BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288F04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 192,866,916 - 193,016,981
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik, 4933417M04Rik, Atf3
Upstream geneProx1, LOC100039394, EG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik
Downstream geneNenf, 2310028N02Rik, Ppp2r5a, LOC100039501, LOC667044, Dtl, Ints7, Lpgat1, Nek2, 4930557M11Rik, Slc30a1, 3322402L07Rik, LOC100042611, Traf5, Traf5, LOC100042625, Rcor3, Kcnh1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288F04.bB6Ng01-288F04.g
ACCGA086015GA086016
length8031,097
definitionB6Ng01-288F04.b B6Ng01-288F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(193,016,193 - 193,016,981)(192,866,916 - 192,867,996)
sequence
gaattcattcaggctggccttggattcacagtaatcctcctgcctcagta
ctcttaagtactgagattgcaagcctgtaccacggtacctgatttgcatc
ttgtggtctctctatgtatccctggatggcctgaaacttgctaatgacag
ccttcgttcaaagctgtgccataaacaaaaagaaactgctgctatgatga
gtccattgttagggaggttttgatggtgctaagagagaaagcggacatcg
gtaccaggaagagtctggagcagaaagagaaaaaaagtaggctgaacatg
gagagcagactggacatagcaggctgagggaatgagggtagaggacgggg
catggcgggctgaaggaagcagggtaccatgatagagtaatggggaagca
agatagagagtagagcatagcaagagagaataagaggagggagagcagct
gagggaagacaggaccagcagactggctgcctctcgcttactaaactccc
atcatccctaggggttttcttttctctgtatgtgtgtctcaatgatgtgt
gtctcaaagccccagttctctctatttcagtcctgttaacagaggcatct
ctacttccattttcagtgctccaggccaagaaatgatggaagctagcaca
cctgctgccttttgggagctgtaccctgttaccactggggggaacctgga
gcccttggaggccttccagaatgtctgtctctgtggtaagcaggacctga
agctctgctggatgtccggtgtgatataatggcaccctacgatctatgtc
ctc
gaattccaggccaggctgggctatgtctcaggaccttgtccctaaaaggc
tggggacgtgtaataaaataagactagaactaagttctcacttcccaaca
gtagatacttagcttcaagaaccctgaagagatgcttgctcctttcatga
ccatgggcattgattagagatacaagactcttggttcatgccaaagaact
taggttctagctgtaggaaacctactcccttgcccccccagcccactgcc
tcaggacactcagagctaggcaaagctgccaggtagatatacacaggatt
gggctgcccagaggagaatctgtgctgagcacaatggacccagcctttgc
ccgcaaggaggtattaattatctttactatgatgtaacaggtctacctct
gctccagagggaacttttatctcctctgtcttctgagttgctcacctgac
cccaaggctatcagagcctctgttccctggctggacagaaacaagggacg
ggatccatagagtttatatcctaagcagcccaattagagatgccatggct
cggtatgatttaggaatgaacacgaagcaatgaatgtcaggttacacaca
gaggttgcctcccctcaacctcctttccctgaccatcctgttggtatgcc
cctgccttcgcacaactgggtgcagttccccgaacttgcctttgtctctt
agctcccttccctgcctgtgatttaaatgccacctcctccatcccttcct
gtagccctgcccactagacatttctcctttgccctgtataccctagagca
ggcaggctcaagctaggcaagaactcagaagtacaactgtatctggagct
caccctacctgaaacagcaggcatggagcccctcatctcccaggagttgg
catgtggtagcactttttctcttctgccctggcttttctgttagtgtgca
ttcacgtgcatgcaggattctgtcttgcttccctggtcctttggagaaga
acattagtggtggcagcattgaacactgtatttcataggacactgggcac
cctccttccctaagcccctacagaattagagattatccatgcccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_193016193_193016981
seq2: B6Ng01-288F04.b_51_853 (reverse)

seq1  GAGGACATAGATCGTA-GGTGCATTTATCT-ACACC-GACA-CCAGCAGA  46
      |||||||||||||||| |||||  |||| | ||||| |||| ||||||||
seq2  GAGGACATAGATCGTAGGGTGCCATTATATCACACCGGACATCCAGCAGA  50

seq1  GCTTCAGGTCCTGCTT-CCACAGAGACAGAACATTCTTGGAAGCCTTCCA  95
      |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| | ||||
seq2  GCTTCAGGTCCTGCTTACCACAGAGACAG-ACATTC-TGGAAGGCCTCCA  98

seq1  A-GGCT-CAGGTT-CCCCCAGTGTTAACCAGGGTACAG--CCCCAAAGGC  140
      | |||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||| ||||||
seq2  AGGGCTCCAGGTTCCCCCCAGTGGTAA-CAGGGTACAGCTCCCAAAAGGC  147

seq1  AGCAGGTGTGCTAGC-TCCATCATTTCTTGGCCTGGAGCACTG-AAATGG  188
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCAGGTGTGCTAGCTTCCATCATTTCTTGGCCTGGAGCACTGAAAATGG  197

seq1  AAGTAGAGATGCCTCTGTTAACAGGACTGACTCAAGAGAGACATGTGGCA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||  || ||| 
seq2  AAGTAGAGATGCCTCTGTTAACAGGACTGA-AATAGAGAGAACTGGGGCT  246

seq1  TTGAGACACACATCATTGAGACACACATACAGAGAAAAGAAAACCCCTAG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACACACATCATTGAGACACACATACAGAGAAAAGAAAACCCCTAG  296

seq1  GGATGATGGGAGTTTAGTAAGCGAGAGGCAGCCAGTCTGCTGGTCCTGTC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGGGAGTTTAGTAAGCGAGAGGCAGCCAGTCTGCTGGTCCTGTC  346

seq1  TTCCCTCAGCTGCTCTCCCTCCTCTTATTCTCTCTTGCTATGCTCTACTC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAGCTGCTCTCCCTCCTCTTATTCTCTCTTGCTATGCTCTACTC  396

seq1  TCTATCTTGCTTCCCCATTACTCTATCATGGTACCCTGCTTCCTTCAGCC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTTGCTTCCCCATTACTCTATCATGGTACCCTGCTTCCTTCAGCC  446

seq1  CGCCATGCCCCGTCCTCTACCCTCATTCCCTCAGCCTGCTATGTCCAGTC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCATGCCCCGTCCTCTACCCTCATTCCCTCAGCCTGCTATGTCCAGTC  496

seq1  TGCTCTCCATGTTCAGCCTACTTTTTTTCTCTTTCTGCTCCAGACTCTTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCATGTTCAGCCTACTTTTTTTCTCTTTCTGCTCCAGACTCTTC  546

seq1  CTGGTACCGATGTCCGCTTTCTCTCTTAGCACCATCAAAACCTCCCTAAC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCGATGTCCGCTTTCTCTCTTAGCACCATCAAAACCTCCCTAAC  596

seq1  AATGGACTCATCATAGCAGCAGTTTC------TTTATGGCACAGCTTTGA  632
      ||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTCATCATAGCAGCAGTTTCTTTTTGTTTATGGCACAGCTTTGA  646

seq1  ACGAAGGCTGTCATTAGCAAGTTTCAGGCCATCCAGGGATACATAGAGAG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGGCTGTCATTAGCAAGTTTCAGGCCATCCAGGGATACATAGAGAG  696

seq1  ACCACAAGATGCAAATCAGGTACCGTGGTACAGGCTTGCAATCTCAGTAC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGATGCAAATCAGGTACCGTGGTACAGGCTTGCAATCTCAGTAC  746

seq1  TTAAGAGTACTGAGGCAGGAGGATTACTGTGAATCCAAGGCCAGCCTGAA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGTACTGAGGCAGGAGGATTACTGTGAATCCAAGGCCAGCCTGAA  796

seq1  TGAATTC  789
      |||||||
seq2  TGAATTC  803

seq1: chr1_192866916_192867996
seq2: B6Ng01-288F04.g_69_1165

seq1  GAATTCCAGGCCAGGCTGGGCTATGTCTCAGGACCTTGTCCCTAAAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGGCTGGGCTATGTCTCAGGACCTTGTCCCTAAAAGGC  50

seq1  TGGGGACGTGTAATAAAATAAGACTAGAACTAAGTTCTCACTTCCCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACGTGTAATAAAATAAGACTAGAACTAAGTTCTCACTTCCCAACA  100

seq1  GTAGATACTTAGCTTCAAGAACCCTGAAGAGATGCTTGCTCCTTTCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATACTTAGCTTCAAGAACCCTGAAGAGATGCTTGCTCCTTTCATGA  150

seq1  CCATGGGCATTGATTAGAGATACAAGACTCTTGGTTCATGCCAAAGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGCATTGATTAGAGATACAAGACTCTTGGTTCATGCCAAAGAACT  200

seq1  TAGGTTCTAGCTGTAGGAAACCTACTCCCTTGCCCCCCCAGCCCACTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCTAGCTGTAGGAAACCTACTCCCTTGCCCCCCCAGCCCACTGCC  250

seq1  TCAGGACACTCAGAGCTAGGCAAAGCTGCCAGGTAGATATACACAGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACACTCAGAGCTAGGCAAAGCTGCCAGGTAGATATACACAGGATT  300

seq1  GGGCTGCCCAGAGGAGAATCTGTGCTGAGCACAATGGACCCAGCCTTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCCCAGAGGAGAATCTGTGCTGAGCACAATGGACCCAGCCTTTGC  350

seq1  CCGCAAGGAGGTATTAATTATCTTTACTATGATGTAACAGGTCTACCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAAGGAGGTATTAATTATCTTTACTATGATGTAACAGGTCTACCTCT  400

seq1  GCTCCAGAGGGAACTTTTATCTCCTCTGTCTTCTGAGTTGCTCACCTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAGGGAACTTTTATCTCCTCTGTCTTCTGAGTTGCTCACCTGAC  450

seq1  CCCAAGGCTATCAGAGCCTCTGTTCCCTGGCTGGACAGAAACAAGGGACG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGCTATCAGAGCCTCTGTTCCCTGGCTGGACAGAAACAAGGGACG  500

seq1  GGATCCATAGAGTTTATATCCTAAGCAGCCCAATTAGAGATGCCATGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATAGAGTTTATATCCTAAGCAGCCCAATTAGAGATGCCATGGCT  550

seq1  CGGTATGATTTAGGAATGAACACGAAGCAATGAATGTCAGGTTACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTATGATTTAGGAATGAACACGAAGCAATGAATGTCAGGTTACACACA  600

seq1  GAGGTTGCCTCCCCTCAACCTCCTTTCCCTGACCATCCTGTTGGTATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGCCTCCCCTCAACCTCCTTTCCCTGACCATCCTGTTGGTATGCC  650

seq1  CCTGCCTTCGCACAACTGGGTGCAGTTCCCCGAACTTGCCTTTGTCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTCGCACAACTGGGTGCAGTTCCCCGAACTTGCCTTTGTCTCTT  700

seq1  AGCTCCCTTCCCTGCCTGTGATTTAAATGCCACCTCCTCCATCCCTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCTTCCCTGCCTGTGATTTAAATGCCACCTCCTCCATCCCTTCCT  750

seq1  GTAGCCCTGCCCACTAGACATTTCTCCTTTGCCCTGTATACCCTAGAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCTGCCCACTAGACATTTCTCCTTTGCCCTGTATACCCTAGAGCA  800

seq1  GGCAGGCTCAAGCTAGGCAAGAACTCAGAAGTACAACTGTATCTGGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCTCAAGCTAGGCAAGAACTCAGAAGTACAACTGTATCTGGAGCT  850

seq1  CACCCTACCTGAAACAGCAGGCATGGAGCCCCTCATCTCCCAGGAGTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTACCTGAAACAGCAGGCATGGAGCCCCTCATCTCCCAGGAGTTGG  900

seq1  CATGTGGTAGCAC-TTTTCTCTTCTGCCCTGGC-TTTCTG-TAGTGTGCA  947
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  CATGTGGTAGCACTTTTTCTCTTCTGCCCTGGCTTTTCTGTTAGTGTGCA  950

seq1  TTCACGTGCATGCAGGATTCTGTC-TGCTTCCCTGGTCCTTTGGAG-AGA  995
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCACGTGCATGCAGGATTCTGTCTTGCTTCCCTGGTCCTTTGGAGAAGA  1000

seq1  ACATTAGT-GTGGCAGCATTG-ACACTGTA-TTCATA-GACAACTGGCA-  1040
      |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||   |||| 
seq2  ACATTAGTGGTGGCAGCATTGAACACTGTATTTCATAGGACACTGGGCAC  1050

seq1  CCTCC-TCCCTAAGCCCCTACAGA--TAGA---TATCCATGCCCTTT  1081
      ||||| ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCCTAAGCCCCTACAGAATTAGAGATTATCCATGCCCTTT  1097