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTGAAAAGATATGACATATAATCTGTAGATTAACCCATGTTTCAT  550

seq1  CTTATATATGTATGAGTAGGGCTAGTTTAGTTGAAGTAGACCAAACAGGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATATGTATGAGTAGGGCTAGTTTAGTTGAAGTAGACCAAACAGGT  600

seq1  GGACATTGGATATTTCCTACCACACTGTCCATCTTCTATCTTACTTACTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTGGATATTTCCTACCACACTGTCCATCTTCTATCTTACTTACTA  650

seq1  ATACTGAGTGAGTTTGTTCATTTTTTTTCTTTGTTATGCTTTTGGACATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGTGAGTTTGTTCATTTTTTTTCTTTGTTATGCTTTTGGACATA  700

seq1  ATGATTTTTTTCCCTACAAGACCAGAATCAAAACCAGTGGCCATGTATAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTTTTCCCTACAAGACCAGAATCAAAACCAGTGGCCATGTATAG  750

seq1  AAATCTTTGAAACTATGAATATTGATGAATCCATTCTCCTTAACTTGCTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTGAAACTATGAATATTGATGAATCCATTCTCCTTAACTTGCTC  800

seq1  TCATCTGGTGCTTTTTCGGGACTTTGAAAGTTGACCAACACAAGCTGTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGGTGCTTTTTCGGGACTTTGAAAGTTGACCAACACAAGCTGTGT  850

seq1  TCTGAGAATATGAGGAAAGGGAGACCTCGTAACAATGGAGACAATTTCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAATATGAGGAAAGGGAGACCTCGTAACAATGGAGACAATTTCTT  900

seq1  GGCTCTGTTATTGTGGATTTGTTTCCAGTTTTCTTTAAGAACAGAAAGTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGTTATTGTGGATTTGTTTCCAGTTTTCTTTAAGAACAGAAAGTC  950

seq1  AGGCAGGTGAGGCACCTCAGAGGATATATGTAGTTGCCACCTGCCTGGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGAGGCACCTCAGAGGATATATGTAGTTGCCACCTGCCTGGGG  1000

seq1  ACCTGAGTTTGATCCCCAAGTCATTAATTGTTTTAGAAGGTGAGAACCAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGTTTGATCCCCAAGTCATTAATTGTTTTAGAAGGTGAGAACCAA  1050

seq1  ACTGAATTC  1054
      |||||||||
seq2  ACTGAATTC  1059


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |