BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288P17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 157,672,772 - 157,800,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCep350
Upstream geneLOC671336, Ier5, Mr1, Stx6, EG667867, BC034090, Xpr1, EG433367, Acbd6, Lhx4, Qscn6
Downstream geneLOC676894, Tor1aip1, Ifrg15, Tor1aip2, A230106N23Rik, Tdrd5, Nphs2, 9430070O13Rik, LOC100038991, Soat1, LOC100039026, Abl2, Tor3a, C530043G21Rik, LOC433368, Ralgps2, Angptl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288P17.bB6Ng01-288P17.g
ACCGA086504GA086505
length1,142697
definitionB6Ng01-288P17.b B6Ng01-288P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(157,672,772 - 157,673,905)(157,799,371 - 157,800,067)
sequence
gaattccctggaacttggtttatagatgattacgagccactaagtggttg
ctatgaattgaacccagagccaggcagtggtggcgcacacctttagtccc
agcacttgggaggcagaggcaggcagatttctgagttcgaggccagcctg
gtttacaaagtgagtaccaggacagccagggctacacagagaaaccctgc
ctcaaaaaaccaaaaaaacaaaacaaaaaaacaaaaaaaaaagcaaaaac
aagtcaaaacaaaaaaaaaaaccaaaaaccaaaaacaaacaaacaaacaa
aagaactgaacccaggtcctcagcaaaagcagtaagtactcttagccact
gagccatcgttccatcctatttaggtttttttgagacagaaattcactat
gtggtatagtctgggattacagatgagtgttaccttgcctatcttaggaa
atatttaacagcttgctctttagcaataggagtgatctctgtatcccaaa
tacttgtaataattgccagtgtccccagtgtaaacactgcaaccatgtct
aatttcccatcactggcatagcatcattgactgcaggcttggaaggacac
atacagccaattcttggaagccactgtgaaatggctcgggcacaccacta
attatagtctatcatatggatgtctaacagtctacttagttattgatagg
cattcaacattatgcttatttttagtgtttacagccatagacatttatac
atgtctgtagtgtttatatcttatttcctcaaaagaagttcattggtcta
aactgctaaagataattgtgctttccaaatgtactgcactaatgcatagt
ctcatagctgtatatgcatgtacttccttttctgaggcttgcgtaatggg
aattgaagcctcatgcgtgctaggtaagtttctatcatgatccacacccc
aaggacacaactgtttatgttaaaagcatgtttagcagctactcccaggg
atcactgactataaagaagaactgtagtacttcccccccttttccattcc
ttatgaaaatgtggttacccactgtttttccttctgttcctgagtgaatg
gagggagcagattgcttaacttcaaccggccttcaggcgaac
gaattcactctgtgaacaggctggcctggaactctcagagatctgtctgc
ctctgactcccaagtgctggaattagaccagaataagaaattttaacaaa
tctctttagaggatcttacctcttcctctcctgccaccctcctctcctcc
tctctttttgcaagagggtttatctatatctaagactggtctcaaactca
aagcaatctgtggtgacagacaggcttgagccactctgctcagcttctta
ggaattcttagaggttgagcctacaaaataggaaataggtttagtaccat
attctgacaaccaaaagaatattgtttggaattcatagacttgcttaaca
gtaatgtctgtagtggtgtgtgcttgtaatcccatctactctggaggatg
agggagggagaatgtctagggtaaggccagcccaaactgctgagttccag
ctagcctgactgcacagcccgtccctgtctcaaaatagaaagttttaaaa
agggacagggatgtagctcagtagtagatagcttgtctaacatactcaag
tcaatgggtttaattctcaatattagaaaaaccccactttcaagacaaat
taatcagttcccatttaacataggactgcatagtattttggcattgacat
ggatcctgttttaatttttgacagagttggggggtggggtggagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_157672772_157673905
seq2: B6Ng01-288P17.b_52_1193

seq1  GAATTCCCTGGAACTTGGTTTATAGATGATTACGAGCCACTAAGTGGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGAACTTGGTTTATAGATGATTACGAGCCACTAAGTGGTTG  50

seq1  CTATGAATTGAACCCAGAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACACCTTTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATTGAACCCAGAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACACCTTTAGTCCC  100

seq1  AGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTG  150

seq1  GTTTACAAAGTGAGTACCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACAAAGTGAGTACCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGC  200

seq1  CTCAAAAAACCAAAAAAACAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAGCAAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAAACCAAAAAAACAAAACAAAAAAACAAAAAAAAAAGCAAAAAC  250

seq1  AAGTCAAAACAAAAAAAAAAACCAAAAACCAAAAACAAACAAACAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAAACAAAAAAAAAAACCAAAAACCAAAAACAAACAAACAAACAA  300

seq1  AAGAACTGAACCCAGGTCCTCAGCAAAAGCAGTAAGTACTCTTAGCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTGAACCCAGGTCCTCAGCAAAAGCAGTAAGTACTCTTAGCCACT  350

seq1  GAGCCATCGTTCCATCCTATTTAGGTTTTTTTGAGACAGAAATTCACTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCGTTCCATCCTATTTAGGTTTTTTTGAGACAGAAATTCACTAT  400

seq1  GTGGTATAGTCTGGGATTACAGATGAGTGTTACCTTGCCTATCTTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATAGTCTGGGATTACAGATGAGTGTTACCTTGCCTATCTTAGGAA  450

seq1  ATATTTAACAGCTTGCTCTTTAGCAATAGGAGTGATCTCTGTATCCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAACAGCTTGCTCTTTAGCAATAGGAGTGATCTCTGTATCCCAAA  500

seq1  TACTTGTAATAATTGCCAGTGTCCCCAGTGTAAACACTGCAACCATGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTAATAATTGCCAGTGTCCCCAGTGTAAACACTGCAACCATGTCT  550

seq1  AATTTCCCATCACTGGCATAGCATCATTGACTGCAGGCTTGGAAGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCCATCACTGGCATAGCATCATTGACTGCAGGCTTGGAAGGACAC  600

seq1  ATACAGCCAATTCTTGGAAGCCACTGTGAAATGGCTCGGGCACACCACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCCAATTCTTGGAAGCCACTGTGAAATGGCTCGGGCACACCACTA  650

seq1  ATTATAGTCTATCATATGGATGTCTAACAGTCTACTTAGTTATTGATAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGTCTATCATATGGATGTCTAACAGTCTACTTAGTTATTGATAGG  700

seq1  CATTCAACATTATGCTTATTTTTAGTGTTTACAGCCATAGACATTTATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAACATTATGCTTATTTTTAGTGTTTACAGCCATAGACATTTATAC  750

seq1  ATGTCTGTAGTGTTTATATCTTATTTCCTCAAAAGAAGTTCATTGGTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTAGTGTTTATATCTTATTTCCTCAAAAGAAGTTCATTGGTCTA  800

seq1  AACTGCTAAAGATAATTGTGCTTTCCAAATGTACTGCACTAATGCATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTAAAGATAATTGTGCTTTCCAAATGTACTGCACTAATGCATAGT  850

seq1  CTCATAGCTGTATATGCATGTACTTCCTTTTCTGAGGCTTGCGTAATGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGCTGTATATGCATGTACTTCCTTTTCTGAGGCTTGCGTAATGGG  900

seq1  AATTGAAGCCTCATGCGTGCTAGGTAAGTTTCTATCATGATCCACACCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAGCCTCATGCGTGCTAGGTAAGTTTCTATCATGATCCACACCCC  950

seq1  -AGGACACAACTG-TTATGTTAAAAGCATG-TTAGCAGCTACTCCCAGGG  997
       |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACAACTGTTTATGTTAAAAGCATGTTTAGCAGCTACTCCCAGGG  1000

seq1  ATCACTGACTATAAAGAAGAACTGTTAGTACTTCCCCCCTCTTCCCATTT  1047
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||| ||
seq2  ATCACTGACTATAAAGAAGAACTG-TAGTACTTCCCCCCCTTTTCCA-TT  1048

seq1  CCTTATGAAAATGTGG-TACCCACTGTTTTT-CTTCTG-TCCTGAGTG-A  1093
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |
seq2  CCTTATGAAAATGTGGTTACCCACTGTTTTTCCTTCTGTTCCTGAGTGAA  1098

seq1  TG--AGGAGCAGA-TGC-TAACCTCAACCGGGCTTCAGGCAGAAC  1134
      ||   |||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||||
seq2  TGGAGGGAGCAGATTGCTTAACTTCAACCGGCCTTCAGGC-GAAC  1142

seq1: chr1_157799371_157800067
seq2: B6Ng01-288P17.g_71_767 (reverse)

seq1  TTTCTCCACCCCACCCCCCAACTCTGTCAAAAATTAAAACAGGATCCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCACCCCACCCCCCAACTCTGTCAAAAATTAAAACAGGATCCATG  50

seq1  TCAATGCCAAAATACTATGCAGTCCTATGTTAAATGGGAACTGATTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCCAAAATACTATGCAGTCCTATGTTAAATGGGAACTGATTAATT  100

seq1  TGTCTTGAAAGTGGGGTTTTTCTAATATTGAGAATTAAACCCATTGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAAAGTGGGGTTTTTCTAATATTGAGAATTAAACCCATTGACTT  150

seq1  GAGTATGTTAGACAAGCTATCTACTACTGAGCTACATCCCTGTCCCTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGTTAGACAAGCTATCTACTACTGAGCTACATCCCTGTCCCTTTT  200

seq1  TAAAACTTTCTATTTTGAGACAGGGACGGGCTGTGCAGTCAGGCTAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTTCTATTTTGAGACAGGGACGGGCTGTGCAGTCAGGCTAGCTG  250

seq1  GAACTCAGCAGTTTGGGCTGGCCTTACCCTAGACATTCTCCCTCCCTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGCAGTTTGGGCTGGCCTTACCCTAGACATTCTCCCTCCCTCAT  300

seq1  CCTCCAGAGTAGATGGGATTACAAGCACACACCACTACAGACATTACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGAGTAGATGGGATTACAAGCACACACCACTACAGACATTACTGT  350

seq1  TAAGCAAGTCTATGAATTCCAAACAATATTCTTTTGGTTGTCAGAATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGTCTATGAATTCCAAACAATATTCTTTTGGTTGTCAGAATATG  400

seq1  GTACTAAACCTATTTCCTATTTTGTAGGCTCAACCTCTAAGAATTCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAAACCTATTTCCTATTTTGTAGGCTCAACCTCTAAGAATTCCTAA  450

seq1  GAAGCTGAGCAGAGTGGCTCAAGCCTGTCTGTCACCACAGATTGCTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAGCAGAGTGGCTCAAGCCTGTCTGTCACCACAGATTGCTTTGA  500

seq1  GTTTGAGACCAGTCTTAGATATAGATAAACCCTCTTGCAAAAAGAGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGACCAGTCTTAGATATAGATAAACCCTCTTGCAAAAAGAGAGGA  550

seq1  GGAGAGGAGGGTGGCAGGAGAGGAAGAGGTAAGATCCTCTAAAGAGATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGAGGGTGGCAGGAGAGGAAGAGGTAAGATCCTCTAAAGAGATTT  600

seq1  GTTAAAATTTCTTATTCTGGTCTAATTCCAGCACTTGGGAGTCAGAGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATTTCTTATTCTGGTCTAATTCCAGCACTTGGGAGTCAGAGGCA  650

seq1  GACAGATCTCTGAGAGTTCCAGGCCAGCCTGTTCACAGAGTGAATTC  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATCTCTGAGAGTTCCAGGCCAGCCTGTTCACAGAGTGAATTC  697