BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274M15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 63,967,440 - 64,074,879
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671842, OTTMUSG00000013918
Upstream geneA430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215, Mdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik
Downstream geneKlf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik, Ccnyl1, Fzd5, 9430067K14Rik, LOC667245, LOC100043141, 4921521F21Rik, LOC667276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274M15.bB6Ng01-274M15.g
ACCGA075998GA075999
length1,0921,060
definitionB6Ng01-274M15.b B6Ng01-274M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,967,440 - 63,968,529)(64,073,820 - 64,074,879)
sequence
gaattcaaagctcagtgtacaagcccttgccttttctatcccaaattagg
cttttatacacatgccttcttcataagaggttctgaggcaacacaggacc
caaacacagcaggaactcgtcagtggagcaccctagtaaggatgcataga
agcagcttacttttcatctcttctgttcttcggtggtgatggtggtaatt
tttcttctcctcctctttctcctcttcctcctcctcctttccctcctctt
cctcccccctcctctcctctcctcccttcccctctttaccctatcctccc
tccctctctcctgccctgtggctggatgtacttgtataggtcaggagttg
gttgtcttcttccactctgaaagtgctggagatcaaactcaggttgtcag
ggttggaagcaagtgtgttttcccacagaaacattttgttagctcaaatg
ttttgttttaaaaagacatcccctgcccccacctgtgttttaaaaacaga
aaacctttgtttattattctttgactttaccatgaggcagtaaaacctca
caggagtagtaaggtgatttatacaaggtcaaggtcacataacaagacaa
agaggtagttagggccccaattctcctaccctttgcatgtaatgtggttg
ttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgtttttaaggg
tctgagttctgtcactcttccacagggctagaatttctaagccttcaagt
ctggatcagggagtttctactctgactggacattagtatcacctgtggag
tctagccaactaaccctactgtctcagtgcttcccacagagatggtggcc
tgattattctaagatggaacaagttctgatgtcagccaagtccatggtca
gacactaaaacagtggcctttctctttcatctccttctgtcttcccatcc
ccttttctgtcatataggggatgagctacacactaagcaagctgtctcta
cactgagctacatccttatcccttttgggttttttaagcaccagaggtct
caccaagtaggtcagattgcatgctgtacaaaaacaagtctt
gaattccttagcccccagcttttcatcagcttcagcagatgagcaattga
attctcataatcaaaatcaccctctgggagcttctctgagcaagaaggga
aaagatagctttgcaaagatacctgggacaaggcttgctcctctactcct
tggtttataataagctgtcgtactggacattttaaatggcacacagccct
cactgctgggatgctgacaagagagggtaagtctaatctatgtgccacaa
ggaagtgagatggttacataagggaatattctagaagactgaagcatcct
tccctgtagtcacaatttttgcttagaataggttgacatacactacccac
ttcacactctttagaacatcctttaaaaaaatcatttttacttgtgtgtg
tgcataagagagtgccagtgtgaacaaacgcacacacacatacatacatc
atggcgtgtatgtggaggtcagaggacaactttcaggagtcagttccacc
ttgtggggctcagagattgaactcaagatggtgaggcttgttggcaagca
cctttaatggttgatgcatcttgctggcccttgaacatccatttcatgca
gaatatatttgaggaaaactctagtctctggactctgctgccttgccctg
gaagattatactttatgtggagtagttttatgggttgtttgtttctttgt
ttgtttgttttgtgatctttgccctctttggatatggcaaagtttttgtt
tcctatttttctagcagatcaggaaaatgaggctggtgatgtcttaataa
gaataaaaatagaaataaaaacctgcagtgggaatccagtagtactctga
gagggtggcctggctctccttgggacgtgaagaatctgagccactacagc
tgtaatatgaggctgtgtagccagttgagaacggtagactaagagtctca
gaaaaaagcggagttcaatggaattgataaataatttagtgctttagctc
atctccacttacagatttaggaagagggagatggtacatttttaactaaa
ataaggattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63967440_63968529
seq2: B6Ng01-274M15.b_42_1133

seq1  GAATTCAAAGCTCAGTGTACAAGCCCTTGCCTTTTCTATCCCAAATTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTCAGTGTACAAGCCCTTGCCTTTTCTATCCCAAATTAGG  50

seq1  CTTTTATACACATGCCTTCTTCATAAGAGGTTCTGAGGCAACACAGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATACACATGCCTTCTTCATAAGAGGTTCTGAGGCAACACAGGACC  100

seq1  CAAACACAGCAGGAACTCGTCAGTGGAGCACCCTAGTAAGGATGCATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAGCAGGAACTCGTCAGTGGAGCACCCTAGTAAGGATGCATAGA  150

seq1  AGCAGCTTACTTTTCATCTCTTCTGTTCTTCGGTGGTGATGGTGGTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTACTTTTCATCTCTTCTGTTCTTCGGTGGTGATGGTGGTAATT  200

seq1  TTTCTTCTCCTCCTCTTTCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTTTCCCTCCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCCTCCTCTTTCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTTTCCCTCCTCTT  250

seq1  CCTCCCCCCTCCTCTCCTCTCCTCCCTTCCCCTCTTTACCCTATCCTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCCTCCTCTCCTCTCCTCCCTTCCCCTCTTTACCCTATCCTCCC  300

seq1  TCCCTCTCTCCTGCCCTGTGGCTGGATGTACTTGTATAGGTCAGGAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTCCTGCCCTGTGGCTGGATGTACTTGTATAGGTCAGGAGTTG  350

seq1  GTTGTCTTCTTCCACTCTGAAAGTGCTGGAGATCAAACTCAGGTTGTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTTCTTCCACTCTGAAAGTGCTGGAGATCAAACTCAGGTTGTCAG  400

seq1  GGTTGGAAGCAAGTGTGTTTTCCCACAGAAACATTTTGTTAGCTCAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAAGCAAGTGTGTTTTCCCACAGAAACATTTTGTTAGCTCAAATG  450

seq1  TTTTGTTTTAAAAAGACATCCCCTGCCCCCACCTGTGTTTTAAAAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTAAAAAGACATCCCCTGCCCCCACCTGTGTTTTAAAAACAGA  500

seq1  AAACCTTTGTTTATTATTCTTTGACTTTACCATGAGGCAGTAAAACCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTGTTTATTATTCTTTGACTTTACCATGAGGCAGTAAAACCTCA  550

seq1  CAGGAGTAGTAAGGTGATTTATACAAGGTCAAGGTCACATAACAAGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTAGTAAGGTGATTTATACAAGGTCAAGGTCACATAACAAGACAA  600

seq1  AGAGGTAGTTAGGGCCCCAATTCTCCTACCCTTTGCATGTAATGTGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGTTAGGGCCCCAATTCTCCTACCCTTTGCATGTAATGTGGTTG  650

seq1  TTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTAAGGG  700

seq1  TCTGAGTTCTGTCACTCTTCCACAGGGCTAGAATTTCTAAGCCTTCAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCTGTCACTCTTCCACAGGGCTAGAATTTCTAAGCCTTCAAGT  750

seq1  CTGGATCAGGGAGTTTCTACTCTGACTGGACATTAGTATCACCTGTGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCAGGGAGTTTCTACTCTGACTGGACATTAGTATCACCTGTGGAG  800

seq1  TCTAGCCAACTAACCCTACTGTCTCAGTGCTTCCCACAGAGATGGTGGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCAACTAACCCTACTGTCTCAGTGCTTCCCACAGAGATGGTGGCC  850

seq1  TGATTATTCTAAGATGGAACAAGTTCTGATGTCAGCCAAGTCCATGGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATTCTAAGATGGAACAAGTTCTGATGTCAGCCAAGTCCATGGTCA  900

seq1  GACACTAAAACAGTGGCCTTTCTCTTTCATCTCCTTCTGTCTTCCCATCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAAACAGTGGCCTTTCTCTTTCATCTCCTTCTGTCTTCCCATCC  950

seq1  CCTTTTCTGTCATATAGGGGATGAGCTACACACTAAGCAAGCTGTCTCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTGTCATATAGGGGATGAGCTACACACTAAGCAAGCTGTCTCTA  1000

seq1  CCACTGAGCTACATCCTTATCCCTTTTGGTTTTTTTAGGCA-CAGA-GTC  1048
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||
seq2  -CACTGAGCTACATCCTTATCCCTTTTGGGTTTTTTAAGCACCAGAGGTC  1049

seq1  TCA-CAAGTAGGTCAGAATGCATGCCTGTAC-AAAACAAGTCTT  1090
      ||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TCACCAAGTAGGTCAGATTGCATG-CTGTACAAAAACAAGTCTT  1092

seq1: chr1_64073820_64074879
seq2: B6Ng01-274M15.g_64_1123 (reverse)

seq1  AAAT-CTTATTTTAGTTAAAAATTGTAACCATCT-CCTCTT-CTAAATCT  47
      |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||
seq2  AAATCCTTATTTTAGTTAAAAA-TGT-ACCATCTCCCTCTTCCTAAATCT  48

seq1  GTAAGTGGAAGATGAGCTAAAAGCACTAAATTATTTATCAATTCCATTGA  97
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGG-AGATGAGCT-AAAGCACTAAATTATTTATCAATTCCATTGA  96

seq1  ACTCCGCTTTTTTCTGAGACTTCTTAGTCTACCGTTCTCAACTGGCTACA  147
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGCTTTTTTCTGAGAC-TCTTAGTCTACCGTTCTCAACTGGCTACA  145

seq1  CAGCCTCATATTACAGCTGTAGTGGCTCAGATTCTTCACGT-CCAAGGAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCCTCATATTACAGCTGTAGTGGCTCAGATTCTTCACGTCCCAAGGAG  195

seq1  AGCCAGGCCACCCTCTCAGAGTACTACTGGATTCCAACTGCAGG-TTTTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  AGCCAGGCCACCCTCTCAGAGTACTACTGGATTCCCACTGCAGGTTTTTA  245

seq1  TTTCTATTTTTATTCTTATTAAGACATCACCAGCCTCATTTTCCTGATCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTTTATTCTTATTAAGACATCACCAGCCTCATTTTCCTGATCT  295

seq1  GCTAGAAAAATAGGAAACAAAAACTTTGCCATATCCAAAGAGGGCAAAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAAAATAGGAAACAAAAACTTTGCCATATCCAAAGAGGGCAAAGA  345

seq1  TCACAAAACAAACAAACAAAGAAACAAACAACCCATAAAACTACTCCACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAACAAACAAACAAAGAAACAAACAACCCATAAAACTACTCCACA  395

seq1  TAAAGTATAATCTTCCAGGGCAAGGCAGCAGAGTCCAGAGACTAGAGTTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATAATCTTCCAGGGCAAGGCAGCAGAGTCCAGAGACTAGAGTTT  445

seq1  TCCTCAAATATATTCTGCATGAAATGGATGTTCAAGGGCCAGCAAGATGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAATATATTCTGCATGAAATGGATGTTCAAGGGCCAGCAAGATGC  495

seq1  ATCAACCATTAAAGGTGCTTGCCAACAAGCCTCACCATCTTGAGTTCAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCATTAAAGGTGCTTGCCAACAAGCCTCACCATCTTGAGTTCAAT  545

seq1  CTCTGAGCCCCACAAGGTGGAACTGACTCCTGAAAGTTGTCCTCTGACCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCCCCACAAGGTGGAACTGACTCCTGAAAGTTGTCCTCTGACCT  595

seq1  CCACATACACGCCATGATGTATGTATGTGTGTGTGCGTTTGTTCACACTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATACACGCCATGATGTATGTATGTGTGTGTGCGTTTGTTCACACTG  645

seq1  GCACTCTCTTATGCACACACACAAGTAAAAATGATTTTTTTAAAGGATGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTTATGCACACACACAAGTAAAAATGATTTTTTTAAAGGATGT  695

seq1  TCTAAAGAGTGTGAAGTGGGTAGTGTATGTCAACCTATTCTAAGCAAAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGTGTGAAGTGGGTAGTGTATGTCAACCTATTCTAAGCAAAAA  745

seq1  TTGTGACTACAGGGAAGGATGCTTCAGTCTTCTAGAATATTCCCTTATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTACAGGGAAGGATGCTTCAGTCTTCTAGAATATTCCCTTATGT  795

seq1  AACCATCTCACTTCCTTGTGGCACATAGATTAGACTTACCCTCTCTTGTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCACTTCCTTGTGGCACATAGATTAGACTTACCCTCTCTTGTC  845

seq1  AGCATCCCAGCAGTGAGGGCTGTGTGCCATTTAAAATGTCCAGTACGACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCAGCAGTGAGGGCTGTGTGCCATTTAAAATGTCCAGTACGACA  895

seq1  GCTTATTATAAACCAAGGAGTAGAGGAGCAAGCCTTGTCCCAGGTATCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTATAAACCAAGGAGTAGAGGAGCAAGCCTTGTCCCAGGTATCTT  945

seq1  TGCAAAGCTATCTTTTCCCTTCTTGCTCAGAGAAGCTCCCAGAGGGTGAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGCTATCTTTTCCCTTCTTGCTCAGAGAAGCTCCCAGAGGGTGAT  995

seq1  TTTGATTATGAGAATTCAATTGCTCATCTGCTGAAGCTGATGAAAAGCTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTATGAGAATTCAATTGCTCATCTGCTGAAGCTGATGAAAAGCTG  1045

seq1  GGGGCTAAGGAATTC  1060
      |||||||||||||||
seq2  GGGGCTAAGGAATTC  1060