BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289H07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 114,399,867 - 114,442,942
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897, LOC666615
Downstream geneLOC666635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289H07.bB6Ng01-289H07.g
ACCGA086850GA086851
length1,057975
definitionB6Ng01-289H07.b B6Ng01-289H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,399,867 - 114,400,922)(114,442,077 - 114,442,942)
sequence
gaattctcctaggcatgtaattttcattgtgactttcttccaaaaagttg
ctcctagaaattttaatgtaagaagtggtgaagaaaaatgcccagcaatc
actgcttcagccaggtaccaaggacaatgtcaacaattgttaataaagtt
gatagcatgcttctctgatagagtaagctgtaaatgcaacttgaactatg
cagttttcctcaggataacctgactccactataattatacaaacaagatc
aagcattttccagaattggccatatggcaaaacactcttgatcaggataa
ggcaaagctctcaaagttatcacaaaacacgggtattttaagaaactttt
tcaggcaaattaaaccttaggggacatgaagactgcatgacaagtggcat
acgagatggaaatctgtaaaaagctaaatatattgttaaatgtgtgaaat
ttacatgctatgctccagtcatagttttctggttaccagaaatatatcat
ggcaatgagaagttaataggaagaggatcagatgaatggtgtgtgagaat
tccatgtattatataatttcttgtttgcaaatgtaaacatgttatcttat
agattttaacttactaaaaacaggtagtttaaatgatcaaatactattta
ctaaataataatagaggaaagtaaaccaaaataattgagttaacagaaat
ttgtattcgtgaaaatttctagccacaaatatacatgctacaaaattttt
catatttatggtttaagtatctacctgaagaacattgacaggatactggg
cctttccaatgactaagtagtcacaagtgattgctatgcaattgagatgc
ctctgttcactctgatgtcccatctaaagtttaatgaaacaacaagctta
agaaaactgtcctttgacctccatgagtgccatgtcatggttgagtccac
acatcatgagtacgtgcatgcagacacacacacacacagtagttattatt
attataagtaaatgaaatacatttaattttatagggaattttgtagtagt
attggtg

gaattcagatgtccctcaacaaaagaatggatatagaaattttggtacat
ttaaacaatggagttctacccatctattaaaaacaatgacttcatgaggt
aagtggaggtaactctaaaataatcatcctgagtgaggaaacccagttac
aagagaatacacatggtatgtactcactgataagtggatattagccaaaa
ataagatcggaatacccacgatgtaactgtatgaagctcaagaagaaaga
agaatcatattatacttaaggtgagacaggaggcagagaaagggcagtct
ccagaaatcccacaaattagctgtcctagcatttgcaatagcaaacaaag
acacatgaaaaaaagaagaggccaggcagtggtggtgcatgcctttaatc
ccagcacttgcgaggcagaggcaggtggatctctgagtttgaggccagcc
tggtccagagtgtgttccaggacagccagagctacacagagaaaccctgt
ctcaaaaaacaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaacaaacaaaa
aaaagaaaaaagggaggaccagcacttgatattgtcttctcacttctgag
ggcatgacatagcatgtgcatacactcacacaatgattaaaataaaaaag
agaaagttgtgttctaataaaatgtccatgcactaaagtttggtaatatc
tttcagggttactggaaaatttactctctgattacaataattcagattct
aactacctattgcaaagcgtatacacaagacattcatccatgtatacaga
acttattcataatagtgaaaatgcaaacactctaaatgtctgttggaaaa
taaactgattgaataaatgagtaactctctaaataggactgcaataaact
ataaaatagattgcatgtcttttattttacagtgattattttaagataga
tttatattttaaagtggaaaaacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_114399867_114400922
seq2: B6Ng01-289H07.b_44_1100

seq1  GAATTCTCCTAGGCATGTAATTTTCATTGTGACTTTCTTCCAAAAAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTAGGCATGTAATTTTCATTGTGACTTTCTTCCAAAAAGTTG  50

seq1  CTCCTAGAAATTTTAATGTAAGAAGTGGTGAAGAAAAATGCCCAGCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGAAATTTTAATGTAAGAAGTGGTGAAGAAAAATGCCCAGCAATC  100

seq1  ACTGCTTCAGCCAGGTACCAAGGACAATGTCAACAATTGTTAATAAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCAGCCAGGTACCAAGGACAATGTCAACAATTGTTAATAAAGTT  150

seq1  GATAGCATGCTTCTCTGATAGAGTAAGCTGTAAATGCAACTTGAACTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATGCTTCTCTGATAGAGTAAGCTGTAAATGCAACTTGAACTATG  200

seq1  CAGTTTTCCTCAGGATAACCTGACTCCACTATAATTATACAAACAAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCCTCAGGATAACCTGACTCCACTATAATTATACAAACAAGATC  250

seq1  AAGCATTTTCCAGAATTGGCCATATGGCAAAACACTCTTGATCAGGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTTCCAGAATTGGCCATATGGCAAAACACTCTTGATCAGGATAA  300

seq1  GGCAAAGCTCTCAAAGTTATCACAAAACACGGGTATTTTAAGAAACTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTCTCAAAGTTATCACAAAACACGGGTATTTTAAGAAACTTTT  350

seq1  TCAGGCAAATTAAACCTTAGGGGACATGAAGACTGCATGACAAGTGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAAATTAAACCTTAGGGGACATGAAGACTGCATGACAAGTGGCAT  400

seq1  ACGAGATGGAAATCTGTAAAAAGCTAAATATATTGTTAAATGTGTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGATGGAAATCTGTAAAAAGCTAAATATATTGTTAAATGTGTGAAAT  450

seq1  TTACATGCTATGCTCCAGTCATAGTTTTCTGGTTACCAGAAATATATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGCTATGCTCCAGTCATAGTTTTCTGGTTACCAGAAATATATCAT  500

seq1  GGCAATGAGAAGTTAATAGGAAGAGGATCAGATGAATGGTGTGTGAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGAGAAGTTAATAGGAAGAGGATCAGATGAATGGTGTGTGAGAAT  550

seq1  TCCATGTATTATATAATTTCTTGTTTGCAAATGTAAACATGTTATCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATTATATAATTTCTTGTTTGCAAATGTAAACATGTTATCTTAT  600

seq1  AGATTTTAACTTACTAAAAACAGGTAGTTTAAATGATCAAATACTATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAACTTACTAAAAACAGGTAGTTTAAATGATCAAATACTATTTA  650

seq1  CTAAATAATAATAGAGGAAAGTAAACCAAAATAATTGAGTTAACAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATAATAGAGGAAAGTAAACCAAAATAATTGAGTTAACAGAAAT  700

seq1  TTGTATTCGTGAAAATTTCTAGCCACAAATATACATGCTACAAAATTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTCGTGAAAATTTCTAGCCACAAATATACATGCTACAAAATTTTT  750

seq1  CATATTTATGGTTTAAGTATCTACCTGAAGAACATTGACAGGATACTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATGGTTTAAGTATCTACCTGAAGAACATTGACAGGATACTGGG  800

seq1  CCTTTCCAATGACTAAGTAGTCACAAGTGATTGCTATGCAATTGAGATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCAATGACTAAGTAGTCACAAGTGATTGCTATGCAATTGAGATGC  850

seq1  CTCTGTTCACTCTGATGTCCCATCTAAAGTTTAATGAAACAACAAGCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCACTCTGATGTCCCATCTAAAGTTTAATGAAACAACAAGCTTA  900

seq1  AGAAAACTGTCCTTTGACCTCCATGAGTGCCATGTCATGGTTGAGTCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTGTCCTTTGACCTCCATGAGTGCCATGTCATGGTTGAGTCCAC  950

seq1  ACATCATGAGTACGTGCATGCAGACACACACACACACAGTAGTTATTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGAGTACGTGCATGCAGACACACACACACACAGTAGTTATTATT  1000

seq1  ATTATAAGTAAATGAAATACATTTAATTTTATAGGGAA-TTTGTAGTAGT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTATAAGTAAATGAAATACATTTAATTTTATAGGGAATTTTGTAGTAGT  1050

seq1  ATTGGTG  1056
      |||||||
seq2  ATTGGTG  1057


seq1: chr1_114442077_114442942
seq2: B6Ng01-289H07.g_68_934 (reverse)

seq1  TTTATTCAATCAGTTTA-TTTCCAACAGACATTTAGAGTGTTTGCATTTT  49
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAATCAGTTTATTTTCCAACAGACATTTAGAGTGTTTGCATTTT  50

seq1  CACTATTATGAATAAGTTCTGTATACATGGATGAATGTCTTGTGTATACG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTATGAATAAGTTCTGTATACATGGATGAATGTCTTGTGTATACG  100

seq1  CTTTGCAATAGGTAGTTAGAATCTGAATTATTGTAATCAGAGAGTAAATT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAATAGGTAGTTAGAATCTGAATTATTGTAATCAGAGAGTAAATT  150

seq1  TTCCAGTAACCCTGAAAGATATTACCAAACTTTAGTGCATGGACATTTTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTAACCCTGAAAGATATTACCAAACTTTAGTGCATGGACATTTTA  200

seq1  TTAGAACACAACTTTCTCTTTTTTATTTTAATCATTGTGTGAGTGTATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACACAACTTTCTCTTTTTTATTTTAATCATTGTGTGAGTGTATGC  250

seq1  ACATGCTATGTCATGCCCTCAGAAGTGAGAAGACAATATCAAGTGCTGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTATGTCATGCCCTCAGAAGTGAGAAGACAATATCAAGTGCTGGT  300

seq1  CCTCCCTTTTTTCTTTTTTTTGTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTTTTTCTTTTTTTTGTTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT  350

seq1  TTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTG  400

seq1  GAACACACTCTGGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCCACCTGCCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACACTCTGGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCCACCTGCCTC  450

seq1  TGCCTCGCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACTGCCTGGCCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCGCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACTGCCTGGCCTC  500

seq1  TTCTTTTTTTCATGTGTCTTTGTTTGCTATTGCAAATGCTAGGACAGCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTTTCATGTGTCTTTGTTTGCTATTGCAAATGCTAGGACAGCTA  550

seq1  ATTTGTGGGATTTCTGGAGACTGCCCTTTCTCTGCCTCCTGTCTCACCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGGGATTTCTGGAGACTGCCCTTTCTCTGCCTCCTGTCTCACCTT  600

seq1  AAGTATAATATGATTCTTCTTTCTTCTTGAGCTTCATACAGTTACATCGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATAATATGATTCTTCTTTCTTCTTGAGCTTCATACAGTTACATCGT  650

seq1  GGGTATTCCGATCTTATTTTTGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTCCGATCTTATTTTTGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACAT  700

seq1  ACCATGTGTATTCTCTTGTAACTGGGTTTCCTCACTCAGGATGATTATTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGTATTCTCTTGTAACTGGGTTTCCTCACTCAGGATGATTATTT  750

seq1  TAGAGTTACCTCCACTTACCTCATGAAGTCATTGTTTTTAATAGATGGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTACCTCCACTTACCTCATGAAGTCATTGTTTTTAATAGATGGGT  800

seq1  AGAACTCCATTGTTTAAATGTACCAAAATTTCTATATCCATTCTTTTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCCATTGTTTAAATGTACCAAAATTTCTATATCCATTCTTTTGTT  850

seq1  GAGGGACATCTGAATTC  866
      |||||||||||||||||
seq2  GAGGGACATCTGAATTC  867


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |