BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274M19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 34,025,520 - 34,186,395
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDst
Upstream geneEG633498, LOC213711, LOC100040828, EG666108, Prim2, 1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik
Downstream geneLOC100040913, LOC383629, LOC100040938, Ccdc115, Imp4, Ptpn18, Tesp1, Cfc1, Tesp2, 9430069J07Rik, AA619741, Arhgef4, BC043098, Plekhb2, LOC666261
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274M19.bB6Ng01-274M19.g
ACCGA076006GA076007
length1,1251,099
definitionB6Ng01-274M19.b B6Ng01-274M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,025,520 - 34,026,645)(34,185,315 - 34,186,395)
sequence
gaattcccgtgtgtgtttcctgccacaggggttccgagcaagcccccgac
acatcaggaggcgagttgcagcggccgcagctgcccggcttgaagaagtg
aagcctgtggtggaagtccatcatcagagtgaacaagagtcatcggggag
gaagcgaaggatcaagaaaaacagccgggtgcagccagaattctatcact
ctgttcaaggtgcttccaccagaaggcctgtaagtagaaagctgtctttt
gtacaagtgttgaataacagtcaaacggtgaaattatccccttaaataag
tttggataaatagttgagccatcctgttgttcccccacaaagtgactgcg
tgttcacataaaggaagggttgtgctttccaagaaggtcttagggaggtc
cttgccagaggcaggagcaggccagcgtcactcagactgatctaaaaacc
tagggaattcctagcgcccttgaagctgtggtctagaatgaggatgggag
cgctagagttaacaggctggcaggctgaggtgtgctaagacatcacagca
acaatagagtcagtatcaagagagggaaagcatccaagacgggctggagc
tggaacctgtgacggtggctgaacccctcccaggagtctctagggctggg
actcagctcagggtaactctggaagagcttctaactggcctttcagctgt
gagacagcaaaaggctctgtccccctaactgtgctggtttgagtgagaat
ggcccctcgaggctcacatatttgaatgcttgcccctcccccatcggtag
aactgtttggggaacataggaggtgctgccttgttgcaagaggtgtccct
ctcagaatggacttcactcagccccctctctctgcctagtggttgtcatc
tcaagatgtgagctctcagcttctatttcagtgtcatggccacctgcctg
ctgctatgctccctacatggtcagagacttctaaccctctggagccacga
gcccccagattagatgtttcttttaacaagttgtcttgatctgacggttt
ttgtcatggcctgtataaaagcaactgaaaacctagtcatgtgttcaaca
gcacgcttcctgggcgccggagctc
gaattcagactgacaaacagcagagccacttggggaacttctgtcacttt
aatggccaacaaactgaaagaaagacactgtgcccagggtctaacctctt
tttttttttaagatttatttattaattatatgtaagtacactgtagctgt
cttcagacacacagaagagggcatcagatctcgttacagatggttgtgag
ccaccatgtggttgctgggatttgaactcaggacctttggaagagcagtc
agtggtcttatccactgagccatctcaccagcccctaagggtctaacctc
ttgcttggatctaggtcccctaaattccagctcagggtttgtaggagtga
aatttctcttccacattaagaaaactgtattaacagatgtatcctcagca
gccactgctcaactgcttaaattaacatcactttccaagattaacagaga
caggagccacggctatggacatcatcctgtaaggccatccccttgttctg
aagtctcaagctctcctgcatgggagtgtcagtttcaattgggacagggt
ggctagtacccagaacgtcacatggttcctgaggcattggcatgcctggc
tctctcataaataggagacaacagggctcataagataaatagaaacagag
ctcttagtaaactgcatgtggtaacatgtgattactcaggaggctgaggc
aggaggattatttgagtatccagaaagtcaagcccaacataggcaacata
gtaaaagattctatctcaaataaactgatatttttccttcactggcagcc
ctcctccctgcagacctgcagatctgcctctggtattctctcatatccta
gcaactcaatgccttaagtgaatcctagggaggggggtaaacaacccaag
ttgactcaaagaactggcttcccctccaggagaattgtctgttgaataag
ttgcaagctttgaagctaactctgtgcatctgcagaggagcacacctgat
tctgggatggcttgaagagaggggaagaagatgagagccatcagggaagc
acaggctcacagcagccttcgctgtgcctgtgtgagatgctctgggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_34025520_34026645
seq2: B6Ng01-274M19.b_45_1169

seq1  GAATTCCCGTGTGTGTTTCCTGCCACAGGGGTTCCGAGCAAGCCCCCGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGTGTGTGTTTCCTGCCACAGGGGTTCCGAGCAAGCCCCCGAC  50

seq1  ACATCAGGAGGCGAGTTGCAGCGGCCGCAGCTGCCCGGCTTGAAGAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGAGGCGAGTTGCAGCGGCCGCAGCTGCCCGGCTTGAAGAAGTG  100

seq1  AAGCCTGTGGTGGAAGTCCATCATCAGAGTGAACAAGAGTCATCGGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTGGTGGAAGTCCATCATCAGAGTGAACAAGAGTCATCGGGGAG  150

seq1  GAAGCGAAGGATCAAGAAAAACAGCCGGGTGCAGCCAGAATTCTATCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGAAGGATCAAGAAAAACAGCCGGGTGCAGCCAGAATTCTATCACT  200

seq1  CTGTTCAAGGTGCTTCCACCAGAAGGCCTGTAAGTAGAAAGCTGTCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAAGGTGCTTCCACCAGAAGGCCTGTAAGTAGAAAGCTGTCTTTT  250

seq1  GTACAAGTGTTGAATAACAGTCAAACGGTGAAATTATCCCCTTAAATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGTGTTGAATAACAGTCAAACGGTGAAATTATCCCCTTAAATAAG  300

seq1  TTTGGATAAATAGTTGAGCCATCCTGTTGTTCCCCCACAAAGTGACTGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATAAATAGTTGAGCCATCCTGTTGTTCCCCCACAAAGTGACTGCG  350

seq1  TGTTCACATAAAGGAAGGGTTGTGCTTTCCAAGAAGGTCTTAGGGAGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACATAAAGGAAGGGTTGTGCTTTCCAAGAAGGTCTTAGGGAGGTC  400

seq1  CTTGCCAGAGGCAGGAGCAGGCCAGCGTCACTCAGACTGATCTAAAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCAGAGGCAGGAGCAGGCCAGCGTCACTCAGACTGATCTAAAAACC  450

seq1  TAGGGAATTCCTAGCGCCCTTGAAGCTGTGGTCTAGAATGAGGATGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAATTCCTAGCGCCCTTGAAGCTGTGGTCTAGAATGAGGATGGGAG  500

seq1  CGCTAGAGTTAACAGGCTGGCAGGCTGAGGTGTGCTAAGACATCACAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAGAGTTAACAGGCTGGCAGGCTGAGGTGTGCTAAGACATCACAGCA  550

seq1  ACAATAGAGTCAGTATCAAGAGAGGGAAAGCATCCAAGACGGGCTGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGAGTCAGTATCAAGAGAGGGAAAGCATCCAAGACGGGCTGGAGC  600

seq1  TGGAACCTGTGACGGTGGCTGAACCCCTCCCAGGAGTCTCTAGGGCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCTGTGACGGTGGCTGAACCCCTCCCAGGAGTCTCTAGGGCTGGG  650

seq1  ACTCAGCTCAGGGTAACTCTGGAAGAGCTTCTAACTGGCCTTTCAGCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTCAGGGTAACTCTGGAAGAGCTTCTAACTGGCCTTTCAGCTGT  700

seq1  GAGACAGCAAAAGGCTCTGTCCCCCTAACTGTGCTGGTTTGAGTGAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGCAAAAGGCTCTGTCCCCCTAACTGTGCTGGTTTGAGTGAGAAT  750

seq1  GGCCCCTCGAGGCTCACATATTTGAATGCTTGCCCCTCCCCCATCGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTCGAGGCTCACATATTTGAATGCTTGCCCCTCCCCCATCGGTAG  800

seq1  AACTGTTTGGGGAACATAGGAGGTGCTGCCTTGTTGCAAGAGGTGTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTGGGGAACATAGGAGGTGCTGCCTTGTTGCAAGAGGTGTCCCT  850

seq1  CTCAGAATGGACTTCACTCAGCCCCCTCTCTCTGCCTAGTGGTTGTCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAATGGACTTCACTCAGCCCCCTCTCTCTGCCTAGTGGTTGTCATC  900

seq1  TCAAGATGTGAGCTCTCAGCTTCTATTTCAGTGTCATGGCCACCTGCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGTGAGCTCTCAGCTTCTATTTCAGTGTCATGGCCACCTGCCTG  950

seq1  CTGCTATGCTCCCTACAATGGTCAGAGAC-TCTAACCCTCTGGAGCCACG  999
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATGCTCCCTAC-ATGGTCAGAGACTTCTAACCCTCTGGAGCCACG  999

seq1  AG-CCCCAGATTAGATGTTTCTTTT-ACAAGTTGTCTTGGTCCTGACGGT  1047
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||
seq2  AGCCCCCAGATTAGATGTTTCTTTTAACAAGTTGTCTTGAT-CTGACGGT  1048

seq1  TTTTGTCATGG-CTGTATAAAAGCAACTGAGACACTAGTCATGTGTTC-A  1095
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |
seq2  TTTTGTCATGGCCTGTATAAAAGCAACTGAAAACCTAGTCATGTGTTCAA  1098

seq1  CAGCACGGCTTTCCCTGGGGCGCCGGAGCTC  1126
      |||||| ||||  ||| ||||||||||||||
seq2  CAGCAC-GCTT--CCT-GGGCGCCGGAGCTC  1125

seq1: chr1_34185315_34186395
seq2: B6Ng01-274M19.g_67_1165 (reverse)

seq1  CATCCCAGAGCATCTCACACA-GCACAGCG-AGGCTGCTGT-AGCCTGTG  47
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CATCCCAGAGCATCTCACACAGGCACAGCGAAGGCTGCTGTGAGCCTGTG  50

seq1  C-TCCTTGTTGCCTCTCATCTTCT--CCCTCTCTTC-AGCCATCCCAG-A  92
      | ||| || || ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |
seq2  CTTCCCTGATGGCTCTCATCTTCTTCCCCTCTCTTCAAGCCATCCCAGAA  100

seq1  TCA-GTGTGCTCCTCTGCAGATGC-CAGAGTTAGCTTC-AAGCTTGCAAC  139
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGGTGTGCTCCTCTGCAGATGCACAGAGTTAGCTTCAAAGCTTGCAAC  150

seq1  -TATTC-ACAGAC-ATTCTCCTG--AGGGAAGCCAGTTCTTTGAGTCAAC  184
       ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAACAGACAATTCTCCTGGAGGGGAAGCCAGTTCTTTGAGTCAAC  200

seq1  TTTGGTTGTTTACCCCC--TCCTAGGATTCACTTAAGGCATTGAGTTGCT  232
      || ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTGTTTACCCCCCTCCCTAGGATTCACTTAAGGCATTGAGTTGCT  250

seq1  AGGATATGAGAGAATACCAGAGGCAGATCTGCAGGTCTGCAGGGAGGAGG  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATGAGAGAATACCAGAGGCAGATCTGCAGGTCTGCAGGGAGGAGG  300

seq1  GCTGCCAGTGAAGGAAAAATATCAGTTTATTTGAGATAGAATCTTTTACT  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCAGTGAAGGAAAAATATCAGTTTATTTGAGATAGAATCTTTTACT  350

seq1  ATGTTGCCTATGTTGGGCTTGACTTTCTGGATACTCAAATAATCCTCCTG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCCTATGTTGGGCTTGACTTTCTGGATACTCAAATAATCCTCCTG  400

seq1  CCTCAGCCTCCTGAGTAATCACATGTTACCACATGCAGTTTACTAAGAGC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCCTCCTGAGTAATCACATGTTACCACATGCAGTTTACTAAGAGC  450

seq1  TCTGTTTCTATTTATCTTATGAGCCCTGTTGTCTCCTATTTATGAGAGAG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCTATTTATCTTATGAGCCCTGTTGTCTCCTATTTATGAGAGAG  500

seq1  CCAGGCATGCCAATGCCTCAGGAACCATGTGACGTTCTGGGTACTAGCCA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATGCCAATGCCTCAGGAACCATGTGACGTTCTGGGTACTAGCCA  550

seq1  CCCTGTCCCAATTGAAACTGACACTCCCATGCAGGAGAGCTTGAGACTTC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCCAATTGAAACTGACACTCCCATGCAGGAGAGCTTGAGACTTC  600

seq1  AGAACAAGGGGATGGCCTTACAGGATGATGTCCATAGCCGTGGCTCCTGT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGGGGATGGCCTTACAGGATGATGTCCATAGCCGTGGCTCCTGT  650

seq1  CTCTGTTAATCTTGGAAAGTGATGTTAATTTAAGCAGTTGAGCAGTGGCT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTAATCTTGGAAAGTGATGTTAATTTAAGCAGTTGAGCAGTGGCT  700

seq1  GCTGAGGATACATCTGTTAATACAGTTTTCTTAATGTGGAAGAGAAATTT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGATACATCTGTTAATACAGTTTTCTTAATGTGGAAGAGAAATTT  750

seq1  CACTCCTACAAACCCTGAGCTGGAATTTAGGGGACCTAGATCCAAGCAAG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTACAAACCCTGAGCTGGAATTTAGGGGACCTAGATCCAAGCAAG  800

seq1  AGGTTAGACCCTTAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGATAAGACCACTG  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGACCCTTAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGATAAGACCACTG  850

seq1  ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGC  900

seq1  TCACAACCATCTGTAACGAGATCTGATGCCCTCTTCTGTGTGTCTGAAGA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCATCTGTAACGAGATCTGATGCCCTCTTCTGTGTGTCTGAAGA  950

seq1  CAGCTACAGTGTACTTACATATAATTAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACAGTGTACTTACATATAATTAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAA  1000

seq1  AGAGGTTAGACCCTGGGCACAGTGTCTTTCTTTCAGTTTGTTGGCCATTA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTAGACCCTGGGCACAGTGTCTTTCTTTCAGTTTGTTGGCCATTA  1050

seq1  AAGTGACAGAAGTTCCCCAAGTGGCTCTGCTGTTTGTCAGTCTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACAGAAGTTCCCCAAGTGGCTCTGCTGTTTGTCAGTCTGAATTC  1099