BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284N24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 141,238,954 - 141,370,266
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrb1, Zbtb41, Aspm
Upstream geneLOC100042600, Nek7, LOC545363, LOC667745, Lhx9, 2310009B15Rik, 1700019P21Rik, LOC100042623, Dennd1b
Downstream geneF13b, Cfhr1, EG624286, EG214403, BC026782, LOC545399, EG545367, Cfh, Kcnt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284N24.bB6Ng01-284N24.g
ACCGA083469GA083470
length1,1451,144
definitionB6Ng01-284N24.b B6Ng01-284N24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,238,954 - 141,240,095)(141,369,126 - 141,370,266)
sequence
gaattctcatttaaggcttgctatgaaattcttactttgacctcttttgg
taaaatgaagcagaacaaatcagcagaagaaaaccactcactttgatcca
cggtgtggcagaatccacatggaatacttgaactaagatgtagatgggtt
ctttgaagacagtcccttccccctgaatttctgctgcatcctaaaatgct
aggcagtcactctcatatatgccgttatctctatacatgttcattgtctc
aaataccagcctgagaccaatataatgtaatgggaagagtacagacatat
ggatagatggattgaaatattggttcaaccaacgtccatctctgtgactc
taaggaaactggtcatcatcacagtgccccagtttctttatttttaatag
ggataactaatagccaagtgcacagcaggtggccaaatgggttttgaatc
gtagacttacatgtcggctctgctacttactgacctctatggggcttttc
atgaaaatactaatatgcctcaggtttcatttctgtaaaaatggcactat
tccataatatcaaacccctaacagtgcttggcataaatgagcattatttg
tatcttactaatagtaaaaatgttattagtattcttgctgtttttaatcc
caaagaacagaattaatgatgtacatgaaggtccttgaaaaaaattttag
ccactaaagagtttttaatcagtagcatttgcttgaccatgcaaggtcca
aagtccaaacaccttaggatcccctctgttaatgaaagaaattcaattta
catagttggtgcctgataaatcacacttcaaggaacaaattcaaggaagg
tgactttatgatatgcaaaagagcatttctgtgttttgagagttctaaag
ggtacaggcttattgctactgttatcccctgaaaaccaaacagcatattc
tatctaggcagagctggaacctccaaactttctactgctaattcacaggc
aaactctgatgtgcaacttcattgcttcagcttggggagactgtggccag
atttcactggtggtatcttgcacctcagagtcctatttctattattcact
tctttagagggtccataggaagttaaaaaagcttcctataaatat
gaattcaataccactgaaccagtctgtgcgcaggccacggactgactggt
gcgctggcatatagcatcgaaaggcacatagcacgggtggtaatggtgga
tcaaatagcatagtatgcggccatctgagaaagacactgtaaaattctcc
acctgagcacaaacatcagagaagcaatcagttagttaaaaagtcaggtt
tgattacagtattactatcctttgttggacagcatctctcaaaacagcgt
tacccttcccagaacctgagaatctgactttagttgaagaacaaaaacag
acaggtagacacacagaacactacatgatgacaaaggcagaaactgaact
aaagctgcttcaagccaaaaccaaatagaacctaaaagtggggcagggga
gaacggccttcagtgagactatggactggcaactccttgtttttagaaat
ctggcttctacaactttgagagagtaaaactgtatgtcgcgtcacctagc
ccacagtaatgtgtctggcagtctttggaaaactgtaagaattacagtca
atcgccaatactcataaatatcaaatttggaaaaaaaaatgaaccagtct
cttaatggaaaaatcaggtgaagctccaaaattcccatcagtcataaagg
aattggcttatgtgttttcaggatgcagtgacattaatctcacggccaac
agcaccaggacagatgccaaaatgaagctcacttaacaagtcattaacct
gaaacaagatggccttccttaggaatgctactgggcggttcagcgctaca
gttgaggatcttaaacaaggaaatcaaagaaaagcagaaaacacagtaag
cgcatacaccatgaacatgacagaaagaaaggcagtgtcatcaatcagcc
tcagcggaggacgggccctcaacacctgcagtgagcaagcagacaggcta
cgatgatcgaactctgaaagaaatgaatttcagccacttactgaattcac
aggtaataaccagtcacatctctgacccctttaggattgataaaacccag
aaaggccaccattacagcctaacaatgtttctagtgtcgatgtcttttgg
aggtgtacaacttatgagtgtcctaggtaatgcaatgtgtacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_141238954_141240095
seq2: B6Ng01-284N24.b_46_1190

seq1  GAATTCTCATTTAAGGCTTGCTATGAAATTCTTACTTTGACCTCTTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTAAGGCTTGCTATGAAATTCTTACTTTGACCTCTTTTGG  50

seq1  TAAAATGAAGCAGAACAAATCAGCAGAAGAAAACCACTCACTTTGATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGAAGCAGAACAAATCAGCAGAAGAAAACCACTCACTTTGATCCA  100

seq1  CGGTGTGGCAGAATCCACATGGAATACTTGAACTAAGATGTAGATGGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTGGCAGAATCCACATGGAATACTTGAACTAAGATGTAGATGGGTT  150

seq1  CTTTGAAGACAGTCCCTTCCCCCTGAATTTCTGCTGCATCCTAAAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAGACAGTCCCTTCCCCCTGAATTTCTGCTGCATCCTAAAATGCT  200

seq1  AGGCAGTCACTCTCATATATGCCGTTATCTCTATACATGTTCATTGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTCACTCTCATATATGCCGTTATCTCTATACATGTTCATTGTCTC  250

seq1  AAATACCAGCCTGAGACCAATATAATGTAATGGGAAGAGTACAGACATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCAGCCTGAGACCAATATAATGTAATGGGAAGAGTACAGACATAT  300

seq1  GGATAGATGGATTGAAATATTGGTTCAACCAACGTCCATCTCTGTGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGATGGATTGAAATATTGGTTCAACCAACGTCCATCTCTGTGACTC  350

seq1  TAAGGAAACTGGTCATCATCACAGTGCCCCAGTTTCTTTATTTTTAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAACTGGTCATCATCACAGTGCCCCAGTTTCTTTATTTTTAATAG  400

seq1  GGATAACTAATAGCCAAGTGCACAGCAGGTGGCCAAATGGGTTTTGAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTAATAGCCAAGTGCACAGCAGGTGGCCAAATGGGTTTTGAATC  450

seq1  GTAGACTTACATGTCGGCTCTGCTACTTACTGACCTCTATGGGGCTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACTTACATGTCGGCTCTGCTACTTACTGACCTCTATGGGGCTTTTC  500

seq1  ATGAAAATACTAATATGCCTCAGGTTTCATTTCTGTAAAAATGGCACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATACTAATATGCCTCAGGTTTCATTTCTGTAAAAATGGCACTAT  550

seq1  TCCATAATATCAAACCCCTAACAGTGCTTGGCATAAATGAGCATTATTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAATATCAAACCCCTAACAGTGCTTGGCATAAATGAGCATTATTTG  600

seq1  TATCTTACTAATAGTAAAAATGTTATTAGTATTCTTGCTGTTTTTAATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTACTAATAGTAAAAATGTTATTAGTATTCTTGCTGTTTTTAATCC  650

seq1  CAAAGAACAGAATTAATGATGTACATGAAGGTCCTTGAAAAAAATTTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACAGAATTAATGATGTACATGAAGGTCCTTGAAAAAAATTTTAG  700

seq1  CCACTAAAGAGTTTTTAATCAGTAGCATTTGCTTGACCATGCAAGGTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAAAGAGTTTTTAATCAGTAGCATTTGCTTGACCATGCAAGGTCCA  750

seq1  AAGTCCAAACACCTTAGGATCCCCTCTGTTAATGAAAGAAATTCAATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAAACACCTTAGGATCCCCTCTGTTAATGAAAGAAATTCAATTTA  800

seq1  CATAGTTGGTGCCTGATAAATCACACTTCAAGGAACAAATTCAAGGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTGGTGCCTGATAAATCACACTTCAAGGAACAAATTCAAGGAAGG  850

seq1  TGACTTTATGATATGCAAAAGAGCA-TTCTGTGTTTTGAGAGTTCT-AAG  898
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACTTTATGATATGCAAAAGAGCATTTCTGTGTTTTGAGAGTTCTAAAG  900

seq1  GGTACAGGCTTATTGCTACTGTTATCCCCTGAAAACCAAACAGCATATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGGCTTATTGCTACTGTTATCCCCTGAAAACCAAACAGCATATTC  950

seq1  TATCTAGGCAGAGGCTGGAACCTCCAAACTTCCTACTGCTAATTCACAGG  998
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGGCAGA-GCTGGAACCTCCAAACTTTCTACTGCTAATTCACAGG  999

seq1  CAAACTCTGATGTGCAACTTCATTGCTCCAGC-TGGGGAGACTGTGGCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CAAACTCTGATGTGCAACTTCATTGCTTCAGCTTGGGGAGACTGTGGCCA  1049

seq1  GAATTCACTGGTGGTATC-TGCACCTCAGAGTCCTA-TTCTATTA-TCAC  1094
      || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GATTTCACTGGTGGTATCTTGCACCTCAGAGTCCTATTTCTATTATTCAC  1099

seq1  TTCTTTAGAGGGCCCATAGGAAAGTTTAAAAAACCTTCCTATAAATAT  1142
      |||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGAGGGTCCATAGGAA--GTTAAAAAAGCTTCCTATAAATAT  1145

seq1: chr1_141369126_141370266
seq2: B6Ng01-284N24.g_65_1208 (reverse)

seq1  TAGTACACATTGCATGTTACTAGGAACATCATAAGTTGTTACACCTC--A  48
      ||||||||||||||| |  ||||||   |||||||||| ||||||||  |
seq2  TAGTACACATTGCAT-TACCTAGGACACTCATAAGTTG-TACACCTCCAA  48

seq1  AAGACATCGACACTAGAAACATTGTTA-GCTGTAATGGTGGCC-TTCTGT  96
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| 
seq2  AAGACATCGACACTAGAAACATTGTTAGGCTGTAATGGTGGCCTTTCTGG  98

seq1  GTTTTAATCAAATCCTAAA-GGGTCAGAGATGTGACTGGTTATTACCTGT  145
      ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTT-ATC-AATCCTAAAGGGGTCAGAGATGTGACTGGTTATTACCTGT  146

seq1  GAATTCAGTAAGTGGCTGAAATTCATTTCTTTCAGAGTTCGATCATCGTA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGTGGCTGAAATTCATTTCTTTCAGAGTTCGATCATCGTA  196

seq1  GCCTGTCTGCTTGCTCACTGCAGGTGTTGA-GGCCCGTCCTCCGCTGAGG  244
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTGCTTGCTCACTGCAGGTGTTGAGGGCCCGTCCTCCGCTGAGG  246

seq1  CTGATTGATGACACTGCC-TTCTTTCTGTCATGTTCATGGTGTATGCGCT  293
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGATGACACTGCCTTTCTTTCTGTCATGTTCATGGTGTATGCGCT  296

seq1  TACTGTGTTTTCTGCTTTTCTTTGATTTCCTTGTTTAAGATCCTCAACTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTTTTCTGCTTTTCTTTGATTTCCTTGTTTAAGATCCTCAACTG  346

seq1  TAGCGCTGAACCGCCCAGTAGCATTCCTAAGGAAGGCCATCTTGTTTCAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGCTGAACCGCCCAGTAGCATTCCTAAGGAAGGCCATCTTGTTTCAG  396

seq1  GTTAATGACTTGTTAAGTGAGCTTCATTTTGGCATCTGTCCTGGTGCTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGACTTGTTAAGTGAGCTTCATTTTGGCATCTGTCCTGGTGCTGT  446

seq1  TGGCCGTGAGATTAATGTCACTGCATCCTGAAAACACATAAGCCAATTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGTGAGATTAATGTCACTGCATCCTGAAAACACATAAGCCAATTCC  496

seq1  TTTATGACTGATGGGAATTTTGGAGCTTCACCTGATTTTTCCATTAAGAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGACTGATGGGAATTTTGGAGCTTCACCTGATTTTTCCATTAAGAG  546

seq1  ACTGGTTCATTTTTTTTTCCAAATTTGATATTTATGAGTATTGGCGATTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTCATTTTTTTTTCCAAATTTGATATTTATGAGTATTGGCGATTG  596

seq1  ACTGTAATTCTTACAGTTTTCCAAAGACTGCCAGACACATTACTGTGGGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATTCTTACAGTTTTCCAAAGACTGCCAGACACATTACTGTGGGC  646

seq1  TAGGTGACGCGACATACAGTTTTACTCTCTCAAAGTTGTAGAAGCCAGAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGACGCGACATACAGTTTTACTCTCTCAAAGTTGTAGAAGCCAGAT  696

seq1  TTCTAAAAACAAGGAGTTGCCAGTCCATAGTCTCACTGAAGGCCGTTCTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAACAAGGAGTTGCCAGTCCATAGTCTCACTGAAGGCCGTTCTC  746

seq1  CCCTGCCCCACTTTTAGGTTCTATTTGGTTTTGGCTTGAAGCAGCTTTAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCCCACTTTTAGGTTCTATTTGGTTTTGGCTTGAAGCAGCTTTAG  796

seq1  TTCAGTTTCTGCCTTTGTCATCATGTAGTGTTCTGTGTGTCTACCTGTCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTCTGCCTTTGTCATCATGTAGTGTTCTGTGTGTCTACCTGTCT  846

seq1  GTTTTTGTTCTTCAACTAAAGTCAGATTCTCAGGTTCTGGGAAGGGTAAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTTCTTCAACTAAAGTCAGATTCTCAGGTTCTGGGAAGGGTAAC  896

seq1  GCTGTTTTGAGAGATGCTGTCCAACAAAGGATAGTAATACTGTAATCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTGAGAGATGCTGTCCAACAAAGGATAGTAATACTGTAATCAAA  946

seq1  CCTGACTTTTTAACTAACTGATTGCTTCTCTGATGTTTGTGCTCAGGTGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTTTTAACTAACTGATTGCTTCTCTGATGTTTGTGCTCAGGTGG  996

seq1  AGAATTTTACAGTGTCTTTCTCAGATGGCCGCATACTATGCTATTTGATC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTTACAGTGTCTTTCTCAGATGGCCGCATACTATGCTATTTGATC  1046

seq1  CACCATTACCACCCGTGCTATGTGCCTTTCGATGCTATATGCCAGCGCAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTACCACCCGTGCTATGTGCCTTTCGATGCTATATGCCAGCGCAC  1096

seq1  CAGTCAGTCCGTGGCCTGCGCACAGACTGGTTCAGTGGTATTGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGTCCGTGGCCTGCGCACAGACTGGTTCAGTGGTATTGAATTC  1144