BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272N17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 175,477,294 - 175,604,231
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623121, AI447904, E430029J22Rik
Upstream geneEG240916, Slamf8, Fcrl6, Dusp23, LOC100040320, Crp, LOC665875, Apcs, Olfr16, GA_x5J8B7W5Q1F-395172-396104, Olfr1408, GA_x5J8B7W5Q1F-344462-343889, Olfr1406, Olfr218, Olfr1405-ps1, Olfr1404, Fcer1a, Olfr1403, Darc, Cadm3, Aim2, EG240921, BC094916
Downstream geneLOC665972, AI607873, Ifi204, EG666028, LOC100040462, Mnda, Ifi203, Ifi202b, Ifi205, Olfr433, Olfr432, GA_x5J8B7W3B3M-30314-31216, Olfr430, Olfr429, Olfr426, Olfr1528-ps1, Olfr244, Olfr424, Olfr423-ps1, Olfr421, Olfr422-ps1, Olfr420, Spna1, Olfr419, 1810030J14Rik, Olfr417, GA_x5J8B7W3B3M-312879-313274, GA_x5J8B7W3B3M-318013-318414, Olfr415, Olfr414, Olfr220, Fmn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272N17.bB6Ng01-272N17.g
ACCGA074577GA074578
length1,0841,144
definitionB6Ng01-272N17.b B6Ng01-272N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(175,603,151 - 175,604,231)(175,477,294 - 175,478,443)
sequence
gaattcagatactgcagattcactgctcagtgtagcagccaccagcttgg
cttccttctctctcaacctaaagatcaacagggatttcacctgtagtctt
gtgcattcatagagaaagcacggggaggactcacctcttcagaaaattct
tcagtggtatccagcctttgcagggcaggaagcagtgagtgagtgagcaa
gtgagtgagtgagtgagtgtgtgtctgtgtctgtgtctgtgtatgtgtgt
gtgtctgtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgagtgtgtgtgtgaagagcaaa
tagtaaatctctcagaaggtgatccagaggattttgtaatctcctgaaat
tctgagacaatgaagtgttttcagagagagatggaaagctgacactgggt
agagtcactgcacagctgctcagactgaggggaactggtttctcatcctg
tgctactttgtggggagtggacaaggttcatagcttttgatttcctcaga
gacggaaactcaagagtttccttcctgtaaacaattaccaaaaaagtcaa
agagagctagttacactcaggatgtttcttgcaaatcttcataggtacaa
gatttagatttataatcctcatgtcctacaggcttgcaaaaggatcccta
ggaaccttcattcctttgaatgaaggtgaaaacttagaccaaaaaagcca
agtcacccagcctcttcttttcttttctgctcaggacagagtcagtatca
ggagatctttgctgtgtcagttgccagctgcatgtgaatgggtttcaagg
aaaatctgagatgaaacagctcctggtttaagtcattcctgtagcatcta
tgcatcattagtagctcccaagacctagacttgccagagcataatgttac
aaacacacacctccaagctgcaacctcaaataaaataggaaaggcaattt
ggcattatccacctcccctcctgattatagaaactaaagctgtcctcatc
caatggtgaagtaattgtttctccagtgttctacatattcactgggttag
cacaggaaacctggggcctgggagacgtgggaaa
gaattcagtaatcactgtattgtttggagttgtgactgttgaaattctgg
gtccttcttttatctcttattggtgctagaacctgttcttggatgtatac
ttgactcttcctgtgctcttggccaaagtgcaaagggtctgcatcatctt
gtcatatatgggaatcatggttgagagcttcactatggcccttgctcact
tcctgtttcttaaacagttctcattatagtctcgtattccttggtatttg
tgcccttgtttgtgcattctgtgccccaatgactgccatgctaaacatct
gtgtactttttagtgtcagatcacatttcctaagggacactatatcaata
gttttgttattcctctttttaggcttgatttcctttgatgatttaattgg
ttaatagagactttctatctacaagtcattcttaaatcctgctagagtcc
tgcatctattgtaaaattcaaaaggtttaaaattgaaaaggtttgaacta
ttttgtgacttgtgacaatacaagtatatctaaaatatagttggatgtga
gatgacaaaaaactatggatactttttatgaatctgaattacatgtgaac
attgatgttttgctgtagaaatattattaaggttttgccatatgattgca
ttcagaatatgtgagagtgcagttgtcacattttagatgctagaatatat
tcagctccactggcataaatagtgctggagctaaacataattcaaatcta
gtcttagtagttttattattattttttaattggttactttatttatttac
atttcagatgttatcctccttccaggtttcccctctgcaagtcccccagt
gcaccccctacccttgcttctatgagggtgctccccacctgccttgctgc
cctagcattcccctacactgaggaatcaagtctccataggaccaaggcct
cccctcccattgatgccagataagcaatcctctgctacatatgcagctgg
agcatgggtccctcctttgttgtgatttagtcctgggagctctggggtgt
caagtgtggactttggttttcttcctatggaatggcatagaagaaaattc
cttcatcctttcagtcctttgcctaagctcctccattggatccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_175603151_175604231
seq2: B6Ng01-272N17.b_46_1129 (reverse)

seq1  TTTCCCACTGTCTCCCAGGCCCCAGGTTTCCCTGTGCTTA-CCAGTGAAT  49
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||
seq2  TTTCCCAC-GTCTCCCAGGCCCCAGGTTT-CCTGTGCTAACCCAGTGAAT  48

seq1  AATGTAGAAACACTGAGGAAACATTAACTTCACCATTGAAGGAGGACAGC  99
       |||||| |||||||  |||||| | |||||||||||| | |||||||||
seq2  -ATGTAG-AACACTGGAGAAACAATTACTTCACCATTGGATGAGGACAGC  96

seq1  -TTAG-TTCTATAATCAGGA-GGGAGGTGGATAATGCCAAA-TGCCTTT-  144
       |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TTTAGTTTCTATAATCAGGAGGGGAGGTGGATAATGCCAAATTGCCTTTC  146

seq1  CTA-TTTATTTGAGGTTGCAGCTTGGAGTTGTGTGTTTGTAACATTATGC  193
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTATTTGAGGTTGCAGCTTGGAGGTGTGTGTTTGTAACATTATGC  196

seq1  TCTGGCAAGTCTAGGTCTTGGGAGCTACTAATGGATGCATAGATGCTACA  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAAGTCTAGGTCTTGGGAGCTACTAAT-GATGCATAGATGCTACA  245

seq1  GGAATGACTTAAACCAGGAGCTGTTTCATCTCAGATTTTCCTTGAAACCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACTTAAACCAGGAGCTGTTTCATCTCAGATTTTCCTTGAAACCC  295

seq1  ATTCACATGCAGCTGGCAACTGACACAGCAAAGATCTCCTGATACTGACT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACATGCAGCTGGCAACTGACACAGCAAAGATCTCCTGATACTGACT  345

seq1  CTGTCCTGAGCAGAAAAG-AAAGAAGAGGCTGGGTGACTTGGCTTTTTTG  392
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGAGCAGAAAAGAAAAGAAGAGGCTGGGTGACTTGGCTTTTTTG  395

seq1  GTCTAAGTTTTCACCTTCATTCAAAGGAATGAAGGTTCCTAGGGATCCTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGTTTTCACCTTCATTCAAAGGAATGAAGGTTCCTAGGGATCCTT  445

seq1  TTGCAAGCCTGTAGGACATGAGGATTATAAATCTAAATCTTGTACCTATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGCCTGTAGGACATGAGGATTATAAATCTAAATCTTGTACCTATG  495

seq1  AAGATTTGCAAGAAACATCCTGAGTGTAACTAGCTCTCTTTGACTTTTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTGCAAGAAACATCCTGAGTGTAACTAGCTCTCTTTGACTTTTTT  545

seq1  GGTAATTGTTTACAGGAAGGAAACTCTTGAGTTTCCGTCTCTGAGGAAAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTGTTTACAGGAAGGAAACTCTTGAGTTTCCGTCTCTGAGGAAAT  595

seq1  CGAAAGCTATGAACCTTGTCCACTCCCCACAAAGTAGCACAGGATGAGAA  642
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCTATGAACCTTGTCCACTCCCCACAAAGTAGCACAGGATGAGAA  645

seq1  ACCAGTTCCCCTCAGTCTGAGCAGCTGTGCAGTGACTCTACCCAGTGTCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCCCCTCAGTCTGAGCAGCTGTGCAGTGACTCTACCCAGTGTCA  695

seq1  GCTTTCCATCTCTCTCTGAAAACACTTCATTGTCTCAGAATTTCAGGAGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCATCTCTCTCTGAAAACACTTCATTGTCTCAGAATTTCAGGAGA  745

seq1  TTACAAAATCCTCTGGATCACCTTCTGAGAGATTTACTATTTGCTCTTCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAATCCTCTGGATCACCTTCTGAGAGATTTACTATTTGCTCTTCA  795

seq1  CACACACACTCACACACAGACACAGACACACACAGACACACACACATACA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTCACACACAGACACAGACACACACAGACACACACACATACA  845

seq1  CAGACACAGACACAGACACACACTCACTCACTCACTCACTTGCTCACTCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAGACACAGACACACACTCACTCACTCACTCACTTGCTCACTCA  895

seq1  CTCACTGCTTCCTGCCCTGCAAAGGCTGGATACCACTGAAGAATTTTCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGCTTCCTGCCCTGCAAAGGCTGGATACCACTGAAGAATTTTCTG  945

seq1  AAGAGGTGAGTCCTCCCCGTGCTTTCTCTATGAATGCACAAGACTACAGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTGAGTCCTCCCCGTGCTTTCTCTATGAATGCACAAGACTACAGG  995

seq1  TGAAATCCCTGTTGATCTTTAGGTTGAGAGAGAAGGAAGCCAAGCTGGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCCTGTTGATCTTTAGGTTGAGAGAGAAGGAAGCCAAGCTGGTG  1045

seq1  GCTGCTACACTGAGCAGTGAATCTGCAGTATCTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTACACTGAGCAGTGAATCTGCAGTATCTGAATTC  1084

seq1: chr1_175477294_175478443
seq2: B6Ng01-272N17.g_68_1211

seq1  GAATTCAGTAATCACTGTATTGTTTGGAGTTGTGACTGTTGAAATTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAATCACTGTATTGTTTGGAGTTGTGACTGTTGAAATTCTGG  50

seq1  GTCCTTCTTTTATCTCTTATTGGTGCTAGAACCTGTTCTTGGATGTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCTTTTATCTCTTATTGGTGCTAGAACCTGTTCTTGGATGTATAC  100

seq1  TTGACTCTTCCTGTGCTCTTGGCCAAAGTGCAAAGGGTCTGCATCATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCTTCCTGTGCTCTTGGCCAAAGTGCAAAGGGTCTGCATCATCTT  150

seq1  GTCATATATGGGAATCATGGTTGAGAGCTTCACTATGGCCCTTGCTCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATATGGGAATCATGGTTGAGAGCTTCACTATGGCCCTTGCTCACT  200

seq1  TCCTGTTTCTTAAACAGTTCTCATTATAGTCTCGTATTCCTTGGTATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTCTTAAACAGTTCTCATTATAGTCTCGTATTCCTTGGTATTTG  250

seq1  TGCCCTTGTTTGTGCATTCTGTGCCCCAATGACTGCCATGCTAAACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTGTTTGTGCATTCTGTGCCCCAATGACTGCCATGCTAAACATCT  300

seq1  GTGTACTTTTTAGTGTCAGATCACATTTCCTAAGGGACACTATATCAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTTTTTAGTGTCAGATCACATTTCCTAAGGGACACTATATCAATA  350

seq1  GTTTTGTTATTCCTCTTTTTAGGCTTGATTTCCTTTGATGATTTAATTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTATTCCTCTTTTTAGGCTTGATTTCCTTTGATGATTTAATTGG  400

seq1  TTAATAGAGACTTTCTATCTACAAGTCATTCTTAAATCCTGCTAGAGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGAGACTTTCTATCTACAAGTCATTCTTAAATCCTGCTAGAGTCC  450

seq1  TGCATCTATTGTAAAATTCAAAAGGTTTAAAATTGAAAAGGTTTGAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTATTGTAAAATTCAAAAGGTTTAAAATTGAAAAGGTTTGAACTA  500

seq1  TTTTGTGACTTGTGACAATACAAGTATATCTAAAATATAGTTGGATGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGACTTGTGACAATACAAGTATATCTAAAATATAGTTGGATGTGA  550

seq1  GATGACAAAAAACTATGGATACTTTTTATGAATCTGAATTACATGTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAAAAAACTATGGATACTTTTTATGAATCTGAATTACATGTGAAC  600

seq1  ATTGATGTTTTGCTGTAGAAATATTATTAAGGTTTTGCCATATGATTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGTTTTGCTGTAGAAATATTATTAAGGTTTTGCCATATGATTGCA  650

seq1  TTCAGAATATGTGAGAGTGCAGTTGTCACATTTTAGATGCTAGAATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATATGTGAGAGTGCAGTTGTCACATTTTAGATGCTAGAATATAT  700

seq1  TCAGCTCCACTGGCATAAATAGTGCTGGAGCTAAACATAATTCAAATCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCACTGGCATAAATAGTGCTGGAGCTAAACATAATTCAAATCTA  750

seq1  GTCTTAGTAGTTTTATTATTATTTTTTAATTGGTTACTTTATTTATTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGTAGTTTTATTATTATTTTTTAATTGGTTACTTTATTTATTTAC  800

seq1  ATTTCAGATGTTATCCTCCTTCCAGGTTTCCCCTCTGCAAGTCCCCCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGATGTTATCCTCCTTCCAGGTTTCCCCTCTGCAAGTCCCCCAGT  850

seq1  GCACCCCCTACCCTTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCACCTGCCTTGCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCCTACCCTTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCACCTGCCTTGCTGC  900

seq1  CCTAGCATTCCCCTACACTGAGGAATCAAGTCTCCATAGGACCAAGGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTAGCATTCCCCTACACTGAGGAATCAAGTCTCCATAGGACCAA-GGCC  949

seq1  TCCCCTCCCATTGATGCCAGATAAGGCAATCCTCTGCTACATATGCAGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCCATTGATGCCAGATAA-GCAATCCTCTGCTACATATGCAGCT  998

seq1  GGAGCCATGGGTCCCTCCTTTGTTGGTGATTTAGTCCCTGGGAGCTCTGG  1050
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAG-CATGGGTCCCTCCTTTGTT-GTGATTTAGT-CCTGGGAGCTCTGG  1045

seq1  GGTGTCAGGTTGGTTGACTTT-GTTTTCTTCCTATGGGATTGCATAGGAA  1099
      ||||||| ||  || |||||| ||||||||||||||| || |||||| | 
seq2  GGTGTCAAGT--GTGGACTTTGGTTTTCTTCCTATGGAATGGCATAGAAG  1093

seq1  GAAATCCCTTCATCTCTTTCAGTCCTTTCACTAA-CTCCTCCATTGGATC  1148
       |||| |||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||
seq2  AAAATTCCTTCATC-CTTTCAGTCCTTTGCCTAAGCTCCTCCATTGGATC  1142

seq1  CC  1150
      ||
seq2  CC  1144