BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271O21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 111,755,116 - 111,903,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh7
Upstream geneEG666508
Downstream geneLOC100041429, EG626652, Cdh19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271O21.bB6Ng01-271O21.g
ACCGA073884GA073885
length1,2021,041
definitionB6Ng01-271O21.b B6Ng01-271O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,901,916 - 111,903,124)(111,755,116 - 111,756,155)
sequence
gaattcacatcaagtttcaaccccagtaaaagatcttgatacacagatgt
gaactgcgtacagaatataaaagagtgtggaacttagtttgtcatatttt
cagggatcaagaaacagtcacagctatgtctgaagacagttctcaaaatt
aaatcacacataatttgcttgagaacaagaattaattttcacaaatactt
aaattggattagtaccaaatcattgcctttcaacattttaattcaggttt
tttagaaactattgtttgtataaagctctgtcttccctcccagcaatata
catagaatttcagggttttgttcctggtccaatgcatgctagttgaggag
gatgaatgaaacatagagaagtgaaacacacaatctgtttctgtaagaag
cttggtaatttttagaagcactgtctgttttgacttgttcattgtttaac
ttaatgggaataatagtaatgatataatgaataataataataataatgag
gtgagcattactgtatctatttcataaattacaaaaaagggaaccaggct
attcacttgaaatcatacttggaagtggcagaacaaattaacaaccacag
atcacataactctgaaattagtgtatatgttaatatatattaatatatac
tatatgtatatgatatgaattctcacataaattttgatctgatacattat
aaaatagtatttttgtttgaggaatagtgaacatttctcttacaaaatcc
tgtagccctttcttgcttacaatttctattatgtatattgtactcatgtt
taccacaaatgagctcatcagtgggacaatagtcttgtctcacatcatta
taccataaacttgtctaccatatttactgatagctcttccatcacaggta
agtatctactctcagtgttacaatggtcaagcctattgcaaattatcctt
ggtaataaaccttgagtttattatcaacaaacctttaacacatataccac
attaatccttagaacaagcacatttaaagtttgtcttatgcaacattttt
atactttcatataaatatttctcagagacctcctacatattgggcttcat
tgttgaagcatcctacactagcccaatgaccataatgccagtcatctatc
atggttaaactcattgattagaggatgtgaagctcttcgtaggattcaat
tc

gaattcttttaaaaaatacatttaatgacagggagttgcatgagatcatc
aagtatatgctgtgtaaacatatcgacctgagtttgattcaaagaactca
aaacagcaacaacaacaaacatgggcatggtggtatagtattattactct
agacttacaaatgtgatgaaagacttacattgagagtcttcctaacaaca
catccttgtctactgagttccagacccatgaactgtcatatatcaaaacc
ataaagcagatagattctgagcaaagacatgtgacattgaccttaggatt
ccaagtactatggcacactcttgtttatgtaccacccatatatgtacaaa
tgtgtacatggacccatatgtatgtgaatgtatacttacaatctgcttca
tgtcattaataaacaagcaagaatttataaaaatctggggtaaaaaaatt
aggaaaaaaactggagaggaatgttatatgagtgaatgttttccagtatg
aaattctttattctgtataagtgaagagcagacagaagttaaaacagaat
atctgaaaaccatattggagaggggggtccatacaatatggcaggtacat
caaaggatggaatgtgtcatgactccttgtatgatagaggtgacatttta
taggtatctactttaagactgtccccgacaaaatcttgttgaagaaacta
atgtttgcatgcacctgtgcttccagcgtaatgatgaagtgattaaaagc
ttttgtgttctcagtcaccctttaatagacagatcttaaattatttaaga
agttttaagtataaaacgcaaagcatagtagtaaatttgtagaagtataa
ggccataagaccaaaggaaagcagagagaacaacaatcaaagaataaaat
agtataagctccatatggtgggaatggtgttggaagatcagtttttcaat
ttattatttctaattatttctaatagacctaggaccatgaaaggcaggat
aataatgtcagataagcaagagatcacaatgagagataaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_111901916_111903124
seq2: B6Ng01-271O21.b_47_1248 (reverse)

seq1  GAATATGAATCCTACGAAGAGCTACAATTCTTATTAATCAAATAGGAGTT  50
      |||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||   | |||||
seq2  GAAT-TGAATCCTACGAAGAGCTTCACATCCT-CTAATCA---ATGAGTT  45

seq1  TTAAACACATGATAGATGACT-GCATTAT-GTCATT-GGCTAGTGTAGGA  97
      |  ||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  T--AAC-CATGATAGATGACTGGCATTATGGTCATTGGGCTAGTGTAGGA  92

seq1  TTGCTTTCAAC-ATGAAACC--ATATGTAG--AGTCTCTGAGGAAATATT  142
       ||| |||||| ||||| ||  ||||||||   |||||||| ||||||||
seq2  -TGC-TTCAACAATGAAGCCCAATATGTAGGAGGTCTCTGA-GAAATATT  139

seq1  TATATGAAAGTAATAAAAATGTTTGCAT-AGACAAACTTTAAATTGTGCT  191
      ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TATATGAAAGT-ATAAAAATG-TTGCATAAGACAAACTTTAAA-TGTGCT  186

seq1  TGTTCTAAGGATTAATGTTGGTATATGTGTT-AAGGTTTGTTGATAATAA  240
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAGGATTAATG-TGGTATATGTGTTAAAGGTTTGTTGATAATAA  235

seq1  ACCTCAAGGTTTATTACCAAGGATAATTTGCAATAGGCTTGACCATTGTA  290
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTCAAGGTTTATTACCAAGGATAATTTGCAATAGGCTTGACCATTGTA  284

seq1  ACACCTGAGAGTAGATACTTACCTGTGATGGAAGAGCTATCAGTAAATAT  340
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-CTGAGAGTAGATACTTACCTGTGATGGAAGAGCTATCAGTAAATAT  333

seq1  GGTAGACAAGTTTATGGTATAATGATGTGAGACAAGACTATTGTCCCACT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACAAGTTTATGGTATAATGATGTGAGACAAGACTATTGTCCCACT  383

seq1  GATGAGCTCATTTGTGGTAAACATGAGTACAATATACATAATAGAAATTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTCATTTGTGGTAAACATGAGTACAATATACATAATAGAAATTG  433

seq1  TAAGCAAGAAAGGGCTACAGGATTTTGTAAGAGAAATGTTCACTATTCCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGAAAGGGCTACAGGATTTTGTAAGAGAAATGTTCACTATTCCT  483

seq1  CAAACAAAAATACTATTTTATAATGTATCAGATCAAAATTTATGTGAGAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAAATACTATTTTATAATGTATCAGATCAAAATTTATGTGAGAA  533

seq1  TTCATATCATATACATATAGTATATATTAATATATATTAACATATACACT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATCATATACATATAGTATATATTAATATATATTAACATATACACT  583

seq1  AATTTCAGAGTTATGTGATCTGTGGTTGTTAATTTGTTCTGCCACTTCCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAGAGTTATGTGATCTGTGGTTGTTAATTTGTTCTGCCACTTCCA  633

seq1  AGTATGATTTCAAGTGAATAGCCTGGTTCCCTTTTTTGTAATTTATGAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGATTTCAAGTGAATAGCCTGGTTCCCTTTTTTGTAATTTATGAAA  683

seq1  TAGATACAGTAATGCTCACCTCATTATTATTATTATTATTCATTATATCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAGTAATGCTCACCTCATTATTATTATTATTATTCATTATATCA  733

seq1  TTACTATTATTCCCATTAAGTTAAACAATGAACAAGTCAAAACAGACAGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATTATTCCCATTAAGTTAAACAATGAACAAGTCAAAACAGACAGT  783

seq1  GCTTCTAAAAATTACCAAGCTTCTTACAGAAACAGATTGTGTGTTTCACT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTAAAAATTACCAAGCTTCTTACAGAAACAGATTGTGTGTTTCACT  833

seq1  TCTCTATGTTTCATTCATCCTCCTCAACTAGCATGCATTGGACCAGGAAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGTTTCATTCATCCTCCTCAACTAGCATGCATTGGACCAGGAAC  883

seq1  AAAACCCTGAAATTCTATGTATATTGCTGGGAGGGAAGACAGAGCTTTAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCTGAAATTCTATGTATATTGCTGGGAGGGAAGACAGAGCTTTAT  933

seq1  ACAAACAATAGTTTCTAAAAAACCTGAATTAAAATGTTGAAAGGCAATGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAATAGTTTCTAAAAAACCTGAATTAAAATGTTGAAAGGCAATGA  983

seq1  TTTGGTACTAATCCAATTTAAGTATTTGTGAAAATTAATTCTTGTTCTCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTACTAATCCAATTTAAGTATTTGTGAAAATTAATTCTTGTTCTCA  1033

seq1  AGCAAATTATGTGTGATTTAATTTTGAGAACTGTCTTCAGACATAGCTGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTATGTGTGATTTAATTTTGAGAACTGTCTTCAGACATAGCTGT  1083

seq1  GACTGTTTCTTGATCCCTGAAAATATGACAAACTAAGTTCCACACTCTTT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTTTCTTGATCCCTGAAAATATGACAAACTAAGTTCCACACTCTTT  1133

seq1  TATATTCTGTACGCAGTTCACATCTGTGTATCAAGATCTTTTACTGGGGT  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCTGTACGCAGTTCACATCTGTGTATCAAGATCTTTTACTGGGGT  1183

seq1  TGAAACTTGATGTGAATTC  1209
      |||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTGATGTGAATTC  1202


seq1: chr1_111755116_111756155
seq2: B6Ng01-271O21.g_67_1107

seq1  GAATTCTTTTAAAAAATACATTTAATGACAGGGAGTTGCATGAGATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAAAAAATACATTTAATGACAGGGAGTTGCATGAGATCATC  50

seq1  AAGTATATGCTGTGTAAACATATCGACCTGAGTTTGATTCAAAGAACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATGCTGTGTAAACATATCGACCTGAGTTTGATTCAAAGAACTCA  100

seq1  AAACAGCAACAACAACAAACATGGGCATGGTGGTATAGTATTATTACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAACAACAACAAACATGGGCATGGTGGTATAGTATTATTACTCT  150

seq1  AGACTTACAAATGTGATGAAAGACTTACATTGAGAGTCTTCCTAACAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTACAAATGTGATGAAAGACTTACATTGAGAGTCTTCCTAACAACA  200

seq1  CATCCTTGTCTACTGAGTTCCAGACCCATGAACTGTCATATATCAAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTGTCTACTGAGTTCCAGACCCATGAACTGTCATATATCAAAACC  250

seq1  ATAAAGCAGATAGATTCTGAGCAAAGACATGTGACATTGACCTTAGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCAGATAGATTCTGAGCAAAGACATGTGACATTGACCTTAGGATT  300

seq1  CCAAGTACTATGGCACACTCTTGTTTATGTACCACCCATATATGTACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTACTATGGCACACTCTTGTTTATGTACCACCCATATATGTACAAA  350

seq1  TGTGTACATGGACCCATATGTATGTGAATGTATACTTACAATCTGCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACATGGACCCATATGTATGTGAATGTATACTTACAATCTGCTTCA  400

seq1  TGTCATTAATAAACAAGCAAGAATTTATAAAAATCTGGGGTAAAAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTAATAAACAAGCAAGAATTTATAAAAATCTGGGGTAAAAAAATT  450

seq1  AGGAAAAAAACTGGAGAGGAATGTTATATGAGTGAATGTTTTCCAGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAAACTGGAGAGGAATGTTATATGAGTGAATGTTTTCCAGTATG  500

seq1  AAATTCTTTATTCTGTATAAGTGAAGAGCAGACAGAAGTTAAAACAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTTATTCTGTATAAGTGAAGAGCAGACAGAAGTTAAAACAGAAT  550

seq1  ATCTGAAAACCATATTGGAGAGGGGGGTCCATACAATATGGCAGGTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAACCATATTGGAGAGGGGGGTCCATACAATATGGCAGGTACAT  600

seq1  CAAAGGATGGAATGTGTCATGACTCCTTGTATGATAGAGGTGACATTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGATGGAATGTGTCATGACTCCTTGTATGATAGAGGTGACATTTTA  650

seq1  TAGGTATCTACTTTAAGACTGTCCCCGACAAAATCTTGTTGAAGAAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATCTACTTTAAGACTGTCCCCGACAAAATCTTGTTGAAGAAACTA  700

seq1  ATGTTTGCATGCACCTGTGCTTCCAGCGTAATGATGAAGTGATTAAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCATGCACCTGTGCTTCCAGCGTAATGATGAAGTGATTAAAAGC  750

seq1  TTTTGTGTTCTCAGTCACCCTTTAATAGACAGATCTTAAATTATTTAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTTCTCAGTCACCCTTTAATAGACAGATCTTAAATTATTTAAGA  800

seq1  AGTTTTAAGTATAAAACGCAAAGCATAGTAGTAAATTTGTAGAAGTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAGTATAAAACGCAAAGCATAGTAGTAAATTTGTAGAAGTATAA  850

seq1  GGCCATAAGACCAAAGGAAAGCAGAGAGAACAACAATCAAAGAATAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAAGACCAAAGGAAAGCAGAGAGAACAACAATCAAAGAATAAAAT  900

seq1  AGTATAAGGCTCCATATGGTGGGAATGGTGTTGGAAGATCAGTTTTTCAA  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAA-GCTCCATATGGTGGGAATGGTGTTGGAAGATCAGTTTTTCAA  949

seq1  TTAATTATTTCTAATTATTTCTAATAGACCTAAGAACATGAAAGGCAGGA  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  TTTATTATTTCTAATTATTTCTAATAGACCTAGGACCATGAAAGGCAGGA  999

seq1  TTAATAATGTCAGATAAG-AAGAAATCACAAT--GAGATAAAC  1040
       ||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||
seq2  -TAATAATGTCAGATAAGCAAGAGATCACAATGAGAGATAAAC  1041


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |