BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269N13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 56,358,622 - 56,480,213
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666793, Boll, EG632964, LOC667237, LOC626009, 9130227L01Rik
Downstream geneHsfy2, Satb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269N13.bB6Ng01-269N13.g
ACCGA072337GA072338
length1,1491,118
definitionB6Ng01-269N13.b B6Ng01-269N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,479,059 - 56,480,213)(56,358,622 - 56,359,739)
sequence
gaattcacaaataaaagaaacacataactttgttcaattttcacttgtct
tttgacacaattgctgggctctactatctcccacctggaaaagtgcgccc
ttacaaatattcttatcacacttctccacctgccctaaactttagttgct
tagttatatctagtccctgttgaacacctccaacctcctgcctgtaggag
cagccacaggccactgttctgcccgagatcatacatgactggtcaccttt
tttccttaagatgcatggtaaactctcctttctccctgtgtctgtttgcc
tccagggacttggaagtcctacctatcctttctgctcagtagcccatatc
gttactgaaagatcaagaaccaattggggaacaggaccttagaatcagaa
ccatgtttacagtgaagccttcatttgcccatagaacatagccttaatca
tctatcttagagtagatcaaaaatgagcatgctactttaaataagcaata
ctgttagtttgggaaatgtggaaggcaacaaacacaaaaggatgaaataa
gatatgtaacatagtgaggaagatacactcaactgttggttcactctcag
attctaatggtaacagagtgagcagtcactaaggttctatcaaaagtcat
gactataatttctctactgcttttcatcatctactgaatgttcataaact
gagtgttctcagttctaagacatttgacagtgtacttcctgcaatctctt
ttctcagtacaagttctgataagtggaccattggataagtagagcttatt
aattatgaaatggtttcttttgccctcctcctattttcccttgaatttgg
ctgactttgtattacactgagaattgcctgataatgctatttatgacacg
ttctactttgtaccctgtcgatcccattgtctcttaacatttttatcttc
aagttggattatagttgatcttgctcatgcacacaaatagcattgttaaa
aattattattgcatctgggatacttgttatggaattgttttcttaagtag
agcttactggaatctgtacatgtgtaaagggaacataataaccatttgac
cttactgatgattttaccgtaattagcttggcaattgcatcctagtgag

gaattcactggactttcagcatttacagttgcaaagaatacacatatctg
ctcttagttaagattcatctgatttccttccctataaatagcatcgaaac
tcagggtgtctctgattcagttgcccgatgttagatccccttcccttaac
tgaactatatagtaagagggagaggatgtgcttaagcctactgtgactag
atgtctcaaggtagggtggtacccaaggggagcttgctcttctccacgaa
ggtgtgatgggagagggatttctaagagtgagactgggaggagaggaggg
acaggggccacgatcaggatgtaaaataaaaaagttaattaattaattac
ttttaaaaacttttgtgcttcatccacttggagttgtaaatagcacacag
gttaaaggacctccctgactcccattcaagctgcataggatttttgtaac
tcttaaatcacctccgctttgactagccagatatatatctgaggactgtc
aaattcctcctcagagctggccccgtgtcaatgaccctttggcagtggtc
tcagtggggtgaaatatacaatggaaggaagtatttctttttattggttc
taaatttactagcctttagcttcatggaattaaattatggcacagggtga
acattatagttataactgacatttatgaactgcattctacccattaatcc
tgaaatgctatgcaaactgacttagcaaaattaaatgtgtcgctgtgtgc
tcctgtagtctttacagtgactcgtgtgtgcattctgaagcctccgtggt
gcagacgtcacctctgggacctctatttctcacccccaggacagtttttt
gcctagagatgaaaaggctttttactatcttctaaattttcccttgcctc
agactgagttagagaattccatggcccttccatgctcctgaagcctccat
cacagagggagagctttagttcagcataaggtggcctgggccctctatgg
aataacaacaatatcctattcatctcagatgccatgttctcttgctccct
tgtccatccttctcctttccataccattccccaaatatccttactgtctt
catatcctccctcttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_56479059_56480213
seq2: B6Ng01-269N13.b_47_1195 (reverse)

seq1  CTCACTTAAGGATGCATTTGGCAAGCTAAATAAAGTAAAATCATCAGTAA  50
      ||||||  |||||||| ||| |||||||| ||  ||||||||||||||||
seq2  CTCACT--AGGATGCAATTGCCAAGCTAATTACGGTAAAATCATCAGTAA  48

seq1  AGTCCAAATGTTTTATTATGTT-CCTTTACACATGTACAGATTCCAGTAA  99
       || ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGT-CAAATG-GTTATTATGTTCCCTTTACACATGTACAGATTCCAGTAA  96

seq1  GGCTCTACTTAAGAAAACAATTCCATAACAAGTATTCCAGATGCAATTAA  149
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  -GCTCTACTTAAGAAAACAATTCCATAACAAGTATCCCAGATGCAA-TAA  144

seq1  TAATTTTTAACAATGCTATTTGTGTGCATGAGCAAGATCAACTATATTCA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  TAATTTTTAACAATGCTATTTGTGTGCATGAGCAAGATCAACTATAATCC  194

seq1  ACTTTGAAGATAAAAATGTTAAGAGACAATTGGGATCGACAGGGTACAAA  249
      |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAGATAAAAATGTTAAGAGACAA-TGGGATCGACAGGGTACAAA  243

seq1  GTAGAACGTGTCATAAATAGCATTATCAGGCAATTCTCAGTGTAATACAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACGTGTCATAAATAGCATTATCAGGCAATTCTCAGTGTAATACAA  293

seq1  AGTCAGCCAAATTCAAGGGAAAATAGGAGGAGGGCAAAAGAAACCATTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCAAATTCAAGGGAAAATAGGAGGAGGGCAAAAGAAACCATTTC  343

seq1  ATAATTAATAAGCTCTACTTATCCAATGGTCCACTTATCAGAACTTGTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAATAAGCTCTACTTATCCAATGGTCCACTTATCAGAACTTGTAC  393

seq1  TGAGAAAAGAGATTGCAGGAAGTACACTGTCAAATGTCTTAGAACTGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAAGAGATTGCAGGAAGTACACTGTCAAATGTCTTAGAACTGAGA  443

seq1  ACACTCAGTTTATGAACATTCAGTAGATGATGAAAAGCAGTAGAGAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGTTTATGAACATTCAGTAGATGATGAAAAGCAGTAGAGAAATT  493

seq1  ATAGTCATGACTTTTGATAGAACCTTAGTGACTGCTCACTCTGTTACCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCATGACTTTTGATAGAACCTTAGTGACTGCTCACTCTGTTACCAT  543

seq1  TAGAATCTGAGAGTGAACCAACAGTTGAGTGTATCTTCCTCACTATGTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTGAGAGTGAACCAACAGTTGAGTGTATCTTCCTCACTATGTTA  593

seq1  CATATCTTATTTCATCCTTTTGTGTTTGTTGCCTTCCACATTTCCCAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTATTTCATCCTTTTGTGTTTGTTGCCTTCCACATTTCCCAAAC  643

seq1  TAACAGTATTGCTTATTTAAAGTAGCATGCTCATTTTTGATCTACTCTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTATTGCTTATTTAAAGTAGCATGCTCATTTTTGATCTACTCTAA  693

seq1  GATAGATGATTAAGGCTATGTTCTATGGGCAAATGAAGGCTTCACTGTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGATTAAGGCTATGTTCTATGGGCAAATGAAGGCTTCACTGTAA  743

seq1  ACATGGTTCTGATTCTAAGGTCCTGTTCCCCAATTGGTTCTTGATCTTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTCTGATTCTAAGGTCCTGTTCCCCAATTGGTTCTTGATCTTTC  793

seq1  AGTAACGATATGGGCTACTGAGCAGAAAGGATAGGTAGGACTTCCAAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACGATATGGGCTACTGAGCAGAAAGGATAGGTAGGACTTCCAAGTC  843

seq1  CCTGGAGGCAAACAGACACAGGGAGAAAGGAGAGTTTACCATGCATCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGCAAACAGACACAGGGAGAAAGGAGAGTTTACCATGCATCTTA  893

seq1  AGGAAAAAAGGTGACCAGTCATGTATGATCTCGGGCAGAACAGTGGCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAAGGTGACCAGTCATGTATGATCTCGGGCAGAACAGTGGCCTG  943

seq1  TGGCTGCTCCTACAGGCAGGAGGTTGGAGGTGTTCAACAGGGACTAGATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTCCTACAGGCAGGAGGTTGGAGGTGTTCAACAGGGACTAGATA  993

seq1  TAACTAAGCAACTAAAGTTTAGGGCAGGTGGAGAAGTGTGATAAGAATAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAGCAACTAAAGTTTAGGGCAGGTGGAGAAGTGTGATAAGAATAT  1043

seq1  TTGTAAGGGCGCACTTTTCCAGGTGGGAGATAGTAGAGCCCAGCAATTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGGCGCACTTTTCCAGGTGGGAGATAGTAGAGCCCAGCAATTGT  1093

seq1  GTCAAAAGACAAGTGAAAATTGAACAAAGTTATGTGTTTCTTTTATTTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAGACAAGTGAAAATTGAACAAAGTTATGTGTTTCTTTTATTTGT  1143

seq1  GAATTC  1155
      ||||||
seq2  GAATTC  1149


seq1: chr1_56358622_56359739
seq2: B6Ng01-269N13.g_67_1184

seq1  GAATTCACTGGACTTTCAGCATTTACAGTTGCAAAGAATACACATATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGACTTTCAGCATTTACAGTTGCAAAGAATACACATATCTG  50

seq1  CTCTTAGTTAAGATTCATCTGATTTCCTTCCCTATAAATAGCATCGAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGTTAAGATTCATCTGATTTCCTTCCCTATAAATAGCATCGAAAC  100

seq1  TCAGGGTGTCTCTGATTCAGTTGCCCGATGTTAGATCCCCTTCCCTTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTGTCTCTGATTCAGTTGCCCGATGTTAGATCCCCTTCCCTTAAC  150

seq1  TGAACTATATAGTAAGAGGGAGAGGATGTGCTTAAGCCTACTGTGACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTATATAGTAAGAGGGAGAGGATGTGCTTAAGCCTACTGTGACTAG  200

seq1  ATGTCTCAAGGTAGGGTGGTACCCAAGGGGAGCTTGCTCTTCTCCACGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAGGTAGGGTGGTACCCAAGGGGAGCTTGCTCTTCTCCACGAA  250

seq1  GGTGTGATGGGAGAGGGATTTCTAAGAGTGAGACTGGGAGGAGAGGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGATGGGAGAGGGATTTCTAAGAGTGAGACTGGGAGGAGAGGAGGG  300

seq1  ACAGGGGCCACGATCAGGATGTAAAATAAAAAAGTTAATTAATTAATTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGCCACGATCAGGATGTAAAATAAAAAAGTTAATTAATTAATTAC  350

seq1  TTTTAAAAACTTTTGTGCTTCATCCACTTGGAGTTGTAAATAGCACACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAACTTTTGTGCTTCATCCACTTGGAGTTGTAAATAGCACACAG  400

seq1  GTTAAAGGACCTCCCTGACTCCCATTCAAGCTGCATAGGATTTTTGTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGACCTCCCTGACTCCCATTCAAGCTGCATAGGATTTTTGTAAC  450

seq1  TCTTAAATCACCTCCGCTTTGACTAGCCAGATATATATCTGAGGACTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAATCACCTCCGCTTTGACTAGCCAGATATATATCTGAGGACTGTC  500

seq1  AAATTCCTCCTCAGAGCTGGCCCCGTGTCAATGACCCTTTGGCAGTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTCCTCAGAGCTGGCCCCGTGTCAATGACCCTTTGGCAGTGGTC  550

seq1  TCAGTGGGGTGAAATATACAATGGAAGGAAGTATTTCTTTTTATTGGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGGTGAAATATACAATGGAAGGAAGTATTTCTTTTTATTGGTTC  600

seq1  TAAATTTACTAGCCTTTAGCTTCATGGAATTAAATTATGGCACAGGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTACTAGCCTTTAGCTTCATGGAATTAAATTATGGCACAGGGTGA  650

seq1  ACATTATAGTTATAACTGACATTTATGAACTGCATTCTACCCATTAATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATAGTTATAACTGACATTTATGAACTGCATTCTACCCATTAATCC  700

seq1  TGAAATGCTATGCAAACTGACTTAGCAAAATTAAATGTGTCGCTGTGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGCTATGCAAACTGACTTAGCAAAATTAAATGTGTCGCTGTGTGC  750

seq1  TCCTGTAGTCTTTACAGTGACTCGTGTGTGCATTCTGAAGCCTCCGTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGTCTTTACAGTGACTCGTGTGTGCATTCTGAAGCCTCCGTGGT  800

seq1  GCAGACGTCACCTCTGGGACCTCTATTTCTCACCCCCAGGACAG-TTTTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAGACGTCACCTCTGGGACCTCTATTTCTCACCCCCAGGACAGTTTTTT  850

seq1  GCCTAGAGATGACAAGGCTTTTTACTATCTTCTAAATTTTCCCTTGCCTC  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAGATGAAAAGGCTTTTTACTATCTTCTAAATTTTCCCTTGCCTC  900

seq1  AGACTGAGTTAGAGAATTCCATGGCCCTTCCATGCTCCTGAAGCCTCCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGTTAGAGAATTCCATGGCCCTTCCATGCTCCTGAAGCCTCCAT  950

seq1  CACAGA-GGAGAGCTTTTAGTTCAGCATAAGGTGG-CTGG--CCTCTATG  995
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||
seq2  CACAGAGGGAGAGC-TTTAGTTCAGCATAAGGTGGCCTGGGCCCTCTATG  999

seq1  G-ATAAC-ACAATATTCTATTTCATCTCAGATGCCCATGTCCTCTTTGCT  1043
      | ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||
seq2  GAATAACAACAATATCCTA-TTCATCTCAGATG-CCATGTTCTC-TTGCT  1046

seq1  CCCTTGTTCATCCTTTCTCCCTTTCCTTTACCCAATCCCC-AATATCCCT  1092
      ||||||| ||||| |||| ||||||| |   ||| ||||| ||||| |||
seq2  CCCTTGTCCATCC-TTCT-CCTTTCCAT--ACCATTCCCCAAATAT-CCT  1091

seq1  TACTGTCTTCATAT-CTTCCTCTTTTT  1118
      |||||||||||||| || |||||||||
seq2  TACTGTCTTCATATCCTCCCTCTTTTT  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |