BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281C12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 42,116,639 - 42,207,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383634
Upstream geneLOC100041441
Downstream geneLOC666582, 2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479, Fhl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281C12.bB6Ng01-281C12.g
ACCGA080704GA080705
length1,1911,092
definitionB6Ng01-281C12.b B6Ng01-281C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,116,639 - 42,117,837)(42,206,176 - 42,207,275)
sequence
gaattcatgccaaagaacaagggaattcaatgaaactcttatttgaggtg
tttcctttctccagtcatgtgaaccttcctggtgactttttgcaaggcag
attatgaagcgatgcaaactaagccaaccctgaggagattgttatgcaaa
aacaaactagataaagatattagcttgcgagtaacagtatcatccatctc
ttttccaaaatgaactttgataaaacaaaaaaccatctccttgaatccat
tggttccctctcctgaagcagtccatgtcaaatactttcatagcatctgg
tcccagctcagaaaagaagtatcccttctgctgctaaccttttcagaaag
ttataaatcttctctttttaataatcactctctagggagccaagatcagg
aagagtgagcactggctatactttcactttatatgtgcaggataagggcc
agccttgcctttgagctctgtatgttactgtttgactttccctagtgggt
gagctcattctatgagatggatctggaacttttttggtttagctccctca
gtgtgttgtcttgtgccacactggatagtattagaccagcaaaagtgagt
tgtgtatgtcagggttttaagaaaacccataatgaggcactataggtatc
atgaagaaatacacatgaagtgctatggattcccagctggtggtgtgctc
ctgaagaaatgggacaggtttccagttggaaagacatggcatgttggctg
cacattgctttctagcctgagctgtatgttactacgaggcattagagaga
agagctgtgacttccatcagtcctgaattaggtgcaattggagaacattc
ctgagaaggccacattagccatcctttacggatcagaatacaatgatctt
gaggcgttattgtggacagagaaccacaacttaggctagcctcttgacac
tgagcatatgagcttaacccatcaagcaaacattatattttgattaagtg
atatgataatttcctttctatttaaatctcccactatctcctactatatg
tcatatctacatgaaaaattatcaatatcacagttccaggtttattatct
atatcatctttaatactgtggagttagccaatatagtgtttcaatattat
taatggataaatttggaaaaatttagagacccttggacaca

gaattccttttgggaaataaaatgttcttagatatctcatgtgatgagat
tctgttacgtttcattggtactgaccgaggggcattggggtcctcacagc
ttagttgttaagctcactcaaaaatcaacattgcataccagtggaagaga
tttcattttgtgtctttggatatccttggggactcagtggaagagcatcc
acaagccctaccacctatggtgaactgcttgatatttctcaaagcatcac
ttttattgaatgagttatgcaacctcataagccagattcatctcaaagtg
aggctgataatggtacttctctggcatgattctgaaaaacattaaggaag
ttctacaaaggacattatacaggctgcctcttactgagcttgcacagaat
gcttccatgaatattagtgtctaatagagattcattgtttattttgcagg
tgtgaaaagcaatgacagaaggagctcactatatattcgtcttcctttct
ctctgcatccccaatttataaaatccagagttacttcattagtcactgga
gagttctctcctattgcagatgcaccccccaccatgctttagataaactc
accaataccccttccagaaaaagaatgttgactctcagacacaaacactc
tttgttgaccttcctcactatcagatgacttgggagtttagaaaaagcaa
aggcaccttggcagattaagagtttgtgttgaaagtgtaattctgccagg
tggtggatagagtggcctttcaggtcaccactcaatcgtgatgactttga
accctactttcattgtccttggtaaccttagatatggaagcgttgcaagt
ttcctcatagggtttacaatggtgtataagaaagtggagattgcagtgct
ttgtagaggttattaagagaatcatcttctccctggtcagaagaatggaa
gctgagtttacttctggtcctggatggaatgtaacattataaggattcta
atattacatgtaaccatcctgtcctgagatgtatccagatgatctgtcat
cactgcccagagaccacaatcatggaaattctgggttcactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_42116639_42117837
seq2: B6Ng01-281C12.b_45_1235

seq1  GAATTCATGCCAAAGAACAAGGGAATTCAATGAAACTCTTATTTGAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCAAAGAACAAGGGAATTCAATGAAACTCTTATTTGAGGTG  50

seq1  TTTCCTTTCTCCAGTCATGTGAACCTTCCTGGTGACTTTTTGCAAGGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTCTCCAGTCATGTGAACCTTCCTGGTGACTTTTTGCAAGGCAG  100

seq1  ATTATGAAGCGATGCAAACTAAGCCAACCCTGAGGAGATTGTTATGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAAGCGATGCAAACTAAGCCAACCCTGAGGAGATTGTTATGCAAA  150

seq1  AACAAACTAGATAAAGATATTAGCTTGCGAGTAACAGTATCATCCATCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTAGATAAAGATATTAGCTTGCGAGTAACAGTATCATCCATCTC  200

seq1  TTTTCCAAAATGAACTTTGATAAAACAAAAAACCATCTCCTTGAATCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAAAATGAACTTTGATAAAACAAAAAACCATCTCCTTGAATCCAT  250

seq1  TGGTTCCCTCTCCTGAAGCAGTCCATGTCAAATACTTTCATAGCATCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCCTCTCCTGAAGCAGTCCATGTCAAATACTTTCATAGCATCTGG  300

seq1  TCCCAGCTCAGAAAAGAAGTATCCCTTCTGCTGCTAACCTTTTCAGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTCAGAAAAGAAGTATCCCTTCTGCTGCTAACCTTTTCAGAAAG  350

seq1  TTATAAATCTTCTCTTTTTAATAATCACTCTCTAGGGAGCCAAGATCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATCTTCTCTTTTTAATAATCACTCTCTAGGGAGCCAAGATCAGG  400

seq1  AAGAGTGAGCACTGGCTATACTTTCACTTTATATGTGCAGGATAAGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGAGCACTGGCTATACTTTCACTTTATATGTGCAGGATAAGGGCC  450

seq1  AGCCTTGCCTTTGAGCTCTGTATGTTACTGTTTGACTTTCCCTAGTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGCCTTTGAGCTCTGTATGTTACTGTTTGACTTTCCCTAGTGGGT  500

seq1  GAGCTCATTCTATGAGATGGATCTGGAACTTTTTTGGTTTAGCTCCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATTCTATGAGATGGATCTGGAACTTTTTTGGTTTAGCTCCCTCA  550

seq1  GTGTGTTGTCTTGTGCCACACTGGATAGTATTAGACCAGCAAAAGTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGTCTTGTGCCACACTGGATAGTATTAGACCAGCAAAAGTGAGT  600

seq1  TGTGTATGTCAGGGTTTTAAGAAAACCCATAATGAGGCACTATAGGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTCAGGGTTTTAAGAAAACCCATAATGAGGCACTATAGGTATC  650

seq1  ATGAAGAAATACACATGAAGTGCTATGGATTCCCAGCTGGTGGTGTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAATACACATGAAGTGCTATGGATTCCCAGCTGGTGGTGTGCTC  700

seq1  CTGAAGAAATGGGACAGGTTTCCAGTTGGAAAGACATGGCATGTTGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAATGGGACAGGTTTCCAGTTGGAAAGACATGGCATGTTGGCTG  750

seq1  CACATTGCTTTCTAGCCTGAGCTGTATGTTACTACGAGGCATTAGAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGCTTTCTAGCCTGAGCTGTATGTTACTACGAGGCATTAGAGAGA  800

seq1  AGAGCTGTGACTTCCATCAGTCCTGAATTAGGTGCAATTGGAGAACATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTGACTTCCATCAGTCCTGAATTAGGTGCAATTGGAGAACATTC  850

seq1  CTGAGAAGGCCACATTAGCCATCCTTTACGGATCAGAATACAATGATCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGGCCACATTAGCCATCCTTTACGGATCAGAATACAATGATCTT  900

seq1  GAGGCGTTATTGTGGACAGAGAACCACAACTTAGGCTAGCCTCTTGACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGTTATTGTGGACAGAGAACCACAACTTAGGCTAGCCTCTTGACAC  950

seq1  TGAGCATATGAGCTTAACCCATCAAGCAAACATTATATTTTGATTAAGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATATGAGCTTAACCCATCAAGCAAACATTATATTTTGATTAAGTG  1000

seq1  ATATGATAATTTCCTTTCTATTTTAAATCTCCCACTTATCTCCTACTATA  1050
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATGATAATTTCCTTTCTA-TTTAAATCTCCCAC-TATCTCCTACTATA  1048

seq1  TGTCAATATCTAACATGGAAAAATTATCATATTCACAGTTCCAGGTTTAT  1100
      |||| |||||| |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TGTC-ATATCT-ACAT-GAAAAATTATCAATATCACAGTTCCAGGTTTAT  1095

seq1  TAATCTATATCATTCTTTAAATAATTGTGAGTTAGGCAATATTAGTGTTT  1150
      | |||||||||| ||||| |||| |   ||||||| ||||| ||||||||
seq2  T-ATCTATATCA-TCTTT-AATACTGTGGAGTTAGCCAATA-TAGTGTTT  1141

seq1  AAATATTATTAATGGATAATATTTGGAAAAATT--ATGACCCTTGAACAC  1198
       |||||||||||||||||| |||||||||||||    |||||||| ||||
seq2  CAATATTATTAATGGATAA-ATTTGGAAAAATTTAGAGACCCTTGGACAC  1190

seq1  A  1199
      |
seq2  A  1191


seq1: chr1_42206176_42207275
seq2: B6Ng01-281C12.g_65_1156 (reverse)

seq1  AAGTGAA-CCAGATTTTCCATGA-TGTGGTCTCTGGGCCAGGTGATTGAC  48
      ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||| ||||
seq2  AAGTGAACCCAGAATTTCCATGATTGTGGTCTCTGGGC--AGTGA-TGAC  47

seq1  AGATCTATCTGGATTACATCTCAAGGACAGGGATGGTAACATGTAATATT  98
      ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AGATC-ATCTGGA-TACATCTC-AGGACA-GGATGGTTACATGTAATATT  93

seq1  AGAATCCTTATAATGTTACATTTCCATCCAGGACCAGAAGTAAAACTCAG  148
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAATCCTTATAATGTTACA-TTCCATCCAGGACCAGAAGT-AAACTCAG  141

seq1  CTTCCATTCTTCTGACCAGGGAGAAGATGATTTCTCTTAATAACCTCTAC  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATTCTTCTGACCAGGGAGAAGATGA-TTCTCTTAATAACCTCTAC  190

seq1  AAAGCACTGCAATCTCCACTTTCTTATACACCATTGTAAACCCTATGAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTGCAATCTCCACTTTCTTATACACCATTGTAAACCCTATGAGG  240

seq1  AAACTTGCAACGCTTCCATATCTAAGGTTACCAAGGACAATGAAAGTAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGCAACGCTTCCATATCTAAGGTTACCAAGGACAATGAAAGTAGG  290

seq1  GTTCAAAGTCATCACGATTGAGTGGTGACCTGAAAGGCCACTCTATCCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGTCATCACGATTGAGTGGTGACCTGAAAGGCCACTCTATCCAC  340

seq1  CACCTGGCAGAATTACACTTTCAACACAAACTCTTAATCTGCCAAGGTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCAGAATTACACTTTCAACACAAACTCTTAATCTGCCAAGGTGC  390

seq1  CTTTGCTTTTTCTAAACTCCCAAGTCATCTGATAGTGAGGAAGGTCAACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTTTTCTAAACTCCCAAGTCATCTGATAGTGAGGAAGGTCAACA  440

seq1  AAGAGTGTTTGTGTCTGAGAGTCAACATTCTTTTTCTGGAAGGGGTATTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTTTGTGTCTGAGAGTCAACATTCTTTTTCTGGAAGGGGTATTG  490

seq1  GTGAGTTTATCTAAAGCATGGTGGGGGGTGCATCTGCAATAGGAGAGAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTATCTAAAGCATGGTGGGGGGTGCATCTGCAATAGGAGAGAAC  540

seq1  TCTCCAGTGACTAATGAAGTAACTCTGGATTTTATAAATTGGGGATGCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTGACTAATGAAGTAACTCTGGATTTTATAAATTGGGGATGCAG  590

seq1  AGAGAAAGGAAGACGAATATATAGTGAGCTCCTTCTGTCATTGCTTTTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGAAGACGAATATATAGTGAGCTCCTTCTGTCATTGCTTTTCA  640

seq1  CACCTGCAAAATAAACAATGAATCTCTATTAGACACTAATATTCATGGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCAAAATAAACAATGAATCTCTATTAGACACTAATATTCATGGAA  690

seq1  GCATTCTGTGCAAGCTCAGTAAGAGGCAGCCTGTATAATGTCCTTTGTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTGCAAGCTCAGTAAGAGGCAGCCTGTATAATGTCCTTTGTAG  740

seq1  AACTTCCTTAATGTTTTTCAGAATCATGCCAGAGAAGTACCATTATCAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCTTAATGTTTTTCAGAATCATGCCAGAGAAGTACCATTATCAGC  790

seq1  CTCACTTTGAGATGAATCTGGCTTATGAGGTTGCATAACTCATTCAATAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTTGAGATGAATCTGGCTTATGAGGTTGCATAACTCATTCAATAA  840

seq1  AAGTGATGCTTTGAGAAATATCAAGCAGTTCACCATAGGTGGTAGGGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATGCTTTGAGAAATATCAAGCAGTTCACCATAGGTGGTAGGGCTT  890

seq1  GTGGATGCTCTTCCACTGAGTCCCCAAGGATATCCAAAGACACAAAATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCTCTTCCACTGAGTCCCCAAGGATATCCAAAGACACAAAATGA  940

seq1  AATCTCTTCCACTGGTATGCAATGTTGATTTTTGAGTGAGCTTAACAACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTTCCACTGGTATGCAATGTTGATTTTTGAGTGAGCTTAACAACT  990

seq1  AAGCTGTGAGGACCCCAATGCCCCTCGGTCAGTACCAATGAAACGTAACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGAGGACCCCAATGCCCCTCGGTCAGTACCAATGAAACGTAACA  1040

seq1  GAATCTCATCACATGAGATATCTAAGAACATTTTATTTCCCAAAAGGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCATCACATGAGATATCTAAGAACATTTTATTTCCCAAAAGGAAT  1090

seq1  TC  1100
      ||
seq2  TC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |