BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288I20
Chromosome1 (Build37)
Map Location 164,664,935 - 164,815,813
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBat2d, Fmo4, Fmo1, Fmo2
Upstream geneLOC269134, Fasl, AI848100, EG665109, Pigc, Dnm3, LOC100039703, Dnm3os, 5630401D24Rik, Vamp4, LOC435651, Myoc
Downstream geneFmo6, Fmo3, 4921528O07Rik, Prrx1, LOC100039597, Scyl1bp1, LOC665237, Gm207, LOC100039626, Kifap3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288I20.bB6Ng01-288I20.g
ACCGA086185GA086186
length1,177692
definitionB6Ng01-288I20.b B6Ng01-288I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,664,935 - 164,666,108)(164,815,122 - 164,815,813)
sequence
gaattccaggacagccatggctacagagagacccacctccaaatcccaaa
aataaataggcaaataaataaaggcaagattgatgacatgtggtaccaca
gaatattaagttcaaaggatacagaacacatttaatggtctctttgtaaa
gtcaagagaccagacctgaacttgacagctgatacgaactgaaaagaact
aaacctaagttcaaatacagttagttcagcgttcaagtattgaaacacct
gaaactcaaggtttcattactttttctaaccaccttgcctcttaaccttc
caccccccagtacttgacttaaaagtcttttggggtcaccaaggatatgt
cacctcagtcagaggctgtttaccacagatttaagaaatgtttcttacac
tgaactttagtactcatactatgttatattatggccttctcgcatatctg
tagtagctttgcttaatcactctcgtaattctcttgttgacatcctagta
caattgtcaagtacctatttaggactagttggcatccttttctgcaccgc
tgtctcttcctgtttcatgaatctattccattctaagcttttaaccactt
ttggtcttcattacctcaactgttgcttgatcttatccaccactcatttt
ttatagcagttatgttccaacggatggaaagacagactggtggaatgcta
atttgaagtggcccacagattagaatttaagagtttacatgtttattttt
aaagatattagatggttaaaaaaaaacttatcaccaaataataatcatgt
acattttaatttcaaatttacttaattaaaagtaaattcacctgtaattc
cagtagtctgaagcctgaggtttaaaagggtgacaaatctgaatacacaa
agagacacaggtggggtcagggcgtggaaatggggaaataaagtattaac
acatgggttgaagacaaagtcaaacttactagccaggtaatcataactat
caacgtaagagaaaagttttctagtgttgtaatgtaagaatcctcctggt
aaagtttaccgtagtgcccccacctcccccaaacagtcttacctaagggc
tgggttagagtccctcgggcaaatataaaaggaatagtaattaggcttat
agcttgaggtgaaatagttgttcaagc
gaattcacagacaggtaacagcttttgggacagcccctgctccagttttt
gggggacccacatgaagacagagattcacatctgctacatatgtgtggaa
aggcctagatccagcctttgtatgctctttggatggtggctcagtctctg
agagcccccaatggtccaggctagttgaccctgatggtcttcctgtagaa
ggctagttttacccaagagacctagtgaaaaagtggcctgtagttgatag
aaggtttttctctgtgcagcactggctgttctggaccttgctctatagac
caggctggcctcaaactcagagatgtgcctgcctctgagtgctagaattg
aaggcatacatttacatgcatggcctcatccattaatatttttaaatact
gacttttagaaatgtagtgcaaggaccaagagatagctcagtcacaaagg
tgttcgtttcacaatcatgaggacctgagtttaatccctagaacttaatt
ttttttaaaaccatgtgtgatagcacacagtgttggggaggtagacacat
atagatacctcaggattgttagccaggactctgtctacttgacaagctct
aatccaatgagatactttgtctcagatagatagatagatagatagataga
tagatagatagagataaatgataggtgatagatggtagatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_164664935_164666108
seq2: B6Ng01-288I20.b_50_1226

seq1  GAATTCCAGGACAGCCATGGCTACAGAGAGACCCACCTCCAAATCCCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCATGGCTACAGAGAGACCCACCTCCAAATCCCAAA  50

seq1  AATAAATAGGCAAATAAATAAAGGCAAGATTGATGACATGTGGTACCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAGGCAAATAAATAAAGGCAAGATTGATGACATGTGGTACCACA  100

seq1  GAATATTAAGTTCAAAGGATACAGAACACATTTAATGGTCTCTTTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTAAGTTCAAAGGATACAGAACACATTTAATGGTCTCTTTGTAAA  150

seq1  GTCAAGAGACCAGACCTGAACTTGACAGCTGATACGAACTGAAAAGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGAGACCAGACCTGAACTTGACAGCTGATACGAACTGAAAAGAACT  200

seq1  AAACCTAAGTTCAAATACAGTTAGTTCAGCGTTCAAGTATTGAAACACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAAGTTCAAATACAGTTAGTTCAGCGTTCAAGTATTGAAACACCT  250

seq1  GAAACTCAAGGTTTCATTACTTTTTCTAACCACCTTGCCTCTTAACCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCAAGGTTTCATTACTTTTTCTAACCACCTTGCCTCTTAACCTTC  300

seq1  CACCCCCCAGTACTTGACTTAAAAGTCTTTTGGGGTCACCAAGGATATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCAGTACTTGACTTAAAAGTCTTTTGGGGTCACCAAGGATATGT  350

seq1  CACCTCAGTCAGAGGCTGTTTACCACAGATTTAAGAAATGTTTCTTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCAGTCAGAGGCTGTTTACCACAGATTTAAGAAATGTTTCTTACAC  400

seq1  TGAACTTTAGTACTCATACTATGTTATATTATGGCCTTCTCGCATATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTTAGTACTCATACTATGTTATATTATGGCCTTCTCGCATATCTG  450

seq1  TAGTAGCTTTGCTTAATCACTCTCGTAATTCTCTTGTTGACATCCTAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCTTTGCTTAATCACTCTCGTAATTCTCTTGTTGACATCCTAGTA  500

seq1  CAATTGTCAAGTACCTATTTAGGACTAGTTGGCATCCTTTTCTGCACCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTCAAGTACCTATTTAGGACTAGTTGGCATCCTTTTCTGCACCGC  550

seq1  TGTCTCTTCCTGTTTCATGAATCTATTCCATTCTAAGCTTTTAACCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTCCTGTTTCATGAATCTATTCCATTCTAAGCTTTTAACCACTT  600

seq1  TTGGTCTTCATTACCTCAACTGTTGCTTGATCTTATCCACCACTCATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTCATTACCTCAACTGTTGCTTGATCTTATCCACCACTCATTTT  650

seq1  TTATAGCAGTTATGTTCCAACGGATGGAAAGACAGACTGGTGGAATGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCAGTTATGTTCCAACGGATGGAAAGACAGACTGGTGGAATGCTA  700

seq1  ATTTGAAGTGGCCCACAGATTAGAATTTAAGAGTTTACATGTTTATTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAGTGGCCCACAGATTAGAATTTAAGAGTTTACATGTTTATTTTT  750

seq1  AAAGATATTAGATGGTTAAAAAAAAACTTATCACCAAATAATAATCATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATATTAGATGGTTAAAAAAAAACTTATCACCAAATAATAATCATGT  800

seq1  ACATTTTAATTTCAAATTTACTTAATTAAAAGTAAATTCACCTGTAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTAATTTCAAATTTACTTAATTAAAAGTAAATTCACCTGTAATTC  850

seq1  CAGTAGTCTGAAGCCTGAGGTTTAAAAGGGTGACAAATCTGAATACACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTCTGAAGCCTGAGGTTTAAAAGGGTGACAAATCTGAATACACAA  900

seq1  AGAGACACAGGTGGGGTCAGGGCGTGGAAATGGGGAAATAAAGTATTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACAGGTGGGGTCAGGGCGTGGAAATGGGGAAATAAAGTATTAAC  950

seq1  ACATGGGTTGAAGACAAAGTCAAAACTTACTAGCCAGGTAATCATAACTA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTTGAAGACAAAGTC-AAACTTACTAGCCAGGTAATCATAACTA  999

seq1  TCAACGTAAGAGAAAAAGTTTTCTAGTGTTGTAATGTAAGAATCCTCCT-  1049
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAACGTAAGAG-AAAAGTTTTCTAGTGTTGTAATGTAAGAATCCTCCTG  1048

seq1  GTAAAGTTTACCGTAGTG-CCCCACCT-CCCCAAACAGTCTTACCCTAGG  1097
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||
seq2  GTAAAGTTTACCGTAGTGCCCCCACCTCCCCCAAACAGTCTTACCTAAGG  1098

seq1  GCTGGG-TAGAGT-CCTC-GGCAAATATTAAAAAGGAATAGGAATTAGGC  1144
      |||||| |||||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  GCTGGGTTAGAGTCCCTCGGGCAAATAT--AAAAGGAATAGTAATTAGGC  1146

seq1  -TATAGCTTGGAGGTAGAATAGTTG-TCAAGC  1174
       |||||||| |||||  |||||||| ||||||
seq2  TTATAGCTT-GAGGTGAAATAGTTGTTCAAGC  1177

seq1: chr1_164815122_164815813
seq2: B6Ng01-288I20.g_71_762 (reverse)

seq1  CTATCTACCATCTATCACCTATCATTTATCTCTATCTATCTATCTATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTACCATCTATCACCTATCATTTATCTCTATCTATCTATCTATCTA  50

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTGAGACAAAGTATCTCATTGGATTAGAGCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTGAGACAAAGTATCTCATTGGATTAGAGCTTG  100

seq1  TCAAGTAGACAGAGTCCTGGCTAACAATCCTGAGGTATCTATATGTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAGACAGAGTCCTGGCTAACAATCCTGAGGTATCTATATGTGTCT  150

seq1  ACCTCCCCAACACTGTGTGCTATCACACATGGTTTTAAAAAAAATTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCAACACTGTGTGCTATCACACATGGTTTTAAAAAAAATTAAGT  200

seq1  TCTAGGGATTAAACTCAGGTCCTCATGATTGTGAAACGAACACCTTTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGATTAAACTCAGGTCCTCATGATTGTGAAACGAACACCTTTGTG  250

seq1  ACTGAGCTATCTCTTGGTCCTTGCACTACATTTCTAAAAGTCAGTATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTATCTCTTGGTCCTTGCACTACATTTCTAAAAGTCAGTATTTA  300

seq1  AAAATATTAATGGATGAGGCCATGCATGTAAATGTATGCCTTCAATTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTAATGGATGAGGCCATGCATGTAAATGTATGCCTTCAATTCTA  350

seq1  GCACTCAGAGGCAGGCACATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGAGGCAGGCACATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTATAG  400

seq1  AGCAAGGTCCAGAACAGCCAGTGCTGCACAGAGAAAAACCTTCTATCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGTCCAGAACAGCCAGTGCTGCACAGAGAAAAACCTTCTATCAAC  450

seq1  TACAGGCCACTTTTTCACTAGGTCTCTTGGGTAAAACTAGCCTTCTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCCACTTTTTCACTAGGTCTCTTGGGTAAAACTAGCCTTCTACAG  500

seq1  GAAGACCATCAGGGTCAACTAGCCTGGACCATTGGGGGCTCTCAGAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCATCAGGGTCAACTAGCCTGGACCATTGGGGGCTCTCAGAGACT  550

seq1  GAGCCACCATCCAAAGAGCATACAAAGGCTGGATCTAGGCCTTTCCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCATCCAAAGAGCATACAAAGGCTGGATCTAGGCCTTTCCACAC  600

seq1  ATATGTAGCAGATGTGAATCTCTGTCTTCATGTGGGTCCCCCAAAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGCAGATGTGAATCTCTGTCTTCATGTGGGTCCCCCAAAAACTG  650

seq1  GAGCAGGGGCTGTCCCAAAAGCTGTTACCTGTCTGTGAATTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGGCTGTCCCAAAAGCTGTTACCTGTCTGTGAATTC  692