BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288A05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 22,080,350 - 22,106,720
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040291, Tmem14a, Gsta3, EG632802, EG241041, LOC100040309, Ndg1, BC099381, LOC100040319, AU024076, Kcnq5, D1Mgi28, LOC435612
Downstream geneLOC100040338, Rims1, Rims1, EG665725, LOC665731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288A05.bB6Ng01-288A05.g
ACCGA085786GA085787
length1,1001,135
definitionB6Ng01-288A05.b B6Ng01-288A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,080,350 - 22,081,444)(22,105,585 - 22,106,720)
sequence
gaattctcaacattaacatttctgtacatcctttatattctttgctcata
aagttgtaaatattttgtggataatgggaaccttgtttagcagtactaga
caatattttataaatctaaaaaaataaaagcacagggaggtatcaggtga
ttggattagagtgacagtgattaccatggactcactgcacacacacacac
acacacacacacacacatgcacccatgcacacatcatgcatgtacatgca
caggcacaacacagatacacacacgtgcatacatatacacatgcacaaca
cagacacacacagacacacacacacacatacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacatacacatgttctaagcattaagctcaggtctt
ctgtaagagcaacagattctcaaaccaaactggccctactatatattcag
ataatcttaaaggcaatctaggctttccatatatttacaccctatttctt
ttattgatatcatacaaaagagtcagcattgttataatttggtaagagtg
attcattatcattactgaaaacttatacttgatttggttttcttacttga
tacctaatgttgctactgtgagaaatcatatttattttgtcatcatgtgt
cccatatcctcttgtaaaggaggaagctcaataagacagggcattctaga
gcaatggttctcacactatgggctatgaccttttggtggtcatatcatcc
ttttacagaggtcacctaacaccattgaaaaacacaagtatttaaattat
gactcatagtagtagaaattttataattaaaaagtgtcaaagtaaataat
ttttatgtttggaagttaacacaacatgagggactgtattaaagggccac
agcattaaaaatgttgagagccacttatctagaggactatgaacattcca
accttgtagggaaaccactttaaattcaaggaagtaacactcattggctt
tcagagtcctggaacttgttgctgctactgattcctttcactgatggtat
agaatccactagcagttattcagtaccaaggagaatttctcagattcaac

gaattcaaatgaaggttaaaagagagagagagctgactccacaaacatgt
tctctgacctccacacaaaagtaatggaatatgcatgccttcaacctttc
atacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccaatgcttag
taaatttttgcaaaaacaaaattaatattattttatatatggcagcatga
ttgcacttatgaatcctgttttagtgcagttttttccatagcatattttt
tacatataccttccttcctattctctattcttataaggaggaaaataatg
gtgtttgactatgagataaattttgtttgacataagggagtaatgttaaa
atcaataagttcaattttgagggaaaggattctggctaactgtgaggaac
aatcccagatcttatgagaatagaaccctgaatggagtcaagatatataa
tacctatgaaagacactgggaggctgggaatacagccttatggtagaaca
catgcctaaagcagtggatttgttccctatcaataccaaaatgagcgaat
gaattaagaaataaatatattgctaatgttgtaatgattcaagctgttag
tgttttttgtttttgtttaagatttatttctttgttttatgtatatgagt
ttattgctgctgtcttcagacacaccagaagagggcatgggatcccattg
cagatggtgagcaactatatgattcctggaaattgaactcagatctctgg
aagagcagcagtgctcttaatcactgaaccatatctccaggccctagtgt
gtggctattaatgcttaaaggccacatgtcacaatgagcatggttttgca
tgcttgtaaccccaggacttgggcagggaagctgaagcagcatcatgagt
gtgaggccagtctgggttacagagcaagacataattaagaaaaaagtgtc
accacgctatttcagaaaagaaaaatgaacctatatatcctcctttaaag
atctctatatcttcatgagatgggagtttaggtcagcaacacgcttttca
gtgtctcgggggtatcagagcttgctgtggtgggagagctgagttctgga
tgtgtcaagtatatttgggaaatctgctgcaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_22080350_22081444
seq2: B6Ng01-288A05.b_49_1148

seq1  GAATTCTCAACATTAACATTTCTGTACATCCTTTATATTCTTTGCTCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACATTAACATTTCTGTACATCCTTTATATTCTTTGCTCATA  50

seq1  AAGTTGTAAATATTTTGTGGATAATGGGAACCTTGTTTAGCAGTACTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTAAATATTTTGTGGATAATGGGAACCTTGTTTAGCAGTACTAGA  100

seq1  CAATATTTTATAAATCTAAAAAAATAAAAGCACAGGGAGGTATCAGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTTATAAATCTAAAAAAATAAAAGCACAGGGAGGTATCAGGTGA  150

seq1  TTGGATTAGAGTGACAGTGATTACCATGGACTCACTGCACACACACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTAGAGTGACAGTGATTACCATGGACTCACTGCACACACACACAC  200

seq1  ACACACACACACACACATGCACCCATGCACACATCATGCATGTACATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATGCACCCATGCACACATCATGCATGTACATGCA  250

seq1  CAGGCACAACACAGATACACACACGTGCATACATATACACATGCACAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAACACAGATACACACACGTGCATACATATACACATGCACAACA  300

seq1  CAGACACACACAGACACACACACACACATACACACACACACACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACACAGACACACACACACACATACACACACACACACACACACA  350

seq1  CACACACACACACACACATACACATGTTCTAAGCATTAAGCTCAGGTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACATACACATGTTCTAAGCATTAAGCTCAGGTCTT  400

seq1  CTGTAAGAGCAACAGATTCTCAAACCAAACTGGCCCTACTATATATTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGCAACAGATTCTCAAACCAAACTGGCCCTACTATATATTCAG  450

seq1  ATAATCTTAAAGGCAATCTAGGCTTTCCATATATTTACACCCTATTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTAAAGGCAATCTAGGCTTTCCATATATTTACACCCTATTTCTT  500

seq1  TTATTGATATCATACAAAAGAGTCAGCATTGTTATAATTTGGTAAGAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATATCATACAAAAGAGTCAGCATTGTTATAATTTGGTAAGAGTG  550

seq1  ATTCATTATCATTACTGAAAACTTATACTTGATTTGGTTTTCTTACTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTATCATTACTGAAAACTTATACTTGATTTGGTTTTCTTACTTGA  600

seq1  TACCTAATGTTGCTACTGTGAGAAATCATATTTATTTTGTCATCATGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATGTTGCTACTGTGAGAAATCATATTTATTTTGTCATCATGTGT  650

seq1  CCCATATCCTCTTGTAAAGGAGGAAGCTCAATAAGACAGGGCATTCTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATCCTCTTGTAAAGGAGGAAGCTCAATAAGACAGGGCATTCTAGA  700

seq1  GCAATGGTTCTCACACTATGGGCTATGACCTTTTGGTGGTCATATCATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGTTCTCACACTATGGGCTATGACCTTTTGGTGGTCATATCATCC  750

seq1  TTTTACAGAGGTCACCTAACACCATTGAAAAACACAAGTATTTAAATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGAGGTCACCTAACACCATTGAAAAACACAAGTATTTAAATTAT  800

seq1  GACTCATAGTAGTAGAAA-TTTATAATTAAAAAGTGTCAAAGTAAATAA-  848
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACTCATAGTAGTAGAAATTTTATAATTAAAAAGTGTCAAAGTAAATAAT  850

seq1  TTTTATGTTTGGAAGTTAACACAACATGAGGGACTGTATTAAAGGGCCAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTTGGAAGTTAACACAACATGAGGGACTGTATTAAAGGGCCAC  900

seq1  AGCATTAAAAATGTTGAGAGCCACTTATCTAGAGGACTATGAAACATTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGCATTAAAAATGTTGAGAGCCACTTATCTAGAGGACTATG-AACATTCC  949

seq1  AACC-TGTAGGGAAACCAC-TTAAATTC-AGGAAGTAAACAACTCAATGG  995
      |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||| |||
seq2  AACCTTGTAGGGAAACCACTTTAAATTCAAGGAAGTAA--CACTCATTGG  997

seq1  CTTCAAGAAGTCCCTGGAACTTGTTGCTGCTACTGATTCC-TTCACTGAT  1044
      |||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTTCAG-AGT-CCTGGAACTTGTTGCTGCTACTGATTCCTTTCACTGAT  1045

seq1  GGTATAGAAT-CACTAGCAG-TAATCAGTAACCA-GAGATTTTCTCAGA-  1090
      |||||||||| ||||||||| || |||||| | | |||| ||||||||| 
seq2  GGTATAGAATCCACTAGCAGTTATTCAGTACCAAGGAGAATTTCTCAGAT  1095

seq1  TCAAC  1095
      |||||
seq2  TCAAC  1100

seq1: chr1_22105585_22106720
seq2: B6Ng01-288A05.g_71_1205 (reverse)

seq1  GGGTTGCAGCAGATCTCC--AATATACTTTGACACCATCAGAACTCAGCT  48
      |||||||||||||| |||  ||||||| |||||||   ||||||||||||
seq2  GGGTTGCAGCAGATTTCCCAAATATAC-TTGACACATCCAGAACTCAGCT  49

seq1  CTCCCACCACAGCAAGCTCTGGATACCCCCGAGACACCTGAAAAGCGTGT  98
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCCCACCACAGCAAGCTCT-GATACCCCCGAGACA-CTGAAAAGCGTGT  97

seq1  TGCTGACCTAAACTCCCATCTCATGAAGATAATAGAGATCTTT-AAGGAG  147
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TGCTGACCTAAACTCCCATCTCATGAAGAT-ATAGAGATCTTTAAAGGAG  146

seq1  GATATATAGGTTCATTTTTCTTTTCTGAAATAGCGTGGTGACACTTTTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATAGGTTCATTTTTCTTTTCTGAAATAGCGTGGTGACACTTTTTT  196

seq1  CTTTAATTATGTCTTGCTCTGTAACCCAGACTGGCCTCACACTCATGATG  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTAATTATGTCTTGCTCTGTAACCCAGACTGGCCTCACACTCATGATG  245

seq1  CTGCTTCAGCTT-CCTGCCCAAGTCCTGGGGTTACAAGCATGCAAAACCA  296
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCAGCTTCCCTGCCCAAGTCCTGGGGTTACAAGCATGCAAAACCA  295

seq1  TGCTCATTGTGACATGTGGCCTTTAAGCATTAATAGCCACACACTAGGGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTGTGACATGTGGCCTTTAAGCATTAATAGCCACACACTAGGGC  345

seq1  CTGGAGATATGGTTCAGTGATTAAGAGCACTGCTGCTCTTCCAGAGATCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATATGGTTCAGTGATTAAGAGCACTGCTGCTCTTCCAGAGATCT  395

seq1  GAGTTCAATTTCCAGGAATCATATAGTTGCTCACCATCTGCAATGGGATC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATTTCCAGGAATCATATAGTTGCTCACCATCTGCAATGGGATC  445

seq1  CCATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAGCAATAAACTCATATAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCAGCAATAAACTCATATAC  495

seq1  ATAAAACAAAGAAATAAATCTTAAACAAAAACAAAAAACACTAACAGCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACAAAGAAATAAATCTTAAACAAAAACAAAAAACACTAACAGCTT  545

seq1  GAATCATTACAACATTAGCAATATATTTATTTCTTAATTCATTCGCTCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATTACAACATTAGCAATATATTTATTTCTTAATTCATTCGCTCAT  595

seq1  TTTGGTATTGATAGGGAACAAATCCACTGCTTTAGGCATGTGTTCTACCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATTGATAGGGAACAAATCCACTGCTTTAGGCATGTGTTCTACCA  645

seq1  TAAGGCTGTATTCCCAGCCTCCCAGTGTCTTTCATAGGTATTATATATCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTGTATTCCCAGCCTCCCAGTGTCTTTCATAGGTATTATATATCT  695

seq1  TGACTCCATTCAGGGTTCTATTCTCATAAGATCTGGGATTGTTCCTCACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCATTCAGGGTTCTATTCTCATAAGATCTGGGATTGTTCCTCACA  745

seq1  GTTAGCCAGAATCCTTTCCCTCAAAATTGAACTTATTGATTTTAACATTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCCAGAATCCTTTCCCTCAAAATTGAACTTATTGATTTTAACATTA  795

seq1  CTCCCTTATGTCAAACAAAATTTATCTCATAGTCAAACACCATTATTTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTATGTCAAACAAAATTTATCTCATAGTCAAACACCATTATTTTC  845

seq1  CTCCTTATAAGAATAGAGAATAGGAAGGAAGGTATATGTAAAAAATATGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTATAAGAATAGAGAATAGGAAGGAAGGTATATGTAAAAAATATGC  895

seq1  TATGGAAAAAACTGCACTAAAACAGGATTCATAAGTGCAATCATGCTGCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAAAAACTGCACTAAAACAGGATTCATAAGTGCAATCATGCTGCC  945

seq1  ATATATAAAATAATATTAATTTTGTTTTTGCAAAAATTTACTAAGCATTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAAATAATATTAATTTTGTTTTTGCAAAAATTTACTAAGCATTG  995

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAAGGTTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAAGGTTGA  1045

seq1  AGGCATGCATATTCCATTACTTTTGTGTGGAGGTCAGAGAACATGTTTGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCATATTCCATTACTTTTGTGTGGAGGTCAGAGAACATGTTTGT  1095

seq1  GGAGTCAGCTCTCTCTCTCTTTTAACCTTCATTTGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGCTCTCTCTCTCTTTTAACCTTCATTTGAATTC  1135