BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280O06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,832,566 - 177,977,266
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExo1, Gm104, Pld5, B020018G12Rik
Upstream geneGrem2, Rgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64
Downstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280O06.bB6Ng01-280O06.g
ACCGA080507GA080508
length1,1791,122
definitionB6Ng01-280O06.b B6Ng01-280O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,976,064 - 177,977,266)(177,832,566 - 177,833,698)
sequence
gaattcacattgtttctagacagggtaagaaggagttggatgcagctggg
tgctacagatagaatctgggccaggccccaaaggtgcctttgttctcttg
cagagggtgagaatgtcctttcttcagtgccggctattttattgctgtcg
aaaaattatggccagttaaagttgaattacatcccctacaagacacaccg
aagacttttccctctgtgccacagaatgtcaccttaagtgagaatagtgc
tgttgcagatataagtagttaaaatgggatgtgtaggtctggggtcctga
taagaaagcaagcccaagaagaagataacaagtgaaaagaaagcccgact
caagtgctgcagccaaaagccaagagagcctagaagccaggctgaggtca
gaaatatcctcacaggaagtgtggccctcctcaaagccttgggtttggac
ttctctcaggtagcttgagttcatttggtttagtctgttctgatctaggc
agatctattctggtctggtctggtctggtctggtctggtctggtctggtc
tggtctggtttggcaatgatgagaactgaacagtccagggcctcttgcat
gccaggcaagtgttcccccagtacgctcacacccagccctagtttggact
gctaactcccagaagtgagacattcagttgttttaagcccctgtggcact
ctggcatggaagccatatgccatctccaaggacaaacaccattgctctct
gtgttccctctatgcagactcagtacctccacagtggtcatgggtgacga
ctgcctgttttgatattcaaattctgctctacctggtggctcctcccctg
ggaattaccagtcttcctcagctgttcttactctgccaggttggctaaaa
gctaggaaccacatgcgcactgcttccagaatgaaaaaggcagatgaaca
gagctggtccactctcagagaaatctgcttggagtcctatgcccacagat
tctttcttctatggctcctctttcatcctgtcgcatgaagcagtagcata
gcttgtgttttcctgtgagagcaggttcgtgtgtgattcacatctgtgca
atcaatgtctgctcagaggcacctagaccagcatttctgatgtgagtact
agaactgattcagcatgccgttctaccac
gaattccactgtgcacagtaaactccaggaggaatgctttaatgctcaaa
cagttgaattcctatgattaggctcactctttacagatgtccccaagcca
caggactgttgaactgttgagttttgctctctttttatttgttattactg
tctttggaccttgttttgaatattagttttcactgtgtacttatgaagat
cggcagtgtcggagccttcctgaaaaggtcattgttaaaaggcagcaact
agagccagctattcaccaaacatgatcttaagtaatctcagaatctccct
catgaccctcttgtaagaaactcttcagacagttgggcatgcatggcgca
gcgatttagtctcagattttgagggctgcaaattagtccacaacttgggc
tacacaacaacatcctatctgaaaaataaatcatttaagatgggtgttac
agtatatttccataatctcagacattaggaagcaaggtgagaaggttgct
ctaagtttgccactggcttggtctaggtaatgagttcctgaccatttggg
gcttgagggcgatagagatcttgtctccaaaaagaaaatagccgaattca
ctcaacaccactactgttagctacagcagagaaataggtaagacacaggc
agtctcgtcttgctcttgagtcctgatacactgtagagaatcccaggaaa
ccttagagacatgccaggtgccgtccccacttactgaccttcctatttgg
tgtataggagaaaacactgagagaaatttcactatatggagagccttgtg
aatggaactgaggcatagggagccctcaaagtcactgctaaagtaagcgg
agcacttgacacagcacctcagagtagggcccacctggaaggaagacgca
tctttgtcttcagtgtccaccattttacagctcagctaagagatggtaga
acagtgctggtttggctttctgtagtcggtgactgagagtgtcagatggg
ccggagacccagcccctctactcagcatacttgtttagtcaatgagattt
catataatcatgaatatgatctccctgccttccccctcaacttcgtcttc
acctatgcccacctagcacccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177976064_177977266
seq2: B6Ng01-280O06.b_45_1223 (reverse)

seq1  GTGGTAG-ACAGCATGCTGAACTCAGTCCTTGTCACTCCACATTTAAGAA  49
      ||||||| || |||||||||| ||||| || || ||| ||||  | || |
seq2  GTGGTAGAACGGCATGCTGAA-TCAGTTCTAGT-ACT-CACA--TCAG-A  44

seq1  AATGCTGTGTCTGAGTGCTCTCTGGAGGCAGACATTTTGATGGCCACAGA  99
      ||||||| ||||  |||| |||||   |||||||  ||||| | ||||||
seq2  AATGCTG-GTCTAGGTGC-CTCTG--AGCAGACA--TTGATTG-CACAGA  87

seq1  TGTTGATTTACACACGAACCTGGCCTCTCACAGGGAAAACACAAGCTATG  149
      || ||| | |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TG-TGAATCACACACGAACCTG--CTCTCACA-GGAAAACACAAGCTATG  133

seq1  CTTCCTGGCTCCATGCGACAAGGATGAAAAGAGGAGCCATAG-AGAAAG-  197
      || |   ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| 
seq2  CTAC--TGCTTCATGCGAC-AGGATG-AAAGAGGAGCCATAGAAGAAAGA  179

seq1  ATCTGTGGGCATAGGGACTCCCAAGCAGATTTTCTCTGAGAGTGGACCAG  247
      ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGGCATA-GGACT-CCAAGCAGA-TTTCTCTGAGAGTGGACCAG  226

seq1  CTCTGTTCCTTCTGCCCTTTTTCATTCTGGAAGCAGTGCGCATGTGGTTC  297
      ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTT-CATCTG-CCTTTTTCATTCTGGAAGCAGTGCGCATGTGGTTC  274

seq1  CTAGCTTTTAGCCAACCTGGCAGAGTAAGAACAGCTGAGGAAGACTGGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTTTAGCCAACCTGGCAGAGTAAGAACAGCTGAGGAAGACTGGTA  324

seq1  ATTCCCAGGGGAGGAGCCACCAGGTAGAGCAGAATTTGAATATCAAAACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGGGGAGGAGCCACCAGGTAGAGCAGAATTTGAATATCAAAACA  374

seq1  GGCAGTCGTCACCCATGACCACTGTGGAGGTACCTGAGTCTGCATAGAGG  447
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCGTCACCCATGACCACTGTGGAGGTA-CTGAGTCTGCATAGAGG  423

seq1  GAACACAGAGAGCAATGGTGTTTGTCCTTGGAGATGGCATATGGCTTCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGAGAGCAATGGTGTTTGTCCTTGGAGATGGCATATGGCTTCCA  473

seq1  TGCCAGAGTGCCACAGGGGCTTAAAACAACTGAATGTCTCACTTCTGGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGTGCCACAGGGGCTTAAAACAACTGAATGTCTCACTTCTGGGA  523

seq1  GTTAGCAGTCCAAACTAGGGCTGGGTGTGAGCGTACTGGGGGAACACTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAGTCCAAACTAGGGCTGGGTGTGAGCGTACTGGGGGAACACTTG  573

seq1  CCTGGCATGCAAGAGGCCCTGGACTGTTCAGTTCTCATCATTGCCAAACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATGCAAGAGGCCCTGGACTGTTCAGTTCTCATCATTGCCAAACC  623

seq1  AGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGAAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGACCAGAAT  673

seq1  AGATCTGCCTAGATCAGAACAGACTAAACCAAATGAACTCAAGCTACCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGCCTAGATCAGAACAGACTAAACCAAATGAACTCAAGCTACCTG  723

seq1  AGAGAAGTCCAAACCCAAGGCTTTGAGGAGGGCCACACTTCCTGTGAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTCCAAACCCAAGGCTTTGAGGAGGGCCACACTTCCTGTGAGGA  773

seq1  TATTTCTGACCTCAGCCTGGCTTCTAGGCTCTCTTGGCTTTTGGCTGCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGACCTCAGCCTGGCTTCTAGGCTCTCTTGGCTTTTGGCTGCAG  823

seq1  CACTTGAGTCGGGCTTTCTTTTCACTTGTTATCTTCTTCTTGGGCTTGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGTCGGGCTTTCTTTTCACTTGTTATCTTCTTCTTGGGCTTGCT  873

seq1  TTCTTATCAGGACCCCAGACCTACACATCCCATTTTAACTACTTATATCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATCAGGACCCCAGACCTACACATCCCATTTTAACTACTTATATCT  923

seq1  GCAACAGCACTATTCTCACTTAAGGTGACATTCTGTGGCACAGAGGGAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGCACTATTCTCACTTAAGGTGACATTCTGTGGCACAGAGGGAAA  973

seq1  AGTCTTCGGTGTGTCTTGTAGGGGATGTAATTCAACTTTAACTGGCCATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCGGTGTGTCTTGTAGGGGATGTAATTCAACTTTAACTGGCCATA  1023

seq1  ATTTTTCGACAGCAATAAAATAGCCGGCACTGAAGAAAGGACATTCTCAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCGACAGCAATAAAATAGCCGGCACTGAAGAAAGGACATTCTCAC  1073

seq1  CCTCTGCAAGAGAACAAAGGCACCTTTGGGGCCTGGCCCAGATTCTATCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCAAGAGAACAAAGGCACCTTTGGGGCCTGGCCCAGATTCTATCT  1123

seq1  GTAGCACCCAGCTGCATCCAACTCCTTCTTACCCTGTCTAGAAACAATGT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCACCCAGCTGCATCCAACTCCTTCTTACCCTGTCTAGAAACAATGT  1173

seq1  GAATTC  1203
      ||||||
seq2  GAATTC  1179

seq1: chr1_177832566_177833698
seq2: B6Ng01-280O06.g_70_1191

seq1  GAATTCCACTGTGCACAGTAAACTCCAGGAGGAATGCTTTAATGCTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTGCACAGTAAACTCCAGGAGGAATGCTTTAATGCTCAAA  50

seq1  CAGTTGAATTCCTATGATTAGGCTCACTCTTTACAGATGTCCCCAAGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAATTCCTATGATTAGGCTCACTCTTTACAGATGTCCCCAAGCCA  100

seq1  CAGGACTGTTGAACTGTTGAGTTTTGCTCTCTTTTTATTTGTTATTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTGTTGAACTGTTGAGTTTTGCTCTCTTTTTATTTGTTATTACTG  150

seq1  TCTTTGGACCTTGTTTTGAATATTAGTTTTCACTGTGTACTTATGAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGACCTTGTTTTGAATATTAGTTTTCACTGTGTACTTATGAAGAT  200

seq1  CGGCAGTGTCGGAGCCTTCCTGAAAAGGTCATTGTTAAAAGGCAGCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGTGTCGGAGCCTTCCTGAAAAGGTCATTGTTAAAAGGCAGCAACT  250

seq1  AGAGCCAGCTATTCACCAAACATGATCTTAAGTAATCTCAGAATCTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAGCTATTCACCAAACATGATCTTAAGTAATCTCAGAATCTCCCT  300

seq1  CATGACCCTCTTGTAAGAAACTCTTCAGACAGTTGGGCATGCATGGCGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCCTCTTGTAAGAAACTCTTCAGACAGTTGGGCATGCATGGCGCA  350

seq1  GCGATTTAGTCTCAGATTTTGAGGGCTGCAAATTAGTCCACAACTTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATTTAGTCTCAGATTTTGAGGGCTGCAAATTAGTCCACAACTTGGGC  400

seq1  TACACAACAACATCCTATCTGAAAAATAAATCATTTAAGATGGGTGTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAACAACATCCTATCTGAAAAATAAATCATTTAAGATGGGTGTTAC  450

seq1  AGTATATTTCCATAATCTCAGACATTAGGAAGCAAGGTGAGAAGGTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTTCCATAATCTCAGACATTAGGAAGCAAGGTGAGAAGGTTGCT  500

seq1  CTAAGTTTGCCACTGGCTTGGTCTAGGTAATGAGTTCCTGACCATTTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTTGCCACTGGCTTGGTCTAGGTAATGAGTTCCTGACCATTTGGG  550

seq1  GCTTGAGGGCGATAGAGATCTTGTCTCCAAAAAGAAAATAGCCGAATTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGGGCGATAGAGATCTTGTCTCCAAAAAGAAAATAGCCGAATTCA  600

seq1  CTCAACACCACTACTGTTAGCTACAGCAGAGAAATAGGTAAGACACAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACACCACTACTGTTAGCTACAGCAGAGAAATAGGTAAGACACAGGC  650

seq1  AGTCTCGTCTTGCTCTTGAGTCCTGATACACTGTAGAGAATCCCAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCGTCTTGCTCTTGAGTCCTGATACACTGTAGAGAATCCCAGGAAA  700

seq1  CCTTAGAGACATGCCAGGTGCCGTCCCCACTTACTGACCTTCCTATTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAGACATGCCAGGTGCCGTCCCCACTTACTGACCTTCCTATTTGG  750

seq1  TGTATAGGAGAAAACACTGAGAGAAATTTCACTATATGGAGAGCCTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGAGAAAACACTGAGAGAAATTTCACTATATGGAGAGCCTTGTG  800

seq1  AATGGAACTGAGGCATAGGGAGCCCTCAAAGTCACTGCTAAAGTAAGCGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAACTGAGGCATAGGGAGCCCTCAAAGTCACTGCTAAAGTAAGCGG  850

seq1  AGCACTTGACACAGCACCTCAGAGTAGGGCCCACCTGGAAGGAAGACGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGACACAGCACCTCAGAGTAGGGCCCACCTGGAAGGAAGACGCA  900

seq1  TCTTTGTCTTCAGTGTCCACCATTTTACAGCTCAGCTAAGAGATGGTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCTTCAGTGTCCACCATTTTACAGCTCAGCTAAGAGATGGTAGA  950

seq1  ACAGTGCTGGTTTGGCTTTCTGTAGTCGGTGACTGAGAGTTGTCAGGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |
seq2  ACAGTGCTGGTTTGGCTTTCTGTAGTCGGTGACTGAGAG-TGTCAGATGG  999

seq1  GCCGGAGAACCCAGCCCCTCCTACTTCAGCATACTTGTTTTAGTCATTGA  1050
      ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||
seq2  GCCGGAG-ACCCAGCCCCT-CTAC-TCAGCATACTTG-TTTAGTCAATGA  1045

seq1  GAATTTCATATACATCATGAAATATGACCCTTCCCTGCCCTCCCCC-CAA  1099
      | |||||||||| |||||| ||||||| |  |||||||| |||||| |||
seq2  G-ATTTCATATA-ATCATG-AATATGATC--TCCCTGCCTTCCCCCTCAA  1090

seq1  CTTCGTCTCACCCTATGCCCCACCCTAGCACCCC  1133
      ||||||||   |||||||||   |||||||||||
seq2  CTTCGTCTTCACCTATGCCC--ACCTAGCACCCC  1122