BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277B13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 101,584,915 - 101,767,140
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230078M14Rik, LOC633295
Upstream genenone
Downstream geneEG666200
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277B13.bB6Ng01-277B13.g
ACCGA077706GA077707
length1,1511,049
definitionB6Ng01-277B13.b B6Ng01-277B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,765,990 - 101,767,140)(101,584,915 - 101,585,967)
sequence
gaattcactgaagccataaatactagaactgccatgatttgaaattcatc
acacatactagcactgaatacagttttaaggagagaatacttacagatag
attccagctaaccaacacaagccatagatcttggaagaaatattgaaaat
gataaatctatgcttactggtaagaggggtatttagtttagaaaatgcac
acagagaagatagaggaagaagaggtcttttttcatgaatggaactttaa
aaatatttgttatcatgctatttctcaaattagaaaaatcatgggactgg
tgagatatttcattcaataaaatatcctacacacaaatataacatttgag
ttcagaccccagacccctgtaaaagccagcttcagtcatgtgtacctgta
atcttatataggggaagcagaaaagatctcttaggcttgttgttctgcct
agcaagaagaatctataagcttcagggtcaacaagagactttgatatcaa
aacacacagtgacatgcaattgagaaatatacctaatgttgagctctagt
tcccatatgcacatgtattcaaatacacatataacttgtcatgtccacat
gcacatgatcttgtacaagcacataagaaacctggggaaagggattggaa
ggcagagaaaacttatcagagttgcgtggaggagggtgtaatctcaatag
ttgtcccagaggtttgtagctttcttgtagtagtagacaaagaaaaatcc
accttgccttcaaaacaggatcttcaaataaatttgttattcttatacta
atcacaggggttaatacaaataacctttgcttgcttaattcatgcagaat
gatctcaatagacaatatttatttcctggagtaccttcatgtaaattaga
ttaggtgcctcatatttaatcctcaaagtaagttgatcctatcctgatat
gtctagtaaatgaaaaatacctgccagctggtagatagatgtctgctttc
tgaggatatccagcaatggtacttgctatgaaaaatgtggttcctgccac
tgctgtgcttctagttggggtacagcacaaacaacactggaatgcagacc
aagaccaagggtggattttctgggtccagcccccacattcgtagctggtt
c

gaattccatggtctttgagttgctagaagaaaatatcaaaagagctatta
aaatatttgaaaaattaagattaataatgtcttaagtataaatgagtgaa
gaagtttttggctgttagagtgacacagaactgtcatttgatatgaagga
gggacagaaaccaggaagttgtggaaacagactcccaacataatgatgat
aaggaattgggaagatggacctctttgtaaaggagaacagagtcactggt
caatactttcacatgactcagcagtgagtatctgcagctctatttaacac
tcctttctcttacatgccaattcacatttactcatttccaaatgatttca
tttttagaaaatcaggaagggtctaggaatacagcttagcaggtagagaa
tgaagacttgggatatagatataaatgtagacataaatttatctaaaagc
atatctgtaacatctgtaaacaacagggcttctgtagggacatcattgca
atgctcaggtggcacacactgggaaatatttataaaattctcaaaatgtt
ttcataaatttaaagtgaatgagtcttgcataaagctaattttctattat
ttcaagtgtttgcaaaattattataataaatttacttaataaaatatgca
aaggaaattaaataacacagcacatgttaaatgggtttcattaagacaca
ctaagactgccctaggagatgtttcaagcaagtttctatgtctctggctt
ttagtataacagaaaataagatgaggctgataaaaacgtgctattgtttt
gtaaccgtaatgagtttaccaaaattatttatattcaggactgtaattaa
cagtattgtttatttagagcctactctatcacatgcatgttatgatagaa
tactggatatttcattatcaatctcataaagttatatcagataacatggg
atttaggtctagagttcagctcttttgatcactaacagctcttggccatt
ttctatagaggtattctatatttacacacacatgcatgcgcacaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_101765990_101767140
seq2: B6Ng01-277B13.b_44_1194 (reverse)

seq1  GAACACAGCTACGAAATGT-GGGGCTGGA-CCAGAATATTCAACC-TGGT  47
      |||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||| || || || ||||
seq2  GAAC-CAGCTACG-AATGTGGGGGCTGGACCCAGAAAATCCACCCTTGGT  48

seq1  CTTGGTCTGCA-TCCAGTTGTTG-TTGTGCTGTACCCCAACTAGGAAGCA  95
      ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTGGTCTGCATTCCAG-TGTTGTTTGTGCTGTACCCCAACTA-GAAGCA  96

seq1  CAGCAGTGGCAGG-ACCACATTTTTCATAGCAAGTTACCATTGCTGGATA  144
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGCAGTGGCAGGAACCACATTTTTCATAGCAAG-TACCATTGCTGGATA  145

seq1  TCCTCAGAAAGCAGACATCTTATCTACCAGCTGGCAGGTATTTTTCATTT  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAAAGCAGACATC-TATCTACCAGCTGGCAGGTATTTTTCATTT  194

seq1  ACTAGACATATCAGGATAGGATCAACTTACTTTGAGGATTAAATATGAGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACATATCAGGATAGGATCAACTTACTTTGAGGATTAAATATGAGG  244

seq1  CACCTAATCTAATTTACATGAAGGTACTCCAGGAAATAAATATTGTCTAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAATCTAATTTACATGAAGGTACTCCAGGAAATAAATATTGTCTAT  294

seq1  TGAGATCATTCTGCATGAATTAAGCAAGCAAAGGTTATTTGTATTAACCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCATTCTGCATGAATTAAGCAAGCAAAGGTTATTTGTATTAACCC  344

seq1  CTGTGATTAGTATAAGAATAACAAATTTATTTGAAGATCCTGTTTTGAAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTAGTATAAGAATAACAAATTTATTTGAAGATCCTGTTTTGAAG  394

seq1  GCAAGGTGGATTTTTCTTTGTCTACTACTACAAGAAAGCTACAAACCTCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTGGATTTTTCTTTGTCTACTACTACAAGAAAGCTACAAACCTCT  444

seq1  GGGACAACTATTGAGATTACACCCTCCTCCACGCAACTCTGATAAGTTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAACTATTGAGATTACACCCTCCTCCACGCAACTCTGATAAGTTTT  494

seq1  CTCTGCCTTCCAATCCCTTTCCCCAGGTTTCTTATGTGCTTGTACAAGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTTCCAATCCCTTTCCCCAGGTTTCTTATGTGCTTGTACAAGAT  544

seq1  CATGTGCATGTGGACATGACAAGTTATATGTGTATTTGAATACATGTGCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGTGGACATGACAAGTTATATGTGTATTTGAATACATGTGCA  594

seq1  TATGGGAACTAGAGCTCAACATTAGGTATATTTCTCAATTGCATGTCACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAACTAGAGCTCAACATTAGGTATATTTCTCAATTGCATGTCACT  644

seq1  GTGTGTTTTGATATCAAAGTCTCTTGTTGACCCTGAAGCTTATAGATTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTTGATATCAAAGTCTCTTGTTGACCCTGAAGCTTATAGATTCT  694

seq1  TCTTGCTAGGCAGAACAACAAGCCTAAGAGATCTTTTCTGCTTCCCCTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTAGGCAGAACAACAAGCCTAAGAGATCTTTTCTGCTTCCCCTAT  744

seq1  ATAAGATTACAGGTACACATGACTGAAGCTGGCTTTTACAGGGGTCTGGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATTACAGGTACACATGACTGAAGCTGGCTTTTACAGGGGTCTGGG  794

seq1  GTCTGAACTCAAATGTTATATTTGTGTGTAGGATATTTTATTGAATGAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAACTCAAATGTTATATTTGTGTGTAGGATATTTTATTGAATGAAA  844

seq1  TATCTCACCAGTCCCATGATTTTTCTAATTTGAGAAATAGCATGATAACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCACCAGTCCCATGATTTTTCTAATTTGAGAAATAGCATGATAACA  894

seq1  AATATTTTTAAAGTTCCATTCATGAAAAAAGACCTCTTCTTCCTCTATCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTTAAAGTTCCATTCATGAAAAAAGACCTCTTCTTCCTCTATCT  944

seq1  TCTCTGTGTGCATTTTCTAAACTAAATACCCCTCTTACCAGTAAGCATAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGCATTTTCTAAACTAAATACCCCTCTTACCAGTAAGCATAG  994

seq1  ATTTATCATTTTCAATATTTCTTCCAAGATCTATGGCTTGTGTTGGTTAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCATTTTCAATATTTCTTCCAAGATCTATGGCTTGTGTTGGTTAG  1044

seq1  CTGGAATCTATCTGTAAGTATTCTCTCCTTAAAACTGTATTCAGTGCTAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCTATCTGTAAGTATTCTCTCCTTAAAACTGTATTCAGTGCTAG  1094

seq1  TATGTGTGATGAATTTCAAATCATGGCAGTTCTAGTATTTATGGCTTCAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGATGAATTTCAAATCATGGCAGTTCTAGTATTTATGGCTTCAG  1144

seq1  TGAATTC  1151
      |||||||
seq2  TGAATTC  1151


seq1: chr1_101584915_101585967
seq2: B6Ng01-277B13.g_66_1114

seq1  GAATTCCATGGTCTTTGAGTTGCTAGAAGAAAATATCAAAAGAGCTATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGTCTTTGAGTTGCTAGAAGAAAATATCAAAAGAGCTATTA  50

seq1  AAATATTTGAAAAATTAAGATTAATAATGTCTTAAGTATAAATGAGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTGAAAAATTAAGATTAATAATGTCTTAAGTATAAATGAGTGAA  100

seq1  GAAGTTTTTGGCTGTTAGAGTGACACAGAACTGTCATTTGATATGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTTTGGCTGTTAGAGTGACACAGAACTGTCATTTGATATGAAGGA  150

seq1  GGGACAGAAACCAGGAAGTTGTGGAAACAGACTCCCAACATAATGATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGAAACCAGGAAGTTGTGGAAACAGACTCCCAACATAATGATGAT  200

seq1  AAGGAATTGGGAAGATGGACCTCTTTGTAAAGGAGAACAGAGTCACTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATTGGGAAGATGGACCTCTTTGTAAAGGAGAACAGAGTCACTGGT  250

seq1  CAATACTTTCACATGACTCAGCAGTGAGTATCTGCAGCTCTATTTAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTTTCACATGACTCAGCAGTGAGTATCTGCAGCTCTATTTAACAC  300

seq1  TCCTTTCTCTTACATGCCAATTCACATTTACTCATTTCCAAATGATTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTCTTACATGCCAATTCACATTTACTCATTTCCAAATGATTTCA  350

seq1  TTTTTAGAAAATCAGGAAGGGTCTAGGAATACAGCTTAGCAGGTAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGAAAATCAGGAAGGGTCTAGGAATACAGCTTAGCAGGTAGAGAA  400

seq1  TGAAGACTTGGGATATAGATATAAATGTAGACATAAATTTATCTAAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTTGGGATATAGATATAAATGTAGACATAAATTTATCTAAAAGC  450

seq1  ATATCTGTAACATCTGTAAACAACAGGGCTTCTGTAGGGACATCATTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTAACATCTGTAAACAACAGGGCTTCTGTAGGGACATCATTGCA  500

seq1  ATGCTCAGGTGGCACACACTGGGAAATATTTATAAAATTCTCAAAATGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAGGTGGCACACACTGGGAAATATTTATAAAATTCTCAAAATGTT  550

seq1  TTCATAAATTTAAAGTGAATGAGTCTTGCATAAAGCTAATTTTCTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAATTTAAAGTGAATGAGTCTTGCATAAAGCTAATTTTCTATTAT  600

seq1  TTCAAGTGTTTGCAAAATTATTATAATAAATTTACTTAATAAAATATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGTTTGCAAAATTATTATAATAAATTTACTTAATAAAATATGCA  650

seq1  AAGGAAATTAAATAACACAGCACATGTTAAATGGGTTTCATTAAGACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATTAAATAACACAGCACATGTTAAATGGGTTTCATTAAGACACA  700

seq1  CTAAGACTGCCCTAGGAGATGTTTCAAGCAAGTTTCTATGTCTCTGGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACTGCCCTAGGAGATGTTTCAAGCAAGTTTCTATGTCTCTGGCTT  750

seq1  TTAGTATAACAGAAAATAAGATGAGGCTGATAAAAACGTGCTATTGTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATAACAGAAAATAAGATGAGGCTGATAAAAACGTGCTATTGTTTT  800

seq1  GTAACCGTAATGAGTTTACCAAAATTATTTATATTCAGGACTGTAATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCGTAATGAGTTTACCAAAATTATTTATATTCAGGACTGTAATTAA  850

seq1  CAGTATTGTTTATTTAGAGCCTACTCTATCACATGCATGTTATGATAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTGTTTATTTAGAGCCTACTCTATCACATGCATGTTATGATAGAA  900

seq1  TACTGGATATTTCATTATCAATCTCATAAAGTTATATCAAGATAACATGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACTGGATATTTCATTATCAATCTCATAAAGTTATATC-AGATAACATGG  949

seq1  GATTTAGGTCTAGAGTTCAGGCTCTTTTGATCACCTAACAAGCTCTTGGC  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GATTTAGGTCTAGAGTTCA-GCTCTTTTGATCA-CTAAC-AGCTCTTGGC  996

seq1  CA-TTTCTATAGAGGGTATCTATATTTACACACACATGCATGCGCACACA  1049
      || ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATTTTCTATAGAGGTATTCTATATTTACACACACATGCATGCGCACA-A  1045

seq1  CACA  1053
      ||||
seq2  CACA  1049


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |