BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271E01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 72,377,456 - 72,512,131
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXrcc5, March4
Upstream geneAbca12, LOC629101, Atic, Fn1, LOC100042814, Gabarapl2-ps1_652.1, LOC383528, LOC675667, EG667931, EG433319, LOC667937, LOC100043255, Mreg, Pecr, Tmem169
Downstream geneSmarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik, Pinc, LOC672208
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271E01.bB6Ng01-271E01.g
ACCGA073389GA073390
length1,1441,062
definitionB6Ng01-271E01.b B6Ng01-271E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,510,992 - 72,512,131)(72,377,456 - 72,378,519)
sequence
gaattctttgaaacagaaaataaaattgccaagataacagcagccacagt
gacttggagccgcttactttggagcccgcagcctggagtctattcacacg
ccagagtcattcaaattcgcttagcatgctttctgctgacaaggagcggc
agccaagatttcaggaatagtatgctttcccgagaggcgtgaaaagaacc
gagctgggtttgcagcagactctggcatgggcaaggtcctgcagggaagt
ggggccttgtcttgggagcatggaacctgaacagggctcagaaagaggaa
ggaatctcttctgtgccatgggatcctcctaagggctttaggttgatctg
tgtaagtctgccgttcaacctgtgggtcatgacacccctgagagtcacgg
gtcagatatcccacatatcagatgtttacattatgattcataaaagtagc
aaacttgcagttatgaagtaacaaccaaatacttttatggctgaaggtca
gcacaacgtgaggaactgtgttaaagggctgcagtgttaggggagttgag
aaccacagctctaagtgaagcacaatgactgtgaggttgatttgaggagg
aagtcagatccacaggaggaaccgacaaacaatacacaggcttactgtaa
tcccttttaaaggcaggcaagagagattacaagcaagagtctttccttct
ctgagtcctcctctgttgctaaactctttttcttaattataattattaat
acatattagttatacacactagcgagtttcactacaattttcatgcattg
atatagtatgctttttgaccatggtcactcccatctccttcctattcttt
ctgtctttcttttcttcttcttttttctttctggtctttaggccccgtcc
tccctacctcactatcctctagtgttcccatgcacacataagccgcagct
gtacccaaaacaggagagggaaagactgatgcctgcaacacccgtaactc
aataccaaccccccaccccactgtcacagaacgttagaattcacgaatgt
gcaaaagcagctttggggaagaggtcgtggaaggcaagaaggatgcatta
aggatcttgggacactggttttcttgtccctccccccacacgtg
gaattcactcagtagaccaggttgaccttgaactcagagatcctcgtgcc
tcagcctgatgggtgttgggattaaaagcttgcatcaccactccagcaag
aatctttgtatgtgaatttctccctaaattcatagtgatgaagagattct
tctaggagaactcaagggaattgaaatgaaagtaaataccacccatagac
tgaatctgtgtgcctagcacacaagccttatgtagtcttagtgttaggtt
agttcagtgagctgtaggagcatttctctcatggttatctctactgttag
cagtgtcttcaaggcctggagagatggctcagtggtgaagaacgtgaaca
actgctagagcactagaagttggttcttagcaccaagtcaggtggctcac
agttgcctgttactctaggtcaagggcatctgatgccctcttccagtctc
taggagcacctgtataaacatggcatgtatttactgcatacacacacaca
cacacacacacacactttttaacaaacaaacaaacaaacaaaccaaacct
ctttaagccaaaaagtgggcaaacttacctaggatccctaagaatgtact
gaagtaggatgtgctaagtgagcataacactttctggaagtttagggccc
ctaaaaattctttaaggagaaactaattgcattgcaaaataatgtaagtt
aaatatttattaatcttgagtgaaactaaccttatatagaccaatttgta
gaaactgtctccccttttaaaaaagatatatctgtatttcttattttaat
gtacatggctgtttgcctgcatgcttatctgtgaaccatgtgcatgcagt
gtctgcagaggtccagagagggtgctgggccactggaactgatgttaagg
cagtgagctgtgatgtggtgctgggattgaaccggctcctctggaagagc
agccagtgcccttaacccctgagcatctcttcagctttctctcccttttg
gtgagagagatcttactggtgttgggtctttgattcacagagatctgtct
gccttctgcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_72510992_72512131
seq2: B6Ng01-271E01.b_42_1185 (reverse)

seq1  CACGT-TGGGGGGAGGGACAAAGAAAACCAGTG-CCCCAGATCCTT-ATG  47
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||
seq2  CACGTGTGGGGGGAGGGAC-AAGAAAACCAGTGTCCCAAGATCCTTAATG  49

seq1  CATCC-TCCTGCC-TCCACGACCCTCCTCCCCAAGCCTGCTTTTCCACAT  95
      ||||| || |||| ||||||| |||| |||||||  |||||||| |||||
seq2  CATCCTTCTTGCCTTCCACGA-CCTCTTCCCCAAAGCTGCTTTTGCACAT  98

seq1  TCGTGAATTCT-ACCTTCTGTGACAGTGGG--TGGGGGTTGGTATTGAGT  142
      ||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TCGTGAATTCTAACGTTCTGTGACAGTGGGGTGGGGGGTTGGTATTGAGT  148

seq1  TACGGGTGTTTGCAGGCATCAGTCTTTCCCTCTCCTGTTTTGGGTACAGC  192
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGGTG-TTGCAGGCATCAGTCTTTCCCTCTCCTGTTTTGGGTACAGC  197

seq1  TGCGGCCTTATGTGTGCATGGGAACACTAGAGGATAGTGAGGTAGGGAGG  242
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGG-CTTATGTGTGCATGGGAACACTAGAGGATAGTGAGGTAGGGAGG  246

seq1  ACGGGGCCTAAAGACCAGAAAGAAAAAAGAAGAAGAAAAGAAAGACAGAA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGCCTAAAGACCAGAAAGAAAAAAGAAGAAGAAAAGAAAGACAGAA  296

seq1  AGAATAGGAAGGAGATGGGAGTGACCATGGTCAAAAAGCATACTATATCA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGAAGGAGATGGGAGTGACCATGGTCAAAAAGCATACTATATCA  346

seq1  ATGCATGAAAATTGTAGTGAAACTCGCTAGTGTGTATAACTAATATGTAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGAAAATTGTAGTGAAACTCGCTAGTGTGTATAACTAATATGTAT  396

seq1  TAATAATTATAATTAAGAAAAAGAGTTTAGCAACAGAGGAGGACTCAGAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTATAATTAAGAAAAAGAGTTTAGCAACAGAGGAGGACTCAGAG  446

seq1  AAGGAAAGACTCTTGCTTGTAATCTCTCTTGCCTGCCTTTAAAAGGGATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGACTCTTGCTTGTAATCTCTCTTGCCTGCCTTTAAAAGGGATT  496

seq1  ACAGTAAGCCTGTGTATTGTTTGTCGGTTCCTCCTGTGGATCTGACTTCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGCCTGTGTATTGTTTGTCGGTTCCTCCTGTGGATCTGACTTCC  546

seq1  TCCTCAAATCAACCTCACAGTCATTGTGCTTCACTTAGAGCTGTGGTTCT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAATCAACCTCACAGTCATTGTGCTTCACTTAGAGCTGTGGTTCT  596

seq1  CAACTCCCCTAACACTGCAGCCCTTTAACACAGTTCCTCACGTTGTGCTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCCCTAACACTGCAGCCCTTTAACACAGTTCCTCACGTTGTGCTG  646

seq1  ACCTTCAGCCATAAAAGTATTTGGTTGTTACTTCATAACTGCAAGTTTGC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAGCCATAAAAGTATTTGGTTGTTACTTCATAACTGCAAGTTTGC  696

seq1  TACTTTTATGAATCATAATGTAAACATCTGATATGTGGGATATCTGACCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTATGAATCATAATGTAAACATCTGATATGTGGGATATCTGACCC  746

seq1  GTGACTCTCAGGGGTGTCATGACCCACAGGTTGAACGGCAGACTTACACA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCTCAGGGGTGTCATGACCCACAGGTTGAACGGCAGACTTACACA  796

seq1  GATCAACCTAAAGCCCTTAGGAGGATCCCATGGCACAGAAGAGATTCCTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAACCTAAAGCCCTTAGGAGGATCCCATGGCACAGAAGAGATTCCTT  846

seq1  CCTCTTTCTGAGCCCTGTTCAGGTTCCATGCTCCCAAGACAAGGCCCCAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCTGAGCCCTGTTCAGGTTCCATGCTCCCAAGACAAGGCCCCAC  896

seq1  TTCCCTGCAGGACCTTGCCCATGCCAGAGTCTGCTGCAAACCCAGCTCGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGCAGGACCTTGCCCATGCCAGAGTCTGCTGCAAACCCAGCTCGG  946

seq1  TTCTTTTCACGCCTCTCGGGAAAGCATACTATTCCTGAAATCTTGGCTGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCACGCCTCTCGGGAAAGCATACTATTCCTGAAATCTTGGCTGC  996

seq1  CGCTCCTTGTCAGCAGAAAGCATGCTAAGCGAATTTGAATGACTCTGGCG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCCTTGTCAGCAGAAAGCATGCTAAGCGAATTTGAATGACTCTGGCG  1046

seq1  TGTGAATAGACTCCAGGCTGCGGGCTCCAAAGTAAGCGGCTCCAAGTCAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATAGACTCCAGGCTGCGGGCTCCAAAGTAAGCGGCTCCAAGTCAC  1096

seq1  TGTGGCTGCTGTTATCTTGGCAATTTTATTTTCTGTTTCAAAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGCTGTTATCTTGGCAATTTTATTTTCTGTTTCAAAGAATTC  1144

seq1: chr1_72377456_72378519
seq2: B6Ng01-271E01.g_65_1126

seq1  GAATTCACTCAGTAGACCAGGTTGACCTTGAACTCAGAGATCCTCGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGTAGACCAGGTTGACCTTGAACTCAGAGATCCTCGTGCC  50

seq1  TCAGCCTGATGGGTGTTGGGATTAAAAGCTTGCATCACCACTCCAGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGATGGGTGTTGGGATTAAAAGCTTGCATCACCACTCCAGCAAG  100

seq1  AATCTTTGTATGTGAATTTCTCCCTAAATTCATAGTGATGAAGAGATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGTATGTGAATTTCTCCCTAAATTCATAGTGATGAAGAGATTCT  150

seq1  TCTAGGAGAACTCAAGGGAATTGAAATGAAAGTAAATACCACCCATAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAGAACTCAAGGGAATTGAAATGAAAGTAAATACCACCCATAGAC  200

seq1  TGAATCTGTGTGCCTAGCACACAAGCCTTATGTAGTCTTAGTGTTAGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTGTGTGCCTAGCACACAAGCCTTATGTAGTCTTAGTGTTAGGTT  250

seq1  AGTTCAGTGAGCTGTAGGAGCATTTCTCTCATGGTTATCTCTACTGTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGTGAGCTGTAGGAGCATTTCTCTCATGGTTATCTCTACTGTTAG  300

seq1  CAGTGTCTTCAAGGCCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTGAAGAACGTGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTTCAAGGCCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTGAAGAACGTGAACA  350

seq1  ACTGCTAGAGCACTAGAAGTTGGTTCTTAGCACCAAGTCAGGTGGCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTAGAGCACTAGAAGTTGGTTCTTAGCACCAAGTCAGGTGGCTCAC  400

seq1  AGTTGCCTGTTACTCTAGGTCAAGGGCATCTGATGCCCTCTTCCAGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTGTTACTCTAGGTCAAGGGCATCTGATGCCCTCTTCCAGTCTC  450

seq1  TAGGAGCACCTGTATAAACATGGCATGTATTTACTGCATACACACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGCACCTGTATAAACATGGCATGTATTTACTGCATACACACACACA  500

seq1  CACACACACACACACTTTTTAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACTTTTTAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAACCT  550

seq1  CTTTAAGCCAAAAAGTGGGCAAACTTACCTAGGATCCCTAAGAATGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGCCAAAAAGTGGGCAAACTTACCTAGGATCCCTAAGAATGTACT  600

seq1  GAAGTAGGATGTGCTAAGTGAGCATAACACTTTCTGGAAGTTTAGGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGATGTGCTAAGTGAGCATAACACTTTCTGGAAGTTTAGGGCCC  650

seq1  CTAAAAATTCTTTAAGGAGAAACTAATTGCATTGCAAAATAATGTAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATTCTTTAAGGAGAAACTAATTGCATTGCAAAATAATGTAAGTT  700

seq1  -AATATTTATTAATCTTGAGTGAAACTAACCTTATATAGACCAATTTGTA  749
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTATTAATCTTGAGTGAAACTAACCTTATATAGACCAATTTGTA  750

seq1  GAAACTGTCTCCCCTTTTAAAAAAGATATATCTGTATTTCTTATTTTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGTCTCCCCTTTTAAAAAAGATATATCTGTATTTCTTATTTTAAT  800

seq1  GTACATGGCTGTTTGCCTGCATGCTTATCTGTGAACCATGTGCATGCAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGGCTGTTTGCCTGCATGCTTATCTGTGAACCATGTGCATGCAGT  850

seq1  GTCTGCAGAGGTCCAGAGAGGGTGCTGGGCCACTGGAACTGATGTTAAAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCTGCAGAGGTCCAGAGAGGGTGCTGGGCCACTGGAACTGATGTT-AAG  899

seq1  GCAGTGAGCTGTGATGTGGGTGCTGGGAATTGAACCCGGCTCCTCTGGAA  949
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGCTGTGATGT-GGTGCTGGG-ATTGAA-CCGGCTCCTCTGGAA  946

seq1  GAGCAGCCAGTGCCCTTAACCCCTGAGCCATCTCTCCAGCCTTTCTCTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
seq2  GAGCAGCCAGTGCCCTTAACCCCTGAG-CATCTCTTCAG-CTTTCTCTCC  994

seq1  CTTTT-GTGAGAGAGATCTTACT-GTGGTTGGTCTTGAATTCACAGAGAT  1047
      ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||  ||||||||||||
seq2  CTTTTGGTGAGAGAGATCTTACTGGTGTTGGGTCTTTGATTCACAGAGAT  1044

seq1  CTGTCTG-CTTCTGCATC  1064
      ||||||| ||||||||||
seq2  CTGTCTGCCTTCTGCATC  1062