BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276O17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 183,137,722 - 183,280,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr26, LOC100042363, LOC666519
Upstream genePsen2, EG277333, Itpkb, 6330403A02Rik, Gm821, Parp1, Lin9, Mixl1, LOC666431, Acbd3, H3f3a, BC031781, Lefty2, Pycr2, Lefty1, Tmem63a, Ephx1, 9130409I23Rik, EG625597, Fgfr3-ps, Nvl, Cnih4
Downstream geneCnih3, Ccdc121, A230079K17Rik, Lbr, EG433384, Enah, Srp9, EG625823, Degs1, 1700047M11Rik, Fbxo28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276O17.bB6Ng01-276O17.g
ACCGA077577GA077578
length1,0961,117
definitionB6Ng01-276O17.b B6Ng01-276O17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(183,279,124 - 183,280,219)(183,137,722 - 183,138,825)
sequence
gaattctcaaagaggtggctttgaatcctagcttatataacatcttcaaa
tgacagtacatttcctgagaggtgtcgggcagaggaaaaagactttaaga
attgcaggtgtagtgacttggaatagaacaaagaacagacagaagggatg
aggggaggcaaccatgggctcatttgagtagatgggttctgggccagtac
agtccagaactgtaatgtgtggtcacctattctccatgataggagaatgt
gaattcatttgtgttggctggaggggagtcttttgtctgtttgagtctgt
ctaattgtaaggtgtggttagctattctccaaggtaggagaatgtgaatt
cgctgtttgaaggggtgtcttccatctgtctgagtctgtctcctgcctgt
aagcaggtagctggatggcagagctctcctgcataggccctgtcttcatt
gctttcaactcagtgatcattcctgtttgggggtgatatagtcaggtccc
ccacagtcttttaagaatcaattctgagtgccatttggatccatcatgtc
agcaacaacggtgggaaaaccatgtttttattaaaatcataaaactgttt
tgtattgaagaaataaaaagtgtgttgctctgtcctagttctcttggtgt
gaaggacaatcagggcatgtggcagaccctccaggatgcagcttattata
aacatccttgtgtcctccatagatgcaggtgactggggtgtatggctggc
aatggaacgctaataagtgtatctttagtccattgtttctctattctgag
atagtttttgatattttattgatgaattccccaacttgtaaatattgaaa
cactgcatttacaatgtatgcaagaattgcaatgtgcaaacgatacatct
gaagcagtgattattagcatcaggataaccatgatttcaataatgataga
ctgagaggcacgcagcagggagtgctttgtaataaataagtacatgggag
tcccatctatcaatgggccctgggtgacatctcgtcatggttagccctga
attaatgagtttaatttaaactttattattaattggattttttttt
gaattcaaggctagcctggtgtacaaagtgagttccaggacagccagggc
tatacagagaaaccctatctcaaaaaaccaaaaccatacccaggttttaa
agcccagacattcaattgaggacactctctaattcctgaaaaaaatgtaa
gcccttcaaatatggatgcttaattaccttagctcatttttatttttaaa
ttatactatggaattcttaactccttaagttaaatcatttgattcgatac
tggtttaaattttttaatagtttgggtatttactgaaagaattgattcgt
gaatttaactaacttcatgtttgtcgtacttctttagacctttaatttgc
cataagcccactttctaaaattgtattattgcacagatttatataaagaa
tttcaaattattttaaaacaaagtttttaaaaaacaaacaaagaaacaaa
caagccagccatggctctatcaagtttataaacaaagataagaagggtta
ctgtttgacccaatttaaaaaaaggaaatgctaatgatcacatactagca
tttaacaaacagttgtcttcctacttcacttcctactctctcctttgtcc
ctcctccaccacacaggaaacttcttttgacaatacatgaatcagctaca
agtttataagccagcagctgattctttatgctttccaatcactcatgctt
taaaaacacaaaacaaaacatacccttcctaaagaattaaaacccaccag
cattaaaaaaacaaaacaaaaacaaaacaaaaaacacaacaaaactaaac
cagtttaaggtttatgaaagagactaacaaaggacaaactattaaactga
tctttccaagaatataaggattggtgagtggggcccaatagccaagccct
gcacctaaccctcccaagggtgacactatcatataaactttcacacctgt
cattcttataacgtgaatgaagaacatgggccacatcaacagtataatta
gactattattaattaacctatgtaattccaacgatccaaaaaaacaatta
ccagattctttccaaggcttgtacagtatatatacaccccaagtattatt
tttttcacctttaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_183279124_183280219
seq2: B6Ng01-276O17.b_47_1142 (reverse)

seq1  AAAAAAAAAT-CAATTAATAATTAAATTTTAAATTAAACTCATTAATTCA  49
      |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATCCAATTAATAA-TAAAGTTTAAATTAAACTCATTAATTCA  49

seq1  -GGCTAACCATGACGAGATGTCA-CCAGGG-CCATTGATAGATGGGACTC  96
       |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAACCATGACGAGATGTCACCCAGGGCCCATTGATAGATGGGACTC  99

seq1  CCATGTACTTATTTATTACAAAGCACTCCCTGCTGCGTGCCTCTCAGTCT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCATGTACTTATTTATTACAAAGCACTCCCTGCTGCGTGCCTCTCAGTC-  148

seq1  TATCATTATTGAAATCATGGTTATTCCCTGATGCTAATAATCACTGCTTC  196
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTATTGAAATCATGGTTAT--CCTGATGCTAATAATCACTGCTTC  196

seq1  AGATGTATCGTTTGCACATTGCAATTCTTGCATACATTGTAAATGCAGTG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATCGTTTGCACATTGCAATTCTTGCATACATTGTAAATGCAGTG  246

seq1  TTTCAATATTTACAAGTTGGGGAATTCATCAATAAAATATCAAAAACTAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATATTTACAAGTTGGGGAATTCATCAATAAAATATCAAAAACTAT  296

seq1  CTCAGAATAGAGAAACAATGGACTAAAGATACACTTATTAGCGTTCCATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAATAGAGAAACAATGGACTAAAGATACACTTATTAGCGTTCCATT  346

seq1  GCCAGCCATACACCCCAGTCACCTGCATCTATGGAGGACACAAGGATGTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCATACACCCCAGTCACCTGCATCTATGGAGGACACAAGGATGTT  396

seq1  TATAATAAGCTGCATCCTGGAGGGTCTGCCACATGCCCTGATTGTCCTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAAGCTGCATCCTGGAGGGTCTGCCACATGCCCTGATTGTCCTTC  446

seq1  ACACCAAGAGAACTAGGACAGAGCAACACACTTTTTATTTCTTCAATACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGAGAACTAGGACAGAGCAACACACTTTTTATTTCTTCAATACA  496

seq1  AAACAGTTTTATGATTTTAATAAAAACATGGTTTTCCCACCGTTGTTGCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTTTATGATTTTAATAAAAACATGGTTTTCCCACCGTTGTTGCT  546

seq1  GACATGATGGATCCAAATGGCACTCAGAATTGATTCTTAAAAGACTGTGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGATGGATCCAAATGGCACTCAGAATTGATTCTTAAAAGACTGTGG  596

seq1  GGGACCTGACTATATCACCCCCAAACAGGAATGATCACTGAGTTGAAAGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTGACTATATCACCCCCAAACAGGAATGATCACTGAGTTGAAAGC  646

seq1  AATGAAGACAGGGCCTATGCAGGAGAGCTCTGCCATCCAGCTACCTGCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGACAGGGCCTATGCAGGAGAGCTCTGCCATCCAGCTACCTGCTT  696

seq1  ACAGGCAGGAGACAGACTCAGACAGATGGAAGACACCCCTTCAAACAGCG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGGAGACAGACTCAGACAGATGGAAGACACCCCTTCAAACAGCG  746

seq1  AATTCACATTCTCCTACCTTGGAGAATAGCTAACCACACCTTACAATTAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACATTCTCCTACCTTGGAGAATAGCTAACCACACCTTACAATTAG  796

seq1  ACAGACTCAAACAGACAAAAGACTCCCCTCCAGCCAACACAAATGAATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTCAAACAGACAAAAGACTCCCCTCCAGCCAACACAAATGAATTC  846

seq1  ACATTCTCCTATCATGGAGAATAGGTGACCACACATTACAGTTCTGGACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTCCTATCATGGAGAATAGGTGACCACACATTACAGTTCTGGACT  896

seq1  GTACTGGCCCAGAACCCATCTACTCAAATGAGCCCATGGTTGCCTCCCCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGCCCAGAACCCATCTACTCAAATGAGCCCATGGTTGCCTCCCCT  946

seq1  CATCCCTTCTGTCTGTTCTTTGTTCTATTCCAAGTCACTACACCTGCAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTTCTGTCTGTTCTTTGTTCTATTCCAAGTCACTACACCTGCAAT  996

seq1  TCTTAAAGTCTTTTTCCTCTGCCCGACACCTCTCAGGAAATGTACTGTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGTCTTTTTCCTCTGCCCGACACCTCTCAGGAAATGTACTGTCA  1046

seq1  TTTGAAGATGTTATATAAGCTAGGATTCAAAGCCACCTCTTTGAGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGATGTTATATAAGCTAGGATTCAAAGCCACCTCTTTGAGAATTC  1096

seq1: chr1_183137722_183138825
seq2: B6Ng01-276O17.g_71_1187

seq1  GAATTCAAGGCTAGCCTGGTGTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCTAGCCTGGTGTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  50

seq1  TATACAGAGAAACCCTATCTCAAAAAACCAAAACCATACCCAGGTTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAGAAACCCTATCTCAAAAAACCAAAACCATACCCAGGTTTTAA  100

seq1  AGCCCAGACATTCAATTGAGGACACTCTCTAATTCCTGAAAAAAATGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGACATTCAATTGAGGACACTCTCTAATTCCTGAAAAAAATGTAA  150

seq1  GCCCTTCAAATATGGATGCTTAATTACCTTAGCTCATTTTTATTTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTCAAATATGGATGCTTAATTACCTTAGCTCATTTTTATTTTTAAA  200

seq1  TTATACTATGGAATTCTTAACTCCTTAAGTTAAATCATTTGATTCGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTATGGAATTCTTAACTCCTTAAGTTAAATCATTTGATTCGATAC  250

seq1  TGGTTTAAATTTTTTAATAGTTTGGGTATTTACTGAAAGAATTGATTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAATTTTTTAATAGTTTGGGTATTTACTGAAAGAATTGATTCGT  300

seq1  GAATTTAACTAACTTCATGTTTGTCGTACTTCTTTAGACCTTTAATTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAACTAACTTCATGTTTGTCGTACTTCTTTAGACCTTTAATTTGC  350

seq1  CATAAGCCCACTTTCTAAAATTGTATTATTGCACAGATTTATATAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCCCACTTTCTAAAATTGTATTATTGCACAGATTTATATAAAGAA  400

seq1  TTTCAAATTATTTTAAAACAAAGTTTTTAAAAAACAAACAAAGAAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATTATTTTAAAACAAAGTTTTTAAAAAACAAACAAAGAAACAAA  450

seq1  CAAGCCAGCCATGGCTCTATCAAGTTTATAAACAAAGATAAGAAGGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGCCATGGCTCTATCAAGTTTATAAACAAAGATAAGAAGGGTTA  500

seq1  CTGTTTGACCCAATTTAAAAAAAGGAAATGCTAATGATCACATACTAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGACCCAATTTAAAAAAAGGAAATGCTAATGATCACATACTAGCA  550

seq1  TTTAACAAACAGTTGTCTTCCTACTTCACTTCCTACTCTCTCCTTTGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAACAGTTGTCTTCCTACTTCACTTCCTACTCTCTCCTTTGTCC  600

seq1  CTCCTCCACCACACAGGAAACTTCTTTTGACAATACATGAATCAGCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCACCACACAGGAAACTTCTTTTGACAATACATGAATCAGCTACA  650

seq1  AGTTTATAAGCCAGCAGCTGATTCTTTATGCTTTCCAATCACTCATGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATAAGCCAGCAGCTGATTCTTTATGCTTTCCAATCACTCATGCTT  700

seq1  TAAAAACACAAAACAAAACATACCCTTCCTAAAGAATTAAAACCCACCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACACAAAACAAAACATACCCTTCCTAAAGAATTAAAACCCACCAG  750

seq1  CATTAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACACAACAAAACTAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACACAACAAAACTAAAC  800

seq1  CAG-TTAAGGTTTATGAAAGAGACTAAC-AAGGACAAACTATTAAACTGA  848
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAGGTTTATGAAAGAGACTAACAAAGGACAAACTATTAAACTGA  850

seq1  TCTTTCCAAGAATATAAGGATTGGTGAGTGGGGCCCAATAGCCAAG-CCT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTTTCCAAGAATATAAGGATTGGTGAGTGGGGCCCAATAGCCAAGCCCT  900

seq1  GCACCTAACCCTCCCAA-GGTGACACTATCATATAAACTTTCACACCTGT  946
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTAACCCTCCCAAGGGTGACACTATCATATAAACTTTCACACCTGT  950

seq1  CATTCTTATAACGTGAATGAAAGAACATGGG-CACATCAACAGTATAATT  995
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTATAACGTGAATG-AAGAACATGGGCCACATCAACAGTATAATT  999

seq1  AGACTATTATTAATTAA-CTATGTAATTCCAACGATCAAAAAAAACAATT  1044
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  AGACTATTATTAATTAACCTATGTAATTCCAACGATCCAAAAAAACAA-T  1048

seq1  TACCAGATTCTT---CAGGC-TGTACAGTATATATACA-CCCAAG---TA  1086
      ||||||||||||    |||| ||||||||||||||||| ||||||   ||
seq2  TACCAGATTCTTTCCAAGGCTTGTACAGTATATATACACCCCAAGTATTA  1098

seq1  TATTTTTCA-CTTTAACAA  1104
      | ||||||| |||||||||
seq2  TTTTTTTCACCTTTAACAA  1117