BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271M02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 63,753,534 - 63,871,713
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik
Upstream geneNrp2, LOC100043070, A430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215
Downstream geneLOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271M02.bB6Ng01-271M02.g
ACCGA073753GA073754
length1,049708
definitionB6Ng01-271M02.b B6Ng01-271M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,870,664 - 63,871,713)(63,753,534 - 63,754,241)
sequence
gaattcaccaatgcttggtagaacatacaaaactctcagagaatcaagtc
tcaaattactgacgaataactctggggcacagagtaaaagtaagtgccat
cataagtcacaaggtggctgcaaagtaggtgaaacaaaatggcagctgcc
caacatgcacgttaaaaatagtgtttttcaccgagaggcatgattcacac
aaaaaggacatgaagacaacttactaacagcataaatttatcctaaaata
ggaaaaaatagactaggaaatattataacacatagttcacaagaaaatag
ttttaggacaattctacatatatgcaaacatgtatatacatagtatgtat
attgggttctgatgtatatttcactgtgaattacaaaaatttttgagtag
tagtatattaaaacatctgaatttattatgagaacaggcaaaattattta
tttaataagattattagacaatagacaacaaaaaaggagggtctttaaac
ctttcccaggcattgaatgcacagagtcatgaatcaatgccatttatttg
cttgttataattattgaagcttgcactgcttccatgtgtccttggagctg
tctctgctgtgatgtctagatatcatgactaccattgctgagtcatggtg
ttttattgtaatgtgtataaagcatgatgctttgagaagaaaaacatttt
ccagtgtttattctgacaggacattctgaagctagactaatggactcgga
gctacattgattggttcctacctaatagtaaagtcttatcatatttgaat
tctgcattcaaattatcttcactcctacttattggactgatcagacctct
gagtcagtgtttatcaattcagtaaatagaaagcttgaggttgcattgaa
gctcaaaggagacagcagagaaattatttttattacaaatcacagactct
gatcttggtgttttgtaatgaattaagttacataagctaaaatgtagtta
gtattttcagggggaactgtcattttgtgtcttccaaaggtttttcttg
gaattcataagcaatgtctattgaaaccaagttgaatacatgagagacta
caggtgaagtgtcctttctctagtcacctgtgacctcttcctaaaggtca
ccagagttaccattttctaataagaagtaatgattgctgatcactctata
tcctcatattttgcccaattctgtcttatgctcaaagacatgtgttcatt
gctcagtagacatgctcacttacaggattcctcaaaaccttcttcatctt
catttctattctttacttcagaaatgctttgctggtcattcttttttttt
ttaagatttatttattatttatatgagtacactttagctgccttcagaca
caccagaagagggtatcagatcctgctatagatggttgtgagctactata
tggttgctaggaattgaactcgggacctctggaggggcagtcagtgcttt
taactgctaaggcatttctccagccctgccagtcattcttaagagttagc
acacatagtaaatgacaaaggcagtagaggcattcatcatggggactcta
acttatccaagctgttcttaggacagacataaatagcttcacattcctaa
ctcatttgggtcccactatcagaggagtattattccagggaatgatatgt
cttaaggccaaaatccctgggcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63870664_63871713
seq2: B6Ng01-271M02.b_49_1097 (reverse)

seq1  CAAGAAAACCTTTGGGAAGACAACAAAAATGACAGTT-CCCCTGAAAATA  49
      |||||||| | || ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAGAAAAACCTTTGGAAGACA--CAAAATGACAGTTCCCCCTGAAAATA  48

seq1  CTACTTACATTTTA-CTTATTGTAACCTAATTCATTACAAAACACCAAGA  98
      |||  ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTACATTTTAGCTTA-TGTAACTTAATTCATTACAAAACACCAAGA  97

seq1  TCAGAGTCTGTGATTTGTAATAAAAATAATTTCTCTGCTGTCTCCTTTGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCTGTGATTTGTAATAAAAATAATTTCTCTGCTGTCTCCTTTGA  147

seq1  GCTTCATTGCAACCTCAAGCTTTCTATTTACTGAATTGATAAACACTGAC  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATGCAACCTCAAGCTTTCTATTTACTGAATTGATAAACACTGAC  197

seq1  TCAGAGGTCTGATCAGTCCAATAAGTAGGAGTGAAGATAATTTGAATGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGTCTGATCAGTCCAATAAGTAGGAGTGAAGATAATTTGAATGCA  247

seq1  GAATTCAAATATGATAAGACTTTACTATTAGGTAGGAACCAATCAATGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATATGATAAGACTTTACTATTAGGTAGGAACCAATCAATGTA  297

seq1  GCTCCGAGTCCATTAGTCTAGCTTCAGAATGTCCTGTCAGAATAAACACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGAGTCCATTAGTCTAGCTTCAGAATGTCCTGTCAGAATAAACACT  347

seq1  GGAAAATGTTTTTCTTCTCAAAGCATCATGCTTTATACACATTACAATAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGTTTTTCTTCTCAAAGCATCATGCTTTATACACATTACAATAA  397

seq1  AACACCATGACTCAGCAATGGTAGTCATGATATCTAGACATCACAGCAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATGACTCAGCAATGGTAGTCATGATATCTAGACATCACAGCAGA  447

seq1  GACAGCTCCAAGGACACATGGAAGCAGTGCAAGCTTCAATAATTATAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTCCAAGGACACATGGAAGCAGTGCAAGCTTCAATAATTATAACA  497

seq1  AGCAAATAAATGGCATTGATTCATGACTCTGTGCATTCAATGCCTGGGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATAAATGGCATTGATTCATGACTCTGTGCATTCAATGCCTGGGAA  547

seq1  AGGTTTAAAGACCCTCCTTTTTTGTTGTCTATTGTCTAATAATCTTATTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAAAGACCCTCCTTTTTTGTTGTCTATTGTCTAATAATCTTATTA  597

seq1  AATAAATAATTTTGCCTGTTCTCATAATAAATTCAGATGTTTTAATATAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAATTTTGCCTGTTCTCATAATAAATTCAGATGTTTTAATATAC  647

seq1  TACTACTCAAAAATTTTTGTAATTCACAGTGAAATATACATCAGAACCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTCAAAAATTTTTGTAATTCACAGTGAAATATACATCAGAACCCA  697

seq1  ATATACATACTATGTATATACATGTTTGCATATATGTAGAATTGTCCTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATACTATGTATATACATGTTTGCATATATGTAGAATTGTCCTAA  747

seq1  AACTATTTTCTTGTGAACTATGTGTTATAATATTTCCTAGTCTATTTTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTTCTTGTGAACTATGTGTTATAATATTTCCTAGTCTATTTTTT  797

seq1  CCTATTTTAGGATAAATTTATGCTGTTAGTAAGTTGTCTTCATGTCCTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTAGGATAAATTTATGCTGTTAGTAAGTTGTCTTCATGTCCTTT  847

seq1  TTGTGTGAATCATGCCTCTCGGTGAAAAACACTATTTTTAACGTGCATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGAATCATGCCTCTCGGTGAAAAACACTATTTTTAACGTGCATGT  897

seq1  TGGGCAGCTGCCATTTTGTTTCACCTACTTTGCAGCCACCTTGTGACTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGCTGCCATTTTGTTTCACCTACTTTGCAGCCACCTTGTGACTTA  947

seq1  TGATGGCACTTACTTTTACTCTGTGCCCCAGAGTTATTCGTCAGTAATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCACTTACTTTTACTCTGTGCCCCAGAGTTATTCGTCAGTAATTT  997

seq1  GAGACTTGATTCTCTGAGAGTTTTGTATGTTCTACCAAGCATTGGTGAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGATTCTCTGAGAGTTTTGTATGTTCTACCAAGCATTGGTGAAT  1047

seq1  TC  1050
      ||
seq2  TC  1049

seq1: chr1_63753534_63754241
seq2: B6Ng01-271M02.g_68_775

seq1  GAATTCATAAGCAATGTCTATTGAAACCAAGTTGAATACATGAGAGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGCAATGTCTATTGAAACCAAGTTGAATACATGAGAGACTA  50

seq1  CAGGTGAAGTGTCCTTTCTCTAGTCACCTGTGACCTCTTCCTAAAGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAGTGTCCTTTCTCTAGTCACCTGTGACCTCTTCCTAAAGGTCA  100

seq1  CCAGAGTTACCATTTTCTAATAAGAAGTAATGATTGCTGATCACTCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTACCATTTTCTAATAAGAAGTAATGATTGCTGATCACTCTATA  150

seq1  TCCTCATATTTTGCCCAATTCTGTCTTATGCTCAAAGACATGTGTTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATATTTTGCCCAATTCTGTCTTATGCTCAAAGACATGTGTTCATT  200

seq1  GCTCAGTAGACATGCTCACTTACAGGATTCCTCAAAACCTTCTTCATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTAGACATGCTCACTTACAGGATTCCTCAAAACCTTCTTCATCTT  250

seq1  CATTTCTATTCTTTACTTCAGAAATGCTTTGCTGGTCATTCTTTTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTATTCTTTACTTCAGAAATGCTTTGCTGGTCATTCTTTTTTTTT  300

seq1  TTAAGATTTATTTATTATTTATATGAGTACACTTTAGCTGCCTTCAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATTTATTTATTATTTATATGAGTACACTTTAGCTGCCTTCAGACA  350

seq1  CACCAGAAGAGGGTATCAGATCCTGCTATAGATGGTTGTGAGCTACTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAGAGGGTATCAGATCCTGCTATAGATGGTTGTGAGCTACTATA  400

seq1  TGGTTGCTAGGAATTGAACTCGGGACCTCTGGAGGGGCAGTCAGTGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTAGGAATTGAACTCGGGACCTCTGGAGGGGCAGTCAGTGCTTT  450

seq1  TAACTGCTAAGGCATTTCTCCAGCCCTGCCAGTCATTCTTAAGAGTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTAAGGCATTTCTCCAGCCCTGCCAGTCATTCTTAAGAGTTAGC  500

seq1  ACACATAGTAAATGACAAAGGCAGTAGAGGCATTCATCATGGGGACTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGTAAATGACAAAGGCAGTAGAGGCATTCATCATGGGGACTCTA  550

seq1  ACTTATCCAAGCTGTTCTTAGGACAGACATAAATAGCTTCACATTCCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCCAAGCTGTTCTTAGGACAGACATAAATAGCTTCACATTCCTAA  600

seq1  CTCATTTGGGTCCCACTATCAGAGGAGTATTATTCCAGGGAATGATATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGGGTCCCACTATCAGAGGAGTATTATTCCAGGGAATGATATGT  650

seq1  CTTAAGGCCAAAATCCCTGGGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGCCAAAATCCCTGGGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  700

seq1  TGTGTGTG  708
      ||||||||
seq2  TGTGTGTG  708