BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276C24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 61,086,220 - 61,215,967
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433313
Upstream geneIca1l, Wdr12, Carf, Nbeal1, Cyp20a1, Abi2, Raph1, LOC100043027, LOC100042533, Eif4a-ps4, Cd28, LOC667555, Rpl18-rs8, Ctla4, LOC100043049, Icos
Downstream geneLOC100042566, Pard3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276C24.bB6Ng01-276C24.g
ACCGA077030GA077031
length895689
definitionB6Ng01-276C24.b B6Ng01-276C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,215,073 - 61,215,967)(61,086,220 - 61,086,902)
sequence
gaattccctaaactccgattttctatcacaccaaaagatgacaaatgagg
ttttcactcctgttgatgagcacatcacgaaaatgacataatggtgtaat
ttttcgcctcaagacaagggaaaaaaatgtattggaaatcactgtgttca
tgtttttgttccctttccaccttcatctgaccatagttgtcactcagaga
ctctaaatagaagcagaaatggatgctattgttgaatggctgccttggtg
tatgtctatgacaaggtcacactcgtcccagtggctgggacatgcttctt
ttattgagaggggttatccaaggaatgttttacagactgctaactgacat
cgcagaaattgaatgtgacaccccaaatgacatttcgtggggagagatcc
tgacagacacctatctagagaaattactgcttccatgtatgcagtatcca
atgtacacgcactctctccactctgcaatattgccttttaacctcttgtg
gacagtgagcccaaattaacctggtaagttatttaggtgaaacacttaaa
ttgaaggagagcatcaaggcaaaccatttgtttagggttttttttcttat
taaatcttgtggaagagcatgcagtgttacccaatggcacactacgtaga
ctgagtcatatttcaggagcttgaaggctccactgagcagaaaggtccta
gctctcacttctgaggtgaggaatgattcactgagaactaaaatgtctgc
tgtgtttcctaactccaacaaacaggtttgctgttgagatggagacatgg
ttcactggaagagtgcctgcttaaaatggacatgaccctatgtgtggtac
ccagtgctttacaaaagaaaagaaagggagggagggagggaggga
gaattcaagaatatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagagagagagagagagtat
gaaagaggaccatttggggaggatcaaaaggaaggtgaactgggtgtgga
tacaaataagacatgatgtataatatgatgtatatatgcacgaaatgtca
aagaatacattaaaaataatctttgggttttgttgttcctgctgggcttt
tttgttgtttgcttgtttgagtcagtcttacaatgtagcgttggctggac
taggaactcacaaatgtatataccaggctgccttttgacctcttaaacat
ttgtctgctgctgcccccagagagataggattaggggcaggtgccaccaa
gcccagttaaaaacaattattaaaagaacagaatgctatcaaggaatgtt
ctggacatagggattagtgacaaaagctgatggagtggggattccagagg
actggatagagtgtgcagatggtggaccagatccccctctgaatattgtg
gcagaagagatttggtggaatctgaatgtatgaacacactttttctttga
tggaagagaaaagtgagagtagacctgtaggaggttgtccttaggcagtg
acttatgagagaggagttgttgtgcagcacaaagcgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_61215073_61215967
seq2: B6Ng01-276C24.b_47_941 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCTTTTCTTTTGTAAAGCACTGGGTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTTCTTTTCTTTTGTAAAGCACTGGGTACC  50

seq1  ACACATAGGGTCATGTCCATTTTAAGCAGGCACTCTTCCAGTGAACCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGGGTCATGTCCATTTTAAGCAGGCACTCTTCCAGTGAACCATG  100

seq1  TCTCCATCTCAACAGCAAACCTGTTTGTTGGAGTTAGGAAACACAGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTCAACAGCAAACCTGTTTGTTGGAGTTAGGAAACACAGCAGA  150

seq1  CATTTTAGTTCTCAGTGAATCATTCCTCACCTCAGAAGTGAGAGCTAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAGTTCTCAGTGAATCATTCCTCACCTCAGAAGTGAGAGCTAGGA  200

seq1  CCTTTCTGCTCAGTGGAGCCTTCAAGCTCCTGAAATATGACTCAGTCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGCTCAGTGGAGCCTTCAAGCTCCTGAAATATGACTCAGTCTAC  250

seq1  GTAGTGTGCCATTGGGTAACACTGCATGCTCTTCCACAAGATTTAATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTGCCATTGGGTAACACTGCATGCTCTTCCACAAGATTTAATAAG  300

seq1  AAAAAAAACCCTAAACAAATGGTTTGCCTTGATGCTCTCCTTCAATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACCCTAAACAAATGGTTTGCCTTGATGCTCTCCTTCAATTTAA  350

seq1  GTGTTTCACCTAAATAACTTACCAGGTTAATTTGGGCTCACTGTCCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCACCTAAATAACTTACCAGGTTAATTTGGGCTCACTGTCCACAA  400

seq1  GAGGTTAAAAGGCAATATTGCAGAGTGGAGAGAGTGCGTGTACATTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAAAAGGCAATATTGCAGAGTGGAGAGAGTGCGTGTACATTGGAT  450

seq1  ACTGCATACATGGAAGCAGTAATTTCTCTAGATAGGTGTCTGTCAGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATACATGGAAGCAGTAATTTCTCTAGATAGGTGTCTGTCAGGATC  500

seq1  TCTCCCCACGAAATGTCATTTGGGGTGTCACATTCAATTTCTGCGATGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCACGAAATGTCATTTGGGGTGTCACATTCAATTTCTGCGATGTC  550

seq1  AGTTAGCAGTCTGTAAAACATTCCTTGGATAACCCCTCTCAATAAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCAGTCTGTAAAACATTCCTTGGATAACCCCTCTCAATAAAAGAA  600

seq1  GCATGTCCCAGCCACTGGGACGAGTGTGACCTTGTCATAGACATACACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCCCAGCCACTGGGACGAGTGTGACCTTGTCATAGACATACACCA  650

seq1  AGGCAGCCATTCAACAATAGCATCCATTTCTGCTTCTATTTAGAGTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCCATTCAACAATAGCATCCATTTCTGCTTCTATTTAGAGTCTCT  700

seq1  GAGTGACAACTATGGTCAGATGAAGGTGGAAAGGGAACAAAAACATGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACAACTATGGTCAGATGAAGGTGGAAAGGGAACAAAAACATGAAC  750

seq1  ACAGTGATTTCCAATACATTTTTTTCCCTTGTCTTGAGGCGAAAAATTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATTTCCAATACATTTTTTTCCCTTGTCTTGAGGCGAAAAATTAC  800

seq1  ACCATTATGTCATTTTCGTGATGTGCTCATCAACAGGAGTGAAAACCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTATGTCATTTTCGTGATGTGCTCATCAACAGGAGTGAAAACCTCA  850

seq1  TTTGTCATCTTTTGGTGTGATAGAAAATCGGAGTTTAGGGAATTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATCTTTTGGTGTGATAGAAAATCGGAGTTTAGGGAATTC  895

seq1: chr1_61086220_61086902
seq2: B6Ng01-276C24.g_66_754

seq1  GAATTCAAGAATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  50

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAT  100

seq1  GAAAGAGGACCATTTGGGGAGGATCAAAAGGAAGGTGAACTGGGTGTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGACCATTTGGGGAGGATCAAAAGGAAGGTGAACTGGGTGTGGA  150

seq1  TACAAATAAGACATGATGTATAATATGATGTATATATGCACGAAATGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATAAGACATGATGTATAATATGATGTATATATGCACGAAATGTCA  200

seq1  AAGAATACATTAAAAATAATCTTTGGGTTTTGTTGTTCCTGCTGGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATACATTAAAAATAATCTTTGGGTTTTGTTGTTCCTGCTGGGCTTT  250

seq1  TTTGTTGTTTGCTTGTTTGAGTCAGTCTTACAATGTAGCGTTGGCTGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTTGCTTGTTTGAGTCAGTCTTACAATGTAGCGTTGGCTGGAC  300

seq1  TAGGAACTCACAAATGTATATACCAGGCTGCCTTTTGACCTCTTAAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACTCACAAATGTATATACCAGGCTGCCTTTTGACCTCTTAAACAT  350

seq1  TTGTCTGCTGCTGCCCCCAGAGAGATAGGATTAGGGGCAGGTGCCACCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGCTGCTGCCCCCAGAGAGATAGGATTAGGGGCAGGTGCCACCAA  400

seq1  GCCCAGTTAAAAACAATTATTAAAAGAACAGAATGCTATCAAGGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTTAAAAACAATTATTAAAAGAACAGAATGCTATCAAGGAATGTT  450

seq1  CTGGACATAGGGATTAGTGACAAAAGCTGATGGAGTGGGGATTCCAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACATAGGGATTAGTGACAAAAGCTGATGGAGTGGGGATTCCAGAGG  500

seq1  ACTGGATAGAGTGTGCAGATGGTGGACCAGATCCCCCTCTGAATATTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATAGAGTGTGCAGATGGTGGACCAGATCCCCCTCTGAATATTGTG  550

seq1  GCAGAAGAGA-TTGGTGGAATCTGAATGTATGAACACAC-TTTTCTTTGA  598
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAGAAGAGATTTGGTGGAATCTGAATGTATGAACACACTTTTTCTTTGA  600

seq1  TGGAAGAG-AAAGTGAGAGTAGACCTGTAGGAGGTTGT-CTTAGGCAGTG  646
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGAAGAGAAAAGTGAGAGTAGACCTGTAGGAGGTTGTCCTTAGGCAGTG  650

seq1  AC-TATGAGAGAGGAG-TGTTGTGCAGCACAAAGTGCTT  683
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTTATGAGAGAGGAGTTGTTGTGCAGCACAAAGCGCTT  689