BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279C16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 134,690,202 - 134,816,415
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrn2
Upstream gene4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc
Downstream geneMdm4, LOC638636, Pik3c2b, Ppp1r15b, Plekha6, Golt1a, Kiss1, LOC100038824, Ren1, Etnk2, Sox13, LOC667371, Snrpe, Zc3h11a, LOC667118, Lax1, Atp2b4, Optc, Prelp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279C16.bB6Ng01-279C16.g
ACCGA079217GA079218
length1,150844
definitionB6Ng01-279C16.b B6Ng01-279C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,815,259 - 134,816,415)(134,690,202 - 134,691,045)
sequence
gaattcatgtgcgatgagcttattttattgcttagttgcattggccactg
tcttagcctacttggacacaatcactaagttccataaaccggaaagttta
taaagaacagaattgatttcttggagctgggtagtctaagatgaaggcat
cggcagatggcgttgaggagttgaaggctaccctctctccgtgcttgcaa
gtatagagcgggtcaagcggttctggggcttttacacaagcagttaccca
cctgtgatctaattgtgtccaaatggtaacatcttgcaaattacgtttcg
gcacttgggacaatgggcacaactacccagttacagcagtgcaggaagcc
ttggcaaaacatgccctggacatgcttctcctctcccagcatgctccaga
gctgcagccctcggggctggctacaaggctttccactgtggttgtgagac
gcctctctctcccccttccctaccgttgagaccctggggcttccacatag
ttgcttctttgtcccacagctttgggcaccaagtgacaccctgagcagtc
tccaggtgagttatgagacaggacagagaagctgccacagaggaaaagcc
aagtggccaagtgggagggagccagtccacagcactgtacaggtcttccc
agaaaatagcgacatttggcagtttggtttgtgtggaaatccagaccaca
gtcaatcttaccaaggtacaattcccttgcttatagaatgagcatgtgag
ttacctaccttgaatgctgataggtgccatttatcaaaagcttacagtgt
attgggcctttataaagtttgaaaaaaatttactctgtgtgtgtgtgtcc
tctgagccaggaaagggcgctgggtcccctagagttatagtcatctgaca
tgggtgttgatgtggacagtgtcagcatgttttctcagggaatgaacaag
gggactgttctcccagtaataataattaaaatcctaataatgaacaccta
cagcttctatgttctccagtgcctctctcagacctcaaaactctgggcag
ccataaccactgcttatagtcatacagcagggctagatggcttagtatgg
ccagactttgttctccttccagtggagaggaagctagggtgcctagggac

gaattctttaagtatctggtacatggtactcaacaacctaaactgtaaga
ctaaagaaacagatgaacagtatgaatgttcatgcctaatgaatcaggaa
gcggcaatggtgacaagagccacttggacctgaacatgaggtcaatggct
tccctgtctttctctgccaattgtcacctgttgatatgagtgttatccaa
gacgctagtgttttgaaggcttagttcccagaggatggtgccacttggag
aggtgaggtataggtggagacaatagattaggaggtgtgtccctgtcccc
ggtctctttctatctccctttctggccaccatgaagtaacaatcttcttt
ctctatgtccttctaccatgatcttcagaaacactggatccagacaaaat
ccctgaaaccaggaatggtcctcccttctttaaatcgtttctctagggtt
tacttacctaatgaatgctgatggagacactaatacagagggcaccactg
ttgactcatgttatgtatgagagaaactcaggttctgagaatgttcactt
ttctaatcttttgctgcagctaaaagacagaaacacaaatcgaggcctct
aacaaagagtggcaggccaggcatggcagctcaccgtctgtaccaagtgc
aaacaccaagtaaagactgggtttgggtgatccagccgtaatgtaggaag
gaggaagagagagcatccttgtgcttggttagagttggtgatgatggagg
taacactggacaagaaagggcagggaactggcatccgctgagcacctgtt
acatcatagccatccttctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_134815259_134816415
seq2: B6Ng01-279C16.b_50_1199 (reverse)

seq1  GTCCCTAGGCACCCGTGCTTCTCTCCCAACTGG-AGGAG-ACAAAGTCTG  48
      ||||||||||||||  ||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||
seq2  GTCCCTAGGCACCCTAGCTTC-CTCTCCACTGGAAGGAGAACAAAGTCTG  49

seq1  GCCATACCTAAGCCATTCTAGGCCCTGCTGTATGACTATAAGCCAGTTGG  98
      |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  GCCATA-CTAAGCCA-TCTA-GCCCTGCTGTATGACTATAAG-CAG-TGG  94

seq1  TTTATTGGCTGCCCAGAGTTTTGAGGTCTGGAGGAGAGGCACTGGAG-AC  147
      ||   |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||
seq2  TT--ATGGCTGCCCAGAGTTTTGAGGTCTG--AGAGAGGCACTGGAGAAC  140

seq1  ATAGAAGCTGTAGGTGTTCATTATTAGGATTTTAATTATTATTACTGGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGCTGTAGGTGTTCATTATTAGGATTTTAATTATTATTACTGGGA  190

seq1  GAACAGTCCCCTTGTTCATTCCCTGAGAAAACATGCTGACACTGTCCACA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTCCCCTTGTTCATTCCCTGAGAAAACATGCTGACACTGTCCACA  240

seq1  TCAACACCCATGTCAGATGACTATAACTCTAGGGGACCCAGCGCCCTTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACCCATGTCAGATGACTATAACTCTAGGGGACCCAGCGCCCTTTC  290

seq1  CTGGCTCAGAGGACACACACACACAGAGTAAATTTTTTTCAAACTTTATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCAGAGGACACACACACACAGAGTAAATTTTTTTCAAACTTTATA  340

seq1  AAGGCCCAATACACTGTAAGCTTTTGATAAATGGCACCTATCAGCATTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCAATACACTGTAAGCTTTTGATAAATGGCACCTATCAGCATTCA  390

seq1  AGGTAGGTAACTCACATGCTCATTCTATAAGCAAGGGAATTGTACCTTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGGTAACTCACATGCTCATTCTATAAGCAAGGGAATTGTACCTTGG  440

seq1  TAAGATTGACTGTGGTCTGGATTTCCACACAAACCAAACTGCCAAATGTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTGACTGTGGTCTGGATTTCCACACAAACCAAACTGCCAAATGTC  490

seq1  GCTATTTTCTGGGAAGACCTGTACAGTGCTGTGGACTGGCTCCCTCCCAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTCTGGGAAGACCTGTACAGTGCTGTGGACTGGCTCCCTCCCAC  540

seq1  TTGGCCACTTGGCTTTTCCTCTGTGGCAGCTTCTCTGTCCTGTCTCATAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCACTTGGCTTTTCCTCTGTGGCAGCTTCTCTGTCCTGTCTCATAA  590

seq1  CTCACCTGGAGACTGCTCAGGGTGTCACTTGGTGCCCAAAGCTGTGGGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTGGAGACTGCTCAGGGTGTCACTTGGTGCCCAAAGCTGTGGGAC  640

seq1  AAAGAAGCAACTATGTGGAAGCCCCAGGGTCTCAACGGTAGGGAAGGGGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGCAACTATGTGGAAGCCCCAGGGTCTCAACGGTAGGGAAGGGGG  690

seq1  AGAGAGAGGCGTCTCACAACCACAGTGGAAAGCCTTGTAGCCAGCCCCGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGGCGTCTCACAACCACAGTGGAAAGCCTTGTAGCCAGCCCCGA  740

seq1  GGGCTGCAGCTCTGGAGCATGCTGGGAGAGGAGAAGCATGTCCAGGGCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCAGCTCTGGAGCATGCTGGGAGAGGAGAAGCATGTCCAGGGCAT  790

seq1  GTTTTGCCAAGGCTTCCTGCACTGCTGTAACTGGGTAGTTGTGCCCATTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCAAGGCTTCCTGCACTGCTGTAACTGGGTAGTTGTGCCCATTG  840

seq1  TCCCAAGTGCCGAAACGTAATTTGCAAGATGTTACCATTTGGACACAATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTGCCGAAACGTAATTTGCAAGATGTTACCATTTGGACACAATT  890

seq1  AGATCACAGGTGGGTAACTGCTTGTGTAAAAGCCCCAGAACCGCTTGACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACAGGTGGGTAACTGCTTGTGTAAAAGCCCCAGAACCGCTTGACC  940

seq1  CGCTCTATACTTGCAAGCACGGAGAGAGGGTAGCCTTCAACTCCTCAACG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTATACTTGCAAGCACGGAGAGAGGGTAGCCTTCAACTCCTCAACG  990

seq1  CCATCTGCCGATGCCTTCATCTTAGACTACCCAGCTCCAAGAAATCAATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGCCGATGCCTTCATCTTAGACTACCCAGCTCCAAGAAATCAATT  1040

seq1  CTGTTCTTTATAAACTTTCCGGTTTATGGAACTTAGTGATTGTGTCCAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTTATAAACTTTCCGGTTTATGGAACTTAGTGATTGTGTCCAAG  1090

seq1  TAGGCTAAGACAGTGGCCAATGCAACTAAGCAATAAAATAAGCTCATCGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTAAGACAGTGGCCAATGCAACTAAGCAATAAAATAAGCTCATCGC  1140

seq1  ACATGAATTC  1157
      ||||||||||
seq2  ACATGAATTC  1150

seq1: chr1_134690202_134691045
seq2: B6Ng01-279C16.g_63_906

seq1  GAATTCTTTAAGTATCTGGTACATGGTACTCAACAACCTAAACTGTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAGTATCTGGTACATGGTACTCAACAACCTAAACTGTAAGA  50

seq1  CTAAAGAAACAGATGAACAGTATGAATGTTCATGCCTAATGAATCAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAACAGATGAACAGTATGAATGTTCATGCCTAATGAATCAGGAA  100

seq1  GCGGCAATGGTGACAAGAGCCACTTGGACCTGAACATGAGGTCAATGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCAATGGTGACAAGAGCCACTTGGACCTGAACATGAGGTCAATGGCT  150

seq1  TCCCTGTCTTTCTCTGCCAATTGTCACCTGTTGATATGAGTGTTATCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCTTTCTCTGCCAATTGTCACCTGTTGATATGAGTGTTATCCAA  200

seq1  GACGCTAGTGTTTTGAAGGCTTAGTTCCCAGAGGATGGTGCCACTTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCTAGTGTTTTGAAGGCTTAGTTCCCAGAGGATGGTGCCACTTGGAG  250

seq1  AGGTGAGGTATAGGTGGAGACAATAGATTAGGAGGTGTGTCCCTGTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGGTATAGGTGGAGACAATAGATTAGGAGGTGTGTCCCTGTCCCC  300

seq1  GGTCTCTTTCTATCTCCCTTTCTGGCCACCATGAAGTAACAATCTTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTTCTATCTCCCTTTCTGGCCACCATGAAGTAACAATCTTCTTT  350

seq1  CTCTATGTCCTTCTACCATGATCTTCAGAAACACTGGATCCAGACAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTCCTTCTACCATGATCTTCAGAAACACTGGATCCAGACAAAAT  400

seq1  CCCTGAAACCAGGAATGGTCCTCCCTTCTTTAAATCGTTTCTCTAGGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAACCAGGAATGGTCCTCCCTTCTTTAAATCGTTTCTCTAGGGTT  450

seq1  TACTTACCTAATGAATGCTGATGGAGACACTAATACAGAGGGCACCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACCTAATGAATGCTGATGGAGACACTAATACAGAGGGCACCACTG  500

seq1  TTGACTCATGTTATGTATGAGAGAAACTCAGGTTCTGAGAATGTTCACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCATGTTATGTATGAGAGAAACTCAGGTTCTGAGAATGTTCACTT  550

seq1  TTCTAATCTTTTGCTGCAGCTAAAAGACAGAAACACAAATCGAGGCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATCTTTTGCTGCAGCTAAAAGACAGAAACACAAATCGAGGCCTCT  600

seq1  AACAAAGAGTGGCAGGCCAGGCATGGCAGCTCACCGTCTGTACCAAGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGAGTGGCAGGCCAGGCATGGCAGCTCACCGTCTGTACCAAGTGC  650

seq1  AAACACCAAGTAAAGACTGGGTTTGGGTGATCCAGCCGTAATGTAGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCAAGTAAAGACTGGGTTTGGGTGATCCAGCCGTAATGTAGGAAG  700

seq1  GAGGAAGAGAGAGCATCCTTGTGCTTGGTTAGAGTTGGTGATGATGGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAGAGAGCATCCTTGTGCTTGGTTAGAGTTGGTGATGATGGAGG  750

seq1  TAACACTGGACAAGAAAGGGCAGGGAACTGGCATCCGCTGAGCACCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTGGACAAGAAAGGGCAGGGAACTGGCATCCGCTGAGCACCTGTT  800

seq1  ACATCATAGCCATCCTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATAGCCATCCTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  844