BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289G05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 181,002,282 - 181,153,557
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmyd3, LOC666354
Upstream geneLOC666262, 5830417C01Rik, LOC666284, 4930527J03Rik, LOC666295, B230369F24Rik, LOC669454, 2310005N03Rik, Hnrpu, Efcab2, D230039L06Rik, Kif26b
Downstream geneLOC433941, Tfb2m, LOC100040874, 9630058J23Rik, Sccpdh, Gm1305, Ahctf1, LOC100040914, LOC100042190, Cdc42bpa, Cabc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289G05.bB6Ng01-289G05.g
ACCGA086804GA086805
length1,0431,145
definitionB6Ng01-289G05.b B6Ng01-289G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(181,152,522 - 181,153,557)(181,002,282 - 181,003,400)
sequence
gaattcatttggaagagttaaaaacaaaaaatcacttctgtcttttggtc
ttgagttgactatgcttaagactgccatgggggtgggggtgacccaggtg
acacagctgggggtctggtgagcttatgagaatggaattcagaagaccca
tttgtttacaagagcctcagcaatccattgtattgtttccatctgcttta
ggtctgcaaagacaagtgttgggattttctttaataggctctcttttgag
ttagttaattcagctaagtctacaattacccagggaaggcagggttcctg
ctctgaattgcttgatgaggggccagtgggctgggctgtacatcttggag
ccacccacctggatagtacaaactgctctgttataaaaagatgcaccttt
atgagcttgtccacggttgatacatggctcctttgtttaaagaacaatcc
gaagagaagtactttgcctccattttttggagagctgttttctaaatggg
aaaaaatagaaatattaacagctcaaaaggctttttccaatagcctggtt
ttccaataggcagtttccaacagtccaacattcatgcatgcatgcattca
ttcattcattcattcattcattcattcattatttctcattcattctaact
tgcttgggagctatacttatcttccttgtgcttctagaaggtatagatca
gtgccaaagggcttgcctaccaaatagtagttcctggatttgatccccag
ccaaacaaagccccctgggccccacaagtgttaactcatccatgatgttc
ccttagcagttaatatccaaagctattgaagacccacgaagcagaacttt
acggttacctcaatagcccacagctttcttatgagctagtaccttttcag
aagcagagagaacgggaggagagatagggctgggaacatggcttcaattg
ggtaaggaaccctgtgggcacagcaggaataccagaattcccagcattcc
ctgaaaggcttggggcatgtgccaaccttagcactgggaaggg
gaattctttggaactttggtctaacaaagactttgagggctcaaagctca
atgggctgttctacgggagctgggaagacaagcatgctgaaagcaagcat
gtgagcagcactccttcactgctccaggtgtctgcctccaggtgcctgct
ccaggtgcctgcctccaggtgcctgctccaggtgcctgcctccaggtgcc
tgctccaggtgcctgcctccaggtgcctgcctccaggtgccttctccagg
tgtctgcctccaggtgcctgcctcaaggtgcctgctccaggtgcctgcct
ccaggtgcctgcctccaggtgcctgcctccaggtgcctgctccaggtgcc
taactccagctagtccctgcctggacttccctcgctgacagaagatgaga
tacacccctttcttccttagttagtcatggtatttatcacaacaacagag
agcagactaatgcaggaatgtgggactgtctctgtaggaatgtgggcatg
gccctgcagcattgacccttcctattaactgtgacttgcttttaaggggt
ctttaggtgaaaggctctccttgtaggtctctaaagagcacagtgggatg
cacaagttcttgttgactgttgtcatagaagcaacaaataaagtagaatg
atctaaacaagaaaaataattttatacaatattttttggtataatgtctg
gttctccctccccccccccccccttcaaaacatctcattcctccaaggga
gtttatccagccaagagcaacagattggtgaaactaggaagaggggaaac
ttttgggaaaatttcagaggcccaatggttgggaaagactttttccttag
aagaacatccacagaaagaaatgggtagcctattaaaaacaaaagtcaac
catgctacatgtagttctcttgttcttgttttccaccagcttcaaggagc
ccaggaagcttcagaccagcccccgggttaggacctccttccgtgagcct
gccacatccccagttccctaatctgtcctccacttctgctttccaccttt
ctccgctgactgcgcagctttctctgaactttttaggtagaagccgcctg
gcacacaggctacggatgagcctcgtggaatgctacctggatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_181152522_181153557
seq2: B6Ng01-289G05.b_49_1091 (reverse)

seq1  CCCTTCCCTCCCTCCAGTGCTAAGGT--GC-CATGCCC--AG-CTTTCAG  44
      ||||||       |||||||||||||  || |||||||  || |||||||
seq2  CCCTTC-------CCAGTGCTAAGGTTGGCACATGCCCCAAGCCTTTCAG  43

seq1  GGAATGCTGGGAA-TCTGGTATTCCTGCTTGTG-CCACA-GGTTCCTTA-  90
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| 
seq2  GGAATGCTGGGAATTCTGGTATTCCTGC-TGTGCCCACAGGGTTCCTTAC  92

seq1  CCAACTG-AGCCATGTTCCCAG-CCTATCTCTCCT-CCGTTCTCTCTGCT  137
      |||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCAATTGAAGCCATGTTCCCAGCCCTATCTCTCCTCCCGTTCTCTCTGCT  142

seq1  TCTG-AAAGGTACTAGCTCATAAG-AAGCTGTGGGCTATTGAGGTAACCG  185
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAAGGTACTAGCTCATAAGAAAGCTGTGGGCTATTGAGGTAACCG  192

seq1  TAAAGTTCTGCTTCGTGGGTCTTCAATAGCTTTGGATATTAACTGCTAAG  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTCTGCTTCGTGGGTCTTCAATAGCTTTGGATATTAACTGCTAAG  242

seq1  GGAACATCATGGATGAGTTAACACTTGTGGGGCCCAGGGGGCTTTGTTTG  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATCATGGATGAGTTAACACTTGTGGGGCCCAGGGGGCTTTGTTTG  292

seq1  GCTGGGGATCAAATCCAGGAACTACTATTTGGTAGGCAAGCCCTTTGGCA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGATCAAATCCAGGAACTACTATTTGGTAGGCAAGCCCTTTGGCA  342

seq1  CTGATCTATACCTTCTAGAAGCACAAGGAAGATAAGTATAGCTCCCAAGC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTATACCTTCTAGAAGCACAAGGAAGATAAGTATAGCTCCCAAGC  392

seq1  AAGTTAGAATGAATGAGAAATAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGAATGAATGAGAAATAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGA  442

seq1  ATGAATGCATGCATGCATGAATGTTGGACTGTTGGAAACTGCCTATTGGA  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGCATGCATGCATGAATGTTGGACTGTTGGAAACTGCCTATTGGA  492

seq1  AAACCAGGCTATTGGAAAAAGCCTTTTGAGCTGTTAATATTTCTATTTTT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGGCTATTGGAAAAAGCCTTTTGAGCTGTTAATATTTCTATTTTT  542

seq1  TCCCATTTAGAAAACAGCTCTCCAAAAAATGGAGGCAAAGTACTTCTCTT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTTAGAAAACAGCTCTCCAAAAAATGGAGGCAAAGTACTTCTCTT  592

seq1  CGGATTGTTCTTTAAACAAAGGAGCCATGTATCAACCGTGGACAAGCTCA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTGTTCTTTAAACAAAGGAGCCATGTATCAACCGTGGACAAGCTCA  642

seq1  TAAAGGTGCATCTTTTTATAACAGAGCAGTTTGTACTATCCAGGTGGGTG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTGCATCTTTTTATAACAGAGCAGTTTGTACTATCCAGGTGGGTG  692

seq1  GCTCCAAGATGTACAGCCCAGCCCACTGGCCCCTCATCAAGCAATTCAGA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAAGATGTACAGCCCAGCCCACTGGCCCCTCATCAAGCAATTCAGA  742

seq1  GCAGGAACCCTGCCTTCCCTGGGTAATTGTAGACTTAGCTGAATTAACTA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACCCTGCCTTCCCTGGGTAATTGTAGACTTAGCTGAATTAACTA  792

seq1  ACTCAAAAGAGAGCCTATTAAAGAAAATCCCAACACTTGTCTTTGCAGAC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAAGAGAGCCTATTAAAGAAAATCCCAACACTTGTCTTTGCAGAC  842

seq1  CTAAAGCAGATGGAAACAATACAATGGATTGCTGAGGCTCTTGTAAACAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCAGATGGAAACAATACAATGGATTGCTGAGGCTCTTGTAAACAA  892

seq1  ATGGGTCTTCTGAATTCCATTCTCATAAGCTCACCAGACCCCCAGCTGTG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCTTCTGAATTCCATTCTCATAAGCTCACCAGACCCCCAGCTGTG  942

seq1  TCACCTGGGTCACCCCCACCCCCATGGCAGTCTTAAGCATAGTCAACTCA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGGTCACCCCCACCCCCATGGCAGTCTTAAGCATAGTCAACTCA  992

seq1  AGACCAAAAGACAGAAGTGATTTTTTGTTTTTAACTCTTCCAAATGAATT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAAAGACAGAAGTGATTTTTTGTTTTTAACTCTTCCAAATGAATT  1042

seq1  C  1036
      |
seq2  C  1043

seq1: chr1_181002282_181003400
seq2: B6Ng01-289G05.g_66_1210

seq1  GAATTCTTTGGAACTTTGGTCTAACAAAGACTTTGAGGGCTCAAAGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAACTTTGGTCTAACAAAGACTTTGAGGGCTCAAAGCTCA  50

seq1  ATGGGCTGTTCTACGGGAGCTGGGAAGACAAGCATGCTGAAAGCAAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGTTCTACGGGAGCTGGGAAGACAAGCATGCTGAAAGCAAGCAT  100

seq1  GTGAGCAGCACTCCTTCACTGCTCCAGGTGTCTGCCTCCAGGTGCCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAGCACTCCTTCACTGCTCCAGGTGTCTGCCTCCAGGTGCCTGCT  150

seq1  CCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCC  200

seq1  TGCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTTCTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTTCTCCAGG  250

seq1  TGTCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCAAGGTGCCTGCTCCAGGTGCCTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCAAGGTGCCTGCTCCAGGTGCCTGCCT  300

seq1  CCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCTCCAGGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCCTCCAGGTGCCTGCTCCAGGTGCC  350

seq1  TAACTCCAGCTAGTCCCTGCCTGGACTTCCCTCGCTGACAGAAGATGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCCAGCTAGTCCCTGCCTGGACTTCCCTCGCTGACAGAAGATGAGA  400

seq1  TACACCCCTTTCTTCCTTAGTTAGTCATGGTATTTATCACAACAACAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCCTTTCTTCCTTAGTTAGTCATGGTATTTATCACAACAACAGAG  450

seq1  AGCAGACTAATGCAGGAATGTGGGACTGTCTCTGTAGGAATGTGGGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACTAATGCAGGAATGTGGGACTGTCTCTGTAGGAATGTGGGCATG  500

seq1  GCCCTGCAGCATTGACCCTTCCTATTAACTGTGACTTGCTTTTAAGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCAGCATTGACCCTTCCTATTAACTGTGACTTGCTTTTAAGGGGT  550

seq1  CTTTAGGTGAAAGGCTCTCCTTGTAGGTCTCTAAAGAGCACAGTGGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGTGAAAGGCTCTCCTTGTAGGTCTCTAAAGAGCACAGTGGGATG  600

seq1  CACAAGTTCTTGTTGACTGTTGTCATAGAAGCAACAAATAAAGTAGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTTCTTGTTGACTGTTGTCATAGAAGCAACAAATAAAGTAGAATG  650

seq1  ATCTAAACAAGAAAAATAATTTTATACAATATTTTTTGGTATAATGTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAACAAGAAAAATAATTTTATACAATATTTTTTGGTATAATGTCTG  700

seq1  GTTCTCCCT-CCCCCCCCCCCCCTTCAAAACATCTCATTCCTCCAA-GGA  748
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTCTCCCTCCCCCCCCCCCCCCTTCAAAACATCTCATTCCTCCAAGGGA  750

seq1  G-TTATCCAG-CAAGAGCAACAGATT-GTGAAACTAGGAAGAGGGGAAAC  795
      | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCCAGCCAAGAGCAACAGATTGGTGAAACTAGGAAGAGGGGAAAC  800

seq1  -TTTGGGAAAA-TTCAGAGGCCAAATGGTTGGGAAAGACTTTT--CTTAG  841
       |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||
seq2  TTTTGGGAAAATTTCAGAGGCCCAATGGTTGGGAAAGACTTTTTCCTTAG  850

seq1  AAG-ACATCCACAG-AAGAAAT-GGTAGCCTATTAAAAAC-AAAGTCAAC  887
      ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAACATCCACAGAAAGAAATGGGTAGCCTATTAAAAACAAAAGTCAAC  900

seq1  CATGCTACATGTAG-TCTCT--GTCT--GTTTCCA-CAGCT--CAGGAAG  929
      |||||||||||||| |||||   |||   |||||| |||||   ||||  
seq2  CATGCTACATGTAGTTCTCTTGTTCTTGTTTTCCACCAGCTTCAAGGAGC  950

seq1  CCAGGAAGC-TCAGA-CAGCCCC--GGGTAGGA-CTC--TTCGTGAGCCT  972
      ||||||||| ||||| |||||||  || ||||| |||  | |||||||||
seq2  CCAGGAAGCTTCAGACCAGCCCCCGGGTTAGGACCTCCTTCCGTGAGCCT  1000

seq1  G-CACAATCCCAGTTCCTTAATCTGTCCT-CACTTCTGCTTTCCACCTTT  1020
      | ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATCCCCAGTTCCCTAATCTGTCCTCCACTTCTGCTTTCCACCTTT  1050

seq1  CTCCGCTGACTGCGGCAGCTTTCTCTGACTTTTTAAGTTAGAGAGCCGCC  1070
      ||||||||||||| ||||||||||||||  |||| || |||| |||||||
seq2  CTCCGCTGACTGC-GCAGCTTTCTCTGAACTTTTTAGGTAGA-AGCCGCC  1098

seq1  T-GCACACA-GCTACAGGATGAAGCTCGTGGAGAATGCTACCCTGGATCT  1118
      | ||||||| ||||| ||||||  ||||||  |||||||| |||||||||
seq2  TGGCACACAGGCTAC-GGATGAGCCTCGTG--GAATGCTA-CCTGGATCT  1144

seq1  T  1119
      |
seq2  T  1145