BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281D18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,224,382 - 73,357,473
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMreg, Pecr, Tmem169, Xrcc5, March4, Smarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik
Downstream genePinc, LOC672208, LOC100043291, Tns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281D18.bB6Ng01-281D18.g
ACCGA080764GA080765
length1,1691,118
definitionB6Ng01-281D18.b B6Ng01-281D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,356,313 - 73,357,473)(73,224,382 - 73,225,471)
sequence
gaattcaggtcctctgcaaaacagaatccactcttaacctttaagtcatc
tctatggctccaatccctgatctggaaagaaagagtgagtgcttatagga
atctctgggctattagcttacttgctaaaatgcttgccttgcaagcatga
agaactgaatttgattcccagactcacttaaaacgtgtggtgcatatgtt
tcatatgcttgtcatcccagcactagagaggcagaaacaggcagatcccg
gagtctcctggtcagccagcctcatttactcagagagttccaggtgaatg
agagactctgttttaagaacaaaggtaggtggcatttgagaagcaagatt
atcctttggcctctataggcatgcacacacataaacacacaaacacatag
ttataccttctgacatgcacacaatgagaaagagagagaacggacacaga
agagaatgacagaaacagagggacatgaggagacattcgcttgatgacgc
cacacatcaaagaatggtggcagccaccagaaggagcaagtgacaaatct
tccctcaaaacctccatggacagtgcaccctgaagacacgatgacttgac
ctccagatctgcttagacaagcatctgttgttttatgccagcactcaagc
aatctcttgctgcaacagccacagggtgtgactgctgtgcgctaatgagg
agggaagttggaacccactctgacttgcatgtgtaccaggggtttgacta
ccagaatgcaagggagggaaccagtggtcagagggagcttgttgaccttt
gcctcaatgcctccaagcaggatatttctcgttgcggattttgagcttta
ttattgtttatagctgggaaacaggttctcctaagatccctgcttcatgt
gcaacagagacaagtgtatgtccccagacatcatgatgcccacatctaga
actgtaggaggaagttgcctactttggttttggaccagccctgcctccat
gggagcactgcctgggggagctgactcttagatgaccaagaccatgtgtc
atgtggtctcatctaggcctaaggccatgggtactaggcaatgaatttct
tgactaagagagaaaggttcatctgggtgtaaatgtgcttcctggccaag
cctaatcgtttggagttct
gaattcatctcaccaaagccttttctaatcaccctaatcagtaatcaata
gtagctttaaaaatattgtattatccattatctgtctgtctgtctgtcta
tctataatccacctgttgttcgtgtctctgtgtgtgctcaggtggagttc
agaaaacaacttttgggagtcaatactctctttctactatgtgggttcca
aaaattaaactttggcatataaggtcatcattcttggtggcaagtgcctt
tatctattgagccatcatactggcctccacagtaactttttatctcttat
atatgccacaagaatatacatatccttggagagccatagcatgtgggaat
gagcgtcacatcattggaagcaggtacctgagctaaccatgggagaaaaa
aaggtttatttctggcttgtggtttcagaattttaatccttagtaacttg
tttcagtgctctggtatatggtggcacaggccaccatggtggtggagttg
gatgggattaaaaatgaagatcaactcttaaaggtttcatcacctcccag
taccttcaggcttattgcaaccatttaatacattggtctttggggattat
tcagaatccaatctatagcatagagttgatttttttttacatataaatat
tacatacatattatatattatattcttatgcatagtaatcatactgttat
tatttgatgtacttacctcactgtaggttaacctaaatcttaggcccata
aggcacatgttattctacctcaatatgttctccacatcatgtcctgcaca
gtagatgctgaggtcatatcagtgagtataaacagtcaatcattttacat
ccctttcccttactttggaatacacaggtttcaactttgggggtttaaga
ctggactatcataaagccaggccatgcttccacatttcatttcagtaaat
attgctaaatgggttctaaaggatcacattgccatttctagtaccaggag
accaccccctacccagacaaacccagagaaggtcttcgttctctaccttt
taagaaattatgcagtttcaggtcatggaacttcttggaacaactatgtg
cttttaaatagcttagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73356313_73357473
seq2: B6Ng01-281D18.b_49_1217 (reverse)

seq1  AGAACT-CAAACGATTAGCCT--GCCAGAAAACACATACACA-CCAGATG  46
      |||||| ||||||||||| ||  ||||| || |||||  ||| |||||||
seq2  AGAACTCCAAACGATTAGGCTTGGCCAGGAAGCACATTTACACCCAGATG  50

seq1  AA-CTTTCTCCTCTTAGTCAAG-AATTCATTTGCCTAGTTCCCATGGCCT  94
      || |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  AACCTTTCT-CTCTTAGTCAAGAAATTCA-TTGCCTAGTACCCATGGCCT  98

seq1  AGGCCCTAGATGAGACCACATGACACATGGTCTTGGGTCATCTAAGAGTC  144
        | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGGCCTAGATGAGACCACATGACACATGGTCTT-GGTCATCTAAGAGTC  147

seq1  AGCT-CCCCAGGCAGTGCT-CCATGGAGGCA-GGCTGGTCCAAA--CCAA  189
      |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||
seq2  AGCTCCCCCAGGCAGTGCTCCCATGGAGGCAGGGCTGGTCCAAAACCAAA  197

seq1  GTAGGCAACTTCCTCCTACAGTTCTAGATGTGGGCATCATGATGTCTGGG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAACTTCCTCCTACAGTTCTAGATGTGGGCATCATGATGTCTGGG  247

seq1  GACATACACTTGTCTCTGTTGCACATGAAGCAGGGATCTTAGGAGAACCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACACTTGTCTCTGTTGCACATGAAGCAGGGATCTTAGGAGAACCT  297

seq1  GTTTCCCAGCTATAAACAATAATAAAGCTCAAAATCCGCAACGAGAAATA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCAGCTATAAACAATAATAAAGCTCAAAATCCGCAACGAGAAATA  347

seq1  TCCTGCTTGGAGGCATTGAGGCAAAGGTCAACAAGCTCCCTCTGACCACT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTGGAGGCATTGAGGCAAAGGTCAACAAGCTCCCTCTGACCACT  397

seq1  GGTTCCCTCCCTTGCATTCTGGTAGTCAAACCCCTGGTACACATGCAAGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCTCCCTTGCATTCTGGTAGTCAAACCCCTGGTACACATGCAAGT  447

seq1  CAGAGTGGGTTCCAACTTCCCTCCTCATTAGCGCACAGCAGTCACACCCT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGGTTCCAACTTCCCTCCTCATTAGCGCACAGCAGTCACACCCT  497

seq1  GTGGCTGTTGCAGCAAGAGATTGCTTGAGTGCTGGCATAAAACAACAGAT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTTGCAGCAAGAGATTGCTTGAGTGCTGGCATAAAACAACAGAT  547

seq1  GCTTGTCTAAGCAGATCTGGAGGTCAAGTCATCGTGTCTTCAGGGTGCAC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTAAGCAGATCTGGAGGTCAAGTCATCGTGTCTTCAGGGTGCAC  597

seq1  TGTCCATGGAGGTTTTGAGGGAAGATTTGTCACTTGCTCCTTCTGGTGGC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGGAGGTTTTGAGGGAAGATTTGTCACTTGCTCCTTCTGGTGGC  647

seq1  TGCCACCATTCTTTGATGTGTGGCGTCATCAAGCGAATGTCTCCTCATGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATTCTTTGATGTGTGGCGTCATCAAGCGAATGTCTCCTCATGT  697

seq1  CCCTCTGTTTCTGTCATTCTCTTCTGTGTCCGTTCTCTCTCTTTCTCATT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGTTTCTGTCATTCTCTTCTGTGTCCGTTCTCTCTCTTTCTCATT  747

seq1  GTGTGCATGTCAGAAGGTATAACTATGTGTTTGTGTGTTTATGTGTGTGC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATGTCAGAAGGTATAACTATGTGTTTGTGTGTTTATGTGTGTGC  797

seq1  ATGCCTATAGAGGCCAAAGGATAATCTTGCTTCTCAAATGCCACCTACCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTATAGAGGCCAAAGGATAATCTTGCTTCTCAAATGCCACCTACCT  847

seq1  TTGTTCTTAAAACAGAGTCTCTCATTCACCTGGAACTCTCTGAGTAAATG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTAAAACAGAGTCTCTCATTCACCTGGAACTCTCTGAGTAAATG  897

seq1  AGGCTGGCTGACCAGGAGACTCCGGGATCTGCCTGTTTCTGCCTCTCTAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCTGACCAGGAGACTCCGGGATCTGCCTGTTTCTGCCTCTCTAG  947

seq1  TGCTGGGATGACAAGCATATGAAACATATGCACCACACGTTTTAAGTGAG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGATGACAAGCATATGAAACATATGCACCACACGTTTTAAGTGAG  997

seq1  TCTGGGAATCAAATTCAGTTCTTCATGCTTGCAAGGCAAGCATTTTAGCA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAATCAAATTCAGTTCTTCATGCTTGCAAGGCAAGCATTTTAGCA  1047

seq1  AGTAAGCTAATAGCCCAGAGATTCCTATAAGCACTCACTCTTTCTTTCCA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCTAATAGCCCAGAGATTCCTATAAGCACTCACTCTTTCTTTCCA  1097

seq1  GATCAGGGATTGGAGCCATAGAGATGACTTAAAGGTTAAGAGTGGATTCT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGGATTGGAGCCATAGAGATGACTTAAAGGTTAAGAGTGGATTCT  1147

seq1  GTTTTGCAGAGGACCTGAATTC  1161
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCAGAGGACCTGAATTC  1169

seq1: chr1_73224382_73225471
seq2: B6Ng01-281D18.g_67_1184

seq1  GAATTCATCTCACCAAAGCCTTTTCTAATCACCCTAATCAGTAATCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCACCAAAGCCTTTTCTAATCACCCTAATCAGTAATCAATA  50

seq1  GTAGCTTTAAAAATATTGTATTATCCATTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTTAAAAATATTGTATTATCCATTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTA  100

seq1  TCTATAATCCACCTGTTGTTCGTGTCTCTGTGTGTGCTCAGGTGGAGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAATCCACCTGTTGTTCGTGTCTCTGTGTGTGCTCAGGTGGAGTTC  150

seq1  AGAAAACAACTTTTGGGAGTCAATACTCTCTTTCTACTATGTGGGTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAACTTTTGGGAGTCAATACTCTCTTTCTACTATGTGGGTTCCA  200

seq1  AAAATTAAACTTTGGCATATAAGGTCATCATTCTTGGTGGCAAGTGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAACTTTGGCATATAAGGTCATCATTCTTGGTGGCAAGTGCCTT  250

seq1  TATCTATTGAGCCATCATACTGGCCTCCACAGTAACTTTTTATCTCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTGAGCCATCATACTGGCCTCCACAGTAACTTTTTATCTCTTAT  300

seq1  ATATGCCACAAGAATATACATATCCTTGGAGAGCCATAGCATGTGGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCACAAGAATATACATATCCTTGGAGAGCCATAGCATGTGGGAAT  350

seq1  GAGCGTCACATCATTGGAAGCAGGTACCTGAGCTAACCATGGGAGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTCACATCATTGGAAGCAGGTACCTGAGCTAACCATGGGAGAAAAA  400

seq1  AAGGTTTATTTCTGGCTTGTGGTTTCAGAATTTTAATCCTTAGTAACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTATTTCTGGCTTGTGGTTTCAGAATTTTAATCCTTAGTAACTTG  450

seq1  TTTCAGTGCTCTGGTATATGGTGGCACAGGCCACCATGGTGGTGGAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGCTCTGGTATATGGTGGCACAGGCCACCATGGTGGTGGAGTTG  500

seq1  GATGGGATTAAAAATGAAGATCAACTCTTAAAGGTTTCATCACCTCCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGATTAAAAATGAAGATCAACTCTTAAAGGTTTCATCACCTCCCAG  550

seq1  TACCTTCAGGCTTATTGCAACCATTTAATACATTGGTCTTTGGGGATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCAGGCTTATTGCAACCATTTAATACATTGGTCTTTGGGGATTAT  600

seq1  TCAGAATCCAATCTATAGCATAGAGTTGATTTTTTTTTACATATAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATCCAATCTATAGCATAGAGTTGATTTTTTTTTACATATAAATAT  650

seq1  TACATACATATTATATATTATATTCTTATGCATAGTAATCATACTGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATATTATATATTATATTCTTATGCATAGTAATCATACTGTTAT  700

seq1  TATTTGATGTACTTACCTCACTGTAGGTTAACCTAAATCTTAGG-CCATA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATTTGATGTACTTACCTCACTGTAGGTTAACCTAAATCTTAGGCCCATA  750

seq1  AGGCACATGTTATTCTACCTCAATATGTTCTCCACATCATGTCCTGCACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATGTTATTCTACCTCAATATGTTCTCCACATCATGTCCTGCACA  800

seq1  GTAGATGCTGAGGTCATATCAGTGAGTATAAACAGTCAATCA-TTTACAT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTAGATGCTGAGGTCATATCAGTGAGTATAAACAGTCAATCATTTTACAT  850

seq1  -CCTTTCCCTTACTTTGGAATACACAGGTTTCAACTT--GGGGTTTAAGA  895
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CCCTTTCCCTTACTTTGGAATACACAGGTTTCAACTTTGGGGGTTTAAGA  900

seq1  CT-GACTATCATAA--GCAGGCCATG-TTCCACA-TTCA-TTCAGTAAAT  939
      || |||||||||||   ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||
seq2  CTGGACTATCATAAAGCCAGGCCATGCTTCCACATTTCATTTCAGTAAAT  950

seq1  ATTGCTAAAT-GGTTCCTAAGGATCACA-TGCCA-TTCTAGTACCAGGAG  986
      |||||||||| |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  ATTGCTAAATGGGTTCTAAAGGATCACATTGCCATTTCTAGTACCAGGAG  1000

seq1  A-CACCCCCAACCCCAGAC-AACCCAGAG-AGGTC-TCG-TCTCTACC-T  1030
      | ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||| |
seq2  ACCACCCCCTA-CCCAGACAAACCCAGAGAAGGTCTTCGTTCTCTACCTT  1049

seq1  TTAAGAA--TATGCAGTTTCAAGTCATGGAAC-TCT--GGACAAC---AT  1072
      |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||  | |||||    |
seq2  TTAAGAAATTATGCAGTTTCAGGTCATGGAACTTCTTGGAACAACTATGT  1099

seq1  GCTTTTAAATAGC-TAGGA  1090
      ||||||||||||| |||||
seq2  GCTTTTAAATAGCTTAGGA  1118