BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290D04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,909,203 - 134,101,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221
Upstream geneIl10, Mapkapk2, Dyrk3, Lgtn, Rassf5, Ikbke, Srgap2, LOC100042826, LOC100042821, 2700049P18Rik, Avpr1b, LOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3
Downstream geneLemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc, Lrrn2, Mdm4, LOC638636, Pik3c2b, Ppp1r15b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290D04.bB6Ng01-290D04.g
ACCGA087396GA087397
length1,1221,081
definitionB6Ng01-290D04.b B6Ng01-290D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,909,203 - 133,910,327)(134,100,679 - 134,101,761)
sequence
gaattcttctcatgaagttctgtgaggagaatgtctctgagacagcactg
cgttgttgtgtgtcacctggcagaggggttgtcagctaggatgatttgac
tgcagagacagtctcagcagcaagggtactaatgtctagtgggtggtagc
cagggtgctggtactgttgaaccacacagtgctctggacagtcccacagc
ataggattaggcagttctagtggcaggcttgctagaattgggatgggaaa
ctctcgcccgaacaggaagacttgaatattgaaggatttttcttctgttc
ttgttctgatcggtaattaaacagaagacgacactgggcagactgtgagt
cggtaacagagctgcagactgaattggggaacattttgttgaattttcag
ggctgccagtttgtatgtaaactaccctgctatgacgcttaactgtctgg
aggagaagtacaagttggactaggaacagattgatccctccacgtcagcc
tcctggccacccgagactcacatcttgtcagagaaacacaatgggctcat
ttagctgtacattgaactggtggtcttctaagagaatgtgatgataataa
gactttaaggtaaaagttaagaactggggctgggggctggagagatggct
cagcagttatagagcactgactgctcttctgaaggtcctgagttcaaatc
ccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgagatctggcacct
tcttctggtgtgtctgaagacagctacagtgtacttacatataataaata
aataaatctttaaaaaaaaaaaaaactgcggctggagagatggctcagca
gtttaagagctgctcttccagaggccctgagttcaattcccagcaaccac
atggtggctcacaactgtctgtaatgggatctaattgccctcttctagtg
tgtatctgaagacagctgcagtattcatgttaaataaaaataaataatct
ttttaaaaaagtatgtgttaaaaaaaaaaaaacagttaagactgaccctc
tgttgacttcagtctttagctcatgctatcaattttatgacctagcctta
ctttcctttggaaagcttgctg
gaattccctgtgctcagaaggtgcgctatgccaacagcttcccaaggaca
gaagggaacgaggcagggtgtgagtaaacaaaatgggatcagtggtgtgg
ccgagctctagggatagtccctgaggggcttagtgcctgaggaaaggtct
ccccacatctgtgtgctgacaaagaactgagggcttcatgaaactggtag
gtcagggccagacacacagaagagccttctactgtctgacccttcgaatg
tctgattcggtcctccatctcagtcctggcccacctggcccaagaggatg
caaagaaagggctaagaccctggagccccagcctagactccatcttgtgt
ttgatggtggtgtcgcatacatcaaaccctccaaagtctgcaaaaacagt
tactttgctgtttagcaactgctttcctctcccaaggctgcataagcttc
atgggaggggtcccctgagaagagccccaaagtttcattccttgatccta
gggaggctgtccagtctccagaaggcaagtggcagatcctggggaaaccc
ttgtgtagctgaggcctctccaggagcacaaaagattggtagctaatagg
ggtgggcacaagaaggcggatgtcctcaggttgttggtcaggtaccagtt
aaataaagatggaagacacacgctctgagcaccacagcagcctcaggctc
agatccacggggagctgacaagggaggccctggttctgctcacaccactg
tctccctctctctgtgaacttcgtccttcttcctcttcatcttgcagaag
ccgtgaagaccacagaaacaggcgaaagtgaactggggcatgccctgggc
cgggcgggggaatgctcaacagatgtctgtaagggaaagacagggtagaa
gaatgggagagatgcagagagagagagagacagaagtaagctgggttatc
attcccagaagcctccgggctccctgaggctgctgcctgtcctacattgg
aagtaaacggtttccatcaccaaactcagcttctcctttcctgaagctgt
gttgttcaagcccttctgcctcacctcagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133909203_133910327
seq2: B6Ng01-290D04.b_48_1169

seq1  GAATTCTTCTCATGAAGTTCTGTGAGGAGAATGTCTCTGAGACAGCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCATGAAGTTCTGTGAGGAGAATGTCTCTGAGACAGCACTG  50

seq1  CGTTGTTGTGTGTCACCTGGCAGAGGGGTTGTCAGCTAGGATGATTTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTTGTGTGTCACCTGGCAGAGGGGTTGTCAGCTAGGATGATTTGAC  100

seq1  TGCAGAGACAGTCTCAGCAGCAAGGGTACTAATGTCTAGTGGGTGGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGACAGTCTCAGCAGCAAGGGTACTAATGTCTAGTGGGTGGTAGC  150

seq1  CAGGGTGCTGGTACTGTTGAACCACACAGTGCTCTGGACAGTCCCACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCTGGTACTGTTGAACCACACAGTGCTCTGGACAGTCCCACAGC  200

seq1  ATAGGATTAGGCAGTTCTAGTGGCAGGCTTGCTAGAATTGGGATGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTAGGCAGTTCTAGTGGCAGGCTTGCTAGAATTGGGATGGGAAA  250

seq1  CTCTCGCCCGAACAGGAAGACTTGAATATTGAAGGATTTTTCTTCTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGCCCGAACAGGAAGACTTGAATATTGAAGGATTTTTCTTCTGTTC  300

seq1  TTGTTCTGATCGGTAATTAAACAGAAGACGACACTGGGCAGACTGTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTGATCGGTAATTAAACAGAAGACGACACTGGGCAGACTGTGAGT  350

seq1  CGGTAACAGAGCTGCAGACTGAATTGGGGAACATTTTGTTGAATTTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAACAGAGCTGCAGACTGAATTGGGGAACATTTTGTTGAATTTTCAG  400

seq1  GGCTGCCAGTTTGTATGTAAACTACCCTGCTATGACGCTTAACTGTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCAGTTTGTATGTAAACTACCCTGCTATGACGCTTAACTGTCTGG  450

seq1  AGGAGAAGTACAAGTTGGACTAGGAACAGATTGATCCCTCCACGTCAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGTACAAGTTGGACTAGGAACAGATTGATCCCTCCACGTCAGCC  500

seq1  TCCTGGCCACCCGAGACTCACATCTTGTCAGAGAAACACAATGGGCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCCACCCGAGACTCACATCTTGTCAGAGAAACACAATGGGCTCAT  550

seq1  TTAGCTGTACATTGAACTGGTGGTCTTCTAAGAGAATGTGATGATAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGTACATTGAACTGGTGGTCTTCTAAGAGAATGTGATGATAATAA  600

seq1  GACTTTAAGGTAAAAGTTAAGAACTGGGGCTGGGGGCTGGAGAGATGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAAGGTAAAAGTTAAGAACTGGGGCTGGGGGCTGGAGAGATGGCT  650

seq1  CAGCAGTTATAGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTTATAGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATC  700

seq1  CCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGGCACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGGCACCT  750

seq1  TCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATA  800

seq1  AATAAATC-TTAAAAAAAAAAAAAACTGCGGCTGGAGAGATGGCTCAGCA  849
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAACTGCGGCTGGAGAGATGGCTCAGCA  850

seq1  G-TTAAGAGCTGCTCTTCCAGAGGCCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCAC  898
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGAGCTGCTCTTCCAGAGGCCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCAC  900

seq1  ATGGTGGCTCACAACTGTCTGTAATGGGATCTAATTGCCCTCTTCTAGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCTCACAACTGTCTGTAATGGGATCTAATTGCCCTCTTCTAGTG  950

seq1  TGTATCTGAAGACAGCTGCAGTATTCATG-TAAATAAAAATAAATAAATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   
seq2  TGTATCTGAAGACAGCTGCAGTATTCATGTTAAATAAAAATAAATAATCT  1000

seq1  TTTTAAAAAAGTAATGTGTTAAAAAAAAAAAAAACAAGTTAAGAACTGAC  1047
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||
seq2  TTTTAAAAAAGT-ATGTGTTAAAAAAAAAAAAA--CAGTTAAG-ACTGAC  1046

seq1  CCTCTGTTGACTTCCAGTCTTTAGCTCATGCCTATCA--TTTATGGAACT  1095
      ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| || ||
seq2  CCTCTGTTGACTT-CAGTCTTTAGCTCATG-CTATCAATTTTAT-GACCT  1093

seq1  AGCTTTACTTT-CTTTGAAAGCTGCTTGCTG  1125
      ||| ||||||| ||||| ||   ||||||||
seq2  AGCCTTACTTTCCTTTGGAA--AGCTTGCTG  1122

seq1: chr1_134100679_134101761
seq2: B6Ng01-290D04.g_68_1148 (reverse)

seq1  GTCTGAGGTGAGGCAGAAGGCTTGGAACAACACAGGTTTCAGGAAAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | |||||||||||||
seq2  GTCTGAGGTGAGGCAGAAGGGCTTGAACAACACA-GCTTCAGGAAAGGAG  49

seq1  AAGCTGAGGTTTGGTGATGGAACCCGTTTAC-TCCAATGGTAGGACAGGC  99
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||
seq2  AAGCTGA-GTTTGGTGATGGAAACCGTTTACTTCCAAT-GTAGGACAGGC  97

seq1  AGCAGCCTCAGGGAGCCCGGAGGCTTCTGGGAATGATAACCCCAGCTTAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAGCCTCAGGGAGCCCGGAGGCTTCTGGGAATGATAA-CCCAGCTTAC  146

seq1  TTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGCATCTCTCCCATTCTTCTACCCTGTCTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGCATCTCTCCCATTCTTCTACCCTGTCTTT  196

seq1  CCC-TACAGACATCTGTTGAGCATTCCCCCGCCCGGCCCAGGGCATGCCC  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACAGACATCTGTTGAGCATTCCCCCGCCCGGCCCAGGGCATGCCC  246

seq1  CAGTTCACTTTCGCCTGTTTCTGTGGTCTTCACGGCTTCTGCAAGATGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCACTTTCGCCTGTTTCTGTGGTCTTCACGGCTTCTGCAAGATGAA  296

seq1  GAGGAAGAAGGACGAAGTTCACAGAGAGAGGGAGACAGTGGTGTGAGCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAAGGACGAAGTTCACAGAGAGAGGGAGACAGTGGTGTGAGCAG  346

seq1  AACCAGGGCCTCCCTTGTCAGCTCCCCGTGGATCTGAGCCTGAGGCTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGGCCTCCCTTGTCAGCTCCCCGTGGATCTGAGCCTGAGGCTGCT  396

seq1  GTGGTGCTCAGAGCGTGTGTCTTCCATCTTTATTTAACTGGTACCTGACC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCTCAGAGCGTGTGTCTTCCATCTTTATTTAACTGGTACCTGACC  446

seq1  AACAACCTGAGGACATCCGCCTTCTTGTGCCCACCCCTATTAGCTACCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCTGAGGACATCCGCCTTCTTGTGCCCACCCCTATTAGCTACCAA  496

seq1  TCTTTTGTGCTCCTGGAGAGGCCTCAGCTACACAAGGGTTTCCCCAGGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTGCTCCTGGAGAGGCCTCAGCTACACAAGGGTTTCCCCAGGAT  546

seq1  CTGCCACTTGCCTTCTGGAGACTGGACAGCCTCCCTAGGATCAAGGAATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACTTGCCTTCTGGAGACTGGACAGCCTCCCTAGGATCAAGGAATG  596

seq1  AAACTTTGGGGCTCTTCTCAGGGGACCCCTCCCATGAAGCTTATGCAGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTGGGGCTCTTCTCAGGGGACCCCTCCCATGAAGCTTATGCAGCC  646

seq1  TTGGGAGAGGAAAGCAGTTGCTAAACAGCAAAGTAACTGTTTTTGCAGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGAGGAAAGCAGTTGCTAAACAGCAAAGTAACTGTTTTTGCAGAC  696

seq1  TTTGGAGGGTTTGATGTATGCGACACCACCATCAAACACAAGATGGAGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGGGTTTGATGTATGCGACACCACCATCAAACACAAGATGGAGTC  746

seq1  TAGGCTGGGGCTCCAGGGTCTTAGCCCTTTCTTTGCATCCTCTTGGGCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGGGGCTCCAGGGTCTTAGCCCTTTCTTTGCATCCTCTTGGGCCA  796

seq1  GGTGGGCCAGGACTGAGATGGAGGACCGAATCAGACATTCGAAGGGTCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCCAGGACTGAGATGGAGGACCGAATCAGACATTCGAAGGGTCAG  846

seq1  ACAGTAGAAGGCTCTTCTGTGTGTCTGGCCCTGACCTACCAGTTTCATGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGAAGGCTCTTCTGTGTGTCTGGCCCTGACCTACCAGTTTCATGA  896

seq1  AGCCCTCAGTTCTTTGTCAGCACACAGATGTGGGGAGACCTTTCCTCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCAGTTCTTTGTCAGCACACAGATGTGGGGAGACCTTTCCTCAGG  946

seq1  CACTAAGCCCCTCAGGGACTATCCCTAGAGCTCGGCCACACCACTGATCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGCCCCTCAGGGACTATCCCTAGAGCTCGGCCACACCACTGATCC  996

seq1  CATTTTGTTTACTCACACCCTGCCTCGTTCCCTTCTGTCCTTGGGAAGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTTTACTCACACCCTGCCTCGTTCCCTTCTGTCCTTGGGAAGCT  1046

seq1  GTTGGCATAGCGCACCTTCTGAGCACAGGGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCATAGCGCACCTTCTGAGCACAGGGAATTC  1081