BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273N16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 154,467,327 - 154,604,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgl1, EG639787, Apobec4
Upstream geneNiban, Edem3, 1700025G04Rik, LOC668076, 5730449L18Rik, Glt25d2
Downstream geneArpc5, Ncf2, Smg7, EG668097, Nmnat2, Lamc2, Lamc1, EG667795, EG626058, 1700012A16Rik, Dhx9, Npl, LOC626096, Rgs8, Rgs16, Rnasel
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273N16.bB6Ng01-273N16.g
ACCGA075315GA075316
length1,0981,111
definitionB6Ng01-273N16.b B6Ng01-273N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,603,414 - 154,604,507)(154,467,327 - 154,468,451)
sequence
gaattccattttatttatttatttattttgttacctctccagtaaacggc
aaattcttggcttgataactagagtctgtttcttccattggcttctgttc
tttttgtttgccttttggctccttgcagactccttcatgacttccacctc
ctccactggcctgcccgagggaggtttctttacatctttgactttgaagg
atgacagttgaagcatattcaagtgccttaccacggtcctgggtttttgt
ggggttgaacccacatgaattggcggtagatctctgttagacaccagcat
gaggacggcaggagtcctggggtcctgaccccttgtgggctgcctctggg
caggagcagcactgcctaaggggtgcttttcaaaagctgcccaggcttct
cggttctgattctctttttgtcggctcagaagaccatcagtgaagtaagg
ctttgctgctatgatggagttgatttcataagtgttatacctgtcagcca
ggattctcccagctataaagggctgaggaacagttgatccagagatgttg
ctaacaaacttttcaagaatagcatgccaaaggccaccacatattggact
caaagtgacctggggccataagctggccaggctctggagagccttacggt
tccatgctgaggtaggaaactgtttttcagtatggtagagctgagaaaag
aaaacactaagggtgacttccggatagttcatcaggaagttgtacatttt
gctgatgcagcagtgcttagcctcgttacaaggggagttgttggaataca
gaatgatatgtctgatgttgctgttatggaatatgactgcatcaaggtaa
ccgttcttctcaaatagcattgcttctgggtggttgtgactcccggtgca
gttgctagcaagggcccttttgtatcaggttcttggaaggaactctcagc
tcataaaatgttgaggtgttttggtttgagggtacgttgaccatgggaat
cccaaagtctgatgaaatctgtgtaaggaactctcgctttcttcgctgtc
cgaattgttgtaagggcagtttggtgtcaacctaagaatggctgagcc
gaattcttttgttttgtcccttcaaggcctttgtctaaaatgtacttttc
ctgcttcagggaacactggtatttctcaattcctttgttcctgtcactgt
ggaggtacaccacagtactggcatcgaagacaaatagcacaagttgacca
tttgcctttccaaaattctacaaactaagagagtagttaaataaaactaa
tttttaatgtctcttccagtcctggacctttatgtttctgtgttgtagct
gaagtcactttcctgtgagagtttcaagtcgacagaacggcccaacttag
atatcattgtaaagaaaaggtaggtcaaaaatgtaatgctattgtcaata
tacactgacagcattgccagtgggccaggctaccattgtatgtgtaagta
aaccaggcctagatcatcctcagcatctatcttaggactgacatagtaat
ttcctaaaatgatcacaaactaagcacaaacttaatcaaaatagaattgt
atgacttatgtgtttgggtttatgttctcattaccttatttagatgtatt
agttttaagtgtatgggtgtttcgcctgcatgaaggtatgtgatttgcat
gtgtgcctggtgcccactgaggtcagaagaaggcactagatgccccggga
actagaattacagatggtagagagccaccatgtgggttctgagaaccaaa
cccaggttctctgctggagcaacaagtgcttttaacaactggccatcttt
ctgactcaagcatgtaattatttagcttcacttcctagaactgagtatta
attatcctgagatttagcactagaaaaatagaaaaattatactccatctt
ttgaaacttggtttggtttagggctgctgctgctgctgctgctgctgctt
ctgttagagggttttgtgcagcccaggctggtcttaaatcactatgtagc
agaggatggccttgaatcctgatgttcctgagtgctaggctcgcagcatt
aagcttttgagagcactccagacacaaacaccaagactccgctacactca
catgctaatagaactcatacacatctcaatgtgcactttacacatccagg
tcgagctatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_154603414_154604507
seq2: B6Ng01-273N16.b_45_1142 (reverse)

seq1  GGCTCAGCCTTTCTCTAGGTTG-CACC-AACTGCCCTTACCAC-ATTCGG  47
      ||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||| || ||||||
seq2  GGCTCAGCCATTCT-TAGGTTGACACCAAACTGCCCTTACAACAATTCGG  49

seq1  ACAGGCGAGGAAGCGAGAGTTCCCTACACAGAATTTCATCAGACTTTTGG  97
      ||||   || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  ACAGCGAAGAAAGCGAGAGTTCCTTACACAG-ATTTCATCAGACTTTGGG  98

seq1  ATTCCCATGGTCAACGTACCCTCAAA-CAAAACACCTC-ACATTTTATGA  145
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTCCCATGGTCAACGTACCCTCAAACCAAAACACCTCAACATTTTATGA  148

seq1  GCTGAGAAGTTCC-TCCAAGAACCTGATACAAAAGGG-CCTTGCTAGCAA  193
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGAG-AGTTCCTTCCAAGAACCTGATACAAAAGGGCCCTTGCTAGCAA  197

seq1  CTGCACCGGGAGTCACAACCACCCAGAAGCAATGCTATTTGAGAAGAACG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCGGGAGTCACAACCACCCAGAAGCAATGCTATTTGAGAAGAACG  247

seq1  GTTACCTTGATGCAGTCATATTCCATAACAGCAACATCAGACATATCATT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTTGATGCAGTCATATTCCATAACAGCAACATCAGACATATCATT  297

seq1  CTGTATTCCAACAACTCCCCTTGTAACGAGGCTAAGCACTGCTGCATCAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTCCAACAACTCCCCTTGTAACGAGGCTAAGCACTGCTGCATCAG  347

seq1  CAAAATGTACAACTTCCTGATGAACTATCCGGAAGTCACCCTTAGTGTTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTACAACTTCCTGATGAACTATCCGGAAGTCACCCTTAGTGTTT  397

seq1  TCTTTTCTCAGCTCTACCATACTGAAAAACAGTTTCCTACCTCAGCATGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTCAGCTCTACCATACTGAAAAACAGTTTCCTACCTCAGCATGG  447

seq1  AACCGTAAGGCTCTCCAGAGCCTGGCCAGCTTATGGCCCCAGGTCACTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTAAGGCTCTCCAGAGCCTGGCCAGCTTATGGCCCCAGGTCACTTT  497

seq1  GAGTCCAATATGTGGTGGCCTTTGGCATGCTATTCTTGAAAAGTTTGTTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAATATGTGGTGGCCTTTGGCATGCTATTCTTGAAAAGTTTGTTA  547

seq1  GCAACATCTCTGGATCAACTGTTCCTCAGCCCTTTATAGCTGGGAGAATC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATCTCTGGATCAACTGTTCCTCAGCCCTTTATAGCTGGGAGAATC  597

seq1  CTGGCTGACAGGTATAACACTTATGAAATCAACTCCATCATAGCAGCAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGACAGGTATAACACTTATGAAATCAACTCCATCATAGCAGCAAA  647

seq1  GCCTTACTTCACTGATGGTCTTCTGAGCCGACAAAAAGAGAATCAGAACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACTTCACTGATGGTCTTCTGAGCCGACAAAAAGAGAATCAGAACC  697

seq1  GAGAAGCCTGGGCAGCTTTTGAAAAGCACCCCTTAGGCAGTGCTGCTCCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCTGGGCAGCTTTTGAAAAGCACCCCTTAGGCAGTGCTGCTCCT  747

seq1  GCCCAGAGGCAGCCCACAAGGGGTCAGGACCCCAGGACTCCTGCCGTCCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGGCAGCCCACAAGGGGTCAGGACCCCAGGACTCCTGCCGTCCT  797

seq1  CATGCTGGTGTCTAACAGAGATCTACCGCCAATTCATGTGGGTTCAACCC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGGTGTCTAACAGAGATCTACCGCCAATTCATGTGGGTTCAACCC  847

seq1  CACAAAAACCCAGGACCGTGGTAAGGCACTTGAATATGCTTCAACTGTCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAACCCAGGACCGTGGTAAGGCACTTGAATATGCTTCAACTGTCA  897

seq1  TCCTTCAAAGTCAAAGATGTAAAGAAACCTCCCTCGGGCAGGCCAGTGGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAAAGTCAAAGATGTAAAGAAACCTCCCTCGGGCAGGCCAGTGGA  947

seq1  GGAGGTGGAAGTCATGAAGGAGTCTGCAAGGAGCCAAAAGGCAAACAAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGAAGTCATGAAGGAGTCTGCAAGGAGCCAAAAGGCAAACAAAA  997

seq1  AGAACAGAAGCCAATGGAAGAAACAGACTCTAGTTATCAAGCCAAGAATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAAGCCAATGGAAGAAACAGACTCTAGTTATCAAGCCAAGAATT  1047

seq1  TGCCGTTTACTGGAGAGGTAACAAAATAAATAAATAAATAAAATGGAATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTTTACTGGAGAGGTAACAAAATAAATAAATAAATAAAATGGAATT  1097

seq1  C  1094
      |
seq2  C  1098

seq1: chr1_154467327_154468451
seq2: B6Ng01-273N16.g_69_1179

seq1  GAATTCTTTTGTTTTGTCCCTTCAAGGCCTTTGTCTAAAATGTACTTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTTTTGTCCCTTCAAGGCCTTTGTCTAAAATGTACTTTTC  50

seq1  CTGCTTCAGGGAACACTGGTATTTCTCAATTCCTTTGTTCCTGTCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCAGGGAACACTGGTATTTCTCAATTCCTTTGTTCCTGTCACTGT  100

seq1  GGAGGTACACCACAGTACTGGCATCGAAGACAAATAGCACAAGTTGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTACACCACAGTACTGGCATCGAAGACAAATAGCACAAGTTGACCA  150

seq1  TTTGCCTTTCCAAAATTCTACAAACTAAGAGAGTAGTTAAATAAAACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTTCCAAAATTCTACAAACTAAGAGAGTAGTTAAATAAAACTAA  200

seq1  TTTTTAATGTCTCTTCCAGTCCTGGACCTTTATGTTTCTGTGTTGTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGTCTCTTCCAGTCCTGGACCTTTATGTTTCTGTGTTGTAGCT  250

seq1  GAAGTCACTTTCCTGTGAGAGTTTCAAGTCGACAGAACGGCCCAACTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACTTTCCTGTGAGAGTTTCAAGTCGACAGAACGGCCCAACTTAG  300

seq1  ATATCATTGTAAAGAAAAGGTAGGTCAAAAATGTAATGCTATTGTCAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTGTAAAGAAAAGGTAGGTCAAAAATGTAATGCTATTGTCAATA  350

seq1  TACACTGACAGCATTGCCAGTGGGCCAGGCTACCATTGTATGTGTAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGACAGCATTGCCAGTGGGCCAGGCTACCATTGTATGTGTAAGTA  400

seq1  AACCAGGCCTAGATCATCCTCAGCATCTATCTTAGGACTGACATAGTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGCCTAGATCATCCTCAGCATCTATCTTAGGACTGACATAGTAAT  450

seq1  TTCCTAAAATGATCACAAACTAAGCACAAACTTAATCAAAATAGAATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAATGATCACAAACTAAGCACAAACTTAATCAAAATAGAATTGT  500

seq1  ATGACTTATGTGTTTGGGTTTATGTTCTCATTACCTTATTTAGATGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTATGTGTTTGGGTTTATGTTCTCATTACCTTATTTAGATGTATT  550

seq1  AGTTTTAAGTGTATGGGTGTTTCGCCTGCATGAAGGTATGTGATTTGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAGTGTATGGGTGTTTCGCCTGCATGAAGGTATGTGATTTGCAT  600

seq1  GTGTGCCTGGTGCCCACTGAGGTCAGAAGAAGGCACTAGATGCCCCGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCTGGTGCCCACTGAGGTCAGAAGAAGGCACTAGATGCCCCGGGA  650

seq1  ACTAGAATTACAGATGGTAGAGAGCCACCATGTGGGTTCTGAGAACCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAATTACAGATGGTAGAGAGCCACCATGTGGGTTCTGAGAACCAAA  700

seq1  CCCAGGTTCTCTGCTGGAGCAACAAGTGCTTTTAACAACTGGCCATCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTTCTCTGCTGGAGCAACAAGTGCTTTTAACAACTGGCCATCTTT  750

seq1  CTGACTCAAGCATGTAATTATTTAGCTTCACTTCCTAGAACTGAGTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCAAGCATGTAATTATTTAGCTTCACTTCCTAGAACTGAGTATTA  800

seq1  ATTATCCTGAGATTTTAGCACTAGAAAAATAGAAAAATTATACTCCATCT  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCTGAGA-TTTAGCACTAGAAAAATAGAAAAATTATACTCCATCT  849

seq1  TTTGAAACTTGGTTTGGTTTAGGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACTTGGTTTGGTTTAGGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT  899

seq1  TCTGTTTAGAGGGGTTTTGTGCAGCCCAGGCTGGTCTTTAAATCACTATG  950
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTG-TTAGA-GGGTTTTGTGCAGCCCAGGCTGGTC-TTAAATCACTATG  946

seq1  TAGCAGAGGATGGCCTTGAATTCCTGATGTTCCTGAGTGCTAGGCTCGCA  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAGGATGGCCTTGAA-TCCTGATGTTCCTGAGTGCTAGGCTCGCA  995

seq1  GGCATTAAGCTTTTTGAAGAGCACTCCAGACAC-AACACCAAGACTCCGC  1049
       |||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  -GCATTAAGCTTTT--GAGAGCACTCCAGACACAAACACCAAGACTCCG-  1041

seq1  CTACACTCACATGCT-ATAGAACCTCATACACATCTTTCATGTGCCACTT  1098
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |  ||||| |||||
seq2  CTACACTCACATGCTAATAGAA-CTCATACACATC-TCAATGTG-CACTT  1088

seq1  TACACATCCCAAGTGTCGAGCTTATCA  1125
      |||||||||  || ||||||| |||||
seq2  TACACATCC--AG-GTCGAGC-TATCA  1111