BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271E08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 64,705,554 - 64,839,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik
Upstream geneGm215, Mdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik, LOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik
Downstream geneLOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276, Cryge, Crygd, Crygc, Crygb, LOC654356, Cryga, D630023F18Rik, Idh1, Pip5k3, Pthr2, LOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271E08.bB6Ng01-271E08.g
ACCGA073401GA073402
length1,1131,150
definitionB6Ng01-271E08.b B6Ng01-271E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,838,390 - 64,839,509)(64,705,554 - 64,706,733)
sequence
gaattctagacctgcttattatgaaacagatgtgctcccgtggcacagtg
ccttctccctccacccccagtccctgtcaccgtagcttactcttgacctt
tgctgaaactaatgtatctgtgattctgactgtcagagacgccattccca
gcacactgagcacagagacttgaagaacagagcccccgaccccaggttgg
ccccatgtcctgccccaactcacaggtgcccaagattagacctaataaaa
gccgagggtgaaatctggatccctgtttagcacacctgagttgtctgtcc
ccactgccccttagagggccttgctgtgtgtgagcggaccttggacactc
ctaagacctttccctggacattgcttcgtgtttattttttaaagggaaag
ataagcatgctgtcactcatgatctggaattggagccatgtcctgctact
tctgttttcactatggtccatgcccgctcaggactcacaacagcgttctc
tgccaccaccaccggaatctgataggacaccgtggagccagatcaggagt
tggatctgccatgaaaattcaaaattgctattttcagcccagaatgtctc
agagtgcatgaaggcccttactgttttcaggtctaacaaatgacttggtg
cagtgttaggtagttgttccactgcttagaaaccatcgaaacaaaagcaa
gcctgtgcatttccacctccttttttttcatctcagtaaataccatacac
gtaaagcataatggaaaacggtccattaatctcctggagctgcttgcaaa
gcccagggaacggcttttcactaaacagccattccctggtgtagcacaag
aattccctcctgctagtgccagaaactcatgtgtgacaccatccagcccg
ggggaagtgttggcacccaaccccaccgttaagaaaccagtttcctaaaa
tagacctgcatttgcacgcagtaggaaggctgcatggtgcttccaagcag
tcagctctgatggggagaggagttctttccaggctgcctgtccaagttga
cacagcttatatgaaaccatgcaactcttgtcctccccctgacttcatgt
gctgaattacagc
gaattcctgtccgggtttgcagcctttcagcacagagaaggacaatgtta
tatttgagaaccactatttgttcatttcctgtacaacgaggctgaattga
aaatgggaggaaacgccttgtgtttaagttccttcctgacttttccccaa
agggacagggataattaggtatttatcttccacaagtagatacaagcaaa
aatccacatccatactgaaattcaggacacactcacaggagaagcacttt
aactacaagcactgaagtgttttctattgctgtaggaaaaagcttgtcat
ctacaaaggctcctttcaatgttatctaaaacccgaaaagactggtttgg
ggcctttgttcagtaagttgaaaggactacttttttgataatttttaatc
ttaggtttaagttttcttggtgttaaggcccaaactatcaccagcagtgt
gtcaggaaggatgcttgaaacagttgggacatgatctttggcctttgtca
cccaaggatactcaagactatttcttatgcatctaattatctcatcaaaa
tcagaaaagatgttctccttttaaaagtttgtcagattatatgtaaaaaa
atgtttaaattcacctgttgaggttttgtcttttactgtctattgtaatg
ctaagtgcaagcccccgagacttggagtctgcatacagcccctgtgactc
tgcccccaagttaattctaattgttgaataaagatgcctacagccaatag
ctggacagaagagacatgggtggagttttaggtttcaagagtttgaagga
aggagaagctgccatggttcaaggggcaagaaagcatgattctgagggct
acccaattggagttaagagcagcccaggtagaactcaggaagtaataact
caggttattgataggaaagtagatctacagcatggagggtaggcagctgc
ccagctatgtgctttttagggctatttagtttaaagtgtgagtgtgtctt
tcatctggactcataatcaaggcaggtagaggcttggctggatttaaata
ttgctacaacactcactgtaaaacatgagacaacgaaagcatcttagcat
catgattgaccaggtctatggtaaaaacattaggcctaattgtgaacctg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_64838390_64839509
seq2: B6Ng01-271E08.b_40_1152 (reverse)

seq1  GCTGTTATTCAGCACATGAAGTCAGGGGGAAGAC-AGAGTTTGCATGGTT  49
      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |
seq2  GCTGTAATTCAGCACATGAAGTCAGGGGGAGGACAAGAG-TTGCATGG-T  48

seq1  TTCATATAAGGCTGTGTCCAACTTTGGGAACAGGCAGCCCTGGAAAGAAC  99
      ||||||||| ||||||| ||||||   | |||||||| ||||||||||||
seq2  TTCATATAA-GCTGTGT-CAACTT---GGACAGGCAG-CCTGGAAAGAAC  92

seq1  TCCTCT-CCCATCAGAGCTGACTGCCTTTGGAGCACCCTGCAGCCTTCCT  148
      |||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||
seq2  TCCTCTCCCCATCAGAGCTGACTG-CTTGGAAGCACCATGCAGCCTTCCT  141

seq1  ACTGCGGTGCAAATGCAGGTCTATTTTAGG-AACTGGTTTCTTAACGGTG  197
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTGC-GTGCAAATGCAGGTCTATTTTAGGAAACTGGTTTCTTAACGGTG  190

seq1  GGGTTGGGTGCCAACACTTCCCCCGGGCTGGATGGTGTCACACATGAGTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGGTGCCAACACTTCCCCCGGGCTGGATGGTGTCACACATGAGTT  240

seq1  TCTGGCACTAGCAGGAGGGAATTCTTGTGCTACACCAGGGAATGGCTGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCACTAGCAGGAGGGAATTCTTGTGCTACACCAGGGAATGGCTGTT  290

seq1  TAGTGAAAAGCCGTTCCCTGGGCTTTGCAAGCAGCTCCAGGAGATTAATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAAAGCCGTTCCCTGGGCTTTGCAAGCAGCTCCAGGAGATTAATG  340

seq1  GACCGTTTTCCATTATGCTTTACGTGTATGGTATTTACTGAGATGAAAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGTTTTCCATTATGCTTTACGTGTATGGTATTTACTGAGATGAAAAA  390

seq1  AAAGGAGGTGGAAATGCACAGGCTTGCTTTTGTTTCGATGGTTTCTAAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGTGGAAATGCACAGGCTTGCTTTTGTTTCGATGGTTTCTAAGC  440

seq1  AGTGGAACAACTACCTAACACTGCACCAAGTCATTTGTTAGACCTGAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAACAACTACCTAACACTGCACCAAGTCATTTGTTAGACCTGAAAA  490

seq1  CAGTAAGGGCCTTCATGCACTCTGAGACATTCTGGGCTGAAAATAGCAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGGGCCTTCATGCACTCTGAGACATTCTGGGCTGAAAATAGCAAT  540

seq1  TTTGAATTTTCATGGCAGATCCAACTCCTGATCTGGCTCCACGGTGTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTTTCATGGCAGATCCAACTCCTGATCTGGCTCCACGGTGTCCT  590

seq1  ATCAGATTCCGGTGGTGGTGGCAGAGAACGCTGTTGTGAGTCCTGAGCGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATTCCGGTGGTGGTGGCAGAGAACGCTGTTGTGAGTCCTGAGCGG  640

seq1  GCATGGACCATAGTGAAAACAGAAGTAGCAGGACATGGCTCCAATTCCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGACCATAGTGAAAACAGAAGTAGCAGGACATGGCTCCAATTCCAG  690

seq1  ATCATGAGTGACAGCATGCTTATCTTTCCCTTTAAAAAATAAACACGAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAGTGACAGCATGCTTATCTTTCCCTTTAAAAAATAAACACGAAG  740

seq1  CAATGTCCAGGGAAAGGTCTTAGGAGTGTCCAAGGTCCGCTCACACACAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCCAGGGAAAGGTCTTAGGAGTGTCCAAGGTCCGCTCACACACAG  790

seq1  CAAGGCCCTCTAAGGGGCAGTGGGGACAGACAACTCAGGTGTGCTAAACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCCTCTAAGGGGCAGTGGGGACAGACAACTCAGGTGTGCTAAACA  840

seq1  GGGATCCAGATTTCACCCTCGGCTTTTATTAGGTCTAATCTTGGGCACCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCAGATTTCACCCTCGGCTTTTATTAGGTCTAATCTTGGGCACCT  890

seq1  GTGAGTTGGGGCAGGACATGGGGCCAACCTGGGGTCGGGGGCTCTGTTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTGGGGCAGGACATGGGGCCAACCTGGGGTCGGGGGCTCTGTTCT  940

seq1  TCAAGTCTCTGTGCTCAGTGTGCTGGGAATGGCGTCTCTGACAGTCAGAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTCTGTGCTCAGTGTGCTGGGAATGGCGTCTCTGACAGTCAGAA  990

seq1  TCACAGATACATTAGTTTCAGCAAAGGTCAAGAGTAAGCTACGGTGACAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATACATTAGTTTCAGCAAAGGTCAAGAGTAAGCTACGGTGACAG  1040

seq1  GGACTGGGGGTGGAGGGAGAAGGCACTGTGCCACGGGAGCACATCTGTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGGGGTGGAGGGAGAAGGCACTGTGCCACGGGAGCACATCTGTTT  1090

seq1  CATAATAAGCAGGTCTAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAGCAGGTCTAGAATTC  1113

seq1: chr1_64705554_64706733
seq2: B6Ng01-271E08.g_61_1210

seq1  GAATTCCTGTCCGGGTTTGCAGCCTTTCAGCACAGAGAAGGACAATGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCCGGGTTTGCAGCCTTTCAGCACAGAGAAGGACAATGTTA  50

seq1  TATTTGAGAACCACTATTTGTTCATTTCCTGTACAACGAGGCTGAATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGAACCACTATTTGTTCATTTCCTGTACAACGAGGCTGAATTGA  100

seq1  AAATGGGAGGAAACGCCTTGTGTTTAAGTTCCTTCCTGACTTTTCCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGAGGAAACGCCTTGTGTTTAAGTTCCTTCCTGACTTTTCCCCAA  150

seq1  AGGGACAGGGATAATTAGGTATTTATCTTCCACAAGTAGATACAAGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGGGATAATTAGGTATTTATCTTCCACAAGTAGATACAAGCAAA  200

seq1  AATCCACATCCATACTGAAATTCAGGACACACTCACAGGAGAAGCACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACATCCATACTGAAATTCAGGACACACTCACAGGAGAAGCACTTT  250

seq1  AACTACAAGCACTGAAGTGTTTTCTATTGCTGTAGGAAAAAGCTTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAAGCACTGAAGTGTTTTCTATTGCTGTAGGAAAAAGCTTGTCAT  300

seq1  CTACAAAGGCTCCTTTCAATGTTATCTAAAACCCGAAAAGACTGGTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGGCTCCTTTCAATGTTATCTAAAACCCGAAAAGACTGGTTTGG  350

seq1  GGCCTTTGTTCAGTAAGTTGAAAGGACTACTTTTTTGATAATTTTTAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGTTCAGTAAGTTGAAAGGACTACTTTTTTGATAATTTTTAATC  400

seq1  TTAGGTTTAAGTTTTCTTGGTGTTAAGGCCCAAACTATCACCAGCAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTTAAGTTTTCTTGGTGTTAAGGCCCAAACTATCACCAGCAGTGT  450

seq1  GTCAGGAAGGATGCTTGAAACAGTTGGGACATGATCTTTGGCCTTTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAAGGATGCTTGAAACAGTTGGGACATGATCTTTGGCCTTTGTCA  500

seq1  CCCAAGGATACTCAAGACTATTTCTTATGCATCTAATTATCTCATCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGATACTCAAGACTATTTCTTATGCATCTAATTATCTCATCAAAA  550

seq1  TCAGAAAAGATGTTCTCCTTTTAAAAGTTTGTCAGATTATATGTAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAAGATGTTCTCCTTTTAAAAGTTTGTCAGATTATATGTAAAAAA  600

seq1  ATGTTTAAATTCACCTGTTGAGGTTTTGTCTTTTACTGTCTATTGTAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAATTCACCTGTTGAGGTTTTGTCTTTTACTGTCTATTGTAATG  650

seq1  CTAAGTGCAAGCCCCCGAGACTTGGAGTCTGCATACAGCCCCTGTGACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGCAAGCCCCCGAGACTTGGAGTCTGCATACAGCCCCTGTGACTC  700

seq1  TGCCCCCAAGTTAATTCTAATTGTTGAATAAAGATGCCTACAGCCAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCAAGTTAATTCTAATTGTTGAATAAAGATGCCTACAGCCAATAG  750

seq1  CTGGACAGAAGAGACATGGGTGGAGTTTTAGGTTTCAAGAGTTTGAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACAGAAGAGACATGGGTGGAGTTTTAGGTTTCAAGAGTTTGAAGGA  800

seq1  AGGAGAAGCTGCCATGGTTCAAGGGGCAAGAAAGCATGATTCTGAGGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGCTGCCATGGTTCAAGGGGCAAGAAAGCATGATTCTGAGGGCT  850

seq1  ACCCAATTGGAGTTAAGAGCAGCCCAGGTAGAACTCAGGAAGTAATAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATTGGAGTTAAGAGCAGCCCAGGTAGAACTCAGGAAGTAATAACT  900

seq1  CAGGGTTATTGATAGGAAAGTAGATTCTAACAGCATGGAGGGTAGGCAGC  950
      || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  CA-GGTTATTGATAGGAAAGTAGA-TCT-ACAGCATGGAGGGTAGGCAGC  947

seq1  TGCCCAGCTATTGTGCTTTTTAGGGCTTATTTTAAGTTTAAAGGTTGTGA  1000
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||||
seq2  TGCCCAGCTA-TGTGCTTTTTAGGGC-TATTT--AGTTTAAAG--TGTGA  991

seq1  GTGTGTCTTTCATCTGGGAACTCAATAATCAAAGGCAGGGTAGAAGCCTT  1050
      |||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| ||  |
seq2  GTGTGTCTTTCATCTGG--ACTC-ATAATC-AAGGCA-GGTAGAGGC--T  1034

seq1  GGGCTGGGATTTTAAAATATTTGCTACAACACTCACCTGTTAAAAACATG  1100
       |||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||
seq2  TGGCT-GGATTT--AAATA-TTGCTACAACACTCA-CTGT--AAAACATG  1077

seq1  AGACAACAGAAAGCATCTTATAGCATCTATTGATGTGAACTCCAGGTCTA  1150
      ||||||| ||||||||||  |||||||   |||| |||   |||||||||
seq2  AGACAAC-GAAAGCATCT--TAGCATC--ATGAT-TGA---CCAGGTCTA  1118

seq1  TGGTAAAAACCATAGGCCTAA-TGTG-ACCTG  1180
      ||||||||||  ||||||||| |||| |||||
seq2  TGGTAAAAACATTAGGCCTAATTGTGAACCTG  1150