BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283E08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 63,520,843 - 63,704,530
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdam23, Gm215
Upstream genePard3b, LOC667592, Nrp2, LOC100043070, A430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638
Downstream geneMdh1b, Fastkd2, 4933402D24Rik, LOC671842, OTTMUSG00000013918, Klf7, Ppia-ps1_583.1, LOC100043124, Creb1, 2310038H17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283E08.bB6Ng01-283E08.g
ACCGA082275GA082276
length8151,090
definitionB6Ng01-283E08.b B6Ng01-283E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,520,843 - 63,521,656)(63,703,443 - 63,704,530)
sequence
gaattccggccagcctcagttacttggtaaatttgagtctagcctgactg
cttaagaacctgtctcaaagctgagcatggtgccacacgacttcaaccag
cacttggcaggcagagaccagtagatctcagagttctaggacagccaggg
ctgcacagaaaaaccttgtctcagaagaacaaacaaacaaacaatcaaac
ctgcctcaaagataaaaaagacatgcataaatagacatgaacacagagta
tgaaggactcacttggcttcattatattgaatatttcaagtttaaaaaaa
ccttaaaactacataattttgttaacaaaaatctcataaaatgaatgcca
tagctgatttcagaaattaaagtctgtttatatgtggtgtcaagggcagc
atagggggaagggatgatgggggaagaagcctccaccagccgtggccgag
tgcagaatccgtgctctgtgcaccggggcatcgtgaagaagagtgggaag
atgcgcagggagcaagaaaatggcatcatttaaaatggatgcagcgtatt
gagtgaattcacagggtttttgttttttatatgagcaaagaagatcagta
tatggaagaaatcttattttatagaaaaatgtgcagcctgcctgttaaaa
acgaagtaagttaaaatgttaaaacaagtgtgttgataaagataacgaac
tagattttttttttaaacccctgtggaaaacaggctgtgttgttgctagt
gtggctgaacctcagtggttctggagagtaatgagttcatgtatatggag
ggtgatggtggtggg
gaattcaatgtgtgacccaggctagcctcttaactaaccacccattttat
ttcacctacacagtgctgaaattacagatgtattcccaccacttctgatg
taaactataatttttgggtgtgtgtgcatatatatatatgcacgcacaca
cacacacacactcatataatatgtgtacagatgcccatgtgttttggggc
acaatcacatgtcaatatggagggcagaggaaaacttcaagtgttattct
ctagacactgtccaaatttttcctttaaaatgttgtatttatttatttgc
atgtgtatggggttttgtctgcagtgccatatgcatgcccagtgttcatg
tattccagaaggggacattggatcccatgaaactggtgttgcaatgtttg
tgagctgccagggtgctgagaatcgaacccctgtcctctggaagaaccca
gtgctcttaaccatttagccatttctccagtgccccctccccttgtttgt
gatagttctctctcaactggcctgaaacttgccaaataacgttgctgtct
atccagccaatgagcccaagagcctctgtctctttcccagtgctgggatg
aaggtacatgccctcacactgggctatttaaatgaggggttgaaattcag
acggagagcctcttgtgtgtaaggcaagcaactctacccactgagctttc
ctccaaccccacaagccatcattttgatagcttgctcgcatccttctcag
gagcattagcaagtgtgcattcttagaatcagggtgaaggaaaatacaaa
ctgctggagtttgctaggagctggaacagacagagaagcccttggcctca
tccagcagcatggggcctttttactgtgacttactttcttcacctcattg
cacaaaagcctgtctttcactctctcaacataatatttgtggggacagaa
tcaacagaggggattcaagggctgtacaacaactaaaattcaccttaaac
tctttgtatatatctgatctactccaggtataataaataatggctagacc
ccccagaatagcattatgtagtttcagctggatcgggtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_63520843_63521656
seq2: B6Ng01-283E08.b_47_860

seq1  GAATTCCGGCCAGCCTCAGTTACTTGGTAAATTTGAGTCTAGCCTGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGGCCAGCCTCAGTTACTTGGTAAATTTGAGTCTAGCCTGACTG  50

seq1  CTTAAGAACCTGTCTCAAAGCTGAGCATGGTGCCACACGACTTCAACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGAACCTGTCTCAAAGCTGAGCATGGTGCCACACGACTTCAACCAG  100

seq1  CACTTGGCAGGCAGAGACCAGTAGATCTCAGAGTTCTAGGACAGCCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGCAGGCAGAGACCAGTAGATCTCAGAGTTCTAGGACAGCCAGGG  150

seq1  CTGCACAGAAAAACCTTGTCTCAGAAGAACAAACAAACAAACAATCAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGAAAAACCTTGTCTCAGAAGAACAAACAAACAAACAATCAAAC  200

seq1  CTGCCTCAAAGATAAAAAAGACATGCATAAATAGACATGAACACAGAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAAAGATAAAAAAGACATGCATAAATAGACATGAACACAGAGTA  250

seq1  TGAAGGACTCACTTGGCTTCATTATATTGAATATTTCAAGTTTAAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACTCACTTGGCTTCATTATATTGAATATTTCAAGTTTAAAAAAA  300

seq1  CCTTAAAACTACATAATTTTGTTAACAAAAATCTCATAAAATGAATGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAACTACATAATTTTGTTAACAAAAATCTCATAAAATGAATGCCA  350

seq1  TAGCTGATTTCAGAAATTAAAGTCTGTTTATATGTGGTGTCAAGGGCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGATTTCAGAAATTAAAGTCTGTTTATATGTGGTGTCAAGGGCAGC  400

seq1  ATAGGGGGAAGGGATGATGGGGGAAGAAGCCTCCACCAGCCGTGGCCGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGGAAGGGATGATGGGGGAAGAAGCCTCCACCAGCCGTGGCCGAG  450

seq1  TGCAGAATCCGTGCTCTGTGCACCGGGGCATCGTGAAGAAGAGTGGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATCCGTGCTCTGTGCACCGGGGCATCGTGAAGAAGAGTGGGAAG  500

seq1  ATGCGCAGGGAGCAAGAAAATGGCATCATTTAAAATGGATGCAGCGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCAGGGAGCAAGAAAATGGCATCATTTAAAATGGATGCAGCGTATT  550

seq1  GAGTGAATTCACAGGGTTTTTGTTTTTTATATGAGCAAAGAAGATCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATTCACAGGGTTTTTGTTTTTTATATGAGCAAAGAAGATCAGTA  600

seq1  TATGGAAGAAATCTTATTTTATAGAAAAATGTGCAGCCTGCCTGTTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAGAAATCTTATTTTATAGAAAAATGTGCAGCCTGCCTGTTAAAA  650

seq1  ACGAAGTAAGTTAAAATGTTAAAACAAGTGTGTTGATAAAGATAACGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGTAAGTTAAAATGTTAAAACAAGTGTGTTGATAAAGATAACGAAC  700

seq1  TAGATTTTTTTTTTAAACCCCTGTGGAAAACAGGCTGTGTTGTTGCTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTTTTTTTAAACCCCTGTGGAAAACAGGCTGTGTTGTTGCTAGT  750

seq1  GTGGCTGAACCTCAGTGGTTCTGGAGAGTAATGAGTTCATGTATATGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGAACCTCAGTGGTTCTGGAGAGTAATGAGTTCATGTATATGGAG  800

seq1  GGTGATGGTGGTGG  814
      ||||||||||||||
seq2  GGTGATGGTGGTGG  814

seq1: chr1_63703443_63704530
seq2: B6Ng01-283E08.g_65_1154 (reverse)

seq1  ATACCCGGACCAAGCTGAAAACTACATAATGCTA-TCT-GGGGGTCTAGC  48
      |||||| || | ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  ATACCC-GATCCAGCTG-AAACTACATAATGCTATTCTGGGGGGTCTAGC  48

seq1  CA-TATTTATTATACCTGGAGTAGATCAGATATAATACAAAGAGTTTAA-  96
      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CATTATTTATTATACCTGGAGTAGATCAGATAT-ATACAAAGAGTTTAAG  97

seq1  GTGAATTTTAG-TGTTGTACAGCCCTTGAAATCCCCTCTGTTGATCTTGT  145
      ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||
seq2  GTGAATTTTAGTTGTTGTACAGCCCTTG-AATCCCCTCTGTTGATTCTGT  146

seq1  CCCCACAAATATTATGTTGAGAGAGTGAAAGACAGGCTTTTGTGCAATGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAAATATTATGTTGAGAGAGTGAAAGACAGGCTTTTGTGCAATGA  196

seq1  GGTGAAGAAAGTAAGTCACAGTAAAAAGGCCCCATGCTGCTGGATGAGGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAGAAAGTAAGTCACAGTAAAAAGGCCCCATGCTGCTGGATGAGGC  246

seq1  CAA-GGCTTCTCTGTCTGTTCCAGCTCCTAGCAAACTCCAGCAGTTTGTA  294
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCTTCTCTGTCTGTTCCAGCTCCTAGCAAACTCCAGCAGTTTGTA  296

seq1  TTTTCCTTCACCCTGATTCTAAGAATGCACACTTGCTAATGCTCCTGAGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTCACCCTGATTCTAAGAATGCACACTTGCTAATGCTCCTGAGA  346

seq1  AGGATGCGAGCAAGCTATCAAAATGATGGCTTGTGGGGTTGGAGGAAAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCGAGCAAGCTATCAAAATGATGGCTTGTGGGGTTGGAGGAAAGC  396

seq1  TCAGTGGGTAGAGTTGCTTGCCTTACACACAAGAGGCTCTCCGTCTGAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGTAGAGTTGCTTGCCTTACACACAAGAGGCTCTCCGTCTGAAT  446

seq1  TTCAACCCCTCATTTAAATAGCCCAGTGTGAGGGCATGTACCTTCATCCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCCCTCATTTAAATAGCCCAGTGTGAGGGCATGTACCTTCATCCC  496

seq1  AGCACTGGGAAAGAGACAGAGGCTCTTGGGCTCATTGGCTGGATAGACAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGGAAAGAGACAGAGGCTCTTGGGCTCATTGGCTGGATAGACAG  546

seq1  CAACGTTATTTGGCAAGTTTCAGGCCAGTTGAGAGAGAACTATCACAAAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTATTTGGCAAGTTTCAGGCCAGTTGAGAGAGAACTATCACAAAC  596

seq1  AAGGGGAGGGGGCACTGGAGAAATGGCTAAATGGTTAAGAGCACTGGGTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAGGGGGCACTGGAGAAATGGCTAAATGGTTAAGAGCACTGGGTT  646

seq1  CTTCCAGAGGACAGGGGTTCGATTCTCAGCACCCTGGCAGCTCACAAACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGGACAGGGGTTCGATTCTCAGCACCCTGGCAGCTCACAAACA  696

seq1  TTGCAACACCAGTTTCATGGGATCCAATGTCCCCTTCTGGAATACATGAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACACCAGTTTCATGGGATCCAATGTCCCCTTCTGGAATACATGAA  746

seq1  CACTGGGCATGCATATGGCACTGCAGACAAAACCCCATACACATGCAAAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGCATGCATATGGCACTGCAGACAAAACCCCATACACATGCAAAT  796

seq1  AAATAAATACAACATTTTAAAGGAAAAATTTGGACAGTGTCTAGAGAATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATACAACATTTTAAAGGAAAAATTTGGACAGTGTCTAGAGAATA  846

seq1  ACACTTGAAGTTTTCCTCTGCCCTCCATATTGACATGTGATTGTGCCCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGAAGTTTTCCTCTGCCCTCCATATTGACATGTGATTGTGCCCCA  896

seq1  AAACACATGGGCATCTGTACACATATTATATGAGTGTGTGTGTGTGTGTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATGGGCATCTGTACACATATTATATGAGTGTGTGTGTGTGTGTG  946

seq1  CGTGCATATATATATATGCACACACACCCAAAAATTATAGTTTACATCAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATATATATATATGCACACACACCCAAAAATTATAGTTTACATCAG  996

seq1  AAGTGGTGGGAATACATCTGTAATTTCAGCACTGTGTAGGTGAAATAAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTGGGAATACATCTGTAATTTCAGCACTGTGTAGGTGAAATAAAA  1046

seq1  TGGGTGGTTAGTTAAGAGGCTAGCCTGGGTCACACATTGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTTAGTTAAGAGGCTAGCCTGGGTCACACATTGAATTC  1090