BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270N18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 149,622,502 - 149,769,671
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneB830045N13Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270N18.bB6Ng01-270N18.g
ACCGA073091GA073092
length1,202583
definitionB6Ng01-270N18.b B6Ng01-270N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,768,469 - 149,769,671)(149,622,502 - 149,623,083)
sequence
gaattctctcctgaggagtacagaatggcagagaatcacctgaaaaaatg
ttcaacatcctcaatcatcagggaaatgcaaatcaaacaaacctgagatt
ccacctcacaccagtaagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagca
gatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtgg
gatcgcaagcttttacaaccactctggatatcagtttggtggttccttag
aaaattggacatagtactactggaggatccagcaatacctcttctgggca
tatatccagacgatgccccaactggtataggccttttttaatcctaacaa
taaaatgaaatttaaaaataaatatttttccacttaatttgtacttttta
tttaatctaagtccctgtaccataaaatggtttcacctatattgatagtc
tgtatttctacttcaaataaacactaggggaggagctctgcagacatacc
tacaagtgtatctcttaggtgattctaaaacccatcaacataacagtcaa
ggttaaggactgaggtgttctgatatctaacaagagtccatattgtgcag
cttccctctttcagtaaatgatgggaaccatgccttactatgtgaatgtg
agtccatagaaagagtgatctactctcatctgacaggttcaccagtgagt
aaatgagctaatcacaaggagtcacaagtttgctgagtgatgcttatgac
ctccagtgttcctttacagttaacagcttcttgttaactccaagttcctt
ggagctctaagctaatgatttgagatgaagaacatgaatagcttcattca
tgacacctcacttgctgaagaaacctgcacacctcattactagcttggct
gtcctctttggataatatgaggtgtcatacacataggtctgtgtagatat
gccctgaagagtattgggagggaagtgaatccatgatctccatgaagatc
tctggcatggttaggcataagtcaactctgtgcatcttctgctgcagata
caatgtgtgtcagtctagctgcagtgtcaagtgaatatcctcaagtcatc
atatttattttttctcattgtctatgctggaaccagagtttcttatatat
ttcaactttggacttgctaaccattcatgacaccttgcattggccaatgg
ct

gaattctaagaatccatacacactaagaatccattctaaatttgtaagtg
cagatagaagtagggaagagcctttactttttctgtacgtgtttgttatc
tcaatttttagaagaagaaaattatgaacttcattttttctttgatacct
ttcttgtttatattatagttgtaaggtgttgcaaaattttatagaaactt
agttattggccttgattaaactatccatatttctattaaactcccaattt
atattctgcatgtgttgtttgttgactgccttactgtaaaacacaagtga
ggtgaataattcatacaaaacactggagtttaaacccagattcccatatg
tcatgtaatgcctttctagggtacccaggctaactgtacactctctctta
aactcagcagtacaccactgacttagtctgcttgtgaaagttgtgaataa
tcaaggacatagaaaaagtctattatgatgggtatatattagggttagtg
ttaggaatactgttagtgttagtgtgagggttagggtttttttttatggt
tgggattatttctaaacttttgtctaatgaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_149768469_149769671
seq2: B6Ng01-270N18.b_49_1250 (reverse)

seq1  AGCCATTGGGCCAAATGCAAG--GTCATGAATAGTAAGACCAAGAGCCAA  48
      |||||||||  | ||||||||  ||||||||| || ||  ||||  | ||
seq2  AGCCATTGG--CCAATGCAAGGTGTCATGAATGGTTAG--CAAGTCCAAA  46

seq1  G-TGAA--ATATAAG-AACTCTGG-TCCAGCCATAGACAATGAGAAAAAA  93
      | ||||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATATATAAGAAACTCTGGTTCCAG-CATAGACAATGAGAAAAAA  95

seq1  TAAATATGATGACTTGGAGGATATTCAACCTGACAACTGCAGCTAGACTG  143
      ||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||
seq2  TAAATATGATGACTT-GAGGATATTC-ACTTGAC-ACTGCAGCTAGACTG  142

seq1  ACACACA-TGTATCTGCAGCAGAAGATGCAACAGAGGTGACTTATGCCTA  192
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  ACACACATTGTATCTGCAGCAGAAGATGC-ACAGAGTTGACTTATGCCTA  191

seq1  ACCATGCCAAGAGATCTTCATGGAGATCATGGATTCACTTCCCT-CCAAT  241
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACCATGCC-AGAGATCTTCATGGAGATCATGGATTCACTTCCCTCCCAAT  240

seq1  ACTCTTCAGGGCATATCTACACAGACCTATGTGTATGACACCTCATATTA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCAGGGCATATCTACACAGACCTATGTGTATGACACCTCATATTA  290

seq1  TCCAAAGAGGACAGCCAAGCTAGTAATGAGGTGTGCAGGTTTCTTCAGCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAGGACAGCCAAGCTAGTAATGAGGTGTGCAGGTTTCTTCAGCA  340

seq1  AGTGAGGTGTCATGAATGAAGCTATTCATGTTCTTCATCTCAAATCATTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTGTCATGAATGAAGCTATTCATGTTCTTCATCTCAAATCATTA  390

seq1  GCTTAGAGCTCCAAGGAACTTGGAGTTAACAAGAAGCTGTTAACTGTAAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAGCTCCAAGGAACTTGGAGTTAACAAGAAGCTGTTAACTGTAAA  440

seq1  GGAACACTGGAGGTCATAAGCATCACTCAGCAAACTTGTGACTCCTTGTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTGGAGGTCATAAGCATCACTCAGCAAACTTGTGACTCCTTGTG  490

seq1  ATTAGCTCATTTACTCACTGGTGAACCTGTCAGATGAGAGTAGATCACTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTCATTTACTCACTGGTGAACCTGTCAGATGAGAGTAGATCACTC  540

seq1  TTTCTATGGACTCACATTCACATAGTAAGGCATGGTTCCCATCATTTACT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGGACTCACATTCACATAGTAAGGCATGGTTCCCATCATTTACT  590

seq1  GAAAGAGGGAAGCTGCACAATATGGACTCTTGTTAGATATCAGAACACCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGGAAGCTGCACAATATGGACTCTTGTTAGATATCAGAACACCT  640

seq1  CAGTCCTTAACCTTGACTGTTATGTTGATGGGTTTTAGAATCACCTAAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTAACCTTGACTGTTATGTTGATGGGTTTTAGAATCACCTAAGA  690

seq1  GATACACTTGTAGGTATGTCTGCAGAGCTCCTCCCCTAGTGTTTATTTGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACTTGTAGGTATGTCTGCAGAGCTCCTCCCCTAGTGTTTATTTGA  740

seq1  AGTAGAAATACAGACTATCAATATAGGTGAAACCATTTTATGGTACAGGG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAATACAGACTATCAATATAGGTGAAACCATTTTATGGTACAGGG  790

seq1  ACTTAGATTAAATAAAAAGTACAAATTAAGTGGAAAAATATTTATTTTTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGATTAAATAAAAAGTACAAATTAAGTGGAAAAATATTTATTTTTA  840

seq1  AATTTCATTTTATTGTTAGGATTAAAAAAGGCCTATACCAGTTGGGGCAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCATTTTATTGTTAGGATTAAAAAAGGCCTATACCAGTTGGGGCAT  890

seq1  CGTCTGGATATATGCCCAGAAGAGGTATTGCTGGATCCTCCAGTAGTACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGGATATATGCCCAGAAGAGGTATTGCTGGATCCTCCAGTAGTACT  940

seq1  ATGTCCAATTTTCTAAGGAACCACCAAACTGATATCCAGAGTGGTTGTAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAATTTTCTAAGGAACCACCAAACTGATATCCAGAGTGGTTGTAA  990

seq1  AAGCTTGCGATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGCGATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATC  1040

seq1  CTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTTACT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTTACT  1090

seq1  GGTGTGAGGTGGAATCTCAGGTTTGTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAGGTGGAATCTCAGGTTTGTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATT  1140

seq1  GAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGATTCTCTGCCATTCTGTACTCCTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGATTCTCTGCCATTCTGTACTCCTC  1190

seq1  AGGAGAGAATTC  1203
      ||||||||||||
seq2  AGGAGAGAATTC  1202


seq1: chr1_149622502_149623083
seq2: B6Ng01-270N18.g_66_648

seq1  GAATTCTAAGAATCCATACACACTAAGAATCCATTCTAAATTTGTAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGAATCCATACACACTAAGAATCCATTCTAAATTTGTAAGTG  50

seq1  CAGATAGAAGTAGGGAAGAGCCTTTACTTTTTCTGTACGTGTTTGTTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGAAGTAGGGAAGAGCCTTTACTTTTTCTGTACGTGTTTGTTATC  100

seq1  TCAATTTTTAGAAGAAGAAAATTATGAACTTCATTTTTTCTTTGATACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTTAGAAGAAGAAAATTATGAACTTCATTTTTTCTTTGATACCT  150

seq1  TTCTTGTTTATATTATAGTTGTAAGGTGTTGCAAAATTTTATAGAAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTTATATTATAGTTGTAAGGTGTTGCAAAATTTTATAGAAACTT  200

seq1  AGTTATTGGCCTTGATTAAACTATCCATATTTCTATTAAACTCCCAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTGGCCTTGATTAAACTATCCATATTTCTATTAAACTCCCAATTT  250

seq1  ATATTCTGCATGTGTTGTTTGTTGACTGCCTTACTGTAAAACACAAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTGCATGTGTTGTTTGTTGACTGCCTTACTGTAAAACACAAGTGA  300

seq1  GGTGAATAATTCATACAAAACACTGGAGTTTAAACCCAGATTCCCATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATAATTCATACAAAACACTGGAGTTTAAACCCAGATTCCCATATG  350

seq1  TCATGTAATGCCTTTCTAGGGTACCCAGGCTAACTGTACACTCTCTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTAATGCCTTTCTAGGGTACCCAGGCTAACTGTACACTCTCTCTTA  400

seq1  AACTCAGCAGTACACCACTGACTTAGTCTGCTTGTGAAAGTTGTGAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGCAGTACACCACTGACTTAGTCTGCTTGTGAAAGTTGTGAATAA  450

seq1  TCAAGGACATAGAAAAAGTCTATTATGATGGGTATATATTAGGGTTAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGACATAGAAAAAGTCTATTATGATGGGTATATATTAGGGTTAGTG  500

seq1  TTAGGAATACTGTTAGTGTTAGTGTGAGGGTTAGGGTTTAAAGTTATGGT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||
seq2  TTAGGAATACTGTTAGTGTTAGTGTGAGGGTTAGGGTTTTTTTTTATGGT  550

seq1  TGGGATTATTCCTAAACAAATGTCT-ATGAAAA  582
      |||||||||| ||||||   ||||| |||||||
seq2  TGGGATTATTTCTAAACTTTTGTCTAATGAAAA  583


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |