BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282K09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,236,184 - 169,390,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52
Upstream geneLOC100039795, Tada1l, Pogk, LOC100040287, EG226601, EG226604, 4831428F09Rik, LOC240895, LOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844
Downstream geneRxrg, Lmx1a, LOC100039879, Pbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282K09.bB6Ng01-282K09.g
ACCGA081810GA081811
length929978
definitionB6Ng01-282K09.b B6Ng01-282K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,389,905 - 169,390,832)(169,236,184 - 169,237,159)
sequence
gaattctgcaacagtggaaaaccttgaaggaagatgaggtcctgaaagaa
aagggaacggactcaagaaagggcatgtgggtatgttcttctcctacccc
atcctgagctcaagggcccctcccccactgaaagggaggctaacaggaaa
ccgaaatgttttgttcacctcaattcatcttaatgttatacaaaacagga
atattgaaactctcccaaatgaacaagatgcttggcactattatcaaaat
tattaaacaaaatcatacaacggcactctaagcagatgcatgaaagtatt
cagtctgatacagttcgctttccaaatgcagaggatagcagaaatggaag
tgtgttgtgatatgccagatgccgggtgccctgctgagctctggtgagca
cagggttaaaacagacgcaagcattgttcctttttagcccaggtcagcaa
gtaggtgaactaattcctggccggatgctgtaattttccactcattagtg
atatcatcggaaggtgagagtggctactgagttcttcccaggatatttat
tttccttagtgggacagtgttaatatttctaggatgttctccaaaaagtc
actgagccccaagctcctggtagctatactggctcccagttaacccccaa
agtctggcccaaagcagccagcagaagtttctgcagcactgtgaacacct
tagatgtgatgtccagtatagaagccattggctgtatgtgactattgagc
tcttgaaatttggaggaccactaaactgcatttctaactgttatttattt
tagcccatttaaatagccccacgcgggattgtggctcttgtgctggcaag
ccatttaacacagagccttaagctgaatctgtttttatgttagtttgtgt
ttagacggggttattgggttgtttggtcg
gaattcactctgtagaccaagccggctttgaactcagaaatccacctacc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgcaccactgcctgccccct
cccccccaccccctttttctttttggctgttagtgacagggtttctctgt
gtaatcctggctctcctgggactccctctgtgtaccaagctggccttgaa
caaacagaagtccacttgcctctgcctccatagtgctgggatcaaaggca
tgtggcttcattatttattcattcattcatttattgtaagtacactgtag
ttgtcttcagacacaccagaagagggcatcggatctcattacggatggtt
gtgagccaccatgtggttgctgggaattgaactcaggacccctgggagag
cagtcggtgctcttaactgatgagccctagttttgttttttcaacacagg
gcttctctgtgtagtcctggctgtcctgtaacttactctgtagaccagac
tggccttgaactcagcaatctggcaacttctcaaatgctggaatcgtgac
catgcctgggttatttattttataggcacgtatgcctgcagaggccagaa
gggggtgccagatcacccaaaactggagtgaaggctggtagtgtgctttc
atgtgggtgcaggggaactgaactcagatcttctgcaagagcagacagtg
cttagagaaagcactgactccagccccatttcaccgattctaaccctccc
cttttcataactttaagctagtgtatgtagagctacagtatagtatggtt
taactagattcctaatattatatagtcagcatcatacttgttaaacttcc
acatcaagcacgtataaaaatgctattacagtacataattgtctcagtca
agcttctaacagctttacccagctgggtgccatatggttacagaaaaact
gagctaaagccctaaatcagtaaactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169389905_169390832
seq2: B6Ng01-282K09.b_45_973 (reverse)

seq1  CGACCAAACAACCCAATAACCCCGTCT-AACACAAACTAACATAAAAACA  49
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCAAACAACCCAATAACCCCGTCTAAACACAAACTAACATAAAAACA  50

seq1  GATTCAGCTTAAGGCTCTGTGTTAAATGGCTTGCCAGCACAAGAGCCACA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGCTTAAGGCTCTGTGTTAAATGGCTTGCCAGCACAAGAGCCACA  100

seq1  ATCCCGCGTGGGGCTATTTAAATGGGCTAAAATAAATAACAGTTAGAAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGCGTGGGGCTATTTAAATGGGCTAAAATAAATAACAGTTAGAAAT  150

seq1  GCAGTTTAGTGGTCCTCCAAATTTCAAGAGCTCAATAGTCACATACAGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTAGTGGTCCTCCAAATTTCAAGAGCTCAATAGTCACATACAGCC  200

seq1  AATGGCTTCTATACTGGACATCACATCTAAGGTGTTCACAGTGCTGCAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTCTATACTGGACATCACATCTAAGGTGTTCACAGTGCTGCAGA  250

seq1  AACTTCTGCTGGCTGCTTTGGGCCAGACTTTGGGGGTTAACTGGGAGCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGCTGGCTGCTTTGGGCCAGACTTTGGGGGTTAACTGGGAGCCA  300

seq1  GTATAGCTACCAGGAGCTTGGGGCTCAGTGACTTTTTGGAGAACATCCTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGCTACCAGGAGCTTGGGGCTCAGTGACTTTTTGGAGAACATCCTA  350

seq1  GAAATATTAACACTGTCCCACTAAGGAAAATAAATATCCTGGGAAGAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTAACACTGTCCCACTAAGGAAAATAAATATCCTGGGAAGAACT  400

seq1  CAGTAGCCACTCTCACCTTCCGATGATATCACTAATGAGTGGAAAATTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCCACTCTCACCTTCCGATGATATCACTAATGAGTGGAAAATTAC  450

seq1  AGCATCCGGCCAGGAATTAGTTCACCTACTTGCTGACCTGGGCTAAAAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCGGCCAGGAATTAGTTCACCTACTTGCTGACCTGGGCTAAAAAG  500

seq1  GAACAATGCTTGCGTCTGTTTTAACCCTGTGCTCACCAGAGCTCAGCAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGCTTGCGTCTGTTTTAACCCTGTGCTCACCAGAGCTCAGCAGG  550

seq1  GCACCCGGCATCTGGCATATCACAACACACTTCCATTTCTGCTATCCTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCGGCATCTGGCATATCACAACACACTTCCATTTCTGCTATCCTCT  600

seq1  GCATTTGGAAAGCGAACTGTATCAGACTGAATACTTTCATGCATCTGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGGAAAGCGAACTGTATCAGACTGAATACTTTCATGCATCTGCTT  650

seq1  AGAGTGCCGTTGTATGATTTTGTTTAATAATTTTGATAATAGTGCCAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCCGTTGTATGATTTTGTTTAATAATTTTGATAATAGTGCCAAGC  700

seq1  ATCTTGTTCATTTGGGAGAGTTTCAATATTCCTGTTTTGTATAACATTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTTCATTTGGGAGAGTTTCAATATTCCTGTTTTGTATAACATTAA  750

seq1  GATGAATTGAGGTGAACAAAACATTTCGGTTTCCTGTTAGCCTCCCTTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATTGAGGTGAACAAAACATTTCGGTTTCCTGTTAGCCTCCCTTTC  800

seq1  AGTGGGGGAGGGGCCCTTGAGCTCAGGATGGGGTAGGAGAAGAACATACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGAGGGGCCCTTGAGCTCAGGATGGGGTAGGAGAAGAACATACC  850

seq1  CACATGCCCTTTCTTGAGTCCGTTCCCTTTTCTTTCAGGACCTCATCTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCCTTTCTTGAGTCCGTTCCCTTTTCTTTCAGGACCTCATCTTC  900

seq1  CTTCAAGGTTTTCCACTGTTGCAGAATTC  928
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGTTTTCCACTGTTGCAGAATTC  929

seq1: chr1_169236184_169237159
seq2: B6Ng01-282K09.g_70_1047

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAAGCCGGCTTTGAACTCAGAAATCCACCTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAAGCCGGCTTTGAACTCAGAAATCCACCTACC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACTGCCTGCCCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACTGCCTGCCCCCT  100

seq1  CCCCCCCACCCCCTTTTTCTTTTTGGCTGTTAGTGACAGGGTTTCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCACCCCCTTTTTCTTTTTGGCTGTTAGTGACAGGGTTTCTCTGT  150

seq1  GTAATCCTGGCTCTCCTGGGACTCCCTCTGTGTACCAAGCTGGCCTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCCTGGCTCTCCTGGGACTCCCTCTGTGTACCAAGCTGGCCTTGAA  200

seq1  CAAACAGAAGTCCACTTGCCTCTGCCTCCATAGTGCTGGGATCAAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGAAGTCCACTTGCCTCTGCCTCCATAGTGCTGGGATCAAAGGCA  250

seq1  TGTGGCTTCATTATTTATTCATTCATTCATTTATTGTAAGTACACTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTCATTATTTATTCATTCATTCATTTATTGTAAGTACACTGTAG  300

seq1  TTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCTCATTACGGATGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCGGATCTCATTACGGATGGTT  350

seq1  GTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCCCTGGGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCCCTGGGAGAG  400

seq1  CAGTCGGTGCTCTTAACTGATGAGCCCTAGTTTTGTTTTTTCAACACAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGGTGCTCTTAACTGATGAGCCCTAGTTTTGTTTTTTCAACACAGG  450

seq1  GCTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGTAACTTACTCTGTAGACCAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGTAACTTACTCTGTAGACCAGAC  500

seq1  TGGCCTTGAACTCAGCAATCTGGCAACTTCTCAAATGCTGGAATCGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTGAACTCAGCAATCTGGCAACTTCTCAAATGCTGGAATCGTGAC  550

seq1  CATGCCTGGGTTATTTATTTTATAGGCACGTATGCCTGCAGAGGCCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGGGTTATTTATTTTATAGGCACGTATGCCTGCAGAGGCCAGAA  600

seq1  GGGGGTGCCAGATCACCCAAAACTGGAGTGAAGGCTGGTAGTGTGCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGCCAGATCACCCAAAACTGGAGTGAAGGCTGGTAGTGTGCTTTC  650

seq1  ATGTGGGTGCAGGGGAACTGAACTCAGATCTTCTGCAAGAGCAGACAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGTGCAGGGGAACTGAACTCAGATCTTCTGCAAGAGCAGACAGTG  700

seq1  CTTAGAGAAAGCACTGACTCCAGCCCCATTTCACCGATTCTAACCCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAAAGCACTGACTCCAGCCCCATTTCACCGATTCTAACCCTCCC  750

seq1  CTTTTCATAACTTTAAGCTAGTGTATGTAGAGCTACAGTATAGTATGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATAACTTTAAGCTAGTGTATGTAGAGCTACAGTATAGTATGGTT  800

seq1  TAACTAGATTCTTAATATTATATAGTCAGCATCATACTTGTTAAAC-TCC  849
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAACTAGATTCCTAATATTATATAGTCAGCATCATACTTGTTAAACTTCC  850

seq1  ACATCAAGCACGTAT-AAAATGCTA-TACAGTACAT-ATTGTCTCAGTCA  896
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ACATCAAGCACGTATAAAAATGCTATTACAGTACATAATTGTCTCAGTCA  900

seq1  AGCTTCTTAACAGCTTTACCCAGCT-GGTGCCATTAATGGTTACAG-AAA  944
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||
seq2  AGCTTC-TAACAGCTTTACCCAGCTGGGTGCCAT--ATGGTTACAGAAAA  947

seq1  ACTGAGGCTAAAAGCCTTAATCAGTAGACTCA  976
      ||||| ||||||  ||| |||||||| |||||
seq2  ACTGA-GCTAAAGCCCTAAATCAGTAAACTCA  978