BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282M10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 127,923,645 - 128,112,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE030049G20Rik
Upstream geneActr3, Slc35f5, Lypd1
Downstream geneLOC383559, Mgat5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282M10.bB6Ng01-282M10.g
ACCGA081904GA081905
length1,069991
definitionB6Ng01-282M10.b B6Ng01-282M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,923,645 - 127,924,712)(128,111,876 - 128,112,685)
sequence
gaattccactggctctccattttctgcatcaaatatgaccgtgacacatt
cttccgaagaggtcctcttgacaaccctttgttgcttgatgaaactgaat
gccttcgggctagtctctaagtgggtgggacatgcttcttctcccatgtc
ccgagagccaccttcagactttctgaatcccacctctaggttctccatgg
acttgtcggtgtccccagtcaaggacaggtctgaagggcttctctcatca
ctgctctctatgtgtagctcgtttagggtctcattgtcatcggtatctga
gagctgcaggttcagaggcacatggccatgaacttggctgtgtgggtccc
tgtctctttgcacccagggcaggtgtatactgggacatagcttcctctcc
aaggggcagtggctagcacaacgagctagcctttcaggcatttctctggt
atatactgaggctgtaccttctgcaaagtacttcctatgtggctcccagt
taaacagactgtctgaaacactgtgtgtcaatttactgccctgtattctg
tagccctggctcggagatgttagtggcaaggctgaggatgggagttcttc
atgtgcatcctcatgagaatttgcatcatagatgaatgtctgatggagat
tctggcaggggatccccatgccagacggttggcagggcggacactccttg
aggctgctggttttaattcctggcgaatagatcccttcattcgagttcat
gcaatctttataaccccatttgcttatcaccaatgatggtgattcaagga
acactttccgcttctgtagcttcctcagtccctctagaatgtggctttct
ttgatacgggtcggaggtagttcatctgcagggctggcgaagccacttgg
gagcgaagaatcaatacttagtcttttatcccagatccgcgatgattgct
aggaaagaaaaatataggtatcagacatgattgaaccaaacagatctcaa
gaaacaaggaaatgccccctcagtagatttaaatttgtatagtggggtgg
taaatgttcacaatataaa

gaattcctatagatttcactgcaaaatgtctttcttggtcttaccagcat
tgcacagggagccatgggattggaggtctaagtctcatgagctcttctgt
gcacaattcattttctagtctccattccttaggaaattccaagtggacat
ttattaatgcaagaacagaacatgtactaaatccatccaggagttgggaa
gataggtcagagggtaaaagttcttgctgcaaaagcctcatgagataagc
tcattatctccagaagctgggtaaaacccacatgcagtggcacacatctc
catgaccacattaaatcctataggaatcgctgatggggtggatgaagtat
acgaggcgaaccggacaatcaaacaacctcagattgttttattctccact
tctgagagtgatgtcattatctgaaagaggccagacttgaaggagaggtg
gcttataggaactaatgatgtaatcagccccttgtatggtccaccttggg
acacatattcagcacctgaatgacagtgctaaggagcatgatgaatacac
agaattcaggttaaggctgcgagggtggatctgagagcatcagcacagag
atgacattctgcaggatgggaccaaaagaagtcacttgagaaattcagtg
tgaatgtggatgtgaggagggtctaggacagagccctgggagcctctcct
gtagtgaacttgcagagctcaaggagagccagcaaaggagcctgggtaat
ggtgtgagcgagtggcaatggagtgaggtaccagagaaacctaaagaaaa
ggggcagtatagaaagatggaccccctgtttgactcccttcttgtaccga
gcctctatcttcattaccactctccacactgtcctattagtgggacttgg
aagggaaagaagagaaagcacgtgtagatgctgtctgtgtctacttctaa
cttcattttcttgttgctatgaataaaatacccgtgacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_127923645_127924712
seq2: B6Ng01-282M10.b_48_1116

seq1  GAATTCCACTGGCTCTCCATTTTCTGCATCAAATATGACCGTGACACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGCTCTCCATTTTCTGCATCAAATATGACCGTGACACATT  50

seq1  CTTCCGAAGAGGTCCTCTTGACAACCCTTTGTTGCTTGATGAAACTGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGAAGAGGTCCTCTTGACAACCCTTTGTTGCTTGATGAAACTGAAT  100

seq1  GCCTTCGGGCTAGTCTCTAAGTGGGTGGGACATGCTTCTTCTCCCATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCGGGCTAGTCTCTAAGTGGGTGGGACATGCTTCTTCTCCCATGTC  150

seq1  CCGAGAGCCACCTTCAGACTTTCTGAATCCCACCTCTAGGTTCTCCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGAGCCACCTTCAGACTTTCTGAATCCCACCTCTAGGTTCTCCATGG  200

seq1  ACTTGTCGGTGTCCCCAGTCAAGGACAGGTCTGAAGGGCTTCTCTCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCGGTGTCCCCAGTCAAGGACAGGTCTGAAGGGCTTCTCTCATCA  250

seq1  CTGCTCTCTATGTGTAGCTCGTTTAGGGTCTCATTGTCATCGGTATCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCTATGTGTAGCTCGTTTAGGGTCTCATTGTCATCGGTATCTGA  300

seq1  GAGCTGCAGGTTCAGAGGCACATGGCCATGAACTTGGCTGTGTGGGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCAGGTTCAGAGGCACATGGCCATGAACTTGGCTGTGTGGGTCCC  350

seq1  TGTCTCTTTGCACCCAGGGCAGGTGTATACTGGGACATAGCTTCCTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTTGCACCCAGGGCAGGTGTATACTGGGACATAGCTTCCTCTCC  400

seq1  AAGGGGCAGTGGCTAGCACAACGAGCTAGCCTTTCAGGCATTTCTCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCAGTGGCTAGCACAACGAGCTAGCCTTTCAGGCATTTCTCTGGT  450

seq1  ATATACTGAGGCTGTACCTTCTGCAAAGTACTTCCTATGTGGCTCCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTGAGGCTGTACCTTCTGCAAAGTACTTCCTATGTGGCTCCCAGT  500

seq1  TAAACAGACTGTCTGAAACACTGTGTGTCAATTTACTGCCCTGTATTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGACTGTCTGAAACACTGTGTGTCAATTTACTGCCCTGTATTCTG  550

seq1  TAGCCCTGGCTCGGAGATGTTAGTGGCAAGGCTGAGGATGGGAGTTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGGCTCGGAGATGTTAGTGGCAAGGCTGAGGATGGGAGTTCTTC  600

seq1  ATGTGCATCCTCATGAGAATTTGCATCATAGATGAATGTCTGATGGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATCCTCATGAGAATTTGCATCATAGATGAATGTCTGATGGAGAT  650

seq1  TCTGGCAGGGGATCCCCATGCCAGACGGTTGGCAGGGCGGACACTCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGGGGATCCCCATGCCAGACGGTTGGCAGGGCGGACACTCCTTG  700

seq1  AGGCTGCTGGTTTTAATTCCTGGCGAATAGATCCCTTCATTCGAGTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCTGGTTTTAATTCCTGGCGAATAGATCCCTTCATTCGAGTTCAT  750

seq1  GCAATCTTTATAACCCCATTTGCTTATCACCAATGATGGTGATTCAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCTTTATAACCCCATTTGCTTATCACCAATGATGGTGATTCAAGGA  800

seq1  ACACTTTCCGCTTCTGTAGCTTCCTCAGTCCCTCTAGAATGTGGCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTCCGCTTCTGTAGCTTCCTCAGTCCCTCTAGAATGTGGCTTTCT  850

seq1  TTGATACGGGTCGGAGGTAGTTCATCTGCAGGGCTGGCGAAGCCACTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACGGGTCGGAGGTAGTTCATCTGCAGGGCTGGCGAAGCCACTTGG  900

seq1  GAGCGAAGAATCAATACTTAGTCTTTTATCCCAGATCCGCGATGATTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAAGAATCAATACTTAGTCTTTTATCCCAGATCCGCGATGATTGCT  950

seq1  AGGAAAGAAAAATATAGGTATCAGACATGATTGAACCAAACAGATCTCAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGAAAGAAAAATATAGGTATCAGACATGATTGAACCAAACAGATCTC-A  999

seq1  AGAAACAAAGGAAATG-CCCCTCAGTAGATTT-AATTTGTATAAGTGGGT  1048
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||   ||||
seq2  AGAAAC-AAGGAAATGCCCCCTCAGTAGATTTAAATTTGTATAGTGGGGT  1048

seq1  GGTAAATGTTCAC-ATATAAA  1068
      ||||||||||||| |||||||
seq2  GGTAAATGTTCACAATATAAA  1069


seq1: chr1_128111876_128112685
seq2: B6Ng01-282M10.g_69_878 (reverse)

seq1  ATACTGCCCCTTTTCTTTAGGTTTCTCTGGTACCTCACTCCATTGCCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCCCCTTTTCTTTAGGTTTCTCTGGTACCTCACTCCATTGCCACT  50

seq1  CGCTCACACCATTACCCAGGCTCCTTTGCTGGCTCTCCTTGAGCTCTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCACACCATTACCCAGGCTCCTTTGCTGGCTCTCCTTGAGCTCTGCA  100

seq1  AGTTCACTACAGGAGAGGCTCCCAGGGCTCTGTCCTAGACCCTCCTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACTACAGGAGAGGCTCCCAGGGCTCTGTCCTAGACCCTCCTCACA  150

seq1  TCCACATTCACACTGAATTTCTCAAGTGACTTCTTTTGGTCCCATCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATTCACACTGAATTTCTCAAGTGACTTCTTTTGGTCCCATCCTGC  200

seq1  AGAATGTCATCTCTGTGCTGATGCTCTCAGATCCACCCTCGCAGCCTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCATCTCTGTGCTGATGCTCTCAGATCCACCCTCGCAGCCTTAA  250

seq1  CCTGAATTCTGTGTATTCATCATGCTCCTTAGCACTGTCATTCAGGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATTCTGTGTATTCATCATGCTCCTTAGCACTGTCATTCAGGTGCT  300

seq1  GAATATGTGTCCCAAGGTGGACCATACAAGGGGCTGATTACATCATTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGTGTCCCAAGGTGGACCATACAAGGGGCTGATTACATCATTAGT  350

seq1  TCCTATAAGCCACCTCTCCTTCAAGTCTGGCCTCTTTCAGATAATGACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAAGCCACCTCTCCTTCAAGTCTGGCCTCTTTCAGATAATGACAT  400

seq1  CACTCTCAGAAGTGGAGAATAAAACAATCTGAGGTTGTTTGATTGTCCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCAGAAGTGGAGAATAAAACAATCTGAGGTTGTTTGATTGTCCGG  450

seq1  TTCGCCTCGTATACTTCATCCACCCCATCAGCGATTCCTATAGGATTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCCTCGTATACTTCATCCACCCCATCAGCGATTCCTATAGGATTTAA  500

seq1  TGTGGTCATGGAGATGTGTGCCACTGCATGTGGGTTTTACCCAGCTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCATGGAGATGTGTGCCACTGCATGTGGGTTTTACCCAGCTTCTG  550

seq1  GAGATAATGAGCTTATCTCATGAGGCTTTTGCAGCAAGAACTTTTACCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATGAGCTTATCTCATGAGGCTTTTGCAGCAAGAACTTTTACCCT  600

seq1  CTGACCTATCTTCCCAACTCCTGGATGGATTTAGTACATGTTCTGTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTATCTTCCCAACTCCTGGATGGATTTAGTACATGTTCTGTTCTT  650

seq1  GCATTAATAAATGTCCACTTGGAATTTCCTAAGGAATGGAGACTAGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAATAAATGTCCACTTGGAATTTCCTAAGGAATGGAGACTAGAAAA  700

seq1  TGAATTGTGCACAGAAGAGCTCATGAGACTTAGACCTCCAATCCCATGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGTGCACAGAAGAGCTCATGAGACTTAGACCTCCAATCCCATGGC  750

seq1  TCCCTGTGCAATGCTGGTAAGACCAAGAAAGACATTTTGCAGTGAAATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGCAATGCTGGTAAGACCAAGAAAGACATTTTGCAGTGAAATCT  800

seq1  ATAGGAATTC  810
      ||||||||||
seq2  ATAGGAATTC  810


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |