BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280A01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 191,909,167 - 192,049,717
singlet/doubletdoublet
Overlap geneProx1
Upstream geneKcnk2, LOC100042424, LOC100039307, Cenpf, Ptpn14, LOC100042438, Smyd2
Downstream geneLOC100039394, EG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik, Tatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik, 4933417M04Rik, Atf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280A01.bB6Ng01-280A01.g
ACCGA079841GA079842
length9561,071
definitionB6Ng01-280A01.b B6Ng01-280A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(192,048,767 - 192,049,717)(191,909,167 - 191,910,234)
sequence
gaattctatttccaggctggagagccaagttggctcctttactgtcagca
taattatgaccattggttctggttctgatggagctaacagtgagaccctg
aaccctcactgcatggccaactccatcaaaaagagataaattagtcaagc
ttttggtccttaggactacctatgccactgtagaacaagactagctaata
atttgaatcatgcccatagagccagtggaaaatgtggtagggctagacaa
ttcagtggttcctccatcttgtatcctttctgaggccatttcaggtgtaa
ctagaacttgattgtcttgatggagaattatcatggaaaattatccaact
ctattctaagaacctaaggtcaagatgttccagccaacttaccttagctt
ctattaaactgcctccttgtgcaaacctccccctccagctaactgcttat
cttagcttctgttaaattgcttgcttgcacaaaacctcccctgcagctcc
tgagtgagataccagaatgtgggttttgcctttaaaaaaccctcacccta
atcacttggtgctatacttgggtcccaaatatctgagtataattccagcc
atctagaataaagactttcaattgactatacgctgtgtttatgtggtcat
ctctgatgggctccctgtaataatatgacttgggccagggatgaaatcac
agaataagaaagatgctatgacatggtcttgggatctgtccacaaagaat
tttcagttaacccccttccccatttttttcagatgttttctcttttcact
tgtgactagaacccattactaagcctggacatgaagagtccacaaactga
aataattccatggcctctgattcacttcttgcttttgagttccttgcttt
acctcccctcagtgttaccctgaaagtttgtgagcttgaagcaatccttt
cctctc
gaattcttagattctgagatgtgtataggatgggctctgggggaagcaga
agggagatgctctagcttggcctctgctctatacaccagaagaacctgac
tccccaccttcctcaggtgacttggtgacttggagacatgtgctggttac
tgatggttagggactgctcagctcttgttcactcctgctaagttgttaag
tcagcatggtgttcatagttgtcatatcagtagctgtgaggaggacacgg
ctcgatcaccacattggttcttgatgcctagctatgcttgatgtgaagtt
gctcccctcataaagctattgtgcgggtcagaattgtatcaggatccttt
ctctgtaatgggtagtgggcaatttctcttagagacaccttggtcagagg
gaattctgtggcaacctttctcatcctgatgccagaatccaagaaaagtc
tagctaagatcaaaagacactagcgttgcctcccactctgccgtgctctt
gctgagatgggatgctgctacacatgcctgcttggtacgcagatgtcatt
gagtgaatcgcaggcagagctccctcttggttctagttgctacccggtat
ctatttatagtcatggccaaatgtgacctcatcctctaggcattgcaagc
tcagcatagtgaggccaggttaggctgcccgcaggtctcccaggagcacc
ccagatgctgcagcgtgtcttgtcagcaaggccaaggttctctttctgct
tctcttcaaatggctttcagctcagcatattagaaagcaaaggtgattgg
cagggccatctttgaaaccagaaaaaaaaatgggacagccctgagtatgt
ataagttaacagttgctcttcatttccccctctcttctcccttcatttca
cgagttctccctctcttcaacctcctgttggaaggaatgaagcagcgtca
ggtaaacaatttgcatctgggtaaatttctttatggatgtctctatgaca
gacaacctcagttcctcaggactcaagcaaggcctgatactttacttgtg
aagtatttaagtatgggtgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_192048767_192049717
seq2: B6Ng01-280A01.b_47_1002 (reverse)

seq1  GAGAGGAAAGGATTTACTTC-AGCTCAC-AACTTTCA-GGTTACACTGAG  47
      |||||||||||| || |||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  GAGAGGAAAGGA-TTGCTTCAAGCTCACAAACTTTCAGGGTAACACTGAG  49

seq1  GGGAGGTAAAGC-AGGAACTC-AAAGCAAGAAGTGAATCAGAGGCCATGG  95
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTAAAGCAAGGAACTCAAAAGCAAGAAGTGAATCAGAGGCCATGG  99

seq1  AATTATTTCAGTTTGTGGACTCTTCATGTCCAGGCTTAGTAATGGGTTCT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTCAGTTTGTGGACTCTTCATGTCCAGGCTTAGTAATGGGTTCT  149

seq1  AGTCACAAGTGAAAAGAG-AAACATCTGGAAAAAATGGGGAAGGGGGTTA  194
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAAGTGAAAAGAGAAAACATCTGAAAAAAATGGGGAAGGGGGTTA  199

seq1  ACTGAAAATTCTTTGTGGACAGATCCCAAGACCATGTCATAGCATCTTTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAATTCTTTGTGGACAGATCCCAAGACCATGTCATAGCATCTTTC  249

seq1  TTATTCTGTGATTTCATCCCTGGCCCAAGTCATATTATTACAGGGAGCCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGTGATTTCATCCCTGGCCCAAGTCATATTATTACAGGGAGCCC  299

seq1  ATCAGAGATGACCACATAAACACAGCGTATAGTCAATTGAAAGTCTTTAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGATGACCACATAAACACAGCGTATAGTCAATTGAAAGTCTTTAT  349

seq1  TCTAGATGGCTGGAATTATACTCAGATATTTGGGACCCAAGTATAGCACC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATGGCTGGAATTATACTCAGATATTTGGGACCCAAGTATAGCACC  399

seq1  AAGTGATTAGGGTGAGGGTTTTTTAAAGGCAAAACCCACATTCTGGTATC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATTAGGGTGAGGGTTTTTTAAAGGCAAAACCCACATTCTGGTATC  449

seq1  TCACTCAGGAGCTGCAGGGGAGGTTTTGTGCAAGCAAGCAATTTAACAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAGGAGCTGCAGGGGAGGTTTTGTGCAAGCAAGCAATTTAACAGA  499

seq1  AGCTAAGATAAGCAGTTAGCTGGAGGGGGAGGTTTGCACAAGGAGGCAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGATAAGCAGTTAGCTGGAGGGGGAGGTTTGCACAAGGAGGCAGT  549

seq1  TTAATAGAAGCTAAGGTAAGTTGGCTGGAACATCTTGACCTTAGGTTCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGAAGCTAAGGTAAGTTGGCTGGAACATCTTGACCTTAGGTTCTT  599

seq1  AGAATAGAGTTGGATAATTTTCCATGATAATTCTCCATCAAGACAATCAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGAGTTGGATAATTTTCCATGATAATTCTCCATCAAGACAATCAA  649

seq1  GTTCTAGTTACACCTGAAATGGCCTCAGAAAGGATACAAGATGGAGGAAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGTTACACCTGAAATGGCCTCAGAAAGGATACAAGATGGAGGAAC  699

seq1  CACTGAATTGTCTAGCCCTACCACATTTTCCACTGGCTCTATGGGCATGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAATTGTCTAGCCCTACCACATTTTCCACTGGCTCTATGGGCATGA  749

seq1  TTCAAATTATTAGCTAGTCTTGTTCTACAGTGGCATAGGTAGTCCTAAGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTATTAGCTAGTCTTGTTCTACAGTGGCATAGGTAGTCCTAAGG  799

seq1  ACCAAAAGCTTGACTAATTTATCTCTTTTTGATGGAGTTGGCCATGCAGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAGCTTGACTAATTTATCTCTTTTTGATGGAGTTGGCCATGCAGT  849

seq1  GAGGGTTCAGGGTCTCACTGTTAGCTCCATCAGAACCAGAACCAATGGTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTCAGGGTCTCACTGTTAGCTCCATCAGAACCAGAACCAATGGTC  899

seq1  ATAATTATGCTGACAGTAAAGGAGCCAACTTGGCTCTCCAGCCTGGAAAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATGCTGACAGTAAAGGAGCCAACTTGGCTCTCCAGCCTGGAAAT  949

seq1  AGAATTC  951
      |||||||
seq2  AGAATTC  956

seq1: chr1_191909167_191910234
seq2: B6Ng01-280A01.g_67_1137

seq1  GAATTCTTAGATTCTGAGATGTGTATAGGATGGGCTCTGGGGGAAGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGATTCTGAGATGTGTATAGGATGGGCTCTGGGGGAAGCAGA  50

seq1  AGGGAGATGCTCTAGCTTGGCCTCTGCTCTATACACCAGAAGAACCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGCTCTAGCTTGGCCTCTGCTCTATACACCAGAAGAACCTGAC  100

seq1  TCCCCACCTTCCTCAGGTGACTTGGTGACTTGGAGACATGTGCTGGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCTTCCTCAGGTGACTTGGTGACTTGGAGACATGTGCTGGTTAC  150

seq1  TGATGGTTAGGGACTGCTCAGCTCTTGTTCACTCCTGCTAAGTTGTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTTAGGGACTGCTCAGCTCTTGTTCACTCCTGCTAAGTTGTTAAG  200

seq1  TCAGCATGGTGTTCATAGTTGTCATATCAGTAGCTGTGAGGAGGACACGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGGTGTTCATAGTTGTCATATCAGTAGCTGTGAGGAGGACACGG  250

seq1  CTCGATCACCACATTGGTTCTTGATGCCTAGCTATGCTTGATGTGAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATCACCACATTGGTTCTTGATGCCTAGCTATGCTTGATGTGAAGTT  300

seq1  GCTCCCCTCATAAAGCTATTGTGCGGGTCAGAATTGTATCAGGATCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCTCATAAAGCTATTGTGCGGGTCAGAATTGTATCAGGATCCTTT  350

seq1  CTCTGTAATGGGTAGTGGGCAATTTCTCTTAGAGACACCTTGGTCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAATGGGTAGTGGGCAATTTCTCTTAGAGACACCTTGGTCAGAGG  400

seq1  GAATTCTGTGGCAACCTTTCTCATCCTGATGCCAGAATCCAAGAAAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGCAACCTTTCTCATCCTGATGCCAGAATCCAAGAAAAGTC  450

seq1  TAGCTAAGATCAAAAGACACTAGCGTTGCCTCCCACTCTGCCGTGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAAGATCAAAAGACACTAGCGTTGCCTCCCACTCTGCCGTGCTCTT  500

seq1  GCTGAGATGGGATGCTGCTACACATGCCTGCTTGGTACGCAGATGTCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGATGGGATGCTGCTACACATGCCTGCTTGGTACGCAGATGTCATT  550

seq1  GAGTGAATCGCAGGCAGAGCTCCCTCTTGGTTCTAGTTGCTACCCGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATCGCAGGCAGAGCTCCCTCTTGGTTCTAGTTGCTACCCGGTAT  600

seq1  CTATTTATAGTCATGGCCAAATGTGACCTCATCCTCTAGGCATTGCAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATAGTCATGGCCAAATGTGACCTCATCCTCTAGGCATTGCAAGC  650

seq1  TCAGCATAGTGAGGCCAGGTTAGGCTGCCCGCAGGTCTCCCAGGAGCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATAGTGAGGCCAGGTTAGGCTGCCCGCAGGTCTCCCAGGAGCACC  700

seq1  CCAGATGCTGCAGCGTGTCTTGTCAGCAAGGCCAAGGTTCTCTTTCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGCTGCAGCGTGTCTTGTCAGCAAGGCCAAGGTTCTCTTTCTGCT  750

seq1  TCTCTTCAAATGGCTTTCAGCTCAGCATATTAGAAAGC-AAGGTGATTGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTCTTCAAATGGCTTTCAGCTCAGCATATTAGAAAGCAAAGGTGATTGG  800

seq1  CAGGGCCATCTTTGAAACCAGAAAAAAAAAT-GGACAGCCCTGAGTATGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCATCTTTGAAACCAGAAAAAAAAATGGGACAGCCCTGAGTATGT  850

seq1  ATAAGTTAACAGTTGCTCTTCATTTCCCCCTCTCTTTCTCCCTTCATTTC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATAAGTTAACAGTTGCTCTTCATTTCCCCCTCTC-TTCTCCCTTCATTTC  899

seq1  ACGAGTTCTCCCTCTCTTCCACCTCCTGTT-GAAGGAATGAAGCAGCGTC  947
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTTCTCCCTCTCTTCAACCTCCTGTTGGAAGGAATGAAGCAGCGTC  949

seq1  AGGTAAAACAATTGCATCTGGGTAAATTTC-TTATGGATGTCTCTATGAA  996
      |||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  AGGTAAACAATTTGCATCTGGGTAAATTTCTTTATGGATGTCTCTATG-A  998

seq1  CAGACAA-CTCAGTT-CTCAGGGACTCCAGCAAAGCCCTGATACTTTACT  1044
      ||||||| ||||||| |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||
seq2  CAGACAACCTCAGTTCCTCA-GGACTCAAGC-AAGGCCTGATACTTTACT  1046

seq1  TGTG-AGTATTTAAGTATGGGTGAG  1068
      |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTATTTAAGTATGGGTGAG  1071