BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272L12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 135,210,315 - 135,379,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolt1a, Kiss1, LOC100038824, Ren1, Etnk2, Sox13
Upstream geneNuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc, Lrrn2, Mdm4, LOC638636, Pik3c2b, Ppp1r15b, Plekha6
Downstream geneLOC667371, Snrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp, LOC100042352, LOC100042358, Fmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272L12.bB6Ng01-272L12.g
ACCGA074474GA074475
length1,0321,065
definitionB6Ng01-272L12.b B6Ng01-272L12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,210,315 - 135,211,346)(135,378,305 - 135,379,361)
sequence
gaattctgacatgggaaagtcttagacaaatcctatgaagagaccgggta
caagataagtggcctgattcttcagaagatcaaggtcctgttgagctctg
attgtgggaggttttccagtcaggcacactacaaatagcacatgatatca
tcctatggatgatattactgccattcatgacttgaatgggttcttagggc
aggacaatagacatattcaagtgttcattttctgtacttggcctatctca
agggtaagggaagggcagtcagaatagtccagcggtggcacccactctca
agtaggtaaggaccaagactcttaatggagtatttagtttggtacgtttt
aattgtataaagagaaaaaggccagaggctgtctcacacctttagccaca
gatacttagaaggctgaggcaggaggatcacatgaactcacgaattacag
aagaggcctgaggaacttgggaaagaataaacacatcatcttgggccaaa
gagaccggtccatgtgctccaggtgataatgcactgcagcaaagaggaca
tcgaacctggctttctctgatgcagtctgaaaagctatgccctgatcacc
tggctttggcctctcctcatcggctgccggctgagggctccttctggcaa
cagtttgggaactgcaggacctagggaccagcggctagagagtcagggct
cagatgacgtgcggcatggggagacccaaaactggacatttgaagccaga
ggcgttctctccccttgctaggcagtgtcctccctggagccagaccatcc
tgaagcatttccatttactccctgcttgctgctttgtaacttgttgcagc
aggggcgctgcgacctctgtctggatcatgggaacatcacctacaaactc
gtagttcctgtgtatgtgtgtgacacacccccacccctaccccaaacccc
actgccttctctgccatggctgctatcctaataggaacttcagtgcagcc
cccctctccctggatttgactgactcatgaaa
gaattcctaatcttcctgtctcggcctcccggaattgagggcacaagcaa
gctttgtaccatgcccagctgaccagcaatgcctttgagagttgtagctc
cattttctttgcaagccgtagagttttgatttgggattttgtttttataa
ctcggtaatttatttttatgtgcatgtatcgagttgcagatgaactcacc
acacaggttttaaagtaaaattaatgcttagagaggtgtgaggaaaaagg
ctgggaccatcacagacatgtggagaactttcagacacaggctggaatca
gctctatttgggcattgatcatctgaccagtacactctgagtgcccgatg
tacaccaaaatgttcaaagccctggggacctggcagtggaaaaagagaca
aatatccatgccctgagtttgtattctctttggggagacagaccagaaca
ggataaatcattaaaatacatgttgtgttagacagtaatcaatgctaaga
aggaaaacacagagctgagaagctgttgtgcctgttgggatcaagaggct
gggagacagatccacattagttcttatagtacttatagagtaactataag
tatttatagtacgtatagagtaactataagtaatgtcctaaaacttcaca
gctggaggcagcttgcacttacaggctcgcagagtcctcagtagctcagc
tcgcacttacaggcttacagagtcctcagtagctcagagttctcaatgtt
agcagcaggtgctcaatttagaacacgttaaatttgaaatgtatatgaga
tattcaagtggtagcactaagcaaactgtgtatgtgtgtgtgtttgtgtg
tgtgtgtgttgggagactatttgaagaccttgtatggtcggatggagacc
acacaaccacaattttagaggccaaatttgaagcaaacttatttaatcct
gagccagagatgtgcactggtaagggtccataccccctgaactccagaga
atggcttcaactatcaccagtctggtaatttataaagggggaacgcacta
tggctatgtgctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_135210315_135211346
seq2: B6Ng01-272L12.b_46_1077

seq1  GAATTCTGACATGGGAAAGTCTTAGACAAATCCTATGAAGAGACCGGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACATGGGAAAGTCTTAGACAAATCCTATGAAGAGACCGGGTA  50

seq1  CAAGATAAGTGGCCTGATTCTTCAGAAGATCAAGGTCCTGTTGAGCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAGTGGCCTGATTCTTCAGAAGATCAAGGTCCTGTTGAGCTCTG  100

seq1  ATTGTGGGAGGTTTTCCAGTCAGGCACACTACAAATAGCACATGATATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGGAGGTTTTCCAGTCAGGCACACTACAAATAGCACATGATATCA  150

seq1  TCCTATGGATGATATTACTGCCATTCATGACTTGAATGGGTTCTTAGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGGATGATATTACTGCCATTCATGACTTGAATGGGTTCTTAGGGC  200

seq1  AGGACAATAGACATATTCAAGTGTTCATTTTCTGTACTTGGCCTATCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAATAGACATATTCAAGTGTTCATTTTCTGTACTTGGCCTATCTCA  250

seq1  AGGGTAAGGGAAGGGCAGTCAGAATAGTCCAGCGGTGGCACCCACTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAGGGAAGGGCAGTCAGAATAGTCCAGCGGTGGCACCCACTCTCA  300

seq1  AGTAGGTAAGGACCAAGACTCTTAATGGAGTATTTAGTTTGGTACGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTAAGGACCAAGACTCTTAATGGAGTATTTAGTTTGGTACGTTTT  350

seq1  AATTGTATAAAGAGAAAAAGGCCAGAGGCTGTCTCACACCTTTAGCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTATAAAGAGAAAAAGGCCAGAGGCTGTCTCACACCTTTAGCCACA  400

seq1  GATACTTAGAAGGCTGAGGCAGGAGGATCACATGAACTCACGAATTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTAGAAGGCTGAGGCAGGAGGATCACATGAACTCACGAATTACAG  450

seq1  AAGAGGCCTGAGGAACTTGGGAAAGAATAAACACATCATCTTGGGCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCCTGAGGAACTTGGGAAAGAATAAACACATCATCTTGGGCCAAA  500

seq1  GAGACCGGTCCATGTGCTCCAGGTGATAATGCACTGCAGCAAAGAGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCGGTCCATGTGCTCCAGGTGATAATGCACTGCAGCAAAGAGGACA  550

seq1  TCGAACCTGGCTTTCTCTGATGCAGTCTGAAAAGCTATGCCCTGATCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAACCTGGCTTTCTCTGATGCAGTCTGAAAAGCTATGCCCTGATCACC  600

seq1  TGGCTTTGGCCTCTCCTCATCGGCTGCCGGCTGAGGGCTCCTTCTGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTGGCCTCTCCTCATCGGCTGCCGGCTGAGGGCTCCTTCTGGCAA  650

seq1  CAGTTTGGGAACTGCAGGACCTAGGGACCAGCGGCTAGAGAGTCAGGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGGAACTGCAGGACCTAGGGACCAGCGGCTAGAGAGTCAGGGCT  700

seq1  CAGATGACGTGCGGCATGGGGAGACCCAAAACTGGACATTTGAAGCCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGACGTGCGGCATGGGGAGACCCAAAACTGGACATTTGAAGCCAGA  750

seq1  GGCGTTCTCTCCCCTTGCTAGGCAGTGTCCTCCCTGGAGCCAGACCATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTTCTCTCCCCTTGCTAGGCAGTGTCCTCCCTGGAGCCAGACCATCC  800

seq1  TGAAGCATTTCCATTTACTCCCTGCTTGCTGCTTTGTAACTTG-TGCAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAAGCATTTCCATTTACTCCCTGCTTGCTGCTTTGTAACTTGTTGCAGC  850

seq1  AGGGGGCGCTGCGACCTCTGTCTGGATCATGGGAACATCACCTACAAACT  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGGGCGCTGCGACCTCTGTCTGGATCATGGGAACATCACCTACAAACT  899

seq1  CGTAGTTCCTGTGTATGTGTGTGACACACCCCCACCCCTACCCCAAACCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTTCCTGTGTATGTGTGTGACACACCCCCACCCCTACCCCAAACCC  949

seq1  CACTGCCTTCTCTGCCATGGCTGCTATCCTAATAGGAACTTCAGGTGCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACTGCCTTCTCTGCCATGGCTGCTATCCTAATAGGAACTTCA-GTGCAG  998

seq1  -CCCCCTCTCCCTGAATTTGACTGACTCATGAAA  1032
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCTCTCCCTGGATTTGACTGACTCATGAAA  1032

seq1: chr1_135378305_135379361
seq2: B6Ng01-272L12.g_65_1129 (reverse)

seq1  GAAAGCACATAGCC-TTGTGGGTTTCACCTTTATAAA-TACCAGACTGGT  48
      |||||||||||||| | ||| ||| | |||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAAGCACATAGCCATAGTGCGTTCCCCCTTTATAAATTACCAGACTGGT  50

seq1  ATAATTTGAAGCCATTCTCTGGGAGTCA-GGGGTATGGA-CCTTACCAGT  96
         | |||||||||||||||||   ||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GATAGTTGAAGCCATTCTCTGGAGTTCAGGGGGTATGGACCCTTACCAGT  100

seq1  GTACATCATCTTGGCCAGGATTTAATAAAGTTTGCTTCAAATTTGG-CTC  145
      | ||||| ||| |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GCACATC-TCTGGCTCAGGATTAAAT-AAGTTTGCTTCAAATTTGGCCTC  148

seq1  AAAAATTGTGGTTGTGT-GTCT-CATCCGA-CATACAAGGTCTTC-AATA  191
       |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TAAAATTGTGGTTGTGTGGTCTCCATCCGACCATACAAGGTCTTCAAATA  198

seq1  GTCT-CCAACACACACACACACAAACACACACACATACACAGTTTGCTTA  240
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAACACACACACACACAAACACACACACATACACAGTTTGCTTA  248

seq1  GTGCTACCACTTGAATATCTCATATACATTTCAAATTTAACGTGTTCTAA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACCACTTGAATATCTCATATACATTTCAAATTTAACGTGTTCTAA  298

seq1  ATTGAGCACCTGCTGCTAACATTGAGAACTCTGAGCTACTGAGGACTCTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCACCTGCTGCTAACATTGAGAACTCTGAGCTACTGAGGACTCTG  348

seq1  TAAGCCTGTAAGTGCGAGCTGAGCTACTGAGGACTCTGCGAGCCTGTAAG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTGTAAGTGCGAGCTGAGCTACTGAGGACTCTGCGAGCCTGTAAG  398

seq1  TGCAAGCTGCCTCCAGCTGTGAAGTTTTAGGACATTACTTATAGTTACTC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCTGCCTCCAGCTGTGAAGTTTTAGGACATTACTTATAGTTACTC  448

seq1  TATACGTACTATAAATACTTATAGTTACTCTATAAGTACTATAAGAACTA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGTACTATAAATACTTATAGTTACTCTATAAGTACTATAAGAACTA  498

seq1  ATGTGGATCTGTCTCCCAGCCTCTTGATCCCAACAGGCACAACAGCTTCT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATCTGTCTCCCAGCCTCTTGATCCCAACAGGCACAACAGCTTCT  548

seq1  CAGCTCTGTGTTTTCCTTCTTAGCATTGATTACTGTCTAACACAACATGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGTGTTTTCCTTCTTAGCATTGATTACTGTCTAACACAACATGT  598

seq1  ATTTTAATGATTTATCCTGTTCTGGTCTGTCTCCCCAAAGAGAATACAAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATGATTTATCCTGTTCTGGTCTGTCTCCCCAAAGAGAATACAAA  648

seq1  CTCAGGGCATGGATATTTGTCTCTTTTTCCACTGCCAGGTCCCCAGGGCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGCATGGATATTTGTCTCTTTTTCCACTGCCAGGTCCCCAGGGCT  698

seq1  TTGAACATTTTGGTGTACATCGGGCACTCAGAGTGTACTGGTCAGATGAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATTTTGGTGTACATCGGGCACTCAGAGTGTACTGGTCAGATGAT  748

seq1  CAATGCCCAAATAGAGCTGATTCCAGCCTGTGTCTGAAAGTTCTCCACAT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCCAAATAGAGCTGATTCCAGCCTGTGTCTGAAAGTTCTCCACAT  798

seq1  GTCTGTGATGGTCCCAGCCTTTTTCCTCACACCTCTCTAAGCATTAATTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGATGGTCCCAGCCTTTTTCCTCACACCTCTCTAAGCATTAATTT  848

seq1  TACTTTAAAACCTGTGTGGTGAGTTCATCTGCAACTCGATACATGCACAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAACCTGTGTGGTGAGTTCATCTGCAACTCGATACATGCACAT  898

seq1  AAAAATAAATTACCGAGTTATAAAAACAAAATCCCAAATCAAAACTCTAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAATTACCGAGTTATAAAAACAAAATCCCAAATCAAAACTCTAC  948

seq1  GGCTTGCAAAGAAAATGGAGCTACAACTCTCAAAGGCATTGCTGGTCAGC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCAAAGAAAATGGAGCTACAACTCTCAAAGGCATTGCTGGTCAGC  998

seq1  TGGGCATGGTACAAAGCTTGCTTGTGCCCTCAATTCCGGGAGGCCGAGAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGGTACAAAGCTTGCTTGTGCCCTCAATTCCGGGAGGCCGAGAC  1048

seq1  AGGAAGATTAGGAATTC  1057
      |||||||||||||||||
seq2  AGGAAGATTAGGAATTC  1065