BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276E04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 100,442,725 - 100,584,403
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666182
Upstream geneD1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, Pam, LOC100041823, LOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276E04.bB6Ng01-276E04.g
ACCGA077086GA077087
length3681,178
definitionB6Ng01-276E04.b B6Ng01-276E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,442,725 - 100,443,092)(100,583,257 - 100,584,403)
sequence
ctgaggatctgaagtagtacatgatggtatgacaaagtgatcctgtgtag
ctcatttgtccattctctgtggaacactgaaatatgaccctggaagcaag
gtggtgattggcacctgtgtgccttagcagagctgatacacacaggaccc
taagcaatcatggtatttggacagaggtacaagtagttcccaaaataaaa
catttgttgctatggatgaaaaaaaaatggatgctataaagaaacagagg
aacctacaagatttagtgatatgtcctctcgggaactacagttgaaaggg
aactccatgtgcttgctactgtttcaagagctattttgcaggggatgctg
ggggggggtgagattgga

gaattcctttgaatctattgattgctttttgtgagatagccatttttact
attttaatggtgacatttacagagtagagccagacctaggattgatagtt
tattgagagaaagcttgcctctcatatgctaggccttgtgtctaattccc
agtcttagaaatagataaaagaggctaattttaaaagaaaagtctgaagt
gtcaggtatgctgatgtgtttttgtattgcaatgtcatctagatcaaggc
agtatggcccctgaaactggctagtcagtcaaacattgcttagttgtcag
gtttcagaccattgtgcaaatcagtctcaaaaagggaacaaaattgttgc
ctgaaaaatgacactaaggacatctgccatattctccatggagttacata
tatacttacacacatctgcataagtatatgcactcttacctacatgagta
aacatagagagacagatagtatacacacacgactttcacatcaggtgaag
acctgaagataagtccacaattatagattcaagagaacatgggctagatg
tcaccaggaatagtgtattgtcccttgtaggcagagctctgctttgtaca
ttttgatatgccagtccctctacaactttattattcattcctgtcatcac
cctaaatcaaatatctccttttaaccccttgtggtccttcctcaattttt
cctctgccatagactcctgagtcctttctttccccttcccttaaaaatcc
tgtatcttagtggtctcaaagacagaaatctataggagggaaggtaggag
ttacaccctctttccatattcctagacaaatatgtgtgttgtgtttaaaa
gcaagaaaggaaagggaaattgccatgccccagaggtgacagtgtttctg
tctcctgaaaattaaagatggaaaataagccagaaataaaggtaagggga
aacacaggaaatttaaaaccataatatttatagcaactgagttaaaaggt
cagttgcaccttcaaaatgttcaatgaacaaaaaggataattttcttctt
ttcaagcagttagcttaacctgcctgcaagcttgagatgtgttttgattc
atttaatccctttagtcctcaatgtgccttagttattaggttatttattc
aagctttgttatttcaatatcgaacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_100442725_100443092
seq2: B6Ng01-276E04.b_51_418

seq1  CTGAGGATCTGAAGTAGTACATGATGGTATGACAAAGTGATCCTGTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGATCTGAAGTAGTACATGATGGTATGACAAAGTGATCCTGTGTAG  50

seq1  CTCATTTGTCCATTCTCTGTGGAACACTGAAATATGACCCTGGAAGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGTCCATTCTCTGTGGAACACTGAAATATGACCCTGGAAGCAAG  100

seq1  GTGGTGATTGGCACCTGTGTGCCTTAGCAGAGCTGATACACACAGGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATTGGCACCTGTGTGCCTTAGCAGAGCTGATACACACAGGACCC  150

seq1  TAAGCAATCATGGTATTTGGACAGAGGTACAAGTAGTTCCCAAAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATCATGGTATTTGGACAGAGGTACAAGTAGTTCCCAAAATAAAA  200

seq1  CATTTGTTGCTATGGATGAAAAAAAAATGGATGCTATAAAGAAACAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTGCTATGGATGAAAAAAAAATGGATGCTATAAAGAAACAGAGG  250

seq1  AACCTACAAGATTTAGTGATATGTCCTCTCGGGAACTACAGTTGAAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACAAGATTTAGTGATATGTCCTCTCGGGAACTACAGTTGAAAGGG  300

seq1  AACTCCATGTGCTTGCTACTGTTTCAAGAGCTATTTTGCAGGGGATGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATGTGCTTGCTACTGTTTCAAGAGCTATTTTGCAGGGGATGCTG  350

seq1  GGGGGGGGTGAGATTGGA  368
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGTGAGATTGGA  368


seq1: chr1_100583257_100584403
seq2: B6Ng01-276E04.g_68_1245 (reverse)

seq1  TATG-TCGATATT--AAT-ACAAA-CTTGAATAAATTA-CTAATAAACTA  44
      |||| ||||||||  ||| ||||| ||||||||||| | ||||| |||||
seq2  TATGTTCGATATTGAAATAACAAAGCTTGAATAAATAACCTAAT-AACTA  49

seq1  --GCACATTGA-GACTAAA-GGAATAAATGAATTCAAACACATCTCAGCC  90
        ||||||||| ||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||  |
seq2  AGGCACATTGAGGACTAAAGGGATTAAATGAATCAAAACACATCTCAAGC  99

seq1  TTGGCAGCA-GTTAAGCT-ACTGCCTG-AAAGA--GAAATTATCCTTTT-  134
      |||   ||| |||||||| ||||| || |||||   ||||||||||||| 
seq2  TTGCAGGCAGGTTAAGCTAACTGCTTGAAAAGAAGAAAATTATCCTTTTT  149

seq1  -GTCATTTGACATTTTG-AGGTGC-ACTGACCTTT--ACTCAGTTGCTAT  179
        |||||  |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||
seq2  GTTCATTGAACATTTTGAAGGTGCAACTGACCTTTTAACTCAGTTGCTAT  199

seq1  -AATATTATGGTTTTAA--TTTCTGTGTTT-CCCTTA-CTTTATTTCTGG  224
       ||||||||||||||||  || |||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  AAATATTATGGTTTTAAATTTCCTGTGTTTCCCCTTACCTTTATTTCTGG  249

seq1  CTTATTTTCCATC-TTAATTTTCAGGAGACAG-AACACTGTCACCTCT-G  271
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CTTATTTTCCATCTTTAATTTTCAGGAGACAGAAACACTGTCACCTCTGG  299

seq1  GGCATGGCAATTTCCCTTTCC-TTCTTGCTTTT-AACACAACACACATAT  319
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGCATGGCAATTTCCCTTTCCTTTCTTGCTTTTAAACACAACACACATAT  349

seq1  TTGTCTAGGAATATGG-AAGAGGGTGTAACTCCTACCTTCCCTCCTATAG  368
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAGGAATATGGAAAGAGGGTGTAACTCCTACCTTCCCTCCTATAG  399

seq1  ATTTCTGTCTTTGAGACCACTAAGATACAGGATTTTTAAGGGAAGGGGAA  418
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTCTTTGAGACCACTAAGATACAGGATTTTTAAGGGAAGGGGAA  449

seq1  AGAAAGGACTCAGGAGTCTATGGCAGAGGAAAAATTGAGGAAGGACCACA  468
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGACTCAGGAGTCTATGGCAGAGGAAAAATTGAGGAAGGACCACA  499

seq1  AGGGGTTAAAAGGAGATATTTGATTTAGGGTGATGACAGGAATGAATAAT  518
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTAAAAGGAGATATTTGATTTAGGGTGATGACAGGAATGAATAAT  549

seq1  AAAGTTGTAGAGGGACTGGCATATCAAAATGTACAAAGCAGAGCTCTGCC  568
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGTAGAGGGACTGGCATATCAAAATGTACAAAGCAGAGCTCTGCC  599

seq1  TACAAGGGACAATACACTATTCCTGGTGACATCTAGCCCATGTTCTCTTG  618
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGGACAATACACTATTCCTGGTGACATCTAGCCCATGTTCTCTTG  649

seq1  AATCTATAATTGTGGACTTATCTTCAGGTCTTCACCTGATGTGAAAGTCG  668
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATAATTGTGGACTTATCTTCAGGTCTTCACCTGATGTGAAAGTCG  699

seq1  TGTGTGTATACTATCTGTCTCTCTATGTTTACTCATGTAGGTAAGAGTGC  718
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATACTATCTGTCTCTCTATGTTTACTCATGTAGGTAAGAGTGC  749

seq1  ATATACTTATGCAGATGTGTGTAAGTATATATGTAACTCCATGGAGAATA  768
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTATGCAGATGTGTGTAAGTATATATGTAACTCCATGGAGAATA  799

seq1  TGGCAGATGTCCTTAGTGTCATTTTTCAGGCAACAATTTTGTTCCCTTTT  818
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGATGTCCTTAGTGTCATTTTTCAGGCAACAATTTTGTTCCCTTTT  849

seq1  TGAGACTGATTTGCACAATGGTCTGAAACCTGACAACTAAGCAATGTTTG  868
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTGATTTGCACAATGGTCTGAAACCTGACAACTAAGCAATGTTTG  899

seq1  ACTGACTAGCCAGTTTCAGGGGCCATACTGCCTTGATCTAGATGACATTG  918
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTAGCCAGTTTCAGGGGCCATACTGCCTTGATCTAGATGACATTG  949

seq1  CAATACAAAAACACATCAGCATACCTGACACTTCAGACTTTTCTTTTAAA  968
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAAAAACACATCAGCATACCTGACACTTCAGACTTTTCTTTTAAA  999

seq1  ATTAGCCTCTTTTATCTATTTCTAAGACTGGGAATTAGACACAAGGCCTA  1018
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCTCTTTTATCTATTTCTAAGACTGGGAATTAGACACAAGGCCTA  1049

seq1  GCATATGAGAGGCAAGCTTTCTCTCAATAAACTATCAATCCTAGGTCTGG  1068
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGAGAGGCAAGCTTTCTCTCAATAAACTATCAATCCTAGGTCTGG  1099

seq1  CTCTACTCTGTAAATGTCACCATTAAAATAGTAAAAATGGCTATCTCACA  1118
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTCTGTAAATGTCACCATTAAAATAGTAAAAATGGCTATCTCACA  1149

seq1  AAAAGCAATCAATAGATTCAAAGGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAATCAATAGATTCAAAGGAATTC  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |