BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275B05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 80,220,121 - 80,376,576
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310015K22Rik, Cul3
Upstream geneScg2, Ap1s3, Wdfy1, Mrpl44, Serpine2, EG433326, LOC665064, LOC100039325, A830043J08Rik
Downstream geneEG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092, 9430031J16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275B05.bB6Ng01-275B05.g
ACCGA076210GA076211
length1,1381,166
definitionB6Ng01-275B05.b B6Ng01-275B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,220,121 - 80,221,260)(80,375,398 - 80,376,576)
sequence
gaattccaaggagtccctaatcattttgttaagataataatggtgttata
attaagtagggatgatgtccttcctttttagaggagaaatgtcattttat
ctgtgatattattaggacaaatactgggttaaatgacctatctgtcatgt
cactctgttcattggctgcagagaaatccttgcgacgtttctgggttggg
agggataactattcactggcacccgtctaattggtttataatgtccattg
acttgtagcaatctagcatcaggtagggctgcgaaaagaaatggaatatg
ttacagctgtgtcttaggatcttttgaaagaaaagattactaggagcagc
agaggtgatggtctctctgtgaagtgcttgctagctacacaagcctgatg
acctaagttcagatccccaccagcacctacattaaaaaaaaaagccaagt
ctggtatcaaaggtttgtaattccagcactgggaaggtagagacaggaga
atctttggggctcacaggccaaccagtctaggcaggttcagggagagacc
ctgtctcaaaacaaaagtagaaaacactcaagacacccaacattaatgtc
tagccttcaaatgtaacacacacacacacacagagagagagagagagaga
gagagagagagagagatgcaagtatatgcaacgagattagtaactgataa
acatgtacttgtataatatacaatggctatagagatgtttcggtcaatac
agtatttcccttgcaaaagtcctaggttcagccactagaacctatgtgga
aaaagtagaaaagctgggcacagtggcccagtcttataatcgtaaggctg
ggaagatggataccagtgaattctcagagctcactgggtacatggccgag
tttacctgggccagttctaggtcaacgagagacctgtgaaaaggtagaca
gtccctgagcaacacacacaaggttgctcttaggttcacacatatatcat
acatgcacacatgtatggtgcacacatacacaccaccaccacatgaccgt
ctcaaacagcccttcattggctacttggaagggtttgtgagtctgcatga
gttataattcctctaatataacatgggcggtggacaag

gaattccagaagattaagacagggagatctctgagttcaaggtcatctgg
gattaaaagcgtggtggcacgaacctttaatcgagaccacattctgttgg
agagctatataaggacattggaagaaggaatattcattctctctcttggc
ctgcttgcctggtgggactgagcgactgctagatccttggacttctgttc
gcagctgctgctgactagtgttgggagttggactacagactgtaagtcat
caacaaatttccttactatatagagaatacccataagttttgtgactcta
gagaaccctggctaatacatggaaccccctgaaaagcatactagggctgg
gtaaacatttgctccatgcacctcactattcaacaccactgaagcagcgc
aggctagcctcggcttcccacttgtttcacatgttctttaaaagaacttt
caatttgccatggagaaagcatcaagtgcttactgtgacatgtgttagtt
gtgtatgaagtttgcttatgaataaatgagtatgctagaccatgtgtgaa
gagattaactaataatgcatagcttcttagcgggggacaagtctccccaa
ctctggtgaatgatggatgtgttcctgcattgaattgtaaatttatacat
cagcctatcaaacgctggggcagaggtattaaacctgggcattattgttt
tcagttcaattgtagttaacaaaaaaaaaaaaaaaaaacaatttttaata
aacctaaaggcagacatgcctggcattagagtggagaaacaaggatttaa
gagtaattgtctgactcctaggaaagccaacgactttaggaaatgcctag
taaatcagtaggttttctttctacagccttaaagttcaggcagtttcact
gcatagccttgaacaggctaaggatgatcttggtctacagatagatgtga
ggcattgtaggcttcagtcatttagaatctagattcctcatcagggtgct
ctactactttaagtgttttgtatattattcatctctgctgcatagcaata
agacagaagttacattttatctaataccaatgattggtttcaacccatga
gtaacctagtgtgcctcctatgtgcgttcttctctactcaaacgaatgct
ctctcctggacatcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_80220121_80221260
seq2: B6Ng01-275B05.b_45_1182

seq1  GAATTCCAAGGAGTCCCTAATCATTTTGTTAAGATAATAATGGTGTTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGAGTCCCTAATCATTTTGTTAAGATAATAATGGTGTTATA  50

seq1  ATTAAGTAGGGATGATGTCCTTCCTTTTTAGAGGAGAAATGTCATTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTAGGGATGATGTCCTTCCTTTTTAGAGGAGAAATGTCATTTTAT  100

seq1  CTGTGATATTATTAGGACAAATACTGGGTTAAATGACCTATCTGTCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATATTATTAGGACAAATACTGGGTTAAATGACCTATCTGTCATGT  150

seq1  CACTCTGTTCATTGGCTGCAGAGAAATCCTTGCGACGTTTCTGGGTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTTCATTGGCTGCAGAGAAATCCTTGCGACGTTTCTGGGTTGGG  200

seq1  AGGGATAACTATTCACTGGCACCCGTCTAATTGGTTTATAATGTCCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATAACTATTCACTGGCACCCGTCTAATTGGTTTATAATGTCCATTG  250

seq1  ACTTGTAGCAATCTAGCATCAGGTAGGGCTGCGAAAAGAAATGGAATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGCAATCTAGCATCAGGTAGGGCTGCGAAAAGAAATGGAATATG  300

seq1  TTACAGCTGTGTCTTAGGATCTTTTGAAAGAAAAGATTACTAGGAGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTGTGTCTTAGGATCTTTTGAAAGAAAAGATTACTAGGAGCAGC  350

seq1  AGAGGTGATGGTCTCTCTGTGAAGTGCTTGCTAGCTACACAAGCCTGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGATGGTCTCTCTGTGAAGTGCTTGCTAGCTACACAAGCCTGATG  400

seq1  ACCTAAGTTCAGATCCCCACCAGCACCTACATTAAAAAAAAAAGCCAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGTTCAGATCCCCACCAGCACCTACATTAAAAAAAAAAGCCAAGT  450

seq1  CTGGTATCAAAGGTTTGTAATTCCAGCACTGGGAAGGTAGAGACAGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATCAAAGGTTTGTAATTCCAGCACTGGGAAGGTAGAGACAGGAGA  500

seq1  ATCTTTGGGGCTCACAGGCCAACCAGTCTAGGCAGGTTCAGGGAGAGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGGGCTCACAGGCCAACCAGTCTAGGCAGGTTCAGGGAGAGACC  550

seq1  CTGTCTCAAAACAAAAGTAGAAAACACTCAAGACACCCAACATTAATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAACAAAAGTAGAAAACACTCAAGACACCCAACATTAATGTC  600

seq1  TAGCCTTCAAATGTAACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTCAAATGTAACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  650

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGATGCAAGTATATGCAACGAGATTAGTAACTGATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGATGCAAGTATATGCAACGAGATTAGTAACTGATAA  700

seq1  ACATGTACTTGTATAATATACAATGGCTATAGAGATGTTTCGGTCAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACTTGTATAATATACAATGGCTATAGAGATGTTTCGGTCAATAC  750

seq1  AGTATTTCCCTTGCAAAAGTCCTAGGTTCAGCCACTAGAACCTATGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTCCCTTGCAAAAGTCCTAGGTTCAGCCACTAGAACCTATGTGGA  800

seq1  AAAAGTAGAAAAGCTGGGCACAGTGGCCCAGTCTTATAATCGTAAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGAAAAGCTGGGCACAGTGGCCCAGTCTTATAATCGTAAGGCTG  850

seq1  GGAAGATGGATACCAGTGAATTCTCAGAGCTCACTGGGTACATGGCCGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATGGATACCAGTGAATTCTCAGAGCTCACTGGGTACATGGCCGAG  900

seq1  TTTACCT-GGCCAGTTCTAGGTCAACGAGAGACCTGTGAAAAGGTAGACA  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGGGCCAGTTCTAGGTCAACGAGAGACCTGTGAAAAGGTAGACA  950

seq1  GTCCCTGAGCAACAACACACAAGGTTGCTCTTTAGGTTTCACACATATAT  999
      ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTCCCTGAGCAAC-ACACACAAGGTTGCTC-TTAGG-TTCACACATATAT  997

seq1  CATACATGCACACATGTATGGTGCACACATACACACCAC--ACACATGAA  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| 
seq2  CATACATGCACACATGTATGGTGCACACATACACACCACCACCACATGAC  1047

seq1  CGTCTCAAACAGCCCTTCATTTGGCTACTTG--AGGGTTTGTGAGTCTGG  1095
      ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  CGTCTCAAACAGCCCTTCA-TTGGCTACTTGGAAGGGTTTGTGAGTCT-G  1095

seq1  AATGAGTTATAAT--CTCTAATAATAAACATGGGGGGGGGGGACAAG  1140
       ||||||||||||  ||||||||   |||||  ||| || |||||||
seq2  CATGAGTTATAATTCCTCTAATA--TAACAT--GGGCGGTGGACAAG  1138


seq1: chr1_80375398_80376576
seq2: B6Ng01-275B05.g_64_1229 (reverse)

seq1  TGGATGTCCAGAAGAG-GCATCGTTTTGAGCAG-GAATAGCACAGCCACA  48
      ||||||||||| |||| ||||   |||||| || ||| |    |  ||||
seq2  TGGATGTCCAGGAGAGAGCATTCGTTTGAGTAGAGAAGA----ACGCACA  46

seq1  CTAAGAGAGCACACTAGTGTAACTCATGGGTTTGAAAACAATTCATTTGT  98
       || ||| ||||||||| || ||||||||| |||||| ||| ||||| ||
seq2  -TAGGAG-GCACACTAG-GTTACTCATGGG-TTGAAACCAA-TCATTGGT  91

seq1  ATTAGATAAAATGTAAC-TCTGTCTTATGGCTATGCAGCAGAAGATGAAT  147
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||  
seq2  ATTAGATAAAATGTAACTTCTGTCTTATTGCTATGCAGCAG-AGATGA--  138

seq1  ATAATACAAAAAACACTTAAAGTAGTAGAGCCACCCTGATGAGGAATCTT  197
      |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  ATAATATACAAAACACTTAAAGTAGTAGAG-CACCCTGATGAGGAATC-T  186

seq1  AGATTCTAAAATGACTGAAGCCTACAAATGCCTCACATTCTTATCTGTAG  247
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||
seq2  AGATTCT-AAATGACTGAAGCCTAC-AATGCCTCACAT--CTATCTGTAG  232

seq1  ACCAAGATCATCCTTAGCCTGTTCAAGGCTATGCAGTGAAACTGCCTGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGATCATCCTTAGCCTGTTCAAGGCTATGCAGTGAAACTGCCTGAA  282

seq1  CTTTAAGGCTGTAGAAAGAAAACCTACTGATTTACTAGGCATTTCCTAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGGCTGTAGAAAGAAAACCTACTGATTTACTAGGCATTTCCTAAA  332

seq1  GTCGTTGGCTTTCCTAGGAGTCAGACAATTACTCTTAAATCCTTGTTTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTTGGCTTTCCTAGGAGTCAGACAATTACTCTTAAATCCTTGTTTCT  382

seq1  CCACTCTAATGCCAGGCATGTCTGCCTTTAGGTTTATTAAAAATTG--TT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  CCACTCTAATGCCAGGCATGTCTGCCTTTAGGTTTATTAAAAATTGTTTT  432

seq1  TTTTTTTTTTTTTTGTTAACTACAATTGAACTGAAAACAATAATGCCCAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTGTTAACTACAATTGAACTGAAAACAATAATGCCCAG  482

seq1  GTTTAATACCTCTGCCCCAGCGTTTGATAGGCTGATGTATAAATTTACAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATACCTCTGCCCCAGCGTTTGATAGGCTGATGTATAAATTTACAA  532

seq1  TTCAATGCAGGAACACATCCATCATTCACCAGAGTTGGGGAGACTTGTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCAGGAACACATCCATCATTCACCAGAGTTGGGGAGACTTGTCC  582

seq1  CCCGCTAAGAAGCTATGCATTATTAGTTAATCTCTTCACACATGGTCTAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCTAAGAAGCTATGCATTATTAGTTAATCTCTTCACACATGGTCTAG  632

seq1  CATACTCATTTATTCATAAGCAAACTTCATACACAACTAACACATGTCAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCATTTATTCATAAGCAAACTTCATACACAACTAACACATGTCAC  682

seq1  AGTAAGCACTTGATGCTTTCTCCATGGCAAATTGAAAGTTCTTTTAAAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCACTTGATGCTTTCTCCATGGCAAATTGAAAGTTCTTTTAAAGA  732

seq1  ACATGTGAAACAAGTGGGAAGCCGAGGCTAGCCTGCGCTGCTTCAGTGGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGAAACAAGTGGGAAGCCGAGGCTAGCCTGCGCTGCTTCAGTGGT  782

seq1  GTTGAATAGTGAGGTGCATGGAGCAAATGTTTACCCAGCCCTAGTATGCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATAGTGAGGTGCATGGAGCAAATGTTTACCCAGCCCTAGTATGCT  832

seq1  TTTCAGGGGGTTCCATGTATTAGCCAGGGTTCTCTAGAGTCACAAAACTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGGGTTCCATGTATTAGCCAGGGTTCTCTAGAGTCACAAAACTT  882

seq1  ATGGGTATTCTCTATATAGTAAGGAAATTTGTTGATGACTTACAGTCTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTATTCTCTATATAGTAAGGAAATTTGTTGATGACTTACAGTCTGT  932

seq1  AGTCCAACTCCCAACACTAGTCAGCAGCAGCTGCGAACAGAAGTCCAAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAACTCCCAACACTAGTCAGCAGCAGCTGCGAACAGAAGTCCAAGG  982

seq1  ATCTAGCAGTCGCTCAGTCCCACCAGGCAAGCAGGCCAAGAGAGAGAATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCAGTCGCTCAGTCCCACCAGGCAAGCAGGCCAAGAGAGAGAATG  1032

seq1  AATATTCCTTCTTCCAATGTCCTTATATAGCTCTCCAACAGAATGTGGTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCTTCTTCCAATGTCCTTATATAGCTCTCCAACAGAATGTGGTC  1082

seq1  TCGATTAAAGGTTCGTGCCACCACGCTTTTAATCCCAGATGACCTTGAAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATTAAAGGTTCGTGCCACCACGCTTTTAATCCCAGATGACCTTGAAC  1132

seq1  TCAGAGATCTCCCTGTCTTAATCTTCTGGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATCTCCCTGTCTTAATCTTCTGGAATTC  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |