BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289C01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 97,191,296 - 97,350,503
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem157
Upstream geneLOC666025, LOC100040685, LOC383603
Downstream geneLOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289C01.bB6Ng01-289C01.g
ACCGA086612GA086613
length1,155399
definitionB6Ng01-289C01.b B6Ng01-289C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,191,296 - 97,192,449)(97,350,099 - 97,350,503)
sequence
gaattcctcttccatgtgacccacctagtttagagtttccttctcaagaa
ggggtgaaagtttatttatttgagcaaaagcaatttatcaatgactacct
ctctgaagaaagccataagttttccccccaaacaatcattgactgccaat
agtcttcagggcatgctgagacttcatggatacttcccataccgtagtag
aatatgaaaggaagtcaccttgtgtaaatcttgagcaaataatcacagtt
acagtatgttggagtccaatggcttatgttaagaagacagttttatgctt
cgcttcctgtgactctgactttcttttagtcactactcctgtggcgactt
gagccttatagggttaaatagctctctttaaaggagagaacttaaccacc
acttatttttggcattttggtgaattatgtctgaattaaccacctctttc
tacaatgagaagctccactaatgacagctgattgatctcaaatggaagag
gtttgtagggccaaattacggactggtttgctatcccatctatcagacta
gaattggaactgaaataacaatgttcttccaacaccaaaatctaaatagc
ttcttaacatgactttattttctaaattttatacagtaatttaataggag
tatctctatatctgtgaatgatattttaatgacatgattgagatgagaga
tctccattatattggcaacatccagtgtaccagctaacaggacttagaac
tcaactgagagatgttttattcccaaagaatagaatcaatgagtgatttt
tctgcctttgagtctgagtataagagaaaattaaaattaacaacatatct
tctgtcaacaaaataatttctataaacaacattccttatcttgtaggatg
aatttatcatgttatttatatgtggacatttagttaaattttaatagcag
agagtaagtgagaattcattatgactgaattaatcacaaacacacagaca
catttttatttaaaataaaatacaaatttagacactgtagaatgtgtaag
attgaataaatggagaaataaaattttatctaaacatggccatattttgg
ccaaacattccctaaaatttcctatgaaaattataattgtagttttccta
atcag

atcctccaagttgtatgtcattctcaaaattatgtctcaccaccaggcca
aattaagagattgttaagaactaagtatgtcaaagcaaggcaaaagaaat
ctatgcattcattttttgcaaatgttattgctactacacgtaagcatgca
taagatatatccttaaggttatatactaataaatgtatatgttatcaaag
tgattcatattgtaataaaacagaaaaacaagatttgcgacatctgcttt
ttacagctctagactttaaaaagcaaaacctgtcttcgcagctggaatct
gcaatcaggacacttggaaaccttaagcaggaggtcactgcaagtgtcag
cccagcagagcattgtagagagattgagatggggagggtggagtgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_97191296_97192449
seq2: B6Ng01-289C01.b_44_1198

seq1  GAATTCCTCTTCCATGTGACCCACCTAGTTTAGAGTTTCCTTCTCAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTCCATGTGACCCACCTAGTTTAGAGTTTCCTTCTCAAGAA  50

seq1  GGGGTGAAAGTTTATTTATTTGAGCAAAAGCAATTTATCAATGACTACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAAAGTTTATTTATTTGAGCAAAAGCAATTTATCAATGACTACCT  100

seq1  CTCTGAAGAAAGCCATAAGTTTTCCCCCCAAACAATCATTGACTGCCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAGAAAGCCATAAGTTTTCCCCCCAAACAATCATTGACTGCCAAT  150

seq1  AGTCTTCAGGGCATGCTGAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCAGGGCATGCTGAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAG  200

seq1  AATATGAAAGGAAGTCACCTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAAGGAAGTCACCTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTT  250

seq1  ACAGTATGTTGGAGTCCAATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATGTTGGAGTCCAATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTT  300

seq1  CGCTTCCTGTGACTCTGACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCCTGTGACTCTGACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTT  350

seq1  GAGCCTTATAGGGTTAAATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTATAGGGTTAAATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACC  400

seq1  ACTTATTTTTGGCATTTTGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTTTGGCATTTTGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTC  450

seq1  TACAATGAGAAGCTCCACTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGAGAAGCTCCACTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAG  500

seq1  GTTTGTAGGGCCAAATTACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAGGGCCAAATTACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTA  550

seq1  GAATTGGAACTGAAATAACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGAACTGAAATAACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGC  600

seq1  TTCTTAACATGACTTTATTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACATGACTTTATTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAG  650

seq1  TATCTCTATATCTGTGAATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTATATCTGTGAATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGA  700

seq1  TCTCCATTATATTGGCAACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTATATTGGCAACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAAC  750

seq1  TCAACTGAGAGATGTTTTATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGAGAGATGTTTTATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTT  800

seq1  TCTGCCTTTGAGTCTGAGTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTTGAGTCTGAGTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCT  850

seq1  TCTGTCAACAAAATAATTTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAACAAAATAATTTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATG  900

seq1  AATTTATCATGTTATTTATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATCATGTTATTTATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAG  950

seq1  AGAGTAAGGTGAGAATTCATTATGACTGAATTAATCACAAACACACAGAC  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAA-GTGAGAATTCATTATGACTGAATTAATCACAAACACACAGAC  999

seq1  ACATTTTTATTTAAAATAAAATACAAA-TTAGACACTGTAGAATTGTGTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  ACATTTTTATTTAAAATAAAATACAAATTTAGACACTGTAGAA-TGTGTA  1048

seq1  AGATTGA--TAATGGAGAAATAAAAATTTTATCTAAACATGG-CATATTT  1096
      |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGATTGAATAAATGGAGAAAT-AAAATTTTATCTAAACATGGCCATATTT  1097

seq1  TG--CAAACATTTCCTAAAAATTTCCTATGAATATTAATAATTGTAATTT  1144
      ||  |||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||
seq2  TGGCCAAACATTCCCT-AAAATTTCCTATGAAAATT-ATAATTGTAGTTT  1145

seq1  TCCTATTCAG  1154
      ||||| ||||
seq2  TCCTAATCAG  1155


seq1: chr1_97350099_97350503
seq2: B6Ng01-289C01.g_70_474 (reverse)

seq1  CATACACTCCACCCTCCCCATCTCAATCTCTCTACAATGCTCTGCTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACTCCACCCTCCCCATCTCAATCTCTCTACAATGCTCTGCTGGGC  50

seq1  TGACACTTGCAGTGACCTCCTGCTTAAGGTTTCCAAGTGTCCTGATTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTTGCAGTGACCTCCTGCTTAAGGTTTCCAAGTGTCCTGATTGCA  100

seq1  GATTCCAGCTGCGAAGACAGGTTTTGCTTTTTAAAGTCTAGAGCTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCAGCTGCGAAGACAGGTTTTGCTTTTTAAAGTCTAGAGCTGTAAA  150

seq1  AAGCAGATGTCGCAAATCTTGTTTTTCTGTTTTATTACAATATGAATCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGATGTCGCAAATCTTGTTTTTCTGTTTTATTACAATATGAATCAC  200

seq1  TTTGATAACATATACATTTATTAGTATATAACCTTAAGGATATATCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAACATATACATTTATTAGTATATAACCTTAAGGATATATCTTAT  250

seq1  GCATGCTTACGTGTAGTAGCAATAACATTTGCAAAAAATGAATGCATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTACGTGTAGTAGCAATAACATTTGCAAAAAATGAATGCATAGA  300

seq1  TTTCTTTTGCCTTGCTTTGACATACTTAGTTCTTAACAATCTCTTAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTGCCTTGCTTTGACATACTTAGTTCTTAACAATCTCTTAATTT  350

seq1  GGCCTGGTGGTGAGACATAATTTTGAGAATGACATACAACTTGGAGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGTGGTGAGACATAATTTTGAGAATGACATACAACTTGGAGGATG  400

seq1  AATTC  405
      |||||
seq2  AATTC  405


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |