BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284A01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 38,152,601 - 38,271,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRev1, EG329123, Aff3
Upstream gene4921511C04Rik, Cnga3, Inpp4a, 6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik, Tsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776, 2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b
Downstream geneLonrf2, Chst10, EG625775, Nms, Pdcl3, Npas2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284A01.bB6Ng01-284A01.g
ACCGA082816GA082817
length1,1211,083
definitionB6Ng01-284A01.b B6Ng01-284A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,270,628 - 38,271,741)(38,152,601 - 38,153,670)
sequence
gaattcttggataaagcaggttaagtctgtgtctttatattggatagccc
ccgacctagatattgcactaaacctttttttttcccttgcggctcttccg
tagtggatctgaccaatgcagatcttcaaggaagacttgaacagaaagta
tgtgttagtaaagaacactatagattcttctttacaaccagcagaggaag
catggagtgtgttcctcatgccgatggatgcacagcctcttgttaatcac
atttctcaggggcacatggtggtgtgtgctgcaaagaagtagacaaggtg
ggggtgtgcttggagaccttgtatatgaatcatgcagaagaccaaccagg
gaagagagctgtagctgtgcatgcaaggcagtgaacccccaggagacaga
cacaaaccccaggcagaaacctcagtagtgcctcagcacacggttgtggg
ataggatttgaagtctcggctttgtcttcccctgatgacctgttgtttga
gattccatggccagaatgacctcccctccacccaccatgtgagcttcagc
tacagcgcgcctctctcatctttgaggaacagaggtatatgcagttcttc
tgagagcagaggcgtcgccacaagctcccaggcctggcataactgttgca
aggcataaaaaggatcaggtcctagcctgaaagcagtgtacacgatgttg
aagctacaaatcacaaacccaggaacaaacaccagaaagactatgctgct
tggtgaggtagaggccaacagacatgtttcgcgggagtcatgttttctcc
aagaattctgtctaaaactctctctcatttggggttcaggattgacattt
cttaaaaggttgggaatcccttacataaggctactcagagagtgctggag
gaggggaggcagcttgtgtggagaaccctgttctgtaccacctggtaggc
aagcatgaagttactaggaaccaggcagccttggcatctcacagagcacc
tctaagccctcatccacagttacaggtagcatttccttatctgccaagat
taattgaatgatgtatgccaagccggaggcatgcgtagatgcctcctagc
caatgattaatgaatcccagg
gaattcaggaagaactggtaaagaggcagtaactgtaatcatggaatcta
gctgtcagcaggtaagccctctccccggctgcctactgtcaactgtccct
cagactttccaaatcaaagtgtcataaattcagattcacactccagccat
ggtcactgacagaactgtccgtgatgacattcttcttctctggagtgaag
ctaacttcgtaccctgagagcttcacgtgagtcttataaggagacacagg
gctaaaagccacatattcatccataacagaacacagcatgagagaaggct
ttagagggatggtgtagggacaggccttcacatttaatccttcaaagttt
acagatcttttatagtctgacagatatgtctgactttctagaagtaataa
gacattattgaacttttagaatttattgaggtttatagagtaagttaatt
acagtacttcttatacagtacgcctctataacacacccactatgcttagt
ctgcacaagtgatttctagctttcataaaaccacaacagatacattcaca
tctgtctttctttatttactaattctgttagagagtaggagagagactgt
gtgtgtgcacgtgagaacggctggcagcagtcagattctgacctctattg
tgaggatccacactgaccaaacttgggttctcagagtcgtcaatgaccac
ctttctctactgagccaactctttggaacccacattctttcacaaaagag
gaagtaaacatttcaggtaaatatatagtttctaaatccaaattatatgg
acagaaaactattaaatttggacatgaacccaaagttatccccagagtcc
caaggaccatccttttctactctcaagctgcttctcatgttttaacaatt
tatgccacttcattcactatataatgatgcatcaactccggtggagtatg
ttcatggatttctgtaaaattagttaaggctatgattacagaaaaaaaag
gattgggggaatgggagaagatgactttattcagttaaaaacatgttact
tactgcttgcggagggatctcatgccctcttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_38270628_38271741
seq2: B6Ng01-284A01.b_44_1164 (reverse)

seq1  CCTGGGA-TCATTTATCATT-GCTAG--AGCATCTACGCATGCCTCCCGC  46
      ||||||| ||||| |||||| |||||   |||||||||||||||||| ||
seq2  CCTGGGATTCATTAATCATTGGCTAGGAGGCATCTACGCATGCCTCCGGC  50

seq1  TTTGCATACATCATCCAATTTAATCTTTGCAGATAA-GAAATGCTACCTG  95
      || ||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TTGGCATACATCATTCAA-TTAATCTTGGCAGATAAGGAAATGCTACCTG  99

seq1  TAACTTGTGGATGA-GGCTTAGAGGTGCTCTGTGAGATGCCAAGGCTGCC  144
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAC-TGTGGATGAGGGCTTAGAGGTGCTCTGTGAGATGCCAAGGCTGCC  148

seq1  TGGTTCCTAGTAACTTCATGCTTGCCTACCAGGT-GTACAGAACA-GGTT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TGGTTCCTAGTAACTTCATGCTTGCCTACCAGGTGGTACAGAACAGGGTT  198

seq1  CTCCACACAAGCTGCCTCCCCTCCTCCAGCACTCTCTGAGTAGCCTTATG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACACAAGCTGCCTCCCCTCCTCCAGCACTCTCTGAGTAGCCTTATG  248

seq1  TAAGGGATT-CCAACCTTTTAAGAAATGTCAATCCTGAACCCCAAATGAG  291
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGATTCCCAACCTTTTAAGAAATGTCAATCCTGAACCCCAAATGAG  298

seq1  AGAGAGTTTTAGACAGAATTCTTGGAGAAAACATGACTCCCGCGAAACAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTTTAGACAGAATTCTTGGAGAAAACATGACTCCCGCGAAACAT  348

seq1  GTCTGTTGGCCTCTACCTCACCAAGCAGCATAGTCTTTCTGGTGTTTGTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGGCCTCTACCTCACCAAGCAGCATAGTCTTTCTGGTGTTTGTT  398

seq1  CCTGGGTTTGTGATTTGTAGCTTCAACATCGTGTACACTGCTTTCAGGCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTTGTGATTTGTAGCTTCAACATCGTGTACACTGCTTTCAGGCT  448

seq1  AGGACCTGATCCTTTTTATGCCTTGCAACAGTTATGCCAGGCCTGGGAGC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGATCCTTTTTATGCCTTGCAACAGTTATGCCAGGCCTGGGAGC  498

seq1  TTGTGGCGACGCCTCTGCTCTCAGAAGAACTGCATATACCTCTGTTCCTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCGACGCCTCTGCTCTCAGAAGAACTGCATATACCTCTGTTCCTC  548

seq1  AAAGATGAGAGAGGCGCGCTGTAGCTGAAGCTCACATGGTGGGTGGAGGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGAGAGAGGCGCGCTGTAGCTGAAGCTCACATGGTGGGTGGAGGG  598

seq1  GAGGTCATTCTGGCCATGGAATCTCAAACAACAGGTCATCAGGGGAAGAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCATTCTGGCCATGGAATCTCAAACAACAGGTCATCAGGGGAAGAC  648

seq1  AAAGCCGAGACTTCAAATCCTATCCCACAACCGTGTGCTGAGGCACTACT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCGAGACTTCAAATCCTATCCCACAACCGTGTGCTGAGGCACTACT  698

seq1  GAGGTTTCTGCCTGGGGTTTGTGTCTGTCTCCTGGGGGTTCACTGCCTTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTCTGCCTGGGGTTTGTGTCTGTCTCCTGGGGGTTCACTGCCTTG  748

seq1  CATGCACAGCTACAGCTCTCTTCCCTGGTTGGTCTTCTGCATGATTCATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACAGCTACAGCTCTCTTCCCTGGTTGGTCTTCTGCATGATTCATA  798

seq1  TACAAGGTCTCCAAGCACACCCCCACCTTGTCTACTTCTTTGCAGCACAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGTCTCCAAGCACACCCCCACCTTGTCTACTTCTTTGCAGCACAC  848

seq1  ACCACCATGTGCCCCTGAGAAATGTGATTAACAAGAGGCTGTGCATCCAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCATGTGCCCCTGAGAAATGTGATTAACAAGAGGCTGTGCATCCAT  898

seq1  CGGCATGAGGAACACACTCCATGCTTCCTCTGCTGGTTGTAAAGAAGAAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATGAGGAACACACTCCATGCTTCCTCTGCTGGTTGTAAAGAAGAAT  948

seq1  CTATAGTGTTCTTTACTAACACATACTTTCTGTTCAAGTCTTCCTTGAAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTGTTCTTTACTAACACATACTTTCTGTTCAAGTCTTCCTTGAAG  998

seq1  ATCTGCATTGGTCAGATCCACTACGGAAGAGCCGCAAGGGAAAAAAAAAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATTGGTCAGATCCACTACGGAAGAGCCGCAAGGGAAAAAAAAAG  1048

seq1  GTTTAGTGCAATATCTAGGTCGGGGGCTATCCAATATAAAGACACAGACT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTGCAATATCTAGGTCGGGGGCTATCCAATATAAAGACACAGACT  1098

seq1  TAACCTGCTTTATCCAAGAATTC  1114
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGCTTTATCCAAGAATTC  1121

seq1: chr1_38152601_38153670
seq2: B6Ng01-284A01.g_66_1148

seq1  GAATTCAGGAAGAACTGGTAAAGAGGCAGTAACTGTAATCATGGAATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAAGAACTGGTAAAGAGGCAGTAACTGTAATCATGGAATCTA  50

seq1  GCTGTCAGCAGGTAAGCCCTCTCCCCGGCTGCCTACTGTCAACTGTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAGCAGGTAAGCCCTCTCCCCGGCTGCCTACTGTCAACTGTCCCT  100

seq1  CAGACTTTCCAAATCAAAGTGTCATAAATTCAGATTCACACTCCAGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTCCAAATCAAAGTGTCATAAATTCAGATTCACACTCCAGCCAT  150

seq1  GGTCACTGACAGAACTGTCCGTGATGACATTCTTCTTCTCTGGAGTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTGACAGAACTGTCCGTGATGACATTCTTCTTCTCTGGAGTGAAG  200

seq1  CTAACTTCGTACCCTGAGAGCTTCACGTGAGTCTTATAAGGAGACACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTCGTACCCTGAGAGCTTCACGTGAGTCTTATAAGGAGACACAGG  250

seq1  GCTAAAAGCCACATATTCATCCATAACAGAACACAGCATGAGAGAAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAAGCCACATATTCATCCATAACAGAACACAGCATGAGAGAAGGCT  300

seq1  TTAGAGGGATGGTGTAGGGACAGGCCTTCACATTTAATCCTTCAAAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGGATGGTGTAGGGACAGGCCTTCACATTTAATCCTTCAAAGTTT  350

seq1  ACAGATCTTTTATAGTCTGACAGATATGTCTGACTTTCTAGAAGTAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTTTTATAGTCTGACAGATATGTCTGACTTTCTAGAAGTAATAA  400

seq1  GACATTATTGAACTTTTAGAATTTATTGAGGTTTATAGAGTAAGTTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTATTGAACTTTTAGAATTTATTGAGGTTTATAGAGTAAGTTAATT  450

seq1  ACAGTACTTCTTATACAGTACGCCTCTATAACACACCCACTATGCTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACTTCTTATACAGTACGCCTCTATAACACACCCACTATGCTTAGT  500

seq1  CTGCACAAGTGATTTCTAGCTTTCATAAAACCACAACAGATACATTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAAGTGATTTCTAGCTTTCATAAAACCACAACAGATACATTCACA  550

seq1  TCTGTCTTTCTTTATTTACTAATTCTGTTAGAGAGTAGGAGAGAGACTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTTCTTTATTTACTAATTCTGTTAGAGAGTAGGAGAGAGACTGT  600

seq1  GTGTGTGCACGTGAGAACGGCTGGCAGCAGTCAGATTCTGACCTCTATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCACGTGAGAACGGCTGGCAGCAGTCAGATTCTGACCTCTATTG  650

seq1  TGAGGATCCACACTGACCAAACTTGGGTTCTCAGAGTCGTCAATGACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATCCACACTGACCAAACTTGGGTTCTCAGAGTCGTCAATGACCAC  700

seq1  CTTTCTCTACTGAGCCAACTCTTTGGAACCCACATTCTTTCACAAAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTACTGAGCCAACTCTTTGGAACCCACATTCTTTCACAAAAGAG  750

seq1  GAAGTAAACATTTCAGGTAAATATATAGTTTCTAAATCCAAATTATATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAACATTTCAGGTAAATATATAGTTTCTAAATCCAAATTATATGG  800

seq1  ACAGAAAACTATTAAATTTGGACATGAACCCAAAGTTATCCCCAGAGT-C  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAGAAAACTATTAAATTTGGACATGAACCCAAAGTTATCCCCAGAGTCC  850

seq1  CAAGGACCATCC-TTTCTACTCTCAAGCTGCTTCTCATG-TTTAACAATT  897
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAAGGACCATCCTTTTCTACTCTCAAGCTGCTTCTCATGTTTTAACAATT  900

seq1  TATGCCACTTCATTCACTATATAATGATGCATCAACTCC-GTGGAGTATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATGCCACTTCATTCACTATATAATGATGCATCAACTCCGGTGGAGTATG  950

seq1  TTCAT-GATTTCTGTTAAAATTAGTTAAGGCTATGATTACAG-AAAAAAA  994
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCATGGATTTCTG-TAAAATTAGTTAAGGCTATGATTACAGAAAAAAAA  999

seq1  GGATTTGGGGGAT-GGAG-AGATGACTT--ATCAGTTAAAAACATG-TAC  1039
      ||||| |||| || |||| |||||||||   ||||||||||||||| |||
seq2  GGATTGGGGGAATGGGAGAAGATGACTTTATTCAGTTAAAAACATGTTAC  1049

seq1  -TAGTG-TTGCAGA-GGATCTCATGCCCTCTTCT  1070
       || || |||| || |||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTTGCGGAGGGATCTCATGCCCTCTTCT  1083