BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271C11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,681,516 - 169,879,407
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a, LOC100039879
Upstream geneLOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream genePbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271C11.bB6Ng01-271C11.g
ACCGA073313GA073314
length347821
definitionB6Ng01-271C11.b B6Ng01-271C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,879,061 - 169,879,407)(169,681,516 - 169,682,336)
sequence
attggccatgggatggcaattgaaagttaataagcatccgaggctcatat
tcttaaacttcaagagctttccaaagcacattttcagtatttgtccatcc
actgttgcacatctaggcttcagatctgtgctaaccagcaagtgctgcct
aacatgtctaagaatgtatgtaccacaaaggattgaagacagtggagcca
tgagttgcatgtgtcacatgtctagtacacaatggagatttcaaaacata
ttgcaagaatgagcatccctcaggagattaggactgattgagaagccagg
actcctcgttgctcatgctgaaggacaggagaggggggaggggtggg
gaattccttttgcctcagtttctccctctataaaatggggatgagaacaa
acctcatggggtgaaagtgaggagtatacaaattgttgtttttgaaatgt
tacttgccactatcattcagccttaggcatcaccactgtcttgaattctg
gtgacacttctcagagcagtggctttcagtgtggcccctggaccatcatg
aacacctgaccttatgctaggaaaatccatttggtcataaatcattagat
tttttccagttcactttcttcattctctccataaaggagctgaggtgcag
agaggggaggggcctaaatcagtggtcaagaggaaccaggtggaatgagg
cagtctggaagaactaggtggaatgaggcagtctggagctttggatgatg
ctcttcacacccaagccagtgcccagatatgctgctgctttgaggcagtg
gtgttcacggcatcagatagaatacaagtgataaaacaaagtggtaaaac
cacgcaatgataccacaaggcttcaaaggtacttcctgcgtgcttcttca
ttctgaccggctagttcttgtcgccgttggctgtgccagacctgttttca
ccccttctaggataccctatagaagcacagattataagcaggcccttgtc
attagcatctcaattgctcatgctcagctatcagatgggtaccagtgctg
aggagggtggctggtgatgccgtctgtttgtgggataactggttatatta
tttcttgggtcttatgttggtaacattaagcctttgcttgctgtttgatg
aacagggggtaggagggtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169879061_169879407
seq2: B6Ng01-271C11.b_48_394 (reverse)

seq1  CCCACCCCTCCCCCCTCTCCTGTCCTTCAGCATGAGCAACGAGGAGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCTCCCCCCTCTCCTGTCCTTCAGCATGAGCAACGAGGAGTCCT  50

seq1  GGCTTCTCAATCAGTCCTAATCTCCTGAGGGATGCTCATTCTTGCAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTCAATCAGTCCTAATCTCCTGAGGGATGCTCATTCTTGCAATAT  100

seq1  GTTTTGAAATCTCCATTGTGTACTAGACATGTGACACATGCAACTCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAAATCTCCATTGTGTACTAGACATGTGACACATGCAACTCATGG  150

seq1  CTCCACTGTCTTCAATCCTTTGTGGTACATACATTCTTAGACATGTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTGTCTTCAATCCTTTGTGGTACATACATTCTTAGACATGTTAGG  200

seq1  CAGCACTTGCTGGTTAGCACAGATCTGAAGCCTAGATGTGCAACAGTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTGCTGGTTAGCACAGATCTGAAGCCTAGATGTGCAACAGTGGA  250

seq1  TGGACAAATACTGAAAATGTGCTTTGGAAAGCTCTTGAAGTTTAAGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAATACTGAAAATGTGCTTTGGAAAGCTCTTGAAGTTTAAGAATA  300

seq1  TGAGCCTCGGATGCTTATTAACTTTCAATTGCCATCCCATGGCCAAT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCGGATGCTTATTAACTTTCAATTGCCATCCCATGGCCAAT  347

seq1: chr1_169681516_169682336
seq2: B6Ng01-271C11.g_64_884

seq1  GAATTCCTTTTGCCTCAGTTTCTCCCTCTATAAAATGGGGATGAGAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTGCCTCAGTTTCTCCCTCTATAAAATGGGGATGAGAACAA  50

seq1  ACCTCATGGGGTGAAAGTGAGGAGTATACAAATTGTTGTTTTTGAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATGGGGTGAAAGTGAGGAGTATACAAATTGTTGTTTTTGAAATGT  100

seq1  TACTTGCCACTATCATTCAGCCTTAGGCATCACCACTGTCTTGAATTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCCACTATCATTCAGCCTTAGGCATCACCACTGTCTTGAATTCTG  150

seq1  GTGACACTTCTCAGAGCAGTGGCTTTCAGTGTGGCCCCTGGACCATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTTCTCAGAGCAGTGGCTTTCAGTGTGGCCCCTGGACCATCATG  200

seq1  AACACCTGACCTTATGCTAGGAAAATCCATTTGGTCATAAATCATTAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTGACCTTATGCTAGGAAAATCCATTTGGTCATAAATCATTAGAT  250

seq1  TTTTTCCAGTTCACTTTCTTCATTCTCTCCATAAAGGAGCTGAGGTGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCAGTTCACTTTCTTCATTCTCTCCATAAAGGAGCTGAGGTGCAG  300

seq1  AGAGGGGAGGGGCCTAAATCAGTGGTCAAGAGGAACCAGGTGGAATGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGAGGGGCCTAAATCAGTGGTCAAGAGGAACCAGGTGGAATGAGG  350

seq1  CAGTCTGGAAGAACTAGGTGGAATGAGGCAGTCTGGAGCTTTGGATGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGGAAGAACTAGGTGGAATGAGGCAGTCTGGAGCTTTGGATGATG  400

seq1  CTCTTCACACCCAAGCCAGTGCCCAGATATGCTGCTGCTTTGAGGCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACACCCAAGCCAGTGCCCAGATATGCTGCTGCTTTGAGGCAGTG  450

seq1  GTGTTCACGGCATCAGATAGAATACAAGTGATAAAACAAAGTGGTAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACGGCATCAGATAGAATACAAGTGATAAAACAAAGTGGTAAAAC  500

seq1  CACGCAATGATACCACAAGGCTTCAAAGGTACTTCCTGCGTGCTTCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCAATGATACCACAAGGCTTCAAAGGTACTTCCTGCGTGCTTCTTCA  550

seq1  TTCTGACCGGCTAGTTCTTGTCGCCGTTGGCTGTGCCAGACCTGTTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCGGCTAGTTCTTGTCGCCGTTGGCTGTGCCAGACCTGTTTTCA  600

seq1  CCCCTTCTAGGATACCCTATAGAAGCACAGATTATAAGCAGGCCCTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTAGGATACCCTATAGAAGCACAGATTATAAGCAGGCCCTTGTC  650

seq1  ATTAGCATCTCAATTGCTCATGCTCAGCTATCAGATGGGTACCAGTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCATCTCAATTGCTCATGCTCAGCTATCAGATGGGTACCAGTGCTG  700

seq1  AGGAGGGTGGCTGGTGATGCCGTCTGTTTGTGGGATAACTGGTTATATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGTGGCTGGTGATGCCGTCTGTTTGTGGGATAACTGGTTATATTA  750

seq1  TTTCTTGGGTCTTATGTTGGTAACATTAAGCCTTTGCTTGCTGTTTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGGTCTTATGTTGGTAACATTAAGCCTTTGCTTGCTGTTTGATG  800

seq1  AACAGGGGGTAGGAGGGTATA  821
      |||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGGGTAGGAGGGTATA  821